<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU407309.9	1	GGAGGGGATTGTGTCCGAGGAGGAGGAGTTCCAGGAGGAAGCCGATGCCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	235523	GGAGGGGATTGTGTCCGAGGAGGAGGAGTTCCAGGAGGAAGCCGATGCCC	235572

CU407309.9	51	TGGGGTCCTTTCTAGAAATGGAATGTCTTCACCTTTGGTTCACACAAAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	235573	TGGGGTCCTTTCTAGAAATGGAATGTCTTCACCTTTGGTTCACACAAAGT	235622

CU407309.9	101	TGGGCAAGTGGGAGGCCCCTACGATGAGTAACAGCAGCCCCCCCCCCCCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	235623	TGGGCAAGTGGGAGGCCCCTACGATGAGTAACAGCAGCCCCCCCCCCCCC	235672

CU407309.9	151	ACGCCATGGCTGGAGGAGGCAGAGGGGGACCCAGGCACTATCTAGGTCAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	235673	ACGCCATGGCTGGAGGAGGCAGAGGGGGACCCAGGCACTATCTAGGTCAC	235722

CU407309.9	201	CCCAGTGGGTCACCCCTACCCCCCACCCCACCCCAGCATACCACGTGGTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	235723	CCCAGTGGGTCACCCCTACCCCCCACCCCACCCCAGCATACCACGTGGTT	235772

CU407309.9	251	GGTTTTTCCCTCTCTACACGGGTGCAGGAAGGCCCAACCAACAAAGAGCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	235773	GGTTTTTCCCTCTCTACACGGGTGCAGGAAGGCCCAACCAACAAAGAGCC	235822

CU407309.9	301	CACTGGGGTTTCATTTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	235823	CACTGGGGTTTCATTTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTC	235872

CU407309.9	351	TTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTTTTTAAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	235873	TTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTTTTTAAAA	235922

CU407309.9	401	GATTTATTTATTTATTATATGCAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	235923	GATTTATTTATTTATTATATGCAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACT	235972

CU407309.9	451	CCAGAAGAGGGAGTCAGAAGACTTGTTACGGATAGTTGTGAGCCACAATG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	235973	CCAGAAGAGGGAGTCAGAAGACTTGTTACGGATAGTTGTGAGCCACAATG	236022

CU407309.9	501	TGGTTCCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAGTTGGTGCTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236023	TGGTTCCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAGTTGGTGCTCT	236072

CU407309.9	551	TAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236073	TAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTC	236122

CU407309.9	601	TCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236123	TCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTC	236172

CU407309.9	651	TCTTCTCTTCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236173	TCTTCTCTTCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCC	236222

CU407309.9	701	TTTCCCTTCCCTTCCCTTCCTTTCCTCTTCTTTTCTCTGTTCTTTCTTCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236223	TTTCCCTTCCCTTCCCTTCCTTTCCTCTTCTTTTCTCTGTTCTTTCTTCC	236272

CU407309.9	751	TTCTTTCCCTTTTTCTCCTCCTCCTCCCCCTCCTCCCCCTCCTCTTCCTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236273	TTCTTTCCCTTTTTCTCCTCCTCCTCCCCCTCCTCCCCCTCCTCTTCCTC	236322

CU407309.9	801	CTCTTCTTCCTTCTCTTCCTCTCTCTCCTCTTCCTTCTCCCACTGACCTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236323	CTCTTCTTCCTTCTCTTCCTCTCTCTCCTCTTCCTTCTCCCACTGACCTT	236372

CU407309.9	851	GAAGCCCTCAACAATTTACCTGCCCCTACCTCCGAAGTGTTGGGATTAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236373	GAAGCCCTCAACAATTTACCTGCCCCTACCTCCGAAGTGTTGGGATTAAA	236422

CU407309.9	901	AGCATGGCTACACACCCACTCCTTATGTGCTTTGGACCTTCTGCACAGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236423	AGCATGGCTACACACCCACTCCTTATGTGCTTTGGACCTTCTGCACAGAG	236472

CU407309.9	951	CCTTCCAGTGGGGTGAGAGGGTGACCAATTTTGGCTAAAGTCTAGTCAGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236473	CCTTCCAGTGGGGTGAGAGGGTGACCAATTTTGGCTAAAGTCTAGTCAGG	236522

CU407309.9	1001	CTTCAGAATCTTCTATACCTAGTCATTGCCTTCCTTGTAAAACCTAGTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236523	CTTCAGAATCTTCTATACCTAGTCATTGCCTTCCTTGTAAAACCTAGTTT	236572

CU407309.9	1051	TCGTGAAAAGCCCCATTCAGTCGGTTTAGCAAGCTCCCTCTCCTAGACTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236573	TCGTGAAAAGCCCCATTCAGTCGGTTTAGCAAGCTCCCTCTCCTAGACTG	236622

