<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU406969.5	1	TTGCATCTCCTTTACAGATGCTGTTTCCAAAGGCCCAGTAACTGTAGAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209015	TTGCATCTCCTTTACAGATGCTGTTTCCAAAGGCCCAGTAACTGTAGAGA	209064

CU406969.5	51	CTTGAAGAAAGGCAGCTGAGCAGTTGTTCTTGAAGAAGATTTGGGTTCAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209065	CTTGAAGAAAGGCAGCTGAGCAGTTGTTCTTGAAGAAGATTTGGGTTCAG	209114

CU406969.5	101	TTGCCAGCACTCACATGGCAGCTCACCACCATCTGGAATTCCAGCCCAAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209115	TTGCCAGCACTCACATGGCAGCTCACCACCATCTGGAATTCCAGCCCAAG	209164

CU406969.5	151	GGGATCCGATGCCCTCTTCGACCTCTGTGGGCACCAGGCATGCACGTGTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209165	GGGATCCGATGCCCTCTTCGACCTCTGTGGGCACCAGGCATGCACGTGTT	209214

CU406969.5	201	GCACAGACTTACACGCAAAAAGTCAGGCAAAATACTCACATAAAATAAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209215	GCACAGACTTACACGCAAAAAGTCAGGCAAAATACTCACATAAAATAAAT	209264

CU406969.5	251	TCATTTTAAAAATTAAATACAGCTAGAAGTGGTGGTGCATACCTTTAATC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209265	TCATTTTAAAAATTAAATACAGCTAGAAGTGGTGGTGCATACCTTTAATC	209314

CU406969.5	301	TCAGCACTCAGGAGACAAAGGCAGGAAGATTTCTGTGAGTTCCAAGCCAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209315	TCAGCACTCAGGAGACAAAGGCAGGAAGATTTCTGTGAGTTCCAAGCCAG	209364

CU406969.5	351	CCAGGACTACACAGAGAGACCATGTATCAAACCCTCCTGCCCCCCAAAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209365	CCAGGACTACACAGAGAGACCATGTATCAAACCCTCCTGCCCCCCAAAAT	209414

CU406969.5	401	TTTTGTACATGAAACAGTTTCATGATTTGGCTTTCTTTTCTCTTTCCTAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209415	TTTTGTACATGAAACAGTTTCATGATTTGGCTTTCTTTTCTCTTTCCTAG	209464

CU406969.5	451	GCTGGCCTGGAACTTGCAGCCCAGGTTAGCCTCAAACTCAGGCTATTCTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209465	GCTGGCCTGGAACTTGCAGCCCAGGTTAGCCTCAAACTCAGGCTATTCTG	209514

CU406969.5	501	CCTCAGTCTAATGAGTGCTGGAATTATAGACGTGCCAAAATACCTAGCTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209515	CCTCAGTCTAATGAGTGCTGGAATTATAGACGTGCCAAAATACCTAGCTA	209564

CU406969.5	551	GCTACGGTATGGATTTGAAAGGTTATTAGAAGGTGGCACGTAATGCAGTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209565	GCTACGGTATGGATTTGAAAGGTTATTAGAAGGTGGCACGTAATGCAGTT	209614

CU406969.5	601	AAAAAAAAAAACAAACAAAAAAACCCAAAGCAGTATCACTGACTGAGCTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209615	AAAAAAAAAAACAAACAAAAAAACCCAAAGCAGTATCACTGACTGAGCTC	209664

CU406969.5	651	AATATTGCCCTACATACTGCCTCAGTTTCCCCCTTTATTAGAGCACTTCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209665	AATATTGCCCTACATACTGCCTCAGTTTCCCCCTTTATTAGAGCACTTCC	209714

CU406969.5	701	ATATCAAGTTCTCTAGGTTATGTCCATTAATCACAAAGAAGAAAGGCTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209715	ATATCAAGTTCTCTAGGTTATGTCCATTAATCACAAAGAAGAAAGGCTGG	209764

CU406969.5	751	CATGAATCTGACATCTTTTGAAGTTCAGGATAAAAGACTTCATAGCTTTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209765	CATGAATCTGACATCTTTTGAAGTTCAGGATAAAAGACTTCATAGCTTTC	209814

CU406969.5	801	AATGGCCTATTTTAAAGAAAAGGGAAGGTGGTTCACTCACTTGCTCAGCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209815	AATGGCCTATTTTAAAGAAAAGGGAAGGTGGTTCACTCACTTGCTCAGCA	209864

CU406969.5	851	GCCTTAGAAACAAACACAAAGGCTTCATGCTGCCATGATTTTATTTTAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209865	GCCTTAGAAACAAACACAAAGGCTTCATGCTGCCATGATTTTATTTTAAA	209914

CU406969.5	901	GAACAATACTTGTGAAAGGCAGGTAAATACATGGGTAATAAAAGGGAAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209915	GAACAATACTTGTGAAAGGCAGGTAAATACATGGGTAATAAAAGGGAAAA	209964

CU406969.5	951	ATGGCAGACACAATTTCATGCAAGAACTATATTAAGCAACTAAGAAAAAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	209965	ATGGCAGACACAATTTCATGCAAGAACTATATTAAGCAACTAAGAAAAAC	210014

