<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU406959.5	1	CCTTCCTCTCTCAATTAATCTGGCATCAGCCAGATCGTGCAGACATGTCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	217943	CCTTCCTCTCTCAATTAATCTGGCATCAGCCAGATCGTGCAGACATGTCA	217992

CU406959.5	51	CACAGTACCACTGTCTTTCCTACTAAGGCATCCTAGTTCTCTGAGCCTAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	217993	CACAGTACCACTGTCTTTCCTACTAAGGCATCCTAGTTCTCTGAGCCTAG	218042

CU406959.5	101	AATCCTGCTGCACTGTGTTCTGCGTCCCTGATTTTTTTCCGTCTCCCATT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218043	AATCCTGCTGCACTGTGTTCTGCGTCCCTGATTTTTTTCCGTCTCCCATT	218092

CU406959.5	151	ATTAAAACTTTGAACCCAACAAAACTCAACTTCTAATTAAAAGTTACAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218093	ATTAAAACTTTGAACCCAACAAAACTCAACTTCTAATTAAAAGTTACAGA	218142

CU406959.5	201	ATCCATCACTAGATTACATTAAAATATAAGTGGTGATGATGGTGTGCCTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218143	ATCCATCACTAGATTACATTAAAATATAAGTGGTGATGATGGTGTGCCTT	218192

CU406959.5	251	TCTGCCATGGGATGATGTATTTTAATCAGTTTCATTATAATGGGAGTCAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218193	TCTGCCATGGGATGATGTATTTTAATCAGTTTCATTATAATGGGAGTCAG	218242

CU406959.5	301	ATTCGGCAACATGATATTGTCAACATTTCCGAAGCTAAACCTGTTCTCTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218243	ATTCGGCAACATGATATTGTCAACATTTCCGAAGCTAAACCTGTTCTCTC	218292

CU406959.5	351	TGCTGCTTGTTTGGTGAATCATTGGTTTGCATGTATTCTGAACTCCATCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218293	TGCTGCTTGTTTGGTGAATCATTGGTTTGCATGTATTCTGAACTCCATCA	218342

CU406959.5	401	ATGTATTCAGAGCTATGCACAGTTACCTTCACCCCAGGTATAATTCCACC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218343	ATGTATTCAGAGCTATGCACAGTTACCTTCACCCCAGGTATAATTCCACC	218392

CU406959.5	451	TCTTTTTGCATCTAAAGAGTGAGAGTAATGTTATATGAATAACATTAACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218393	TCTTTTTGCATCTAAAGAGTGAGAGTAATGTTATATGAATAACATTAACT	218442

CU406959.5	501	TTCCCGTAATATTAAACACAAAGGAAATAGTCTGCTCCATTTCTCTGGTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218443	TTCCCGTAATATTAAACACAAAGGAAATAGTCTGCTCCATTTCTCTGGTG	218492

CU406959.5	551	TCAGAGTCATATGGATCATTTAAACTGTCTGCTATGTACCTCACAGCCAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218493	TCAGAGTCATATGGATCATTTAAACTGTCTGCTATGTACCTCACAGCCAA	218542

CU406959.5	601	TAATCACAAGACTGAAGCAGGCCACAAGGATTCTAAGACTAAAGTTTTCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218543	TAATCACAAGACTGAAGCAGGCCACAAGGATTCTAAGACTAAAGTTTTCA	218592

CU406959.5	651	CTTTCCTCCTTGAGTGGAACCGGGGGCTGCTTTAGGATAGCAAGGCTTTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218593	CTTTCCTCCTTGAGTGGAACCGGGGGCTGCTTTAGGATAGCAAGGCTTTC	218642

CU406959.5	701	TAGTGTTCCTCAAATGATATTTATTCATTGCTTCATTCATTTTTTCATCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218643	TAGTGTTCCTCAAATGATATTTATTCATTGCTTCATTCATTTTTTCATCC	218692

CU406959.5	751	ACCCGTCCATCCATGTAGCCATTTGTTTATTCAATCTGAATGTCTGGGGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218693	ACCCGTCCATCCATGTAGCCATTTGTTTATTCAATCTGAATGTCTGGGGT	218742

CU406959.5	801	GGGAGGGGGAGAGAAGACTTTCCATGCAGATGAAGCAGCATACAGAACAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218743	GGGAGGGGGAGAGAAGACTTTCCATGCAGATGAAGCAGCATACAGAACAC	218792

CU406959.5	851	ATACAGGCAAAAAAAAAAAAGGCATGAAGTTATACAATGAAGTCATGAGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218793	ATACAGGCAAAAAAAAAAAAGGCATGAAGTTATACAATGAAGTCATGAGG	218842

CU406959.5	901	TCAGGCAAACTGCGCTGGGGTTTTAGGCAAAAACTATAGGATGATTAGTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218843	TCAGGCAAACTGCGCTGGGGTTTTAGGCAAAAACTATAGGATGATTAGTG	218892

CU406959.5	951	GGAGCAGGAAGCCAGAAGGCTGTGTTGCAGCCTAGTTATTAAAGGATTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218893	GGAGCAGGAAGCCAGAAGGCTGTGTTGCAGCCTAGTTATTAAAGGATTGT	218942

