<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU442701.7	1	CTCACAGAGCATCCCTGATGCTGTCCTGTACCCTCTCCCTCAGTGCTGCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242207	CTCACAGAGCATCCCTGATGCTGTCCTGTACCCTCTCCCTCAGTGCTGCC	242256

CU442701.7	51	TCCTGCTGCCGCTGCTTGCCTCCAGCCACACAGCTAGATCCAGGTTTTCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242257	TCCTGCTGCCGCTGCTTGCCTCCAGCCACACAGCTAGATCCAGGTTTTCT	242306

CU442701.7	101	TTGGTTCTTCTCGTCTATTCCTGCCCCTAGAACATTGTCTCCAGCTCCCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242307	TTGGTTCTTCTCGTCTATTCCTGCCCCTAGAACATTGTCTCCAGCTCCCA	242356

CU442701.7	151	CCCAGCCTTCCCATCTCACCCCAAAACTTCACCTCACAAATCCATCAGAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242357	CCCAGCCTTCCCATCTCACCCCAAAACTTCACCTCACAAATCCATCAGAT	242406

CU442701.7	201	TGCTGAGTCCAAGGGCTTCCTAAACTTTCTTCGCTTTTTTCTTCAGGGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242407	TGCTGAGTCCAAGGGCTTCCTAAACTTTCTTCGCTTTTTTCTTCAGGGAG	242456

CU442701.7	251	CCGGCGCCAGCCCGGTGGCCTTATGTGTCAATTGCCCACTTTATTGTTTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242457	CCGGCGCCAGCCCGGTGGCCTTATGTGTCAATTGCCCACTTTATTGTTTG	242506

CU442701.7	301	AACGCTGAACAGGACCTTCCATGTCTTGTTCTTTCTCTTGAGCACTTATC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242507	AACGCTGAACAGGACCTTCCATGTCTTGTTCTTTCTCTTGAGCACTTATC	242556

CU442701.7	351	GCCGAGCTCAGAGAATACAGGGTAAGCAGGCGATGGGTTGTGCCAAGTAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242557	GCCGAGCTCAGAGAATACAGGGTAAGCAGGCGATGGGTTGTGCCAAGTAT	242606

CU442701.7	401	ATGTATGTGTGGATGGGTAACGAGGAAGACAGATGGGTGGATAGATGGAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242607	ATGTATGTGTGGATGGGTAACGAGGAAGACAGATGGGTGGATAGATGGAT	242656

CU442701.7	451	GGGAGGGTGAATGGATAGGTGGGTGGAAGGCTGGCTAGGAGTTTATATAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242657	GGGAGGGTGAATGGATAGGTGGGTGGAAGGCTGGCTAGGAGTTTATATAG	242706

CU442701.7	501	TGACCTCACTTAAGCTAATATCACCATCATGGGAGGCACAGGACCAGGGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242707	TGACCTCACTTAAGCTAATATCACCATCATGGGAGGCACAGGACCAGGGG	242756

CU442701.7	551	ATTCTGGAAAAAAAGTTGCTAGAATCCACAGCTGTGCCCTCTACTTAGAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242757	ATTCTGGAAAAAAAGTTGCTAGAATCCACAGCTGTGCCCTCTACTTAGAG	242806

CU442701.7	601	ATAGGTACTCACAAGCTCTTTGGGAGTCTGACGTATTGTCCTGGATTCCG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242807	ATAGGTACTCACAAGCTCTTTGGGAGTCTGACGTATTGTCCTGGATTCCG	242856

CU442701.7	651	TTCATCCCAACACTGGTTTCCTTGGGGACAAGGAGCGTTAGACATCACCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242857	TTCATCCCAACACTGGTTTCCTTGGGGACAAGGAGCGTTAGACATCACCT	242906

CU442701.7	701	AAAAGTTGACATAATAGTTCATCTGATGATTAAGCAAGGTCTTCTCTTAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242907	AAAAGTTGACATAATAGTTCATCTGATGATTAAGCAAGGTCTTCTCTTAA	242956

CU442701.7	751	AAATGCACCTACTTGGGCTGGAGAGATGACTCAGCAGTTAAAAGCACTGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	242957	AAATGCACCTACTTGGGCTGGAGAGATGACTCAGCAGTTAAAAGCACTGA	243006

CU442701.7	801	CTGTTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243007	CTGTTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCT	243056

CU442701.7	851	CACAACCATCTGCAATGGAATCTGATGTCTTCTTCTGGTGTGTCTGAAGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243057	CACAACCATCTGCAATGGAATCTGATGTCTTCTTCTGGTGTGTCTGAAGA	243106

CU442701.7	901	CAGTGACGGTGTACTCATATACATTAAATAAATAAATCTTAAAAAAAACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243107	CAGTGACGGTGTACTCATATACATTAAATAAATAAATCTTAAAAAAAACA	243156

