<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU406988.6	1	TAAGAGCAGCAAGAGAATGACCATGGCAACTCTTATAAATAAAACATTTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	148442	TAAGAGCAGCAAGAGAATGACCATGGCAACTCTTATAAATAAAACATTTA	148491

CU406988.6	51	ATTGGTGCTGTTCTGCAGTTTCAGAGGTTTAGTCCATTATCATCATGGCG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	148492	ATTGGTGCTGTTCTGCAGTTTCAGAGGTTTAGTCCATTATCATCATGGCG	148541

CU406988.6	101	GGAAGCATGGCAGCGTGCAGGTAGACATGACATCTAGTAGGAACTGAGTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	148542	GGAAGCATGGCAGCGTGCAGGTAGACATGACATCTAGTAGGAACTGAGTG	148591

CU406988.6	151	TTCTACATCTTGATCAAATGCAGTCAGGAGACTCTTGTGCAGGAAGCTAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	148592	TTCTACATCTTGATCAAATGCAGTCAGGAGACTCTTGTGCAGGAAGCTAG	148641

CU406988.6	201	GAAGAGGTTCTCTCTGCACTGGAAGAGGGCTTGAGCATAGGACCTGAAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	148642	GAAGAGGTTCTCTCTGCACTGGAAGAGGGCTTGAGCATAGGACCTGAAAA	148691

CU406988.6	251	CCTACCCTGACACTGACACACTTCCTCCAACAAGGCTACTCCTCTTAATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	148692	CCTACCCTGACACTGACACACTTCCTCCAACAAGGCTACTCCTCTTAATA	148741

CU406988.6	301	GTGCCACTTCCCATGGGCCAAGCTATTCAAATAGCTACAGGTAGGAAAGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	148742	GTGCCACTTCCCATGGGCCAAGCTATTCAAATAGCTACAGGTAGGAAAGG	148791

CU406988.6	351	AGCAGGCCAGCACTGCCTAGACATAACTTCCTCTCCTCAAAATGAGCTTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	148792	AGCAGGCCAGCACTGCCTAGACATAACTTCCTCTCCTCAAAATGAGCTTG	148841

CU406988.6	401	GGTTGGCCCTGGCTGTCTCTGCTTTGCTCTGAAGAGCATTTTGAAAGAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	148842	GGTTGGCCCTGGCTGTCTCTGCTTTGCTCTGAAGAGCATTTTGAAAGAAA	148891

CU406988.6	451	TAAGCCTAGCAAATACAGAGCAGTCACTGAGTTTTTAGCTTATGCTTATC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	148892	TAAGCCTAGCAAATACAGAGCAGTCACTGAGTTTTTAGCTTATGCTTATC	148941

CU406988.6	501	TTGGCCTACTGAGCATTTTATAAGGAAGCAGAAATGATAGATATTCGTGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	148942	TTGGCCTACTGAGCATTTTATAAGGAAGCAGAAATGATAGATATTCGTGG	148991

CU406988.6	551	TAAGAAAACATGACATAGGCCAGTATAGATGGAGACATCTGTGGATTGCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	148992	TAAGAAAACATGACATAGGCCAGTATAGATGGAGACATCTGTGGATTGCT	149041

CU406988.6	601	CTGCTACTGAGAGTATAAAGTCAGGACTAGGGGGCTGGAGAGTTGGCTCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149042	CTGCTACTGAGAGTATAAAGTCAGGACTAGGGGGCTGGAGAGTTGGCTCA	149091

CU406988.6	651	GCAGTTACGGGTACTTACTGCTCCTGTAGAGGTCCTGGGTTTAGTTCTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149092	GCAGTTACGGGTACTTACTGCTCCTGTAGAGGTCCTGGGTTTAGTTCTTT	149141

CU406988.6	701	GCACCTGTGTAGTGGCTTAAAAGCATCTGTAACAGTTCAAGGGATCTGGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149142	GCACCTGTGTAGTGGCTTAAAAGCATCTGTAACAGTTCAAGGGATCTGGA	149191

CU406988.6	751	GCCTCTTACGATCTCTGTGGATGCAAAGTATAAATGTGGAACAAGTACAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149192	GCCTCTTACGATCTCTGTGGATGCAAAGTATAAATGTGGAACAAGTACAC	149241

CU406988.6	801	ACACGCACGCGCACACACAAATAAAATTTGAAATCTTAAAATTTATTTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149242	ACACGCACGCGCACACACAAATAAAATTTGAAATCTTAAAATTTATTTTT	149291

CU406988.6	851	AAAATCAAAGTTAGGAGTATAAACTTTAGAGCTAAGATTTCCTGAACCCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149292	AAAATCAAAGTTAGGAGTATAAACTTTAGAGCTAAGATTTCCTGAACCCA	149341

CU406988.6	901	GTCTCAAATTTTCCATTTATGGAAAAGTCTCAAACTTTCCCCATTTCAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149342	GTCTCAAATTTTCCATTTATGGAAAAGTCTCAAACTTTCCCCATTTCAGT	149391

