<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
CU019620.9 1 AAGCTTTATTATTTATAACAAATCCTATACTTCACATTTCATTCATAACC 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 26697 AAGCTTTATTATTTATAACAAATCCTATACTTCACATTTCATTCATAACC 26746 CU019620.9 51 ACATGGGATAGGGTACTGAACCCTGAAAATGCTCTCAAAGCTGGCTGCCA 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 26747 ACATGGGATAGGGTACTGAACCCTGAAAATGCTCTCAAAGCTGGCTGCCA 26796 CU019620.9 101 GTTAATATATATATATATATACATATATATATATATTTAAAGATTTTAAT 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 26797 GTTAATATATATATATATATACATATATATATATATTTAAAGATTTTAAT 26846 CU019620.9 151 TTAAATCGACAAACAATGGTGTTGTTTCATTAATACTAACAAAAAAATCT 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 26847 TTAAATCGACAAACAATGGTGTTGTTTCATTAATACTAACAAAAAAATCT 26896 CU019620.9 201 AGTGTGATTAACATGTATCAAGAAACTAGATACGCGAGATACATGTATCT 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 26897 AGTGTGATTAACATGTATCAAGAAACTAGATACGCGAGATACATGTATCT 26946 CU019620.9 251 ACTGTGATGCATTTCAAATACGCAGAGAGATGACGGGGAGGTGAAGGTGC 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 26947 ACTGTGATGCATTTCAAATACGCAGAGAGATGACGGGGAGGTGAAGGTGC 26996 CU019620.9 301 GAGATTTGTCTATGTATTCTAGATACATGCGAATCTACTAAGATATCGTA 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 26997 GAGATTTGTCTATGTATTCTAGATACATGCGAATCTACTAAGATATCGTA 27046 CU019620.9 351 TAACTAGAACAAATTAACATAATTTTGTACATGTATTTGGAGGTACCAAA 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27047 TAACTAGAACAAATTAACATAATTTTGTACATGTATTTGGAGGTACCAAA 27096 CU019620.9 401 ATATGGTAAGATTCGTAATTTTACAATGTAATGTGCATTTACGTAATCAA 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27097 ATATGGTAAGATTCGTAATTTTACAATGTAATGTGCATTTACGTAATCAA 27146 CU019620.9 451 GTTATATGCTAGTGAGATGATGCAAGTTACCCTTAAATAAATAGTTTTGG 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27147 GTTATATGCTAGTGAGATGATGCAAGTTACCCTTAAATAAATAGTTTTGG 27196 CU019620.9 501 TCCATGGGTCGATCCCGGCCCGACCCTCATCAAGTCTCAAGGGCCAAATA 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27197 TCCATGGGTCGATCCCGGCCCGACCCTCATCAAGTCTCAAGGGCCAAATA 27246 CU019620.9 551 TTTATATGAGTTCGTCTTATGAACCCTAATTTCAAATGGACTTGAAAAAC 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27247 TTTATATGAGTTCGTCTTATGAACCCTAATTTCAAATGGACTTGAAAAAC 27296 CU019620.9 601 TTTATTCCAACTCTACCCCAATAAAGAGTTAGGTTGGGACAACTTCATAG 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27297 TTTATTCCAACTCTACCCCAATAAAGAGTTAGGTTGGGACAACTTCATAG 27346 CU019620.9 651 AGTAAGCCCACTTTGACGGCTCTAACTACATGTAACAAGCTATCAAAATT 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27347 AGTAAGCCCACTTTGACGGCTCTAACTACATGTAACAAGCTATCAAAATT 27396 CU019620.9 701 AATTAACTATATTAATTTAAATTCACGTCAAATAAATAATAATGAACATG 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27397 AATTAACTATATTAATTTAAATTCACGTCAAATAAATAATAATGAACATG 27446 CU019620.9 751 CACCAAATATATAATTTTTTGCACCAATCACGTAGTTAGAAGTCACTAAT 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27447 CACCAAATATATAATTTTTTGCACCAATCACGTAGTTAGAAGTCACTAAT 27496 CU019620.9 801 TCAAGTAATAAGATTCATGTCAAAGTAGAAGATAATCTTCTGGCACATAG 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27497 TCAAGTAATAAGATTCATGTCAAAGTAGAAGATAATCTTCTGGCACATAG 27546 CU019620.9 851 ATCACATGTATAACGTGTCTATGAAAACAATTTTGATCACATGCACCCAA 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27547 ATCACATGTATAACGTGTCTATGAAAACAATTTTGATCACATGCACCCAA 27596 CU019620.9 901 TACTTCTCTTTAAACCAATTAAATTATCAAAACTCATCGAATCATCTAAT 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27597 TACTTCTCTTTAAACCAATTAAATTATCAAAACTCATCGAATCATCTAAT 27646 CU019620.9 951 TCAGATTCACGTTATATAAGAATTACAAGTCTAAAGTCTAATTAGAAGTT 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27647 TCAGATTCACGTTATATAAGAATTACAAGTCTAAAGTCTAATTAGAAGTT 27696 CU019620.9 1001 TCCAAGCAAACAAATCAAAAAAATCTGGTCTTCAAAAACTTTTGGAACAC 