<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU407132.14	1	AAAGTCACTGTGGTTTTGACACATGAGAGACGCTTATAGCATCTATGTGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182216	AAAGTCACTGTGGTTTTGACACATGAGAGACGCTTATAGCATCTATGTGC	182265

CU407132.14	51	ACAAGAGCATTAAGCACTTTCACCAAAGCCACACAGCTAGACTGTCTGGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182266	ACAAGAGCATTAAGCACTTTCACCAAAGCCACACAGCTAGACTGTCTGGA	182315

CU407132.14	101	TCGAAACAGCTCCCTATGGAAGAGACTAAGTTCAGCCGTGCTTGGACCCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182316	TCGAAACAGCTCCCTATGGAAGAGACTAAGTTCAGCCGTGCTTGGACCCA	182365

CU407132.14	151	GTCTGTCCTGCGCATGCGTCCCGGATAATGGGCCGGGAATGACGTGCAGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182366	GTCTGTCCTGCGCATGCGTCCCGGATAATGGGCCGGGAATGACGTGCAGC	182415

CU407132.14	201	TTCATCTCTGCTTGGACACACTGCTGGCAAAGCTCGCATAAAAATTCTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182416	TTCATCTCTGCTTGGACACACTGCTGGCAAAGCTCGCATAAAAATTCTCT	182465

CU407132.14	251	TCTGGGCGTCTATTTATCGAAACATTTATATTTCAAATACTAATGCTTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182466	TCTGGGCGTCTATTTATCGAAACATTTATATTTCAAATACTAATGCTTTT	182515

CU407132.14	301	GAATTCTCCTCCCACTGGACAGTGATCTCTCCATGATGATCTGCGTCTCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182516	GAATTCTCCTCCCACTGGACAGTGATCTCTCCATGATGATCTGCGTCTCT	182565

CU407132.14	351	CTCATACTGACTGACGTCATTATTCACTCTGGACCAGGGTGAGGAGGTGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182566	CTCATACTGACTGACGTCATTATTCACTCTGGACCAGGGTGAGGAGGTGG	182615

CU407132.14	401	GAGAGAGTTACGCCACCACTCCACAGAGGCCCTACAGACTGTCAGGACAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182616	GAGAGAGTTACGCCACCACTCCACAGAGGCCCTACAGACTGTCAGGACAT	182665

CU407132.14	451	CTCTGTTCTGACCCTGGATTCATTTGTTCCTCTGTTCCCTTACTCTAACC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182666	CTCTGTTCTGACCCTGGATTCATTTGTTCCTCTGTTCCCTTACTCTAACC	182715

CU407132.14	501	TCTCCCCCACCCCACACACACCATATGTAATTGGATTGAGTGAGGTTTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182716	TCTCCCCCACCCCACACACACCATATGTAATTGGATTGAGTGAGGTTTTT	182765

CU407132.14	551	TTTTACATATAGTTACTATCTGCACCGTGAGGAAGTATTCACCACATCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182766	TTTTACATATAGTTACTATCTGCACCGTGAGGAAGTATTCACCACATCTG	182815

CU407132.14	601	CAGTTTTAGGGAGCTCCGATGGCATTGCATCATACACCTGGTTTTGAACC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182816	CAGTTTTAGGGAGCTCCGATGGCATTGCATCATACACCTGGTTTTGAACC	182865

CU407132.14	651	TCTAGTCTGTTGCTTTCGGTTATTCAATATGGTTCTGCTCTAACCATCCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182866	TCTAGTCTGTTGCTTTCGGTTATTCAATATGGTTCTGCTCTAACCATCCA	182915

CU407132.14	701	CTTGTCTCTACAGGTGCCTCTGGAGTACCTGGGGTGTGTCTGATTATCTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182916	CTTGTCTCTACAGGTGCCTCTGGAGTACCTGGGGTGTGTCTGATTATCTT	182965

CU407132.14	751	TGACTCTCTCATGTGGACCGGTATCTCTGGAATGCATGGATCCCGGGACG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	182966	TGACTCTCTCATGTGGACCGGTATCTCTGGAATGCATGGATCCCGGGACG	183015

CU407132.14	801	CAGTTGCAGGGAGCTGGGCACGTGGCTCCTTCCCTTGACCATGTGCTGCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183016	CAGTTGCAGGGAGCTGGGCACGTGGCTCCTTCCCTTGACCATGTGCTGCC	183065

CU407132.14	851	CATCATCACGGCTGTGTGGATCTCAGTTCCCAGACCTGAAGTTTCCTGCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183066	CATCATCACGGCTGTGTGGATCTCAGTTCCCAGACCTGAAGTTTCCTGCC	183115

CU407132.14	901	GTAGCCACGACCCCATCTTGTCTGCTTTCATGTGTGAAAAAGAACACGCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183116	GTAGCCACGACCCCATCTTGTCTGCTTTCATGTGTGAAAAAGAACACGCT	183165

CU407132.14	951	GCTGCTGTTCACGTTTCTTTAGTCAACTCTAGTTGTGACTATCTTCGCCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183166	GCTGCTGTTCACGTTTCTTTAGTCAACTCTAGTTGTGACTATCTTCGCCC	183215