CU442701.7	951	TACCCAGGGCTAGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243157	TACCCAGGGCTAGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTT	243206

CU442701.7	1001	CCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGTAACCACATGGTGGCTCACAACCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243207	CCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGTAACCACATGGTGGCTCACAACCA	243256

CU442701.7	1051	TCCGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGGATGTCTGAAGACAGCTACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243257	TCCGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGGATGTCTGAAGACAGCTACA	243306

CU442701.7	1101	GTGTGCTTACATATAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAACAAATC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243307	GTGTGCTTACATATAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAACAAATC	243356

CU442701.7	1151	TTTAAAAAAAAAACACCCACTCGTTGTGGAAGACACAGCTGGTTGCCTGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243357	TTTAAAAAAAAAACACCCACTCGTTGTGGAAGACACAGCTGGTTGCCTGT	243406

CU442701.7	1201	CTTTGCTTGGGTATGAATCCCCTGGTGGTTCCAATATCGGGAGGCCTGTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243407	CTTTGCTTGGGTATGAATCCCCTGGTGGTTCCAATATCGGGAGGCCTGTG	243456

CU442701.7	1251	TATCAGGGGAACTGGCTTGAGTGTGGTCCAGGAAGAGAAGTATGGCTGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243457	TATCAGGGGAACTGGCTTGAGTGTGGTCCAGGAAGAGAAGTATGGCTGTG	243506

CU442701.7	1301	AAAGCCAACTTTGGGTTGGAAACCAACTGTGGTTGGGTTAGAGCCAGCTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243507	AAAGCCAACTTTGGGTTGGAAACCAACTGTGGTTGGGTTAGAGCCAGCTA	243556

CU442701.7	1351	TAGGTTAGAAATGGCAGCCGGGCGTGGTGGCACACGCCTTTAATTCCAGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243557	TAGGTTAGAAATGGCAGCCGGGCGTGGTGGCACACGCCTTTAATTCCAGC	243606

CU442701.7	1401	ACTCGGGAGGCAGAGGCAGACGGATTTCTGAGTTTGAGGGCCAGCCTGGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243607	ACTCGGGAGGCAGAGGCAGACGGATTTCTGAGTTTGAGGGCCAGCCTGGT	243656

CU442701.7	1451	CTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAAAACCGTCTCAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243657	CTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAAAACCGTCTCAA	243706

CU442701.7	1501	AAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243707	AAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAA	243756

CU442701.7	1551	GGAAGGGCTGGGAATGCCATTTTAACAGGACACAAAGAGTTCTCAGTTTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243757	GGAAGGGCTGGGAATGCCATTTTAACAGGACACAAAGAGTTCTCAGTTTC	243806

CU442701.7	1601	TTAGGGTTTTGTAGCTTCACAAAGAAGTGACAAGGAAAGATGGGCGTGGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243807	TTAGGGTTTTGTAGCTTCACAAAGAAGTGACAAGGAAAGATGGGCGTGGG	243856

CU442701.7	1651	TGTTATCTCTAATCCCCAAGGGAATGGGGTTTATACAATTGACAGAGGTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243857	TGTTATCTCTAATCCCCAAGGGAATGGGGTTTATACAATTGACAGAGGTG	243906

CU442701.7	1701	ACACTTATGAATTGCAATGTATGTATTTCTTCCAGTGGTCTTAGGAGACC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243907	ACACTTATGAATTGCAATGTATGTATTTCTTCCAGTGGTCTTAGGAGACC	243956

CU442701.7	1751	TCTGTGAAAGGGTCATTCAATCCCCAAAGAAGTAGCCATTCACAGGTTGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	243957	TCTGTGAAAGGGTCATTCAATCCCCAAAGAAGTAGCCATTCACAGGTTGA	244006

CU442701.7	1801	AAGCCCCTGCTTTAAGGCATACCACTTAAGAGCTTCAACCCTTTCTGACT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	244007	AAGCCCCTGCTTTAAGGCATACCACTTAAGAGCTTCAACCCTTTCTGACT	244056

CU442701.7	1851	GACTGAACTGGACTCTCAGAGGGGTGTAAGATTGCCTGGGTCTCTGTAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	244057	GACTGAACTGGACTCTCAGAGGGGTGTAAGATTGCCTGGGTCTCTGTAAA	244106

CU442701.7	1901	GTCGCCACATCCCTCATGTCTCCCTGTCTTGTTGAGTCGCAGAGAAGCTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	244107	GTCGCCACATCCCTCATGTCTCCCTGTCTTGTTGAGTCGCAGAGAAGCTG	244156

CU442701.7	1951	TGACAAGTTGAAAGAGACTGGGGCAGAGGACCCTGCTCACGATAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406964.19	244157	TGACAAGTTGAAAGAGACTGGGGCAGAGGACCCTGCTCACGATAGAATTC	244206

Overview

Query
CU442701.7 - 119782 bps
Hit
CU406964.19 - 244206 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link