CU406988.6	951	AGCTGTGCTCCCAGGCCCCTCCTCAGCTCTGGTCTCAGTGTTGTTGTTCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149392	AGCTGTGCTCCCAGGCCCCTCCTCAGCTCTGGTCTCAGTGTTGTTGTTCC	149441

CU406988.6	1001	TCATCTGAAAACCAGAAATAAAACCGATATAGCCTGGCAGTGGTGGCGCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149442	TCATCTGAAAACCAGAAATAAAACCGATATAGCCTGGCAGTGGTGGCGCA	149491

CU406988.6	1051	CGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGATTTCTGAGTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149492	CGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGATTTCTGAGTTT	149541

CU406988.6	1101	GAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149542	GAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACA	149591

CU406988.6	1151	GAGAAACCCTGTCTCAAAAAACCAAATACATACATACATACATACATACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149592	GAGAAACCCTGTCTCAAAAAACCAAATACATACATACATACATACATACA	149641

CU406988.6	1201	TACATACATACATACATACATAGTCAGTGTCATAGGGCTGTGGTTAGGAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149642	TACATACATACATACATACATAGTCAGTGTCATAGGGCTGTGGTTAGGAT	149691

CU406988.6	1251	TGTGAACATGACTCCTAAACTGATGTACATAAATATTTAATACCTGCCAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149692	TGTGAACATGACTCCTAAACTGATGTACATAAATATTTAATACCTGCCAC	149741

CU406988.6	1301	CTAGGCCTCTGTGTTACCTAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCATCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149742	CTAGGCCTCTGTGTTACCTAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCATCT	149791

CU406988.6	1351	TCGTCCTTGGTGTTTTGTTTTTAAGACAGGGTCTACATGTGTAATTCTGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149792	TCGTCCTTGGTGTTTTGTTTTTAAGACAGGGTCTACATGTGTAATTCTGG	149841

CU406988.6	1401	CTGGCCTGAAACTCACAACAGTGTGCCTGCTTTTGCCTTCTAAGTGCTTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149842	CTGGCCTGAAACTCACAACAGTGTGCCTGCTTTTGCCTTCTAAGTGCTTG	149891

CU406988.6	1451	TAGTAAAGGTGCACACTGTCACACTCAGCCTGTTTTCTTGTTTGCATTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149892	TAGTAAAGGTGCACACTGTCACACTCAGCCTGTTTTCTTGTTTGCATTTT	149941

CU406988.6	1501	TACACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149942	TACACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACAT	149991

CU406988.6	1551	AAATGCACATTCCATAGAGCTTGTGTGGAGATCAGGACAGTTGGAAGGAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	149992	AAATGCACATTCCATAGAGCTTGTGTGGAGATCAGGACAGTTGGAAGGAG	150041

CU406988.6	1601	TTGTTTGTTGCCTTAACCCATCAAAACATCTCGCTAGCCCTTTGTTTGTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	150042	TTGTTTGTTGCCTTAACCCATCAAAACATCTCGCTAGCCCTTTGTTTGTT	150091

CU406988.6	1651	TGTTTGCTGTTATTGTTTTTTTGAGACAAAGTTTCATGTAATAGAGTCTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	150092	TGTTTGCTGTTATTGTTTTTTTGAGACAAAGTTTCATGTAATAGAGTCTA	150141

CU406988.6	1701	GCCTTGAACTCCATGTATATAGCCAAGGCTGACCTTTATAAGTTTCTGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	150142	GCCTTGAACTCCATGTATATAGCCAAGGCTGACCTTTATAAGTTTCTGCT	150191

CU406988.6	1751	TCCACCTCCCACCTCCTGAGATACGCACCACATATCTCCTAATGTTTTGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	150192	TCCACCTCCCACCTCCTGAGATACGCACCACATATCTCCTAATGTTTTGT	150241

CU406988.6	1801	TTTGTTTTGAGACAGGATCTCACTCTACGTCCTGGCTAGCCTAGAACTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	150242	TTTGTTTTGAGACAGGATCTCACTCTACGTCCTGGCTAGCCTAGAACTTG	150291

CU406988.6	1851	CTATATAATTCAGATTGGCATCAAACTTGAAGTTTTTCTGCTTGTGCCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	150292	CTATATAATTCAGATTGGCATCAAACTTGAAGTTTTTCTGCTTGTGCCTC	150341

CU406988.6	1901	CTGAGTACTGAAATAGTAGGCATGTGCTACCACATCTACTATCAATCGTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	150342	CTGAGTACTGAAATAGTAGGCATGTGCTACCACATCTACTATCAATCGTT	150391

CU406988.6	1951	TAAAAACTCTTTGTCAAATGTTTTTTGGGGCTTTCTTACTTGAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406969.5	150392	TAAAAACTCTTTGTCAAATGTTTTTTGGGGCTTTCTTACTTGAAGAATTC	150441

Overview

Query
CU406988.6 - 54959 bps
Hit
CU406969.5 - 150441 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link