<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU442702.10	1	GAGGACAATTGAGATATCTAGTAACTATGGTGGCCCCGTTAACACTCCGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	132254	GAGGACAATTGAGATATCTAGTAACTATGGTGGCCCCGTTAACACTCCGT	132303

CU442702.10	51	TAAACTCAGTTTGATATCGACAGGGTGCTTCTTTGCTTTCCTCTGATTAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	132304	TAAACTCAGTTTGATATCGACAGGGTGCTTCTTTGCTTTCCTCTGATTAG	132353

CU442702.10	101	GGTTATTTTCCAAATTATAACAGCACATCACCACTCTCCGCTTTGGGTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	132354	GGTTATTTTCCAAATTATAACAGCACATCACCACTCTCCGCTTTGGGTCA	132403

CU442702.10	151	AGAGACTGCTTACTTGCTTATATTTTATTAATCTATCCTTTTCCTGTGCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	132404	AGAGACTGCTTACTTGCTTATATTTTATTAATCTATCCTTTTCCTGTGCC	132453

CU442702.10	201	CGATCTCAGAATCTAAAAATAGCTTTTGTTTTGAATTAGTACCTGAGGGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	132454	CGATCTCAGAATCTAAAAATAGCTTTTGTTTTGAATTAGTACCTGAGGGT	132503

CU442702.10	251	ATCAGATGACAGTGGAAGGAGGGGACCAGCATCTTCACAGAACCACTGTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	132504	ATCAGATGACAGTGGAAGGAGGGGACCAGCATCTTCACAGAACCACTGTG	132553

CU442702.10	301	CCTCACCAGACGCATGACAGTGTGGGACCTGCTTGGATTTTGGAGAGGCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	132554	CCTCACCAGACGCATGACAGTGTGGGACCTGCTTGGATTTTGGAGAGGCC	132603

CU442702.10	351	GTGGCTTTGTGGGGAAGACTGCACCCTTTACTGCGTACCTAGTTTCATTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	132604	GTGGCTTTGTGGGGAAGACTGCACCCTTTACTGCGTACCTAGTTTCATTA	132653

CU442702.10	401	AAAGTGGAAAACCAAACACACAGCAAAGGGGCTTGGAGTCACAAGGAAAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	132654	AAAGTGGAAAACCAAACACACAGCAAAGGGGCTTGGAGTCACAAGGAAAG	132703

CU442702.10	451	CTCTGGTTTCTATGACAACCCAAGGAGTGCACACATCAGCACTCACAGAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	132704	CTCTGGTTTCTATGACAACCCAAGGAGTGCACACATCAGCACTCACAGAG	132753

CU442702.10	501	GTCTGAAATGGGGCAGTAGTGCTGACAGCTTCGCCCAAAGCCTGTCATCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	132754	GTCTGAAATGGGGCAGTAGTGCTGACAGCTTCGCCCAAAGCCTGTCATCA	132803

CU442702.10	551	CATGTTTCCTTACCCGGGTGCCTTTATCAGCTGCTTTCTATCTCCCTAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	132804	CATGTTTCCTTACCCGGGTGCCTTTATCAGCTGCTTTCTATCTCCCTAAA	132853

CU442702.10	601	GACTAGGAGTGGACAGGGACCCTGCAGTCTCCTGCTAGCAGGCAAGAGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	132854	GACTAGGAGTGGACAGGGACCCTGCAGTCTCCTGCTAGCAGGCAAGAGTG	132903

CU442702.10	651	CTGCCTGCCAGTTGCACTTGGCTTTTACTACTGCAGAGGGGAAAAGAGAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	132904	CTGCCTGCCAGTTGCACTTGGCTTTTACTACTGCAGAGGGGAAAAGAGAG	132953

CU442702.10	701	GATCAGCTTCCTTCGGACTATTTACCAAGATAATTTGTATTCAAGTCTCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	132954	GATCAGCTTCCTTCGGACTATTTACCAAGATAATTTGTATTCAAGTCTCA	133003

CU442702.10	751	TCCCGTATCTCTCTGACCTTTGGGATTTCACATTTTCAGCCACTAAACAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133004	TCCCGTATCTCTCTGACCTTTGGGATTTCACATTTTCAGCCACTAAACAT	133053

CU442702.10	801	ACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133054	ACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG	133103

CU442702.10	851	AGAGACAGAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGAGACAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133104	AGAGACAGAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGAGACAG	133153

CU442702.10	901	AGAGACAGAGAAGATAGGAGAGACAGAAATGAAATATAGATAGATGAGAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133154	AGAGACAGAGAAGATAGGAGAGACAGAAATGAAATATAGATAGATGAGAT	133203

CU442702.10	951	AAAGATAAAGTTAGAGACATGTAATGTAGATATAGGTAGGGGGAGGGAGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133204	AAAGATAAAGTTAGAGACATGTAATGTAGATATAGGTAGGGGGAGGGAGG	133253

