<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU019620.9	1	AAGCTTTATTATTTATAACAAATCCTATACTTCACATTTCATTCATAACC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	26697	AAGCTTTATTATTTATAACAAATCCTATACTTCACATTTCATTCATAACC	26746

CU019620.9	51	ACATGGGATAGGGTACTGAACCCTGAAAATGCTCTCAAAGCTGGCTGCCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	26747	ACATGGGATAGGGTACTGAACCCTGAAAATGCTCTCAAAGCTGGCTGCCA	26796

CU019620.9	101	GTTAATATATATATATATATACATATATATATATATTTAAAGATTTTAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	26797	GTTAATATATATATATATATACATATATATATATATTTAAAGATTTTAAT	26846

CU019620.9	151	TTAAATCGACAAACAATGGTGTTGTTTCATTAATACTAACAAAAAAATCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	26847	TTAAATCGACAAACAATGGTGTTGTTTCATTAATACTAACAAAAAAATCT	26896

CU019620.9	201	AGTGTGATTAACATGTATCAAGAAACTAGATACGCGAGATACATGTATCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	26897	AGTGTGATTAACATGTATCAAGAAACTAGATACGCGAGATACATGTATCT	26946

CU019620.9	251	ACTGTGATGCATTTCAAATACGCAGAGAGATGACGGGGAGGTGAAGGTGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	26947	ACTGTGATGCATTTCAAATACGCAGAGAGATGACGGGGAGGTGAAGGTGC	26996

CU019620.9	301	GAGATTTGTCTATGTATTCTAGATACATGCGAATCTACTAAGATATCGTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	26997	GAGATTTGTCTATGTATTCTAGATACATGCGAATCTACTAAGATATCGTA	27046

CU019620.9	351	TAACTAGAACAAATTAACATAATTTTGTACATGTATTTGGAGGTACCAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27047	TAACTAGAACAAATTAACATAATTTTGTACATGTATTTGGAGGTACCAAA	27096

CU019620.9	401	ATATGGTAAGATTCGTAATTTTACAATGTAATGTGCATTTACGTAATCAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27097	ATATGGTAAGATTCGTAATTTTACAATGTAATGTGCATTTACGTAATCAA	27146

CU019620.9	451	GTTATATGCTAGTGAGATGATGCAAGTTACCCTTAAATAAATAGTTTTGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27147	GTTATATGCTAGTGAGATGATGCAAGTTACCCTTAAATAAATAGTTTTGG	27196

CU019620.9	501	TCCATGGGTCGATCCCGGCCCGACCCTCATCAAGTCTCAAGGGCCAAATA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27197	TCCATGGGTCGATCCCGGCCCGACCCTCATCAAGTCTCAAGGGCCAAATA	27246

CU019620.9	551	TTTATATGAGTTCGTCTTATGAACCCTAATTTCAAATGGACTTGAAAAAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27247	TTTATATGAGTTCGTCTTATGAACCCTAATTTCAAATGGACTTGAAAAAC	27296

CU019620.9	601	TTTATTCCAACTCTACCCCAATAAAGAGTTAGGTTGGGACAACTTCATAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27297	TTTATTCCAACTCTACCCCAATAAAGAGTTAGGTTGGGACAACTTCATAG	27346

CU019620.9	651	AGTAAGCCCACTTTGACGGCTCTAACTACATGTAACAAGCTATCAAAATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27347	AGTAAGCCCACTTTGACGGCTCTAACTACATGTAACAAGCTATCAAAATT	27396

CU019620.9	701	AATTAACTATATTAATTTAAATTCACGTCAAATAAATAATAATGAACATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27397	AATTAACTATATTAATTTAAATTCACGTCAAATAAATAATAATGAACATG	27446

CU019620.9	751	CACCAAATATATAATTTTTTGCACCAATCACGTAGTTAGAAGTCACTAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27447	CACCAAATATATAATTTTTTGCACCAATCACGTAGTTAGAAGTCACTAAT	27496

CU019620.9	801	TCAAGTAATAAGATTCATGTCAAAGTAGAAGATAATCTTCTGGCACATAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27497	TCAAGTAATAAGATTCATGTCAAAGTAGAAGATAATCTTCTGGCACATAG	27546

CU019620.9	851	ATCACATGTATAACGTGTCTATGAAAACAATTTTGATCACATGCACCCAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27547	ATCACATGTATAACGTGTCTATGAAAACAATTTTGATCACATGCACCCAA	27596

CU019620.9	901	TACTTCTCTTTAAACCAATTAAATTATCAAAACTCATCGAATCATCTAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27597	TACTTCTCTTTAAACCAATTAAATTATCAAAACTCATCGAATCATCTAAT	27646

CU019620.9	951	TCAGATTCACGTTATATAAGAATTACAAGTCTAAAGTCTAATTAGAAGTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27647	TCAGATTCACGTTATATAAGAATTACAAGTCTAAAGTCTAATTAGAAGTT	27696

