<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463951.1	1	ACCGTGAACGGGAGCAGAGGGCCCCTTGCTAGCTGAGACCCCCATTTTAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	28447	ACCGTGAACGGGAGCAGAGGGCCCCTTGCTAGCTGAGACCCCCATTTTAC	28496

CU463951.1	51	TGATTGAGCTGGAGAAGCTCCGTGGCCTTACATTCGTTCATTCATCCGTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	28497	TGATTGAGCTGGAGAAGCTCCGTGGCCTTACATTCGTTCATTCATCCGTA	28546

CU463951.1	101	TTAATTGAGCGCTTACTATGTACAAAGCCCTGTACTAAGCGCTTGGGAGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	28547	TTAATTGAGCGCTTACTATGTACAAAGCCCTGTACTAAGCGCTTGGGAGA	28596

CU463951.1	151	CTACAGTATAACAATAAACAGACACATTTCCTGCCCACGAATTCCTCTTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	28597	CTACAGTATAACAATAAACAGACACATTTCCTGCCCACGAATTCCTCTTC	28646

CU463951.1	201	TCCCATTCCCTTCTACGTCGCCCTGGCTCGCTCCCTTTATTCATCTCCCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	28647	TCCCATTCCCTTCTACGTCGCCCTGGCTCGCTCCCTTTATTCATCTCCCT	28696

CU463951.1	251	CCTCCCAGTCCCACACCACTTACATCCATGTTGTCATTTATTTATTTCGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	28697	CCTCCCAGTCCCACACCACTTACATCCATGTTGTCATTTATTTATTTCGA	28746

CU463951.1	301	TTCATTTCTGTCTCCCCCTTTAGACTGTAAAGTCGTTGTGGTCGGGACTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	28747	TTCATTTCTGTCTCCCCCTTTAGACTGTAAAGTCGTTGTGGTCGGGACTG	28796

CU463951.1	351	TGTCTGTTATAGTGTTCTATCCTACTCTCCCAAGCGCTTAGTACAGTGTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	28797	TGTCTGTTATAGTGTTCTATCCTACTCTCCCAAGCGCTTAGTACAGTGTT	28846

CU463951.1	401	CTGCACACAGTAAGTGCTCAATAAATACGATTGACTGCCTGATTAGTTGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	28847	CTGCACACAGTAAGTGCTCAATAAATACGATTGACTGCCTGATTAGTTGA	28896

CU463951.1	451	GAGAGCCTGGGCCTGGGAGTCAAAATATAATAGTTGTTAAGCGCTTACTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	28897	GAGAGCCTGGGCCTGGGAGTCAAAATATAATAGTTGTTAAGCGCTTACTA	28946

CU463951.1	501	TGTGCCAGGCACTGTATTAGGCGCTGGGGTGGATACAAACAAATCAGGTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	28947	TGTGCCAGGCACTGTATTAGGCGCTGGGGTGGATACAAACAAATCAGGTT	28996

CU463951.1	551	GGACACAGTCCCTGTCCCATGTGGGGTTCACCGTCTCAATCCCCATTTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	28997	GGACACAGTCCCTGTCCCATGTGGGGTTCACCGTCTCAATCCCCATTTTC	29046

CU463951.1	601	CAGATGAGGCACAAAAAAGGGAAATGACTTGCCCAAGGTCACAGAGCAGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29047	CAGATGAGGCACAAAAAAGGGAAATGACTTGCCCAAGGTCACAGAGCAGA	29096

CU463951.1	651	CAACTGGTGGAGCCGGGATTAGAACCCCTGACCTTCTGACCCCCAGGCCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29097	CAACTGGTGGAGCCGGGATTAGAACCCCTGACCTTCTGACCCCCAGGCCC	29146

CU463951.1	701	GTGCTCTATCCACTACACCATGCTGCTTCTCGGACCTGGGTTCTAATCCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29147	GTGCTCTATCCACTACACCATGCTGCTTCTCGGACCTGGGTTCTAATCCC	29196