CU442702.10	1001	GAGGAAGGAAGGAAGGGAGGGACGGAGGGAGGGAGGGAAAGAGAGAGAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133254	GAGGAAGGAAGGAAGGGAGGGACGGAGGGAGGGAGGGAAAGAGAGAGAGA	133303

CU442702.10	1051	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGATAGATAATCTCTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133304	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGATAGATAATCTCTC	133353

CU442702.10	1101	CTAGAGTTTCTGGTTACAGATATCTATGGAAAGTGAATTTCTGGTAGCAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133354	CTAGAGTTTCTGGTTACAGATATCTATGGAAAGTGAATTTCTGGTAGCAG	133403

CU442702.10	1151	ATATATATGGAAAGTTGCACCCAAATCCATGACACAACATCCCAACATGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133404	ATATATATGGAAAGTTGCACCCAAATCCATGACACAACATCCCAACATGC	133453

CU442702.10	1201	ACATCTGATCATGTGCTCAGGGCACACTCAGGTCCCAACAGGGAGACATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133454	ACATCTGATCATGTGCTCAGGGCACACTCAGGTCCCAACAGGGAGACATG	133503

CU442702.10	1251	TGCAGAACTCAGTTTTGTCCTAAATTTCCCTTCTAGAGCAGGTATCTTTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133504	TGCAGAACTCAGTTTTGTCCTAAATTTCCCTTCTAGAGCAGGTATCTTTA	133553

CU442702.10	1301	GCAGAAATTCTTAATCCAAGCTGTACAGTAAAATCATATACAAGGATTCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133554	GCAGAAATTCTTAATCCAAGCTGTACAGTAAAATCATATACAAGGATTCC	133603

CU442702.10	1351	TTTTTTTCTTTTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133604	TTTTTTTCTTTTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCC	133653

CU442702.10	1401	TTCCTTCCTTTCTTTCTTTTTTCTTTCTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133654	TTCCTTCCTTTCTTTCTTTTTTCTTTCTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTT	133703

CU442702.10	1451	TCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTCTCTTATGTGTAATTTCTACACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133704	TCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTCTCTTATGTGTAATTTCTACACA	133753

CU442702.10	1501	GTAGCATCTTTTGAGACATTCCTCTCATGTGATTCAAATGTGTGTCCTGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133754	GTAGCATCTTTTGAGACATTCCTCTCATGTGATTCAAATGTGTGTCCTGG	133803

CU442702.10	1551	GTTACTATCATATTCACTCATTCAGAAGAAATCCTCTTAGCAGCCATTAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133804	GTTACTATCATATTCACTCATTCAGAAGAAATCCTCTTAGCAGCCATTAG	133853

CU442702.10	1601	ATTCCTAGAACTGCCCTGCATCTGAAGTTTCTGAAGGCATAGAAAATCCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133854	ATTCCTAGAACTGCCCTGCATCTGAAGTTTCTGAAGGCATAGAAAATCCA	133903

CU442702.10	1651	GTTCACTTCCAGGAGACAAACATGCAGGTAAGTGAGTGCAGCAAGTGCTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133904	GTTCACTTCCAGGAGACAAACATGCAGGTAAGTGAGTGCAGCAAGTGCTG	133953

CU442702.10	1701	TATAAGTGCTGGGAGGGTCTATAGGCAGCAAGTGGGGAGATATGGATGGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	133954	TATAAGTGCTGGGAGGGTCTATAGGCAGCAAGTGGGGAGATATGGATGGT	134003

CU442702.10	1751	TGGTACCATTCAAAGAAGGCCAAGCAAGTCATTGTGAAAGAGAAGATTAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	134004	TGGTACCATTCAAAGAAGGCCAAGCAAGTCATTGTGAAAGAGAAGATTAT	134053

CU442702.10	1801	GCTTGGGTCCAATATTAAGTAATGGAGACATGTCACTGGGGGCTAAAAGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	134054	GCTTGGGTCCAATATTAAGTAATGGAGACATGTCACTGGGGGCTAAAAGA	134103

CU442702.10	1851	TGAAGAATTACTATAAAAGGGATATATCAAAACAGAAGGCCATGGGGGCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	134104	TGAAGAATTACTATAAAAGGGATATATCAAAACAGAAGGCCATGGGGGCT	134153

CU442702.10	1901	AAAAGATGAAGAATTACTATAAAAGGGATATATCAAAACAGAAGGCCAAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	134154	AAAAGATGAAGAATTACTATAAAAGGGATATATCAAAACAGAAGGCCAAG	134203

CU442702.10	1951	GATGTGATATCAGAAAGTGAAGTATAAGTCAGAAGAAAATGTATGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406968.7	134204	GATGTGATATCAGAAAGTGAAGTATAAGTCAGAAGAAAATGTATGAATTC	134253

Overview

Query
CU442702.10 - 144047 bps
Hit
CU406968.7 - 134253 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link