CU407309.9	1101	GATCACCCTCAGTCATCCCGTGCAGCCCCTGAGGTGATGTCTGCTCACCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236623	GATCACCCTCAGTCATCCCGTGCAGCCCCTGAGGTGATGTCTGCTCACCT	236672

CU407309.9	1151	GGCCTGTCTCAACAGGCGTCTTGTCTGATCTGTTTAGACAAAGTCCCCCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236673	GGCCTGTCTCAACAGGCGTCTTGTCTGATCTGTTTAGACAAAGTCCCCCT	236722

CU407309.9	1201	ACCCCGGATTTTTCTTTCCTCTTAGTCATTTGCCATCCCCCTAACGCCCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236723	ACCCCGGATTTTTCTTTCCTCTTAGTCATTTGCCATCCCCCTAACGCCCA	236772

CU407309.9	1251	CCCTGCTGGGGCTCTTAAGACCCACTTGCTCTCATTGAACACTCTACAAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236773	CCCTGCTGGGGCTCTTAAGACCCACTTGCTCTCATTGAACACTCTACAAC	236822

CU407309.9	1301	AAGTCTCTGCACCAATAACTAATTCTGAATAAAGTCGGCCTTGCCTGCTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236823	AAGTCTCTGCACCAATAACTAATTCTGAATAAAGTCGGCCTTGCCTGCTT	236872

CU407309.9	1351	CAGCAAGTACTATTGAATAACAACAACAATAAATTATTATTATTATTATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236873	CAGCAAGTACTATTGAATAACAACAACAATAAATTATTATTATTATTATT	236922

CU407309.9	1401	ATTATTATTATTATTATTGGTGTTGGGATCAAATCCAAGCCTGCATATGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236923	ATTATTATTATTATTATTGGTGTTGGGATCAAATCCAAGCCTGCATATGT	236972

CU407309.9	1451	GATTAAGTAATTTAAAAACCAACAACAACAACAAAGCATTTAAACAAGGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	236973	GATTAAGTAATTTAAAAACCAACAACAACAACAAAGCATTTAAACAAGGT	237022

CU407309.9	1501	GTTTTTCTCTTTCCAATCCACCCACCTCAATACATTCATCATTTGTCTGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	237023	GTTTTTCTCTTTCCAATCCACCCACCTCAATACATTCATCATTTGTCTGA	237072

CU407309.9	1551	AACACTGGAAAACCAAAGCCAGCAATGGCTCCTTCTTTGTTGTGTTGCTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	237073	AACACTGGAAAACCAAAGCCAGCAATGGCTCCTTCTTTGTTGTGTTGCTT	237122

CU407309.9	1601	TGGGTTTTGAATTCAGGGTATCCCATACACTGAGCATCCACCCTCACCCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	237123	TGGGTTTTGAATTCAGGGTATCCCATACACTGAGCATCCACCCTCACCCC	237172

CU407309.9	1651	AACATGCTCCACAGAGTCACATTTTCAGCCCTGTGTCTTTTTAAAAACTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	237173	AACATGCTCCACAGAGTCACATTTTCAGCCCTGTGTCTTTTTAAAAACTA	237222

CU407309.9	1701	TTTCACTCATCTTCAGAGGTTTGGAAAAATAAAGGGGCTGGTGACCGAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	237223	TTTCACTCATCTTCAGAGGTTTGGAAAAATAAAGGGGCTGGTGACCGAAA	237272

CU407309.9	1751	GGCAGAGCTGGCTGAGCCCAGCCCAGCATGGAGCAGGGATAGAGCTTAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	237273	GGCAGAGCTGGCTGAGCCCAGCCCAGCATGGAGCAGGGATAGAGCTTAGG	237322

CU407309.9	1801	TCTCCTCTCCGTGGACCATGCCCGCTCTGTCTGTTCAGAGGCAGGTTGAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	237323	TCTCCTCTCCGTGGACCATGCCCGCTCTGTCTGTTCAGAGGCAGGTTGAA	237372

CU407309.9	1851	TGGTGCAGGGTGCGCAGTTAGACACCTGAAGCTCTGCGGCTCTTCCTTGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	237373	TGGTGCAGGGTGCGCAGTTAGACACCTGAAGCTCTGCGGCTCTTCCTTGG	237422

CU407309.9	1901	CTGTGATTCAGGTGCCTGAGAATGTGGCTCCTCCCCAGCTCCATGGGAGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	237423	CTGTGATTCAGGTGCCTGAGAATGTGGCTCCTCCCCAGCTCCATGGGAGC	237472

CU407309.9	1951	CACAACAGCCGGAAAGAACTGCAGTACTTTCCCAGCAGGTATTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406961.7	237473	CACAACAGCCGGAAAGAACTGCAGTACTTTCCCAGCAGGTATTGGAATTC	237522

Overview

Query
CU407309.9 - 142129 bps
Hit
CU406961.7 - 237522 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link