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27697 TCCAAGCAAACAAATCAAAAAAATCTGGTCTTCAAAAACTTTTGGAACAC 27746 CU019620.9 1051 AAATCACCCACTCAAATAAAAGCATTCCCCAAAGCGTATGGAAACATTAA 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27747 AAATCACCCACTCAAATAAAAGCATTCCCCAAAGCGTATGGAAACATTAA 27796 CU019620.9 1101 AAGAACACACCAATAATTGTGAAGCTCATATGAATCAAAAAGTAAAAACT 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27797 AAGAACACACCAATAATTGTGAAGCTCATATGAATCAAAAAGTAAAAACT 27846 CU019620.9 1151 CACATCAGTTAAAATGAAATTATACTCTGTCCAATTTTATGTGAAATTTT 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27847 CACATCAGTTAAAATGAAATTATACTCTGTCCAATTTTATGTGAAATTTT 27896 CU019620.9 1201 TCATTTTTTCAGAGTCAAACAGTTTTATTTTAACAAGACATTTGCATATG 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27897 TCATTTTTTCAGAGTCAAACAGTTTTATTTTAACAAGACATTTGCATATG 27946 CU019620.9 1251 AAAATCTTCAAATTTTTTGAAACGAAATTTATATATTTGTCAACTATGTA 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27947 AAAATCTTCAAATTTTTTGAAACGAAATTTATATATTTGTCAACTATGTA 27996 CU019620.9 1301 TAAGAATACTGTAAGTCACAATAATTGATAATTTAAAATGTTAAAAGAAT 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 27997 TAAGAATACTGTAAGTCACAATAATTGATAATTTAAAATGTTAAAAGAAT 28046 CU019620.9 1351 CTTTGAAAACCTTACAGTCAAAGATAAATTTGTTTAAATCTCAAAATACA 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 28047 CTTTGAAAACCTTACAGTCAAAGATAAATTTGTTTAAATCTCAAAATACA 28096 CU019620.9 1401 AAAAATATCACATAAAATGAGACGGAGAAAATAATATATATATATATATA 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 28097 AAAAATATCACATAAAATGAGACGGAGAAAATAATATATATATATATATA 28146 CU019620.9 1451 TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCATAT 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 28147 TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCATAT 28196 CU019620.9 1501 TATTGAATTGATACAAATATATCAGAAATGAGTAATTTTTTTTTTTTTTA 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 28197 TATTGAATTGATACAAATATATCAGAAATGAGTAATTTTTTTTTTTTTTA 28246 CU019620.9 1551 ATAAAAGAGGTGATCGGTGAGAAACAATAGTTTCTTTGCTAACAACCGAT 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 28247 ATAAAAGAGGTGATCGGTGAGAAACAATAGTTTCTTTGCTAACAACCGAT 28296 CU019620.9 1601 CTATTTCAATATAGGCAAATTAAAACTAACACTTCCACAACACATGCATG 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 28297 CTATTTCAATATAGGCAAATTAAAACTAACACTTCCACAACACATGCATG 28346 CU019620.9 1651 TTAGAGAAAGCGTGTTAAGTTTAAAACACCTCCGCTTAATGGATAACCAT 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 28347 TTAGAGAAAGCGTGTTAAGTTTAAAACACCTCCGCTTAATGGATAACCAT 28396 CU019620.9 1701 TTGTTACCAATGGAGAATTTCTTATCATCTTAAATTCAGGTGATTGGATT 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 28397 TTGTTACCAATGGAGAATTTCTTATCATCTTAAATTCAGGTGATTGGATT 28446 CU019620.9 1751 TACTCGCTAGGATCTTTTCGTTCTTAATTAAAAAATTTAAATTTAAATTT 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 28447 TACTCGCTAGGATCTTTTCGTTCTTAATTAAAAAATTTAAATTTAAATTT 28496 CU019620.9 1801 TGAGTTTGATTTTGTATTTATATTAGAAAAAATGGCTTTTATATCGCACA 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 28497 TGAGTTTGATTTTGTATTTATATTAGAAAAAATGGCTTTTATATCGCACA 28546 CU019620.9 1851 AATTTAAATTATACAAGACTTCAATATGAATATTAAAATACCGGAAAAAA 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 28547 AATTTAAATTATACAAGACTTCAATATGAATATTAAAATACCGGAAAAAA 28596 CU019620.9 1901 ACATGCATATTATGTTGCGTCTAGGATTTAAGTTTAGTTTGATGCATAAA 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 28597 ACATGCATATTATGTTGCGTCTAGGATTTAAGTTTAGTTTGATGCATAAA 28646 CU019620.9 1951 GAGACGTTCACAGATTTGGGAATTTTGGAGAGATGGATACATACACTATT 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372924.4 28647 GAGACGTTCACAGATTTGGGAATTTTGGAGAGATGGATACATACACTATT 28696
Overview
- Query
- CU019620.9 - 113641 bps
- Hit
- CU372924.4 - 28696 bps
- Total alignments
- 3
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon