<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU468299.2	1	AAGTATGTGTAATTCAACATTAAGTGTAGCGTGTCTTAGATAAGCTGAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	164915	AAGTATGTGTAATTCAACATTAAGTGTAGCGTGTCTTAGATAAGCTGAAA	164964

CU468299.2	51	TGGATCATACCAACTTCCCAAGATACATGTGTTCAGAGGTGAAACAGAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	164965	TGGATCATACCAACTTCCCAAGATACATGTGTTCAGAGGTGAAACAGAAT	165014

CU468299.2	101	CTCAGTTCTGTTTCTGGCCATCGTTTGAAAGGAATTGATTTTAGTTCCAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165015	CTCAGTTCTGTTTCTGGCCATCGTTTGAAAGGAATTGATTTTAGTTCCAG	165064

CU468299.2	151	AAAGATCTTCCTTGCATGTAAAGGGAGTATATCAGTCTCTTTCTTCAGTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165065	AAAGATCTTCCTTGCATGTAAAGGGAGTATATCAGTCTCTTTCTTCAGTA	165114

CU468299.2	201	CTCCATCATGCCTCTGTTCCTTACAACATGCTGCGGTACAATAGAGCCCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165115	CTCCATCATGCCTCTGTTCCTTACAACATGCTGCGGTACAATAGAGCCCT	165164

CU468299.2	251	AGGTTTTGTACATCCAGTAGGGTCAAAATACCACCACGCTGAAGAAGGCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165165	AGGTTTTGTACATCCAGTAGGGTCAAAATACCACCACGCTGAAGAAGGCC	165214

CU468299.2	301	TCAACCACGCCTAGCTCAGGTGAAAAGCTGAGTGCTTTAAAGCACTTAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165215	TCAACCACGCCTAGCTCAGGTGAAAAGCTGAGTGCTTTAAAGCACTTAAT	165264

CU468299.2	351	GATTTTTTCCAATTTTACTTTTAAATCTAGTTTTCAGTTTAGTCAATGAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165265	GATTTTTTCCAATTTTACTTTTAAATCTAGTTTTCAGTTTAGTCAATGAA	165314

CU468299.2	401	AATACTTTAGAGGTCTTGAGGATGTATGAATTTAATTTTTTAACTATAAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165315	AATACTTTAGAGGTCTTGAGGATGTATGAATTTAATTTTTTAACTATAAG	165364

CU468299.2	451	TTTTGTGCAATCTAAATTCAGGGCAAGTATTTCTTATGAAAATTTAGTCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165365	TTTTGTGCAATCTAAATTCAGGGCAAGTATTTCTTATGAAAATTTAGTCT	165414

CU468299.2	501	CACAATTAATAGGTATTTGTATATGGAAAACATGTATGTTTTAAGAATTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165415	CACAATTAATAGGTATTTGTATATGGAAAACATGTATGTTTTAAGAATTT	165464

CU468299.2	551	AGTATGATAAAACGGTATAAAACATCTAATAAATAATTTTCTGTTGACTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165465	AGTATGATAAAACGGTATAAAACATCTAATAAATAATTTTCTGTTGACTT	165514

CU468299.2	601	TTATGTTGACAATATATTTTGGATAAATTGAATAAAGAAAATATGAGTTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165515	TTATGTTGACAATATATTTTGGATAAATTGAATAAAGAAAATATGAGTTA	165564

CU468299.2	651	TACTCATTTTGCTCATTCTGACTTTACTTAATAGAAAAATAAATATCACC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165565	TACTCATTTTGCTCATTCTGACTTTACTTAATAGAAAAATAAATATCACC	165614

CU468299.2	701	TCTAGAAATCTTAAAATTACCCCTGTGGATAACATCCAACTTCTATGGAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165615	TCTAGAAATCTTAAAATTACCCCTGTGGATAACATCCAACTTCTATGGAC	165664

CU468299.2	751	AAAACCACACTAGAGGGTAGAAAAATCATAAACATACTGAAGCCACAAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165665	AAAACCACACTAGAGGGTAGAAAAATCATAAACATACTGAAGCCACAAAT	165714

CU468299.2	801	TAGAGGAAAATAGACTGTTGGTTGTAATTGTGGAACGTTTTGTAATTATG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165715	TAGAGGAAAATAGACTGTTGGTTGTAATTGTGGAACGTTTTGTAATTATG	165764

CU468299.2	851	TATAATAATTGCAGTAATTTACTCTGAGAATGTTACATTTAATTTCAGAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165765	TATAATAATTGCAGTAATTTACTCTGAGAATGTTACATTTAATTTCAGAG	165814

CU468299.2	901	AAATCTTAATATCTAGCTTCCCCTAAGCAGTTAGAAAACAGGGTAAAACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165815	AAATCTTAATATCTAGCTTCCCCTAAGCAGTTAGAAAACAGGGTAAAACT	165864

CU468299.2	951	ACTGACTCTTTGCATGGCAACAATTTTGTGGAATCGACAGGATCTGTCTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165865	ACTGACTCTTTGCATGGCAACAATTTTGTGGAATCGACAGGATCTGTCTT	165914

