<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU424488.5	1	GTAATGATTGGTGTTGATTCTCAACTTGACAGGCTCTGGACTTACCTAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	163451	GTAATGATTGGTGTTGATTCTCAACTTGACAGGCTCTGGACTTACCTAAG	163500

CU424488.5	51	AGACAAGCCTTCATCTTATCTGAGAGGGATTATCTTTTTTTTCTCTACAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	163501	AGACAAGCCTTCATCTTATCTGAGAGGGATTATCTTTTTTTTCTCTACAT	163550

CU424488.5	101	AATTTTTTTAATTCACTTTACATCCCAATCACAGCCCAACCTCCCTGCTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	163551	AATTTTTTTAATTCACTTTACATCCCAATCACAGCCCAACCTCCCTGCTC	163600

CU424488.5	151	TCTTCCTAGTCCCACCTATACAAATCCTTTAACCTATTACCCCCTCCACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	163601	TCTTCCTAGTCCCACCTATACAAATCCTTTAACCTATTACCCCCTCCACT	163650

CU424488.5	201	TCTCCTCAGAGAAGGGGAAGCCCCCCTTGTGTACCACCCTACCCTGGGAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	163651	TCTCCTCAGAGAAGGGGAAGCCCCCCTTGTGTACCACCCTACCCTGGGAT	163700

CU424488.5	251	ATCTTGTTCCAGCAGGAATAAGCACATCTTCTCCCACTGGAGTCCAACCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	163701	ATCTTGTTCCAGCAGGAATAAGCACATCTTCTCCCACTGGAGTCCAACCA	163750

CU424488.5	301	GGCAGTCCATGTAAGGGAAGGGGATCGAACGGCAGACAATAGAGTTAGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	163751	GGCAGTCCATGTAAGGGAAGGGGATCGAACGGCAGACAATAGAGTTAGAG	163800

CU424488.5	351	ATAGCCCCAGCTCCAATTGTTAAGAAACCCACATAAAGACCCAAGTTCCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	163801	ATAGCCCCAGCTCCAATTGTTAAGAAACCCACATAAAGACCCAAGTTCCA	163850

CU424488.5	401	CATCTGCTACATACATATGGATATATGTATCTCCATATGGAGCCTAGGTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	163851	CATCTGCTACATACATATGGATATATGTATCTCCATATGGAGCCTAGGTC	163900

CU424488.5	451	CAGCCTCTGAATGCTCTTTGGTTGGTGGTTCAGTCTCTTTGAGTTTCCAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	163901	CAGCCTCTGAATGCTCTTTGGTTGGTGGTTCAGTCTCTTTGAGTTTCCAT	163950

CU424488.5	501	GGTACCAGGTTAATTGACTCTGTAAGTCTTTTAGTGGTGTTCTTGACCCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	163951	GGTACCAGGTTAATTGACTCTGTAAGTCTTTTAGTGGTGTTCTTGACCCC	164000

CU424488.5	551	TCTGGCTTATTCAATTCTGTTCCCCACTCTTCCACAAGACTCCTTGACCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164001	TCTGGCTTATTCAATTCTGTTCCCCACTCTTCCACAAGACTCCTTGACCT	164050

CU424488.5	601	CCATCTGATATCACTACTGAGCATATACCCAAGACATGTCCCACTATACC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164051	CCATCTGATATCACTACTGAGCATATACCCAAGACATGTCCCACTATACC	164100

CU424488.5	651	ACAGGGACACTTCCTCAACTATGTTCACAGCAGCTTCATTCATATTAGTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164101	ACAGGGACACTTCCTCAACTATGTTCACAGCAGCTTCATTCATATTAGTC	164150

CU424488.5	701	ATAAAGTGAAAACAACCTAGATGTTCCTCAACTGAAGAATGAATAAAGAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164151	ATAAAGTGAAAACAACCTAGATGTTCCTCAACTGAAGAATGAATAAAGAA	164200

CU424488.5	751	AACATGGTACATCTAGACAATGGAATACTGTTTAGCTATTAAAATCAAAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164201	AACATGGTACATCTAGACAATGGAATACTGTTTAGCTATTAAAATCAAAG	164250

CU424488.5	801	ACATCATGAAATATGCAGGCAAATGGATGGAACCTGAAAATATCATTCTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164251	ACATCATGAAATATGCAGGCAAATGGATGGAACCTGAAAATATCATTCTG	164300

CU424488.5	851	AATGAGGTAACACAGACCCAGAAAGACACATATGGTATGTACTCACTTAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164301	AATGAGGTAACACAGACCCAGAAAGACACATATGGTATGTACTCACTTAT	164350

CU424488.5	901	AAATGGACAATAGCCATAAAGTGCAACATAACCATGCTACAGTTCACAGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164351	AAATGGACAATAGCCATAAAGTGCAACATAACCATGCTACAGTTCACAGA	164400

CU424488.5	951	CACAAAAAAATTAGGCTATATGGAGGGCCCAAGAGAAGATGTGTGAATCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164401	CACAAAAAAATTAGGCTATATGGAGGGCCCAAGAGAAGATGTGTGAATCT	164450

