<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU407108.18	1	TTGGTGGGTCATGACTCATTTGTACACACGGCCGTCTGTCATAGTTTGCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	253662	TTGGTGGGTCATGACTCATTTGTACACACGGCCGTCTGTCATAGTTTGCA	253711

CU407108.18	51	TTCTATCTTAAGTACCTCTCAACACCTGCTAATAGCCAAAGTGTTACATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	253712	TTCTATCTTAAGTACCTCTCAACACCTGCTAATAGCCAAAGTGTTACATG	253761

CU407108.18	101	CAGTAGAGTGGGGCCCTGGAGAGGTGACTGCAATCTAAAAATTCCGTTGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	253762	CAGTAGAGTGGGGCCCTGGAGAGGTGACTGCAATCTAAAAATTCCGTTGT	253811

CU407108.18	151	GATCTGTATTGCTTTAGGTTGTAACAAATGCAATAGTTTTCTATCCCATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	253812	GATCTGTATTGCTTTAGGTTGTAACAAATGCAATAGTTTTCTATCCCATT	253861

CU407108.18	201	GCCACAGATCCATATTATACAGTCCTAGTCTTTCCCCAGTCTCCTCACAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	253862	GCCACAGATCCATATTATACAGTCCTAGTCTTTCCCCAGTCTCCTCACAC	253911

CU407108.18	251	TGTTCCTTTATGTCCCTGTGACCAAACTCAACCCCAGGAGCCACTGATCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	253912	TGTTCCTTTATGTCCCTGTGACCAAACTCAACCCCAGGAGCCACTGATCC	253961

CU407108.18	301	ACCTATCCATCTCTATCTTCTTTTTGCAAGAATGTCACATAAAAGATTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	253962	ACCTATCCATCTCTATCTTCTTTTTGCAAGAATGTCACATAAAAGATTTT	254011

CU407108.18	351	GTGCAGTATGCAGTCTTTGGTGCCTTTTAGAAATTTGGGATCCATGCAGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254012	GTGCAGTATGCAGTCTTTGGTGCCTTTTAGAAATTTGGGATCCATGCAGT	254061

CU407108.18	401	TCTGTGCACTGGCCTTTTCATTATGATGAATTAGTGTTCCTTCCATAGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254062	TCTGTGCACTGGCCTTTTCATTATGATGAATTAGTGTTCCTTCCATAGAC	254111

CU407108.18	451	ATAATACGATTTCTTCAAGTGTTTACATATTGATAGACATGAGAGCTGGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254112	ATAATACGATTTCTTCAAGTGTTTACATATTGATAGACATGAGAGCTGGT	254161

CU407108.18	501	TCTCCAATCTATCTTCATGAATAAAGGTCCTATGTCCCTCCACAGACATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254162	TCTCCAATCTATCTTCATGAATAAAGGTCCTATGTCCCTCCACAGACATT	254211

CU407108.18	551	GTCACTTCTCTTGGGTAAGTATGAGGTGTTAGTTCATATAATATGTAAAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254212	GTCACTTCTCTTGGGTAAGTATGAGGTGTTAGTTCATATAATATGTAAAC	254261

CU407108.18	601	CTTTTACTTTATACAAAATCTTCAGGGGCTGGCAAGGTGGCTCAGTGGGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254262	CTTTTACTTTATACAAAATCTTCAGGGGCTGGCAAGGTGGCTCAGTGGGT	254311

CU407108.18	651	AAGGACATGAACTGCTTTTCTAAAGGACCGAGGATCAGATCTAAGCACTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254312	AAGGACATGAACTGCTTTTCTAAAGGACCGAGGATCAGATCTAAGCACTC	254361

CU407108.18	701	ATAGCTCGGGCTGGGGCAGAAGACAGTCAGAGGCCTCTGGTCTGGCTTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254362	ATAGCTCGGGCTGGGGCAGAAGACAGTCAGAGGCCTCTGGTCTGGCTTGG	254411

CU407108.18	751	GCTGGGGTGTGTTCCACTACAGTGAGCAAGTAGTGGGTGGCAAGTTGGGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254412	GCTGGGGTGTGTTCCACTACAGTGAGCAAGTAGTGGGTGGCAAGTTGGGA	254461

CU407108.18	801	GAAAAGGAGAAGCAGGGTGGTGTGTGTGTGCTGTAAAGAGAAGCAAAACT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254462	GAAAAGGAGAAGCAGGGTGGTGTGTGTGTGCTGTAAAGAGAAGCAAAACT	254511

CU407108.18	851	GTGAGGAGCAGCTTGCTGGTGGAGGCCTGTGCTGTCACCTGAGGCCACAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254512	GTGAGGAGCAGCTTGCTGGTGGAGGCCTGTGCTGTCACCTGAGGCCACAG	254561

CU407108.18	901	TGACATCTGGGCCCACACTGCAGCTAAGGGCCATGTCTACCTCAGCAGAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254562	TGACATCTGGGCCCACACTGCAGCTAAGGGCCATGTCTACCTCAGCAGAA	254611

CU407108.18	951	GTTTGTGTCAATGCCCTTGGCCTGTGTGGACATCTGTGATCTGGGCTGCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254612	GTTTGTGTCAATGCCCTTGGCCTGTGTGGACATCTGTGATCTGGGCTGCT	254661