CU468299.2	1001	GACCATTTAGCACAAAGCTCTTACTTCTTCACAGTATACTCAGTCAAAAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165915	GACCATTTAGCACAAAGCTCTTACTTCTTCACAGTATACTCAGTCAAAAC	165964

CU468299.2	1051	AAAACAAAACAAAACAAAACGAAACAAAACAAATAAACAAAACACTGCCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	165965	AAAACAAAACAAAACAAAACGAAACAAAACAAATAAACAAAACACTGCCA	166014

CU468299.2	1101	TGAAAGACCTTCGAAGACACTTGAGTTTGAAATCCTCCAGGCAAGAGGCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166015	TGAAAGACCTTCGAAGACACTTGAGTTTGAAATCCTCCAGGCAAGAGGCC	166064

CU468299.2	1151	GTATGATATAAAAGCAGGCTTTTCAACCACTAACTTTGTTCTAGCAGAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166065	GTATGATATAAAAGCAGGCTTTTCAACCACTAACTTTGTTCTAGCAGAAA	166114

CU468299.2	1201	TTCTGTCTTGGGTAGTTTTCCATTTTTGTTTTTCAGCCACAAAAAATTGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166115	TTCTGTCTTGGGTAGTTTTCCATTTTTGTTTTTCAGCCACAAAAAATTGA	166164

CU468299.2	1251	CCAGCATTTTCCAAGGTGTAAATCCCACTGAGCATTTTAACAGCTGCCCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166165	CCAGCATTTTCCAAGGTGTAAATCCCACTGAGCATTTTAACAGCTGCCCA	166214

CU468299.2	1301	TAAATCAAGTAACAAAATCGGAGTGAAGCAATGTCTTGCATTGTGGCACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166215	TAAATCAAGTAACAAAATCGGAGTGAAGCAATGTCTTGCATTGTGGCACA	166264

CU468299.2	1351	AGAAAACCTTAGTTGTAATTAAATCAGAGTCTGTTGCTTTAAGTCCTAGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166265	AGAAAACCTTAGTTGTAATTAAATCAGAGTCTGTTGCTTTAAGTCCTAGG	166314

CU468299.2	1401	AAGCTCCTAGGTCCTCTCTGCACTGTTGGCCTATATGACAGGCTTTAATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166315	AAGCTCCTAGGTCCTCTCTGCACTGTTGGCCTATATGACAGGCTTTAATT	166364

CU468299.2	1451	AGCACAGATTTTTCACGTTCATGGATAGATTAGAAATTGGGAAGTGCTTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166365	AGCACAGATTTTTCACGTTCATGGATAGATTAGAAATTGGGAAGTGCTTA	166414

CU468299.2	1501	ATGAAAAAGGTCTTTTACCTTGACCAGGCTGAAATTACAGTTAGAGGACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166415	ATGAAAAAGGTCTTTTACCTTGACCAGGCTGAAATTACAGTTAGAGGACA	166464

CU468299.2	1551	TTCACAGGCACCAAAGGCTGACTGCATACAAATACATGAATATTTACACT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166465	TTCACAGGCACCAAAGGCTGACTGCATACAAATACATGAATATTTACACT	166514

CU468299.2	1601	ATGCACGCAAAAGTAAAGTTTTTAGATTTTTCACTAAGGCAATATTCATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166515	ATGCACGCAAAAGTAAAGTTTTTAGATTTTTCACTAAGGCAATATTCATT	166564

CU468299.2	1651	TTGACTTATTGTTAATACCCTGAAAATGTAAAATATACCTTTAATAACTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166565	TTGACTTATTGTTAATACCCTGAAAATGTAAAATATACCTTTAATAACTT	166614

CU468299.2	1701	TGAGCTAAATATAACTATACTTTCTGTGCCTATTCAAGCAACTTAACTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166615	TGAGCTAAATATAACTATACTTTCTGTGCCTATTCAAGCAACTTAACTTT	166664

CU468299.2	1751	CCTTTGCCCATTGAATTAAAGAAGACATGAAAACAGTTCTAGTCATGTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166665	CCTTTGCCCATTGAATTAAAGAAGACATGAAAACAGTTCTAGTCATGTTT	166714

CU468299.2	1801	TAATATTGCTCATTCTCCATATGTGGCTTTACAGTTTAATAAGATACAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166715	TAATATTGCTCATTCTCCATATGTGGCTTTACAGTTTAATAAGATACAAA	166764

CU468299.2	1851	ATTAAATATACGTAGGAAACACACACACGCTCGCGCATATGTGATGTTAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166765	ATTAAATATACGTAGGAAACACACACACGCTCGCGCATATGTGATGTTAC	166814

CU468299.2	1901	TACATGGAATAAGTACAATTTATTTTAAGTGCAATAATGAAATAGCCCAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166815	TACATGGAATAAGTACAATTTATTTTAAGTGCAATAATGAAATAGCCCAA	166864

CU468299.2	1951	CACCAGTGGATTGTGTTGATGTTCAGTGAATGGTACAGGAATTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392847.12	166865	CACCAGTGGATTGTGTTGATGTTCAGTGAATGGTACAGGAATTGGAATTC	166914

Overview

Query
CU468299.2 - 78951 bps
Hit
CU392847.12 - 166914 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link