<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU459008.2	1	TAGAAGAATATTAAAAATTACAAAGAAATTTTACCCTAATGTCTTTAAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	129353	TAGAAGAATATTAAAAATTACAAAGAAATTTTACCCTAATGTCTTTAAAG	129402

CU459008.2	51	CCTCTTTATTAATACCTAAAGCTAGCATCTTATATCTGATTTGCATTTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	129403	CCTCTTTATTAATACCTAAAGCTAGCATCTTATATCTGATTTGCATTTTT	129452

CU459008.2	101	ATGGGGCACAAAAGGAGGGGTAATATTATTGTCTTCCAATATTGGACTAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	129453	ATGGGGCACAAAAGGAGGGGTAATATTATTGTCTTCCAATATTGGACTAA	129502

CU459008.2	151	TAATAACAAATATTAAATTACTCTGTTGACAGTTTAAGTTCCATTAAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	129503	TAATAACAAATATTAAATTACTCTGTTGACAGTTTAAGTTCCATTAAAAA	129552

CU459008.2	201	GCAATCATCTGAAAGTAATGAAGACAATAAAATAAAATTATAGGCTTAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	129553	GCAATCATCTGAAAGTAATGAAGACAATAAAATAAAATTATAGGCTTAAA	129602

CU459008.2	251	TTAAATTTATTCCAATTAAGTTTTAAAATAATAAACAATAAATGAAAATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	129603	TTAAATTTATTCCAATTAAGTTTTAAAATAATAAACAATAAATGAAAATA	129652

CU459008.2	301	ACAATTGATGAAAGTAAGGTACAGAGTAAGGCCAAACAAATCCTATATGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	129653	ACAATTGATGAAAGTAAGGTACAGAGTAAGGCCAAACAAATCCTATATGC	129702

CU459008.2	351	AGAATTGGGAAGAATGCATATGATTCACAACCAAAAAAAAAAAAAAAGAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	129703	AGAATTGGGAAGAATGCATATGATTCACAACCAAAAAAAAAAAAAAAGAT	129752

CU459008.2	401	GAAAAGAGGAAGACTATGGATTGGCAGAATTAATAGTTTAAAAATACTTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	129753	GAAAAGAGGAAGACTATGGATTGGCAGAATTAATAGTTTAAAAATACTTG	129802

CU459008.2	451	TATTACAAAATATAGTTAATATACTCAAAGCAATCTCCACCAGAGTAACA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	129803	TATTACAAAATATAGTTAATATACTCAAAGCAATCTCCACCAGAGTAACA	129852

CU459008.2	501	ACAAAATGCTTCACAAAAAGTGAGAAACGTTAAATTTCATACATAAGCAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	129853	ACAAAATGCTTCACAAAAAGTGAGAAACGTTAAATTTCATACATAAGCAC	129902

CU459008.2	551	AAAATTCTCCAAATAGCTCAAATAACTGTGAACACAGCAATGTTGATTAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	129903	AAAATTCTCCAAATAGCTCAAATAACTGTGAACACAGCAATGTTGATTAT	129952

CU459008.2	601	ATAACCATACATAATTTCAGGTATTAAAGAGCCAGAATACTACTACACAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	129953	ATAACCATACATAATTTCAGGTATTAAAGAGCCAGAATACTACTACACAA	130002

CU459008.2	651	AACATGACATAAGTTGACACCAAAAACAGTTACATAAGTCGATGGAAAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130003	AACATGACATAAGTTGACACCAAAAACAGTTACATAAGTCGATGGAAAGG	130052

CU459008.2	701	TGTAAAGCCTCAACATACAAGCCCATGCAACAAAGCTCTCTCCCCCATTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130053	TGTAAAGCCTCAACATACAAGCCCATGCAACAAAGCTCTCTCCCCCATTT	130102

CU459008.2	751	CAAAGATTCCCAAGATATACAATGGAAAAAAAAAAAAAGACATTATCTTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130103	CAAAGATTCCCAAGATATACAATGGAAAAAAAAAAAAAGACATTATCTTC	130152

CU459008.2	801	AACAAATGGAACCCGGAAACTGGATCCATATGTATAACAAGAGACTAACT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130153	AACAAATGGAACCCGGAAACTGGATCCATATGTATAACAAGAGACTAACT	130202

CU459008.2	851	ACATTGTTATCTCTCACTTTGTAAAATAGAAAAGTCAACTCTAAATTGAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130203	ACATTGTTATCTCTCACTTTGTAAAATAGAAAAGTCAACTCTAAATTGAC	130252

CU459008.2	901	AAAAGACATTAATTTCAAAGCTAAAACTACAAGGAAAACCGTTCAAGACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130253	AAAAGACATTAATTTCAAAGCTAAAACTACAAGGAAAACCGTTCAAGACA	130302

CU459008.2	951	TAGGCATGGGTGGGTGGGTCGGGGGGGGGAAGGCGTGCTTTCTCAAAGGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130303	TAGGCATGGGTGGGTGGGTCGGGGGGGGGAAGGCGTGCTTTCTCAAAGGA	130352

