<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU406998.9	1	GCAATGCAGGGACAGAGTCCTTGTGTACTGGGTTGGGCTGGTGTCTCCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	204374	GCAATGCAGGGACAGAGTCCTTGTGTACTGGGTTGGGCTGGTGTCTCCAG	204423

CU406998.9	51	GTCTTCCCATTGTGTGCACAGGAAAAGCACAACCCACCAGACACTGCTCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	204424	GTCTTCCCATTGTGTGCACAGGAAAAGCACAACCCACCAGACACTGCTCC	204473

CU406998.9	101	GCAAAGTGATTTCACTGTTTAGAAGTCAGATCTTGTCACTTGGTCCCAGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	204474	GCAAAGTGATTTCACTGTTTAGAAGTCAGATCTTGTCACTTGGTCCCAGG	204523

CU406998.9	151	AGGCAGCTGTCCCAAGATGAAGAACAAGAGTCAGCACAGTCAATATTTAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	204524	AGGCAGCTGTCCCAAGATGAAGAACAAGAGTCAGCACAGTCAATATTTAA	204573

CU406998.9	201	ACATGGCAAAGGCCCACCTCTCACTCACAGGTCTAAATCAGAGAGGCCCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	204574	ACATGGCAAAGGCCCACCTCTCACTCACAGGTCTAAATCAGAGAGGCCCA	204623

CU406998.9	251	GGGACCCAGTCCTCTCCAGTTTGCCTCAGCCCCAATCTCAGGACCCCAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	204624	GGGACCCAGTCCTCTCCAGTTTGCCTCAGCCCCAATCTCAGGACCCCAAG	204673

CU406998.9	301	TGTCACCTTTTCAAGGCTCCAGAGACAAGTCAGAGGTCTGGGAACTGTGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	204674	TGTCACCTTTTCAAGGCTCCAGAGACAAGTCAGAGGTCTGGGAACTGTGC	204723

CU406998.9	351	CTGTCTGCAGTACAAGAAATAAGGGGGCATAGTCAGGAGGCTGACAGCTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	204724	CTGTCTGCAGTACAAGAAATAAGGGGGCATAGTCAGGAGGCTGACAGCTG	204773

CU406998.9	401	ATCTTCAGCTCAGCTTGTACCAGGAGCATAGCCACTGTTTTCACCTGTGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	204774	ATCTTCAGCTCAGCTTGTACCAGGAGCATAGCCACTGTTTTCACCTGTGA	204823

CU406998.9	451	GAAAAAACACTATGAGAAACCAGGGAAGTCCTGGTCCCAGGAAATTTCCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	204824	GAAAAAACACTATGAGAAACCAGGGAAGTCCTGGTCCCAGGAAATTTCCA	204873

CU406998.9	501	GAACAATAACAGCAGATGGAGGAAGGTCCAGGAGACATGAGGAGGAAGTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	204874	GAACAATAACAGCAGATGGAGGAAGGTCCAGGAGACATGAGGAGGAAGTT	204923

CU406998.9	551	ATGCAGGGAGTGAACCAATGGCAGCCTGAGATCTGCAGTGCTGTGCAGGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	204924	ATGCAGGGAGTGAACCAATGGCAGCCTGAGATCTGCAGTGCTGTGCAGGA	204973

CU406998.9	601	AGCCTCCCCTCTGACCTCTGACCTCTGACCTCTGACCGCAGAGATTCATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	204974	AGCCTCCCCTCTGACCTCTGACCTCTGACCTCTGACCGCAGAGATTCATG	205023

CU406998.9	651	TGTGGATCACCTCCACCATCAGGGTTATTACTCTCTCCTTCATTTTTCAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205024	TGTGGATCACCTCCACCATCAGGGTTATTACTCTCTCCTTCATTTTTCAT	205073

CU406998.9	701	GTGCTTTACTGTATGATGGGTGTCAGCATACACATCCAGAGATGGCAATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205074	GTGCTTTACTGTATGATGGGTGTCAGCATACACATCCAGAGATGGCAATG	205123

CU406998.9	751	TTGTACATATGGCATATGTGCACTGTTTCATAATTACAGTGCACCCTTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205124	TTGTACATATGGCATATGTGCACTGTTTCATAATTACAGTGCACCCTTGT	205173

CU406998.9	801	GAAAGAAGCAAGTAGCAGCCCTTCCATACCCTTTCTCTTCTTCTTCATCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205174	GAAAGAAGCAAGTAGCAGCCCTTCCATACCCTTTCTCTTCTTCTTCATCC	205223

CU406998.9	851	ACATCTTAACACCACCAATGATAAAACCTAAGATGACCCCAGCTCCAAGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205224	ACATCTTAACACCACCAATGATAAAACCTAAGATGACCCCAGCTCCAAGG	205273

CU406998.9	901	ACAGTACCAACAATGGTTCTAATGAAGATGATGGGCTGAGGAGGTTCTGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205274	ACAGTACCAACAATGGTTCTAATGAAGATGATGGGCTGAGGAGGTTCTGG	205323

CU406998.9	951	GAAGGAAAGGGCAAGGAATGGAAAGTGAGGGTCATGTCTCCTGCCATCAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205324	GAAGGAAAGGGCAAGGAATGGAAAGTGAGGGTCATGTCTCCTGCCATCAA	205373