CU406969.5	1001	TCTATTTTCCACATATATTAGTCCTAACACTAACCTCAAACTTTTCCTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210015	TCTATTTTCCACATATATTAGTCCTAACACTAACCTCAAACTTTTCCTTT	210064

CU406969.5	1051	TGTCCTGATTTCTTCTTCTTTCAGGCTCCTCTGGGAACACAGGGTACCTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210065	TGTCCTGATTTCTTCTTCTTTCAGGCTCCTCTGGGAACACAGGGTACCTC	210114

CU406969.5	1101	CTCCTCCTTCATGGCTAAGATGTGATTTCAAAGACTATCAGAAGGCAGCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210115	CTCCTCCTTCATGGCTAAGATGTGATTTCAAAGACTATCAGAAGGCAGCA	210164

CU406969.5	1151	ATCCCTTAGCCACCTACATGTTCCAGGTACATTCACACCAGCATTTAAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210165	ATCCCTTAGCCACCTACATGTTCCAGGTACATTCACACCAGCATTTAAAT	210214

CU406969.5	1201	ACACAAAGAATTCCCTGTGCGGCTGAATGTGCAGTATTAACAACGTGTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210215	ACACAAAGAATTCCCTGTGCGGCTGAATGTGCAGTATTAACAACGTGTTT	210264

CU406969.5	1251	CTATGTTTGCTCTAACCGATGTCAAACAAGGCAACAACAGAAGTGGTTTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210265	CTATGTTTGCTCTAACCGATGTCAAACAAGGCAACAACAGAAGTGGTTTA	210314

CU406969.5	1301	TGGGTCACTGCAAACCTCAAGCTGGGGGCCTATGTTAACAAGCCACTAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210315	TGGGTCACTGCAAACCTCAAGCTGGGGGCCTATGTTAACAAGCCACTAAG	210364

CU406969.5	1351	AGTTCAGTATAATTAGATTGATATTCTGAAATTATGAACTTATTTCTATA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210365	AGTTCAGTATAATTAGATTGATATTCTGAAATTATGAACTTATTTCTATA	210414

CU406969.5	1401	CTGACCTTTGCTTTTGTTCCCAGTGAAAAATGAGCCTTATTGTAGCAGCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210415	CTGACCTTTGCTTTTGTTCCCAGTGAAAAATGAGCCTTATTGTAGCAGCA	210464

CU406969.5	1451	TGCCCCCAGCTTTCCCCTAAAAGAAAAAAAAAATTACTATAAGGAACCTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210465	TGCCCCCAGCTTTCCCCTAAAAGAAAAAAAAAATTACTATAAGGAACCTT	210514

CU406969.5	1501	TAGAATTTTCTACGTTGCTTAGAATGTCTGGTCAACTACAATCTTACTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210515	TAGAATTTTCTACGTTGCTTAGAATGTCTGGTCAACTACAATCTTACTTT	210564

CU406969.5	1551	ACCAAACTGAAAATAGGAATATTCTTTATTTCAAAACCTGTTGTACATCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210565	ACCAAACTGAAAATAGGAATATTCTTTATTTCAAAACCTGTTGTACATCA	210614

CU406969.5	1601	GTAATATCCTAAGAGAAATAATAGTTTTCTGACACCCAGAAACAGGGTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210615	GTAATATCCTAAGAGAAATAATAGTTTTCTGACACCCAGAAACAGGGTCT	210664

CU406969.5	1651	CATTTTAGTCCTGGCAAGCCTGGAATTCAATTTGTAGACCAGGCCAGCCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210665	CATTTTAGTCCTGGCAAGCCTGGAATTCAATTTGTAGACCAGGCCAGCCT	210714

CU406969.5	1701	TGAATTAAGAGAACTCTGCATGCTTCTGTTTCTGGAGTGCTGGGATTAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210715	TGAATTAAGAGAACTCTGCATGCTTCTGTTTCTGGAGTGCTGGGATTAAA	210764

CU406969.5	1751	GACGTGCTGCCATGCAGATTTCATCACGCAGCCCAGCATTCCGTTTCCAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210765	GACGTGCTGCCATGCAGATTTCATCACGCAGCCCAGCATTCCGTTTCCAC	210814

CU406969.5	1801	AGTAGCCAGGGCTAAGTCTGCATCACCATCTTTGCCACACAGAATATTAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210815	AGTAGCCAGGGCTAAGTCTGCATCACCATCTTTGCCACACAGAATATTAC	210864

CU406969.5	1851	TGGGTTCCAGTGGAGACAGATTTTGAAGCATTGTGTTCTAATAACATCAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210865	TGGGTTCCAGTGGAGACAGATTTTGAAGCATTGTGTTCTAATAACATCAC	210914

CU406969.5	1901	AATGCTAGAAATACAGTTATATCTGTTTGCATAATGTGATTTGTCTTTAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210915	AATGCTAGAAATACAGTTATATCTGTTTGCATAATGTGATTTGTCTTTAA	210964

CU406969.5	1951	ATAGGCTTATTCTCCTTTCTGTCTAAGACGGGTTTTAGTGTTTAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406989.5	210965	ATAGGCTTATTCTCCTTTCTGTCTAAGACGGGTTTTAGTGTTTAGAATTC	211014

Overview

Query
CU406969.5 - 150441 bps
Hit
CU406989.5 - 211014 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link