CU407132.14	1001	GTACTCTTTTTGAAGCGCCATTGGTCTTGCTCTGATAGTTTCTGGCTTGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183216	GTACTCTTTTTGAAGCGCCATTGGTCTTGCTCTGATAGTTTCTGGCTTGC	183265

CU407132.14	1051	ATCCTTTGCCCATTTTTCGCCATTAGTGCTTCTGTGGGAAGCAGAAGGCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183266	ATCCTTTGCCCATTTTTCGCCATTAGTGCTTCTGTGGGAAGCAGAAGGCT	183315

CU407132.14	1101	GGGGTTTCCCCTGTCATCTTGCCGACGTCATCACCCAGCAGGGCTTTGTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183316	GGGGTTTCCCCTGTCATCTTGCCGACGTCATCACCCAGCAGGGCTTTGTC	183365

CU407132.14	1151	TCTCTCTGGATGTTTTCCTGCCAAACCAGGATGTTTTATGTGCTGCTAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183366	TCTCTCTGGATGTTTTCCTGCCAAACCAGGATGTTTTATGTGCTGCTAAC	183415

CU407132.14	1201	TCTGTCCCCGAGGTTCCAGGGAAGATAGATGTCTTAGTTAGGGTTTCGTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183416	TCTGTCCCCGAGGTTCCAGGGAAGATAGATGTCTTAGTTAGGGTTTCGTT	183465

CU407132.14	1251	GCTGTGAAGAGACACCGTGACTACAGGACAACATTTCATTGGGGCTGGCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183466	GCTGTGAAGAGACACCGTGACTACAGGACAACATTTCATTGGGGCTGGCT	183515

CU407132.14	1301	TTCAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATTATTATCATGGAGGGAACATGGCAGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183516	TTCAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATTATTATCATGGAGGGAACATGGCAGT	183565

CU407132.14	1351	GTGCAGACAGATGAGGGGCTGGTGGAGCCGAGAGTTCTACATCTAAATCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183566	GTGCAGACAGATGAGGGGCTGGTGGAGCCGAGAGTTCTACATCTAAATCT	183615

CU407132.14	1401	GAAGGCAGCCAGCAGGAGACTGCCTTCTGTGGTCAGCCAGGAGGGGACAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183616	GAAGGCAGCCAGCAGGAGACTGCCTTCTGTGGTCAGCCAGGAGGGGACAG	183665

CU407132.14	1451	GAATTGCACACTGGGCAGAGCTAGAACATAGGAGACCTGAAAGCCCACCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183666	GAATTGCACACTGGGCAGAGCTAGAACATAGGAGACCTGAAAGCCCACCC	183715

CU407132.14	1501	CTACAGTGATGCATTTCCTCCAACAAGGCCACACCTAATCTAACAAGGCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183716	CTACAGTGATGCATTTCCTCCAACAAGGCCACACCTAATCTAACAAGGCC	183765

CU407132.14	1551	ACACCTAATCCAACAAAGCCACACCTACTCCAACAAGGCCACACATACTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183766	ACACCTAATCCAACAAAGCCACACCTACTCCAACAAGGCCACACATACTA	183815

CU407132.14	1601	ATTGTGCCACTCCCGGGGTCAGACTTTCAAATATGTAAGTCAGTGGGGGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183816	ATTGTGCCACTCCCGGGGTCAGACTTTCAAATATGTAAGTCAGTGGGGGC	183865

CU407132.14	1651	CATTCCTATTCAAACCACAGTAGGTTTCTCACAGGGCAAAGGGGGAGGGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183866	CATTCCTATTCAAACCACAGTAGGTTTCTCACAGGGCAAAGGGGGAGGGA	183915

CU407132.14	1701	GACAAAAGCAAAAGCCCAGGGCTGCCTGCTGTCACCTCTCTCGCCATTCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183916	GACAAAAGCAAAAGCCCAGGGCTGCCTGCTGTCACCTCTCTCGCCATTCC	183965

CU407132.14	1751	TGCTCCCTGTCACCAGCCAGACTCACCCCCACCCCCATCCCAACCCCCCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	183966	TGCTCCCTGTCACCAGCCAGACTCACCCCCACCCCCATCCCAACCCCCCC	184015

CU407132.14	1801	TCCCCCTCCCACCTCACCACCTCTCACTCTCCTACCAAAACTTGCTGTCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	184016	TCCCCCTCCCACCTCACCACCTCTCACTCTCCTACCAAAACTTGCTGTCT	184065

CU407132.14	1851	CCTGTGTGCAGAAGTCTGGGACTTCTCCTAGCTTGTAGCCTTATAATGAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	184066	CCTGTGTGCAGAAGTCTGGGACTTCTCCTAGCTTGTAGCCTTATAATGAG	184115

CU407132.14	1901	AAGCCTGTCCTGTCCTGTCTGTCTGTCTATCCTTCCTTTTTTTTTTTTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	184116	AAGCCTGTCCTGTCCTGTCTGTCTGTCTATCCTTCCTTTTTTTTTTTTTT	184165

CU407132.14	1951	TTTCTTGGACAGACTTTCACTATGTAGCCCAGTAGGCTGGTTTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406960.9	184166	TTTCTTGGACAGACTTTCACTATGTAGCCCAGTAGGCTGGTTTGGAATTC	184215

Overview

Query
CU407132.14 - 106282 bps
Hit
CU406960.9 - 184215 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link