CU459008.2	1001	TTCTAGTTACTCAGAAAATATGGCCCAGAACTGACATATGGTATGCATGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130353	TTCTAGTTACTCAGAAAATATGGCCCAGAACTGACATATGGTATGCATGA	130402

CU459008.2	1051	ACTTACAGATATCCAGGATGCCAAAGTAATATTGTCAAGATATAACCCAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130403	ACTTACAGATATCCAGGATGCCAAAGTAATATTGTCAAGATATAACCCAA	130452

CU459008.2	1101	AGAATGGGAGGAAAAAAACTTCATTAGCTTTAACTCAAAAAGAGGAATCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130453	AGAATGGGAGGAAAAAAACTTCATTAGCTTTAACTCAAAAAGAGGAATCA	130502

CU459008.2	1151	TAACAAAAAGGCATCAGCACTGTTTCCCCAAAGGCCCAGTAGAGACAGAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130503	TAACAAAAAGGCATCAGCACTGTTTCCCCAAAGGCCCAGTAGAGACAGAA	130552

CU459008.2	1201	TAAGTCATCATCAACTGCCAAGATACAACATATCCCTATGAGCTGCAAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130553	TAAGTCATCATCAACTGCCAAGATACAACATATCCCTATGAGCTGCAAAT	130602

CU459008.2	1251	CCTCCCACTGCATACGTGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130603	CCTCCCACTGCATACGTGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	130652

CU459008.2	1301	GTGTGTGTGTGCAGTCCCTGCTCTCCCCTCCCTCATCTTTCCCTCCACAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130653	GTGTGTGTGTGCAGTCCCTGCTCTCCCCTCCCTCATCTTTCCCTCCACAC	130702

CU459008.2	1351	TCACCCATAAGAAGCTTCTATATAGCTCCTTCCAGTAAACCTCCCAAACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130703	TCACCCATAAGAAGCTTCTATATAGCTCCTTCCAGTAAACCTCCCAAACA	130752

CU459008.2	1401	TGAAATACAGCATGGTGTGATTTGTGGCATCCACTGCTTAGATCATAACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130753	TGAAATACAGCATGGTGTGATTTGTGGCATCCACTGCTTAGATCATAACA	130802

CU459008.2	1451	GAAATAATATATAAATGACTAACAAATAAAATACCAAGAAGCAAAATAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130803	GAAATAATATATAAATGACTAACAAATAAAATACCAAGAAGCAAAATAAT	130852

CU459008.2	1501	TGAACCAGTAGATGGGCTAATGAAATGAAAAGGCAGTTCTCAAAAGAGGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130853	TGAACCAGTAGATGGGCTAATGAAATGAAAAGGCAGTTCTCAAAAGAGGT	130902

CU459008.2	1551	CCAAATGGCCAACAAACATGGAAATGTGTTCATTGTCCTTCACACTCAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130903	CCAAATGGCCAACAAACATGGAAATGTGTTCATTGTCCTTCACACTCAGA	130952

CU459008.2	1601	AAAATGAAAATTAAATCTATATTGTGTTTCTTTCTCATCACCATCAGGAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	130953	AAAATGAAAATTAAATCTATATTGTGTTTCTTTCTCATCACCATCAGGAG	131002

CU459008.2	1651	AGCTATCATTAAGAAAACAAGTGATAAATAAAAATTTGAAGATTAGTGTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	131003	AGCTATCATTAAGAAAACAAGTGATAAATAAAAATTTGAAGATTAGTGTT	131052

CU459008.2	1701	TTAGAATAAACAGAAACCTGTTGCAAAAAAAATAGAGAAAAAGAAAAGAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	131053	TTAGAATAAACAGAAACCTGTTGCAAAAAAAATAGAGAAAAAGAAAAGAT	131102

CU459008.2	1751	AAACACAACAACAACAAAAACAAAACAATAAATTCAGGCAAAGCCATGGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	131103	AAACACAACAACAACAAAAACAAAACAATAAATTCAGGCAAAGCCATGGG	131152

CU459008.2	1801	GGAGGGGGCGAGAGAAATTCTTCTATCCTGCTGGTAGATATAAACGAGCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	131153	GGAGGGGGCGAGAGAAATTCTTCTATCCTGCTGGTAGATATAAACGAGCT	131202

CU459008.2	1851	CTATCACTATGCAAATAAATATGGAGGTCCCTGAAAGAATAAATGTGGAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	131203	CTATCACTATGCAAATAAATATGGAGGTCCCTGAAAGAATAAATGTGGAA	131252

CU459008.2	1901	GTAGAATATGACAAATCTATAGTTTTCCTTGTACTGAGAATGGTAAATCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	131253	GTAGAATATGACAAATCTATAGTTTTCCTTGTACTGAGAATGGTAAATCA	131302

CU459008.2	1951	ACATATAGGTCTCTCTTTTAAAACCAAATGAAAAATGTAAGACAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392849.6	131303	ACATATAGGTCTCTCTTTTAAAACCAAATGAAAAATGTAAGACAGAATTC	131352

Overview

Query
CU459008.2 - 65265 bps
Hit
CU392849.6 - 131352 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link