<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU393486.7	1	GAATTCTCACCGGGCAGGGTCACTTGTTGCTTCTTCCATTGCCTGACTGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	52960	GAATTCTCACCGGGCAGGGTCACTTGTTGCTTCTTCCATTGCCTGACTGG	53009

CU393486.7	51	TGTGGTGACTTTTTGAGACGCCGGATCCTCTGTGGTGGAGGAAAATGAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53010	TGTGGTGACTTTTTGAGACGCCGGATCCTCTGTGGTGGAGGAAAATGAGT	53059

CU393486.7	101	TGCAGAGAAGTTCAGGGGTAGACCCGTGTGACAATCGTTGATTCTATGGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53060	TGCAGAGAAGTTCAGGGGTAGACCCGTGTGACAATCGTTGATTCTATGGT	53109

CU393486.7	151	GATGTTAATGACCGTGCACTTTCCTCTTGTGTTCTGTCTCCTTTAGTGAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53110	GATGTTAATGACCGTGCACTTTCCTCTTGTGTTCTGTCTCCTTTAGTGAC	53159

CU393486.7	201	GAGCAGGAGCAGGCAGCCAGGACCCTCGCCAAGGTAGAATGGTGAGTAGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53160	GAGCAGGAGCAGGCAGCCAGGACCCTCGCCAAGGTAGAATGGTGAGTAGC	53209

CU393486.7	251	TCCTTTTCCCTCATACCACTGTGTGTCTCATCCTCCAGTCTGACTCAGGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53210	TCCTTTTCCCTCATACCACTGTGTGTCTCATCCTCCAGTCTGACTCAGGG	53259

CU393486.7	301	AAGCTGCCCCACCTCTCTTGGCCCTAGTGCCCCTGGTTACTCTGTTCACT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53260	AAGCTGCCCCACCTCTCTTGGCCCTAGTGCCCCTGGTTACTCTGTTCACT	53309

CU393486.7	351	TCCTAAACAGGCTCATTTGCCCTGATGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53310	TCCTAAACAGGCTCATTTGCCCTGATGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGG	53359

CU393486.7	401	ATGGGCAGTGTTGTTTTGAGACAGGTTCTTGCTGTAGAGTTTTGGTTAGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53360	ATGGGCAGTGTTGTTTTGAGACAGGTTCTTGCTGTAGAGTTTTGGTTAGC	53409

CU393486.7	451	CTGGTACTAGACATGTAGCCCATGCCAGCCTTGAACTTGTGGGCAATCCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53410	CTGGTACTAGACATGTAGCCCATGCCAGCCTTGAACTTGTGGGCAATCCC	53459

CU393486.7	501	TCTTTCTCCCTCCATCTCCTAAGTGTTAAGATTGCAGGTGAATGCAGTGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53460	TCTTTCTCCCTCCATCTCCTAAGTGTTAAGATTGCAGGTGAATGCAGTGT	53509

CU393486.7	551	GGGGCCTTGTACATGATAGGCAAGTACTCTAACACTGAGCTATGTATCTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53510	GGGGCCTTGTACATGATAGGCAAGTACTCTAACACTGAGCTATGTATCTA	53559

CU393486.7	601	GCTTATGGTTTCTTAGGATTGAAAAAAATATATATCGGGCACTATATAGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53560	GCTTATGGTTTCTTAGGATTGAAAAAAATATATATCGGGCACTATATAGC	53609

CU393486.7	651	ACTGGGCTCAGCAGCTTGTAGTTTTTCTCGGTGTTAGGCCGTCCCTTCTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53610	ACTGGGCTCAGCAGCTTGTAGTTTTTCTCGGTGTTAGGCCGTCCCTTCTA	53659

CU393486.7	701	ACAAACCGCTATATCGCCTCTTACTTGGATCCCCGGTTAAAACTATGCAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53660	ACAAACCGCTATATCGCCTCTTACTTGGATCCCCGGTTAAAACTATGCAT	53709

CU393486.7	751	ATTCTGGTTTAAGAAAACAAGTCTTTCTTATCTGAGATTCCTGAACTTCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53710	ATTCTGGTTTAAGAAAACAAGTCTTTCTTATCTGAGATTCCTGAACTTCA	53759

CU393486.7	801	GGGCGTGGTGGCACAGGCTTCTAATCACATCAGTTGGGGACAGAGAAAGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53760	GGGCGTGGTGGCACAGGCTTCTAATCACATCAGTTGGGGACAGAGAAAGG	53809

CU393486.7	851	TGATTCTCAGTGACGTCAGCCAAGTCTTATGTAGTGAGTTCCAGAAAAGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53810	TGATTCTCAGTGACGTCAGCCAAGTCTTATGTAGTGAGTTCCAGAAAAGA	53859

CU393486.7	901	CTCCATGGTTTTTTGGTTTTGTGTTTAAATAAGATCCCTGAACTCCCAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53860	CTCCATGGTTTTTTGGTTTTGTGTTTAAATAAGATCCCTGAACTCCCAGT	53909

CU393486.7	951	GAGTCTCATGAATATATTGTTGGTGCTGTCCCAGGAGTGATTCCACCCAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53910	GAGTCTCATGAATATATTGTTGGTGCTGTCCCAGGAGTGATTCCACCCAA	53959

CU393486.7	1001	ATTGTAGGCCTTTTCCAGCTCCCAGGTGTTGCAGTCTATTAAGCCACTGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	53960	ATTGTAGGCCTTTTCCAGCTCCCAGGTGTTGCAGTCTATTAAGCCACTGC	54009