CU406959.5	1001	TTATGTACTGCGAAGTATAGACCAACTGGTGACTGACACATGGACTGAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218943	TTATGTACTGCGAAGTATAGACCAACTGGTGACTGACACATGGACTGAGT	218992

CU406959.5	1051	CACGATCCCCACAGTCAAGTCTGTTCTGACCAGGGCTATGGCTGTAACTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	218993	CACGATCCCCACAGTCAAGTCTGTTCTGACCAGGGCTATGGCTGTAACTG	219042

CU406959.5	1101	AGGGTCAGTGCGTGACTCCTGTTCTCTGACAGGGGGTCAGCTAGCCTGGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219043	AGGGTCAGTGCGTGACTCCTGTTCTCTGACAGGGGGTCAGCTAGCCTGGA	219092

CU406959.5	1151	GAGTTCCAGCTGGAGGGTTGGTTCCTAGGTTGTACCCAGATAAAAATGCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219093	GAGTTCCAGCTGGAGGGTTGGTTCCTAGGTTGTACCCAGATAAAAATGCA	219142

CU406959.5	1201	GGGATTTGAGGGCTGAGGTGTGAACCTTGGAAACCAGTAGGAATAGCAAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219143	GGGATTTGAGGGCTGAGGTGTGAACCTTGGAAACCAGTAGGAATAGCAAG	219192

CU406959.5	1251	GGCTTATGACACCCTTCACATAGGCTTGCTACCCTAATCCTCTGGAGATC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219193	GGCTTATGACACCCTTCACATAGGCTTGCTACCCTAATCCTCTGGAGATC	219242

CU406959.5	1301	AGAGCAGAACCAGGCCTCTCTTGCTGAAAATTCTCAACTTCTGTAAATGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219243	AGAGCAGAACCAGGCCTCTCTTGCTGAAAATTCTCAACTTCTGTAAATGC	219292

CU406959.5	1351	AAGAAATCTCACCCCCAACTCTGCAAATTTCTCAGATCACGGGCAAGACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219293	AAGAAATCTCACCCCCAACTCTGCAAATTTCTCAGATCACGGGCAAGACA	219342

CU406959.5	1401	CATTAACCCCTCCAATTCCTGCTCCCCACCCACTGTGGTTTCTGTTGAGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219343	CATTAACCCCTCCAATTCCTGCTCCCCACCCACTGTGGTTTCTGTTGAGT	219392

CU406959.5	1451	TTTATTTGTAAAGTAACAGTGCATTGGGAGTTAGGAGTCTCAAGATTTTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219393	TTTATTTGTAAAGTAACAGTGCATTGGGAGTTAGGAGTCTCAAGATTTTG	219442

CU406959.5	1501	CCTCAGCTCTGTCAACTATTGTCGTAACTTTGACCTTAGTTTCTAAGGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219443	CCTCAGCTCTGTCAACTATTGTCGTAACTTTGACCTTAGTTTCTAAGGAA	219492

CU406959.5	1551	TAAATAGGACTGGATGATAGATAATTAGGCATCTCTTGTTCCAGGATCCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219493	TAAATAGGACTGGATGATAGATAATTAGGCATCTCTTGTTCCAGGATCCC	219542

CU406959.5	1601	AGGTTTGTGTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219543	AGGTTTGTGTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	219592

CU406959.5	1651	TATCTGTCTGTCTGTCTGACTCTCAGTGTTTTGTGATTCTACGTATGCTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219593	TATCTGTCTGTCTGTCTGACTCTCAGTGTTTTGTGATTCTACGTATGCTC	219642

CU406959.5	1701	TTTGATCCCATTTCAAATCAAACACTTCCTAAAATCAGATTTGTTCTTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219643	TTTGATCCCATTTCAAATCAAACACTTCCTAAAATCAGATTTGTTCTTTA	219692

CU406959.5	1751	TGTTTTACCCCTGTTCTTACTCTGACCACTCTTCCTACTGAAGCACAAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219693	TGTTTTACCCCTGTTCTTACTCTGACCACTCTTCCTACTGAAGCACAAAG	219742

CU406959.5	1801	CGTCATCTCTTAAGATCGTTTTAAAAACCTAGGTTCTTTTGTTAATTTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219743	CGTCATCTCTTAAGATCGTTTTAAAAACCTAGGTTCTTTTGTTAATTTTT	219792

CU406959.5	1851	ACTAGGCTTGGACTTTCTGGAATTAGATCAGACACGCTGAGCAGAAGATC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219793	ACTAGGCTTGGACTTTCTGGAATTAGATCAGACACGCTGAGCAGAAGATC	219842

CU406959.5	1901	CCCAGGCCAACCCCTTGTCCTCTGATCTGAAGAGGAACACTGAACCAACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219843	CCCAGGCCAACCCCTTGTCCTCTGATCTGAAGAGGAACACTGAACCAACA	219892

CU406959.5	1951	CAAACACATTCCTTCGCTGTGCTAATTCCTCAGCAAACAGCAAGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392839.9	219893	CAAACACATTCCTTCGCTGTGCTAATTCCTCAGCAAACAGCAAGGAATTC	219942

Overview

Query
CU406959.5 - 197718 bps
Hit
CU392839.9 - 219942 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link