CU463951.1	751	GACTCTGCCGATGGCACGCTGCGTGACCTTGGGAGAGTTACTTCACTGCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29197	GACTCTGCCGATGGCACGCTGCGTGACCTTGGGAGAGTTACTTCACTGCT	29246

CU463951.1	801	CTATGCCTCAGTTTCCTCAACTGTAAAACGGGGACACCCGCTCTCCCTCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29247	CTATGCCTCAGTTTCCTCAACTGTAAAACGGGGACACCCGCTCTCCCTCC	29296

CU463951.1	851	TACTTAGACTGCGAGGCCCACGTGGGACAGGGACTGTATGCGACCTGTTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29297	TACTTAGACTGCGAGGCCCACGTGGGACAGGGACTGTATGCGACCTGTTT	29346

CU463951.1	901	AACTTGACCCTACCCTAGCGCTTACAGCTGCCTTGGACATTTAGGAAGCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29347	AACTTGACCCTACCCTAGCGCTTACAGCTGCCTTGGACATTTAGGAAGCA	29396

CU463951.1	951	TTTCAAAAATATTATTAAAGTGAAAAAGTGTTGGAAGAGAAGCTGGTCTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29397	TTTCAAAAATATTATTAAAGTGAAAAAGTGTTGGAAGAGAAGCTGGTCTG	29446

CU463951.1	1001	CTCTGACTCCTCATCCTGTCCAGATCAGACGGTGATTAACACGGGGAGTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29447	CTCTGACTCCTCATCCTGTCCAGATCAGACGGTGATTAACACGGGGAGTG	29496

CU463951.1	1051	TGCAATCTCTGGAAGCTTCTGTTTTGCTAATTGACGTCTGGCCTCATTCG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29497	TGCAATCTCTGGAAGCTTCTGTTTTGCTAATTGACGTCTGGCCTCATTCG	29546

CU463951.1	1101	TCTCTAGTTCCCCTCAGGCAGGTTCTGCATCTGCTGCTTCTGTTTGTTCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29547	TCTCTAGTTCCCCTCAGGCAGGTTCTGCATCTGCTGCTTCTGTTTGTTCC	29596

CU463951.1	1151	CAAGGACCTCCCACAGCGCTCTGCACACAGTTATGCTCCCAGAACAACTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29597	CAAGGACCTCCCACAGCGCTCTGCACACAGTTATGCTCCCAGAACAACTC	29646

CU463951.1	1201	TCTGCGCCCAGCCGGTGACCGGTATGAGGCTCTGAATAATAATAATGATA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29647	TCTGCGCCCAGCCGGTGACCGGTATGAGGCTCTGAATAATAATAATGATA	29696

CU463951.1	1251	ATGGTATTTGTTAATCACCTACCAGGTGCTAGGCACTGTACTAGGCCTGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29697	ATGGTATTTGTTAATCACCTACCAGGTGCTAGGCACTGTACTAGGCCTGG	29746

CU463951.1	1301	GGGTGGATACAAGCAAATCGAGTTGGTCGCCGTCCCTGTCGAATGTGGGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29747	GGGTGGATACAAGCAAATCGAGTTGGTCGCCGTCCCTGTCGAATGTGGGG	29796

CU463951.1	1351	CTCACAGGCTTCATCCTCACTTGACAGATGAGGGAACTGAGGCACCGAGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29797	CTCACAGGCTTCATCCTCACTTGACAGATGAGGGAACTGAGGCACCGAGA	29846

CU463951.1	1401	AGTGAAGTGACTCGGCCAAGGTCACACAGCAGACAAGTGACAGGGTCGGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29847	AGTGAAGTGACTCGGCCAAGGTCACACAGCAGACAAGTGACAGGGTCGGG	29896

CU463951.1	1451	ATTAGAATCCATGACCTTCTGATTCCCAGGTCGGGGCTCTACCCACTACG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29897	ATTAGAATCCATGACCTTCTGATTCCCAGGTCGGGGCTCTACCCACTACG	29946