CU393486.7	1051	AGGTGACAGCTGACTGAGTATCTACCTGGCCAGCCTTCTGACGGTGGGTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54010	AGGTGACAGCTGACTGAGTATCTACCTGGCCAGCCTTCTGACGGTGGGTC	54059

CU393486.7	1101	CTCTCCGTCCTGGTGGGAGAGCTAGGGCTCAGCCGTTATGATGAAGGAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54060	CTCTCCGTCCTGGTGGGAGAGCTAGGGCTCAGCCGTTATGATGAAGGAGA	54109

CU393486.7	1151	CTGAAGCCCTTTCCAGGCAGGACCTAGCCTTTGTATCTCTTCAGTTCCTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54110	CTGAAGCCCTTTCCAGGCAGGACCTAGCCTTTGTATCTCTTCAGTTCCTT	54159

CU393486.7	1201	CCAGGGGTCACAGGTTAATGAATTCAGCCAGTGGTGAAGTCCCTCCTCTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54160	CCAGGGGTCACAGGTTAATGAATTCAGCCAGTGGTGAAGTCCCTCCTCTC	54209

CU393486.7	1251	CTGGTTCTCTCTGTGATGTGTGCATTAGCCCCTGCTCTTTCCAGAGAGCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54210	CTGGTTCTCTCTGTGATGTGTGCATTAGCCCCTGCTCTTTCCAGAGAGCC	54259

CU393486.7	1301	TACTGCTGAGCCTGCCCCCTTGGACTGATAGCTCATCCCCTATTCCAACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54260	TACTGCTGAGCCTGCCCCCTTGGACTGATAGCTCATCCCCTATTCCAACT	54309

CU393486.7	1351	CGGTGGTGCACTGAGAACGCTGTGCACTTCGCACTGAGTCTCCTTTCATC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54310	CGGTGGTGCACTGAGAACGCTGTGCACTTCGCACTGAGTCTCCTTTCATC	54359

CU393486.7	1401	GTAGCACCACCACTTAGGAGAACTGCACCGTTTCTCTCTAAGCCTACAGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54360	GTAGCACCACCACTTAGGAGAACTGCACCGTTTCTCTCTAAGCCTACAGT	54409

CU393486.7	1451	CTCACCCGTGAAATGCGCTCCAGCTTTATTCTTGGAGAGTTAGGGTCATG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54410	CTCACCCGTGAAATGCGCTCCAGCTTTATTCTTGGAGAGTTAGGGTCATG	54459

CU393486.7	1501	CTTGCCACTGCTGGCCATTATTGTAAGTACGTAATTAAAAATTCATCCCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54460	CTTGCCACTGCTGGCCATTATTGTAAGTACGTAATTAAAAATTCATCCCA	54509

CU393486.7	1551	AGTCCCCCCAAACAAAAGCCCTGGTTTGTGAGGTTACCAGGTACAGGAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54510	AGTCCCCCCAAACAAAAGCCCTGGTTTGTGAGGTTACCAGGTACAGGAAG	54559

CU393486.7	1601	TGTAAGAGTTTGTAGTAAGCTTTCTGTTACTTTTGGAGACACCAAGCCGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54560	TGTAAGAGTTTGTAGTAAGCTTTCTGTTACTTTTGGAGACACCAAGCCGC	54609

CU393486.7	1651	TTGCTTATCACGAACTGCTTATGCCTTGGCTCTCTACCCAACACTATTCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54610	TTGCTTATCACGAACTGCTTATGCCTTGGCTCTCTACCCAACACTATTCA	54659

CU393486.7	1701	TTGCTCTACTCCTGGGGTTTGAGTTTTGTTGTTGTTTTCGTTGTAGCTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54660	TTGCTCTACTCCTGGGGTTTGAGTTTTGTTGTTGTTTTCGTTGTAGCTTT	54709

CU393486.7	1751	CTATAGCTTCAGTGACCCATAATCAGTTCTTCTCTTAGACTAAGAAGTTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54710	CTATAGCTTCAGTGACCCATAATCAGTTCTTCTCTTAGACTAAGAAGTTC	54759

CU393486.7	1801	TTCCAAAGGATTTTCTTATCTGTGGTTGGGAATCAAGGGAGAGATGGAAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54760	TTCCAAAGGATTTTCTTATCTGTGGTTGGGAATCAAGGGAGAGATGGAAC	54809

CU393486.7	1851	TAAGGAGGGTTCGTGAGGATGGTAAGATACAAAGTCCAAGGGTTTCCCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54810	TAAGGAGGGTTCGTGAGGATGGTAAGATACAAAGTCCAAGGGTTTCCCTT	54859

CU393486.7	1901	AGAGAAGTGTGGCATGTCCACTACGATAAGACTAGACCAATAGTCTTTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54860	AGAGAAGTGTGGCATGTCCACTACGATAAGACTAGACCAATAGTCTTTTT	54909

CU393486.7	1951	AAGAGGACAAACGGAGGTTAGTGTAAGCAGGGAGGCAGTGAATAGAGCGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406988.6	54910	AAGAGGACAAACGGAGGTTAGTGTAAGCAGGGAGGCAGTGAATAGAGCGT	54959

Overview

Query
CU393486.7 - 255661 bps
Hit
CU406988.6 - 54959 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link