CU407108.18	1001	GTCTGAAGCCCTGTTGATATCTGAGGGCTACCCTGAGCTGCCCTTGTCCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254662	GTCTGAAGCCCTGTTGATATCTGAGGGCTACCCTGAGCTGCCCTTGTCCC	254711

CU407108.18	1051	TCACCGGCCACCACACACCGGTGCCTGCGGTGATATGGGCTTGGGAGAGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254712	TCACCGGCCACCACACACCGGTGCCTGCGGTGATATGGGCTTGGGAGAGC	254761

CU407108.18	1101	TGGCCTCACTCCTCTCTGGAATTGGCACTCCAGAGAACCAAACCCAACCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254762	TGGCCTCACTCCTCTCTGGAATTGGCACTCCAGAGAACCAAACCCAACCA	254811

CU407108.18	1151	CTCACTTGGTCATCATGGGAGAACTGGCCCTGGTGGCAAGGGTGCAGAGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254812	CTCACTTGGTCATCATGGGAGAACTGGCCCTGGTGGCAAGGGTGCAGAGG	254861

CU407108.18	1201	AGCTAGTGGGCTCTCTAACTCAGCTGTTACCCAGGCCTAGATCCAGGGCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254862	AGCTAGTGGGCTCTCTAACTCAGCTGTTACCCAGGCCTAGATCCAGGGCT	254911

CU407108.18	1251	TTGAGCTGGACCACTACAACATCTACCCCATCTATGAGCTGCAAGAGTGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254912	TTGAGCTGGACCACTACAACATCTACCCCATCTATGAGCTGCAAGAGTGC	254961

CU407108.18	1301	ATGAAGGGACAGATCCTGAAGAACCAAAGCTGCAGGACCTCCGTGATTCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	254962	ATGAAGGGACAGATCCTGAAGAACCAAAGCTGCAGGACCTCCGTGATTCA	255011

CU407108.18	1351	GGGAAACAGCAGGATATCCGAGAGGAGTCTCTGTGAAGGTCCAGTATTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	255012	GGGAAACAGCAGGATATCCGAGAGGAGTCTCTGTGAAGGTCCAGTATTGA	255061

CU407108.18	1401	TGGTGTAGCAGAAGTCAGAGGCCTTGAGCCAGATCAGGGTTACTCATTGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	255062	TGGTGTAGCAGAAGTCAGAGGCCTTGAGCCAGATCAGGGTTACTCATTGC	255111

CU407108.18	1451	CAAGAACACTTGTATAGAAAGCTATTTGGGCAAGAGGATATAAAACTTTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	255112	CAAGAACACTTGTATAGAAAGCTATTTGGGCAAGAGGATATAAAACTTTC	255161

CU407108.18	1501	CACTATGACTGAGACGGTGCCTGAGTTTAAAGGAGCTGAGAAATTATTCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	255162	CACTATGACTGAGACGGTGCCTGAGTTTAAAGGAGCTGAGAAATTATTCT	255211

CU407108.18	1551	CAGGGATTTATGGGAATATCTGCGAAGCAGAAAGTCTTTAGAGTCCAAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	255212	CAGGGATTTATGGGAATATCTGCGAAGCAGAAAGTCTTTAGAGTCCAAAG	255261

CU407108.18	1601	ACAGAAGCAGGACTGGCCTCTGATAGCCACAGCTCAAAGACAGCCATAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	255262	ACAGAAGCAGGACTGGCCTCTGATAGCCACAGCTCAAAGACAGCCATAAA	255311

CU407108.18	1651	CCTCTGATGGAGTGTTTCCTCCATCACATATGGCAGTCCTTGTATGTATG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	255312	CCTCTGATGGAGTGTTTCCTCCATCACATATGGCAGTCCTTGTATGTATG	255361

CU407108.18	1701	GAAAGGTGCCACACCCACTCCAGTAGTGACTCTCGTGACAGGCCTAAAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	255362	GAAAGGTGCCACACCCACTCCAGTAGTGACTCTCGTGACAGGCCTAAAAA	255411

CU407108.18	1751	CTTGGACGCAGTCCCAAGGCAAAAAGTTCACGGAAACTTAGTCTCCTGGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	255412	CTTGGACGCAGTCCCAAGGCAAAAAGTTCACGGAAACTTAGTCTCCTGGA	255461

CU407108.18	1801	ACCGTGGCATCCTGTGAAACGAATGCTCCAACTCTGTCCCCGAGTTAGTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	255462	ACCGTGGCATCCTGTGAAACGAATGCTCCAACTCTGTCCCCGAGTTAGTC	255511

CU407108.18	1851	GGGTGTATGGATCTGTGTGCTTTCTTTCAGTATTGTTTTATTATAGGTGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	255512	GGGTGTATGGATCTGTGTGCTTTCTTTCAGTATTGTTTTATTATAGGTGC	255561

CU407108.18	1901	CTCTAAGGATTGATTTTTGACATATAGCTAAGTTAGATTAGCCTCCACCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	255562	CTCTAAGGATTGATTTTTGACATATAGCTAAGTTAGATTAGCCTCCACCA	255611

CU407108.18	1951	GTGTTTCAATGTCCTAGGCAGTCCTTGAGCCGACCCTGGGCTTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU393486.7	255612	GTGTTTCAATGTCCTAGGCAGTCCTTGAGCCGACCCTGGGCTTGGAATTC	255661

Overview

Query
CU407108.18 - 213682 bps
Hit
CU393486.7 - 255661 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link