<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU442761.5	1	TTCCACAAGATGGCTATTTTTACTATACTAATTCTGTCAATCTAGGAGCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	164723	TTCCACAAGATGGCTATTTTTACTATACTAATTCTGTCAATCTAGGAGCA	164772

CU442761.5	51	TGGGAGATCTTTCCATCTTCTGAGATCTTTGCTTTCTTTCTTCAGAGACT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	164773	TGGGAGATCTTTCCATCTTCTGAGATCTTTGCTTTCTTTCTTCAGAGACT	164822

CU442761.5	101	TGCTTGGTTCGAGTCACACCAAGGTGTTTTATTTTATTTTTGACTATCAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	164823	TGCTTGGTTCGAGTCACACCAAGGTGTTTTATTTTATTTTTGACTATCAT	164872

CU442761.5	151	GAAGGGTGTCATTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGTTTTTCCTTTCAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	164873	GAAGGGTGTCATTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGTTTTTCCTTTCAAA	164922

CU442761.5	201	AGGAAAAATTTTAGTTGTTCAAACTTCCAAAAAATTAAAGCTAAAATAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	164923	AGGAAAAATTTTAGTTGTTCAAACTTCCAAAAAATTAAAGCTAAAATAAA	164972

CU442761.5	251	GCTCTGTTGTTATCACTCATGTTTATTTATTGTGATGGGTGTTCTGTTCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	164973	GCTCTGTTGTTATCACTCATGTTTATTTATTGTGATGGGTGTTCTGTTCC	165022

CU442761.5	301	ACAGAGAAATAAGCTAGTTTTACACACTATACTTGTTTTCTGTAACCTTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165023	ACAGAGAAATAAGCTAGTTTTACACACTATACTTGTTTTCTGTAACCTTG	165072

CU442761.5	351	CAAATTTTTGTGTTAGTCTTATCTGGTGAATGCACAAGAAAAAGATCCAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165073	CAAATTTTTGTGTTAGTCTTATCTGGTGAATGCACAAGAAAAAGATCCAT	165122

CU442761.5	401	TACAAGTCAAGAAGAGAGGTATCAGTCAGAAGATAAGAAGTTCTGCTGGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165123	TACAAGTCAAGAAGAGAGGTATCAGTCAGAAGATAAGAAGTTCTGCTGGC	165172

CU442761.5	451	ATGGAATCTTGTGCTTTTAGCATCTGCTAAAAGCTGAGAAACACACTGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165173	ATGGAATCTTGTGCTTTTAGCATCTGCTAAAAGCTGAGAAACACACTGCC	165222

CU442761.5	501	TAATATCACAGACTTGAGCAATAAGTTTGGATGAATATTTTAATCTGTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165223	TAATATCACAGACTTGAGCAATAAGTTTGGATGAATATTTTAATCTGTTT	165272

CU442761.5	551	GTGGTTTAATTCATCATTTATACCATGGAAATATTAAGTGCTCCACATTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165273	GTGGTTTAATTCATCATTTATACCATGGAAATATTAAGTGCTCCACATTC	165322

CU442761.5	601	TAGAATTATGACGATAAGTGAATCACTGCATGTTGCCATAATGGCTTGGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165323	TAGAATTATGACGATAAGTGAATCACTGCATGTTGCCATAATGGCTTGGA	165372

CU442761.5	651	TTTAGTGCCACTCTAAGGCTTGGGTGTTGAACTTGTGACACAGAATGAAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165373	TTTAGTGCCACTCTAAGGCTTGGGTGTTGAACTTGTGACACAGAATGAAG	165422

CU442761.5	701	CAGTGTACACTGACTGGGCCTTTGGGAGGTGATTGGAAAATGGTGTTTCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165423	CAGTGTACACTGACTGGGCCTTTGGGAGGTGATTGGAAAATGGTGTTTCT	165472

CU442761.5	751	TATCTCATCAGTATATTGATTTATTTATTGAAAGGCTATCAAAAGATGGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165473	TATCTCATCAGTATATTGATTTATTTATTGAAAGGCTATCAAAAGATGGT	165522

CU442761.5	801	AGCACACTCAGGATTTGGGGCTTGGTGAGAAGTGGTCATTGGGATATGCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165523	AGCACACTCAGGATTTGGGGCTTGGTGAGAAGTGGTCATTGGGATATGCT	165572

CU442761.5	851	ACTGAAGCTTATTTTGTCCTGTGCCCTACTCTCTCTCTTTACTTCTTGGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165573	ACTGAAGCTTATTTTGTCCTGTGCCCTACTCTCTCTCTTTACTTCTTGGC	165622

CU442761.5	901	TACCCTGAAGAAGGCAACTTTGCTGCATAATGTTTTCTCCAGCCCTGCCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165623	TACCCTGAAGAAGGCAACTTTGCTGCATAATGTTTTCTCCAGCCCTGCCT	165672