CU019620.9	1001	TCCAAGCAAACAAATCAAAAAAATCTGGTCTTCAAAAACTTTTGGAACAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27697	TCCAAGCAAACAAATCAAAAAAATCTGGTCTTCAAAAACTTTTGGAACAC	27746

CU019620.9	1051	AAATCACCCACTCAAATAAAAGCATTCCCCAAAGCGTATGGAAACATTAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27747	AAATCACCCACTCAAATAAAAGCATTCCCCAAAGCGTATGGAAACATTAA	27796

CU019620.9	1101	AAGAACACACCAATAATTGTGAAGCTCATATGAATCAAAAAGTAAAAACT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27797	AAGAACACACCAATAATTGTGAAGCTCATATGAATCAAAAAGTAAAAACT	27846

CU019620.9	1151	CACATCAGTTAAAATGAAATTATACTCTGTCCAATTTTATGTGAAATTTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27847	CACATCAGTTAAAATGAAATTATACTCTGTCCAATTTTATGTGAAATTTT	27896

CU019620.9	1201	TCATTTTTTCAGAGTCAAACAGTTTTATTTTAACAAGACATTTGCATATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27897	TCATTTTTTCAGAGTCAAACAGTTTTATTTTAACAAGACATTTGCATATG	27946

CU019620.9	1251	AAAATCTTCAAATTTTTTGAAACGAAATTTATATATTTGTCAACTATGTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27947	AAAATCTTCAAATTTTTTGAAACGAAATTTATATATTTGTCAACTATGTA	27996

CU019620.9	1301	TAAGAATACTGTAAGTCACAATAATTGATAATTTAAAATGTTAAAAGAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	27997	TAAGAATACTGTAAGTCACAATAATTGATAATTTAAAATGTTAAAAGAAT	28046

CU019620.9	1351	CTTTGAAAACCTTACAGTCAAAGATAAATTTGTTTAAATCTCAAAATACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	28047	CTTTGAAAACCTTACAGTCAAAGATAAATTTGTTTAAATCTCAAAATACA	28096

CU019620.9	1401	AAAAATATCACATAAAATGAGACGGAGAAAATAATATATATATATATATA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	28097	AAAAATATCACATAAAATGAGACGGAGAAAATAATATATATATATATATA	28146

CU019620.9	1451	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCATAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	28147	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCATAT	28196

CU019620.9	1501	TATTGAATTGATACAAATATATCAGAAATGAGTAATTTTTTTTTTTTTTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	28197	TATTGAATTGATACAAATATATCAGAAATGAGTAATTTTTTTTTTTTTTA	28246

CU019620.9	1551	ATAAAAGAGGTGATCGGTGAGAAACAATAGTTTCTTTGCTAACAACCGAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	28247	ATAAAAGAGGTGATCGGTGAGAAACAATAGTTTCTTTGCTAACAACCGAT	28296

CU019620.9	1601	CTATTTCAATATAGGCAAATTAAAACTAACACTTCCACAACACATGCATG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	28297	CTATTTCAATATAGGCAAATTAAAACTAACACTTCCACAACACATGCATG	28346

CU019620.9	1651	TTAGAGAAAGCGTGTTAAGTTTAAAACACCTCCGCTTAATGGATAACCAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	28347	TTAGAGAAAGCGTGTTAAGTTTAAAACACCTCCGCTTAATGGATAACCAT	28396

CU019620.9	1701	TTGTTACCAATGGAGAATTTCTTATCATCTTAAATTCAGGTGATTGGATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	28397	TTGTTACCAATGGAGAATTTCTTATCATCTTAAATTCAGGTGATTGGATT	28446

CU019620.9	1751	TACTCGCTAGGATCTTTTCGTTCTTAATTAAAAAATTTAAATTTAAATTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	28447	TACTCGCTAGGATCTTTTCGTTCTTAATTAAAAAATTTAAATTTAAATTT	28496

CU019620.9	1801	TGAGTTTGATTTTGTATTTATATTAGAAAAAATGGCTTTTATATCGCACA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	28497	TGAGTTTGATTTTGTATTTATATTAGAAAAAATGGCTTTTATATCGCACA	28546

CU019620.9	1851	AATTTAAATTATACAAGACTTCAATATGAATATTAAAATACCGGAAAAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	28547	AATTTAAATTATACAAGACTTCAATATGAATATTAAAATACCGGAAAAAA	28596

CU019620.9	1901	ACATGCATATTATGTTGCGTCTAGGATTTAAGTTTAGTTTGATGCATAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	28597	ACATGCATATTATGTTGCGTCTAGGATTTAAGTTTAGTTTGATGCATAAA	28646

CU019620.9	1951	GAGACGTTCACAGATTTGGGAATTTTGGAGAGATGGATACATACACTATT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372924.4	28647	GAGACGTTCACAGATTTGGGAATTTTGGAGAGATGGATACATACACTATT	28696

Overview

Query
CU019620.9 - 113641 bps
Hit
CU372924.4 - 28696 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001850200012000126697286961
2100306214341495124749248101
3100306214341495-124755248161
Short-link