CU424488.5	1001	CACTTAGAAGGGGAAGCAAAATAGTCACCAGAGGTGGATGAAGAGAGGAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164451	CACTTAGAAGGGGAAGCAAAATAGTCACCAGAGGTGGATGAAGAGAGGAA	164500

CU424488.5	1051	ACTGGGTGGGAGAGGGGGTGAGTAAGTGTATGGGCATGGTGATCAGGTGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164501	ACTGGGTGGGAGAGGGGGTGAGTAAGTGTATGGGCATGGTGATCAGGTGT	164550

CU424488.5	1101	TGGGGGAGAGGTGTGGGAGAGAGCTATCCAATTAAATGGCTTAAAATAAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164551	TGGGGGAGAGGTGTGGGAGAGAGCTATCCAATTAAATGGCTTAAAATAAC	164600

CU424488.5	1151	TTTCATTAAATTTGTTCTTTGACTATTTTACACATGAATATAATATATAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164601	TTTCATTAAATTTGTTCTTTGACTATTTTACACATGAATATAATATATAT	164650

CU424488.5	1201	ATATGTGTGTGTGTATATATATATGTATATATATATATATATATATATAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164651	ATATGTGTGTGTGTATATATATATGTATATATATATATATATATATATAT	164700

CU424488.5	1251	ATATATATATATATATCCCTCCTGCTCTCATCTCCCTTTTATTCTTATTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164701	ATATATATATATATATCCCTCCTGCTCTCATCTCCCTTTTATTCTTATTA	164750

CU424488.5	1301	TCTCTGCTTCCCCCTAAGATTCTCTCTTGCATGTCCATGTCCTTCTGTTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164751	TCTCTGCTTCCCCCTAAGATTCTCTCTTGCATGTCCATGTCCTTCTGTTA	164800

CU424488.5	1351	TGCTATGTTTTGTGTTATTGATTATCTAACAACAGATCGTGTACTGTTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164801	TGCTATGTTTTGTGTTATTGATTATCTAACAACAGATCGTGTACTGTTGT	164850

CU424488.5	1401	AAAGTACATAATTATAGACAGACTTAGTAATTTTAATTCCTTGTAAATCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164851	AAAGTACATAATTATAGACAGACTTAGTAATTTTAATTCCTTGTAAATCA	164900

CU424488.5	1451	ATGCTGTTATTGTTAGAGAAACAGCCATGGAGTTGTATTTTATTTCTGAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164901	ATGCTGTTATTGTTAGAGAAACAGCCATGGAGTTGTATTTTATTTCTGAG	164950

CU424488.5	1501	CACATCTATGTTTCGGACTTAATTTATTTTGTCCAGCTAAAGCAGGAACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	164951	CACATCTATGTTTCGGACTTAATTTATTTTGTCCAGCTAAAGCAGGAACA	165000

CU424488.5	1551	CGAGATAAAGGGGCAGAGGTAACTGATGCCAATGACTGGCCATAGATGGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	165001	CGAGATAAAGGGGCAGAGGTAACTGATGCCAATGACTGGCCATAGATGGT	165050

CU424488.5	1601	CCATGAGAGCTGAGTAACTGATTCACTCAGCAGTAATCTAATGAACCTTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	165051	CCATGAGAGCTGAGTAACTGATTCACTCAGCAGTAATCTAATGAACCTTT	165100

CU424488.5	1651	TTCCTAAGATGTAGCCCAAAGTACCTGGATTAAACACAGATTTCCCCAGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	165101	TTCCTAAGATGTAGCCCAAAGTACCTGGATTAAACACAGATTTCCCCAGT	165150

CU424488.5	1701	TTGTTATTCTTTCTTCCTTGAGAAGAAGGCACCAGTTTTCCCACTGAACA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	165151	TTGTTATTCTTTCTTCCTTGAGAAGAAGGCACCAGTTTTCCCACTGAACA	165200

CU424488.5	1751	TCCTAAATCGCTATGTAAATTACTATTTTAGAAATGTACATGAACTCTGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	165201	TCCTAAATCGCTATGTAAATTACTATTTTAGAAATGTACATGAACTCTGA	165250

CU424488.5	1801	AACTGAACCTGTTTAACTTGAACATTGCATTTAAGAGAATAGAGTAGATC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	165251	AACTGAACCTGTTTAACTTGAACATTGCATTTAAGAGAATAGAGTAGATC	165300

CU424488.5	1851	CTAAACTGTTTCTGTTAAGCGAACTCCATGCAGGTAACCAGAGAACCAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	165301	CTAAACTGTTTCTGTTAAGCGAACTCCATGCAGGTAACCAGAGAACCAAA	165350

CU424488.5	1901	CTTCCCTGAATAAATGACTCTCTGAAATTTTGCTTATTTTCTTGAATACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	165351	CTTCCCTGAATAAATGACTCTCTGAAATTTTGCTTATTTTCTTGAATACA	165400

CU424488.5	1951	TATCTTCCCTGAAAAATGGAAGATGTAGTCGGTAAAGAATCTTTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406962.8	165401	TATCTTCCCTGAAAAATGGAAGATGTAGTCGGTAAAGAATCTTTGAATTC	165450

Overview

Query
CU424488.5 - 32377 bps
Hit
CU406962.8 - 165450 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link