CU463951.1	1501	CAATGACACCCACATGCACCCACTCATATCCATGAGCACCCACCCGATCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29947	CAATGACACCCACATGCACCCACTCATATCCATGAGCACCCACCCGATCA	29996

CU463951.1	1551	CAGACCCTAAGGAACACACTCACACCCCCTGAGCACACACATGCACATAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	29997	CAGACCCTAAGGAACACACTCACACCCCCTGAGCACACACATGCACATAC	30046

CU463951.1	1601	ACGAACCCTGATGTATACAAACATTCACAGGCACATATGCACACTTTCCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	30047	ACGAACCCTGATGTATACAAACATTCACAGGCACATATGCACACTTTCCC	30096

CU463951.1	1651	TCTGCTCCTCCCCCTCTCCCATCCCATCCCCTCAGCACTGTACTCGTCCG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	30097	TCTGCTCCTCCCCCTCTCCCATCCCATCCCCTCAGCACTGTACTCGTCCG	30146

CU463951.1	1701	CTCAACTATATATATCTTCATTACCCTATTTATTTTGTTAATGAGATGTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	30147	CTCAACTATATATATCTTCATTACCCTATTTATTTTGTTAATGAGATGTA	30196

CU463951.1	1751	CATCACCTCGATTCTATTTATTTGCTATTGTTTTAATGAGATGTTCTTCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	30197	CATCACCTCGATTCTATTTATTTGCTATTGTTTTAATGAGATGTTCTTCC	30246

CU463951.1	1801	CCTCGATTCTATTTATTGCCATTGTTCTTGTCTGCCCGTCTCCCCCGATT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	30247	CCTCGATTCTATTTATTGCCATTGTTCTTGTCTGCCCGTCTCCCCCGATT	30296

CU463951.1	1851	AGACTGTAAGCCCGTCAAAGGGCAGGGACTGTCTCTATCTGTTACCGATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	30297	AGACTGTAAGCCCGTCAAAGGGCAGGGACTGTCTCTATCTGTTACCGATT	30346

CU463951.1	1901	TGTACATTCCAAGCGCTTAGTCCAGTGTTCTGCACATAGTAAGCGCTCAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	30347	TGTACATTCCAAGCGCTTAGTCCAGTGTTCTGCACATAGTAAGCGCTCAA	30396

CU463951.1	1951	TAAATACTATTGAATTGAATGAATGCACACACACGAATACCCACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393928.2	30397	TAAATACTATTGAATTGAATGAATGCACACACACGAATACCCACAAGCTT	30446

Overview

Query
CU463951.1 - 65119 bps
Hit
CU393928.2 - 30446 bps
Total alignments
32
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001990200012000128447304461
291.731992682444224709-1376340281
391.3619527062809630781376340281
493.922142655390254166-1376440261
592.422032665495855223-1376540281
691.6619226323399236611376540281
786.9122838648770491551376741481
89420324920467207151377040191
991.4719126064653649121377140281
1084.431893834644146823-1377641541
1194.1422527338369386411855688281
1297.422502715495455224-1855888281
1392.4619425434883741-1855988101
1493.452212752443324707-1855988331
1596.592372645390254165-1855988221
1694.4522026723399236651855988281
1792.622112715987660146-1856188311
1882.482034606281063269-112230126801
1992.221952565391154166112424126801
2092.491952544877449027122681229331
2192.041952642046720730-127317275801
2292.461982642340223665-127318275821
2392.82042673741337679-127318275811
2492.072002696281463082-127318275821
2591.221912646465364916-127318275791
2691.331942672443824704127318275821
2792.082002675495455220127318275821
2891.331942675987960145127318275821
2991.881932594877149029-127324275821
3093.052032615390254162127324275821
3192.611982595283853096127326275821
3290.781982893565535943-130119304111
Short-link