CU442761.5	951	TCTCAGAGGTCAGAAACAAGGAAAATAAATGATGAGAAACTGAAGACATA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165673	TCTCAGAGGTCAGAAACAAGGAAAATAAATGATGAGAAACTGAAGACATA	165722

CU442761.5	1001	TGCAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAATCATCCTTTTAGGTGTTTGCAATCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165723	TGCAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAATCATCCTTTTAGGTGTTTGCAATCT	165772

CU442761.5	1051	CAACTATTGTGTTACAGCTACAATAAGCTAAGAGATACAGTTATTTAACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165773	CAACTATTGTGTTACAGCTACAATAAGCTAAGAGATACAGTTATTTAACA	165822

CU442761.5	1101	GAATGCTTGGCTCAGGGGCTAGGAGATGACCACTGTTGTCTTTATCAGGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165823	GAATGCTTGGCTCAGGGGCTAGGAGATGACCACTGTTGTCTTTATCAGGG	165872

CU442761.5	1151	AATTCATGTTCTATCCCCAAATATATATCATAGCTTACAACCATCTGCAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165873	AATTCATGTTCTATCCCCAAATATATATCATAGCTTACAACCATCTGCAA	165922

CU442761.5	1201	CGTTAATCTCAAGAGATACAACAATATCTTCTGGCTTTCCTGGACACTGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165923	CGTTAATCTCAAGAGATACAACAATATCTTCTGGCTTTCCTGGACACTGC	165972

CU442761.5	1251	ATGAATATTAGGTATAGACACACAAGTAGGCAGATCATTTATGTACATGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	165973	ATGAATATTAGGTATAGACACACAAGTAGGCAGATCATTTATGTACATGA	166022

CU442761.5	1301	AATAAATAAATAAATAAATAAATACTATCTTCTAAAAATATTTTAAAAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	166023	AATAAATAAATAAATAAATAAATACTATCTTCTAAAAATATTTTAAAAGA	166072

CU442761.5	1351	AAAAATGTCTCATAGAGACTCCCCTGCATTAATTTTATTCTGAATTCACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	166073	AAAAATGTCTCATAGAGACTCCCCTGCATTAATTTTATTCTGAATTCACA	166122

CU442761.5	1401	AGCATAAATTTCCTTCACTGAACAGCCTCTGTAGTTTATTGTATTAGTTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	166123	AGCATAAATTTCCTTCACTGAACAGCCTCTGTAGTTTATTGTATTAGTTA	166172

CU442761.5	1451	TTTCATCACTGTGACATAAAACCTAACAGTTGCAACTATAGGAAAGAGAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	166173	TTTCATCACTGTGACATAAAACCTAACAGTTGCAACTATAGGAAAGAGAG	166222

CU442761.5	1501	ATTATTTCTGCTCAATAATCAAAGAAGAACAATGATCATGGTAGGGAATA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	166223	ATTATTTCTGCTCAATAATCAAAGAAGAACAATGATCATGGTAGGGAATA	166272

CU442761.5	1551	CATGGTGGTCAAGGCTCACCTGTGGGGTAGAAGCTTTCAGGGCAACCTGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	166273	CATGGTGGTCAAGGCTCACCTGTGGGGTAGAAGCTTTCAGGGCAACCTGC	166322

CU442761.5	1601	TAAATGTCCAAGACCAAGAATCAAAAATGCGCATCAGACTTAGACAGACT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	166323	TAAATGTCCAAGACCAAGAATCAAAAATGCGCATCAGACTTAGACAGACT	166372

CU442761.5	1651	CTCGCCATCAAAAGAGACACACTTTGCATACACCAACAAGATTTTGCTGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	166373	CTCGCCATCAAAAGAGACACACTTTGCATACACCAACAAGATTTTGCTGA	166422

CU442761.5	1701	CAGGACCCTGATATAGCTGTCTCCTGTGAGGCTATGCCAGTGCCTGGAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	166423	CAGGACCCTGATATAGCTGTCTCCTGTGAGGCTATGCCAGTGCCTGGAAA	166472

CU442761.5	1751	ATACAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCTATTGGATGGACCACAGGGCCCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	166473	ATACAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCTATTGGATGGACCACAGGGCCCC	166522

CU442761.5	1801	CAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGGTCTCCAGCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	166523	CAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGGTCTCCAGCC	166572

CU442761.5	1851	CTATAGGAGAAACAACAATATGAACTAAGTAATAACCCCAGAGCTCATGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	166573	CTATAGGAGAAACAACAATATGAACTAAGTAATAACCCCAGAGCTCATGT	166622

CU442761.5	1901	CTCTAGCTGCATATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCAATGGTAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	166623	CTCTAGCTGCATATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCAATGGTAG	166672

CU442761.5	1951	GAGAAGCCCTTGGTCTTGTGAAGATTCTATGCCCCAGTATAGGAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU405881.7	166673	GAGAAGCCCTTGGTCTTGTGAAGATTCTATGCCCCAGTATAGGAGAATTC	166722

Overview

Query
CU442761.5 - 45262 bps
Hit
CU405881.7 - 166722 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link