CU406998.9	1001	CCATAACCTTATCCAGGGTTTATAGAAGGTTCCAGCTTTCCTGACCCCAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205374	CCATAACCTTATCCAGGGTTTATAGAAGGTTCCAGCTTTCCTGACCCCAG	205423

CU406998.9	1051	CTGTGTACCTACACCCTCCTTACCTCATCTCAGGGTGAGTGGCTCAAGCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205424	CTGTGTACCTACACCCTCCTTACCTCATCTCAGGGTGAGTGGCTCAAGCT	205473

CU406998.9	1101	GCCTCTCATGGTCCACAGGACATGTGTATCTCTGCTCCTCTCCAGAAGGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205474	GCCTCTCATGGTCCACAGGACATGTGTATCTCTGCTCCTCTCCAGAAGGC	205523

CU406998.9	1151	ACCACCAGAGCTGCCCACTTCTGGAAGGTCCCGTCCCCCGAAGGCCTGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205524	ACCACCAGAGCTGCCCACTTCTGGAAGGTCCCGTCCCCCGAAGGCCTGGT	205573

CU406998.9	1201	CTCTATAGGTTCCATGTCTGGGTCAGGTCTTCTTCCTGTCTCTTCCAAGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205574	CTCTATAGGTTCCATGTCTGGGTCAGGTCTTCTTCCTGTCTCTTCCAAGT	205623

CU406998.9	1251	CAGGGTGATGTCAGCAGGGTAGAAGCCCAGGGCCCAGCACCTCAGGGTGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205624	CAGGGTGATGTCAGCAGGGTAGAAGCCCAGGGCCCAGCACCTCAGGGTGA	205673

CU406998.9	1301	CACCACCTTCAGGTCTGGCATGATGGGTCACTTTTGCCTTTGGGGGATAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205674	CACCACCTTCAGGTCTGGCATGATGGGTCACTTTTGCCTTTGGGGGATAT	205723

CU406998.9	1351	GAAGAGAAAAGTTGGAAAGTGCAGGCTTTTTTCTTTCTTCTGGGGCCTCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205724	GAAGAGAAAAGTTGGAAAGTGCAGGCTTTTTTCTTTCTTCTGGGGCCTCC	205773

CU406998.9	1401	AGCAATGCCCATGAGACTGCCCTGGGGATGGATTGAGTCAGGTGTGGTAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205774	AGCAATGCCCATGAGACTGCCCTGGGGATGGATTGAGTCAGGTGTGGTAC	205823

CU406998.9	1451	AGGTTAAAAATCCCATTTCTACAGCTTAGACAGTACTCTGGATAATCTTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205824	AGGTTAAAAATCCCATTTCTACAGCTTAGACAGTACTCTGGATAATCTTA	205873

CU406998.9	1501	TCATTTGGAAATTTTAGATCTGGGTAAAGAAGTCCATGGTCAGAGACGCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205874	TCATTTGGAAATTTTAGATCTGGGTAAAGAAGTCCATGGTCAGAGACGCC	205923

CU406998.9	1551	AGGTGCTCACTAGGAAAATTTACTTCTTTCCTGACCAGGTGTGTCAGAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205924	AGGTGCTCACTAGGAAAATTTACTTCTTTCCTGACCAGGTGTGTCAGAAG	205973

CU406998.9	1601	CTGACCATCCCTGGAGTCAGACTCCAAAGACCTGGTATGGAGGGTGAGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	205974	CTGACCATCCCTGGAGTCAGACTCCAAAGACCTGGTATGGAGGGTGAGAA	206023

CU406998.9	1651	TGTGCCCTGAGCAAGGCCAAGGCTCACAAGGACTCCTCCCCTCCTGAGAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	206024	TGTGCCCTGAGCAAGGCCAAGGCTCACAAGGACTCCTCCCCTCCTGAGAC	206073

CU406998.9	1701	TCGCTCTGAGCTGTCCTGAGAGAAGGTTGAGAATTGGAGAAGGGAGACCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	206074	TCGCTCTGAGCTGTCCTGAGAGAAGGTTGAGAATTGGAGAAGGGAGACCC	206123

CU406998.9	1751	TTTCCTGATAAAGGGTGAGGAGTCCCAGGAGAACTCTCCTCCTTTCATGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	206124	TTTCCTGATAAAGGGTGAGGAGTCCCAGGAGAACTCTCCTCCTTTCATGT	206173

CU406998.9	1801	GCCAGAGAGGGAGAGAATTGAAAGCTGTGTCAAAAGAAAGATAGCCAGAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	206174	GCCAGAGAGGGAGAGAATTGAAAGCTGTGTCAAAAGAAAGATAGCCAGAG	206223

CU406998.9	1851	TTCTTCTGTCTGAAGTCAGAATCAGACGAGGATGCCATTCTCTGGTATCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	206224	TTCTTCTGTCTGAAGTCAGAATCAGACGAGGATGCCATTCTCTGGTATCT	206273

CU406998.9	1901	CCTTTGAGACAATGATAATTTCATATTTGCTTCAAAATTAGACAAAAGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	206274	CCTTTGAGACAATGATAATTTCATATTTGCTTCAAAATTAGACAAAAGAA	206323

CU406998.9	1951	AGACACAAAAGGGATCAATATAGGAAAGGATGAAGCCACATTATGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406999.8	206324	AGACACAAAAGGGATCAATATAGGAAAGGATGAAGCCACATTATGAATTC	206373

Overview

Query
CU406998.9 - 132458 bps
Hit
CU406999.8 - 206373 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link