<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU369554.5	1	ATACCTATTTGTGGTCATATGGATAACACTACGTGGACTTAGTGAGTTAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119030	ATACCTATTTGTGGTCATATGGATAACACTACGTGGACTTAGTGAGTTAT	119079

CU369554.5	51	CAAAAAACATACAAATGAACAAACAAAAACAATGATGACAGGAAGTTGGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119080	CAAAAAACATACAAATGAACAAACAAAAACAATGATGACAGGAAGTTGGG	119129

CU369554.5	101	AGGGGACATTTTGGAGGGATTTGGAGGGTTAGAGGTGCAAATTGGGGGGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119130	AGGGGACATTTTGGAGGGATTTGGAGGGTTAGAGGTGCAAATTGGGGGGA	119179

CU369554.5	151	TAGATATAAACACACACACACACACACACACATTTGAAATTCTCCAAACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119180	TAGATATAAACACACACACACACACACACACATTTGAAATTCTCCAAACT	119229

CU369554.5	201	AAAGAAAAATTTAAAGGAATACTATATAATAATTTATTTCGATAAGAAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119230	AAAGAAAAATTTAAAGGAATACTATATAATAATTTATTTCGATAAGAAAT	119279

CU369554.5	251	TGGCAGTAATTGAAATCAAGAGATATTGTGGCAAATGAAAATAAGATGGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119280	TGGCAGTAATTGAAATCAAGAGATATTGTGGCAAATGAAAATAAGATGGG	119329

CU369554.5	301	TATATGAGGCCTGTGCTGACTATAGACACATCAGGGGAGTGGGACATAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119330	TATATGAGGCCTGTGCTGACTATAGACACATCAGGGGAGTGGGACATAAT	119379

CU369554.5	351	TATCAGTATTGAGACAGGAAATCATGATGTCAAACTATGGATGAAGTAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119380	TATCAGTATTGAGACAGGAAATCATGATGTCAAACTATGGATGAAGTAGA	119429

CU369554.5	401	GGAGTCAGATACAATAAAGTCTACAAGTGAAGCCTGTGAGAGCCTTGGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119430	GGAGTCAGATACAATAAAGTCTACAAGTGAAGCCTGTGAGAGCCTTGGAA	119479

CU369554.5	451	CATTTTTAGTTTTAGATGTGCAAATTTGAATTTATGTTTGGCATTCATAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119480	CATTTTTAGTTTTAGATGTGCAAATTTGAATTTATGTTTGGCATTCATAT	119529

CU369554.5	501	TCATCCCTGGCAAAAATGAAAGGATTTTTTTCTTATAATCTCAAAACATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119530	TCATCCCTGGCAAAAATGAAAGGATTTTTTTCTTATAATCTCAAAACATT	119579

CU369554.5	551	TGTATAATAATATGGATTTGCTGGCAGAAAAAAATAGAATGTGAAAGTAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119580	TGTATAATAATATGGATTTGCTGGCAGAAAAAAATAGAATGTGAAAGTAC	119629

CU369554.5	601	TCTGGGAAATCTGCTGGAGATTTGATATGTGGATATGTGTTTAAAATTAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119630	TCTGGGAAATCTGCTGGAGATTTGATATGTGGATATGTGTTTAAAATTAA	119679

CU369554.5	651	GTCAGAATAATATTGTGTTACTATTATGTTTCGTTGAAGAATACAGAATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119680	GTCAGAATAATATTGTGTTACTATTATGTTTCGTTGAAGAATACAGAATT	119729

CU369554.5	701	TTCTTCACACATATGGTCTTTGTGTGCCTTCAAGTACTGAGTTAACTTAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119730	TTCTTCACACATATGGTCTTTGTGTGCCTTCAAGTACTGAGTTAACTTAG	119779

CU369554.5	751	CAGCTTCTTTTGGTGTGCTTCTTTTTTTCTGTTCTGCTTCTTCTCTTACC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119780	CAGCTTCTTTTGGTGTGCTTCTTTTTTTCTGTTCTGCTTCTTCTCTTACC	119829

CU369554.5	801	TAGAACAAGCTCTAACTTCTCTGCTTCTCATATCAAAACATACCAACGAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119830	TAGAACAAGCTCTAACTTCTCTGCTTCTCATATCAAAACATACCAACGAA	119879

CU369554.5	851	GTGTGCGAAACTGTTTATCTGTTGATATTTCAGGGCTACATAAAGGACTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119880	GTGTGCGAAACTGTTTATCTGTTGATATTTCAGGGCTACATAAAGGACTC	119929

CU369554.5	901	TGTTTATTTTTATACATTGTCAATGTTCATAAACATTTTACATTAATCCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119930	TGTTTATTTTTATACATTGTCAATGTTCATAAACATTTTACATTAATCCT	119979

CU369554.5	951	AGTATTCACAGACTTTTGCTGAAATCTTAAAAATGCTGGAGATCTCAAGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	119980	AGTATTCACAGACTTTTGCTGAAATCTTAAAAATGCTGGAGATCTCAAGA	120029

CU369554.5	1001	GAGAAAGTATCTTTCACAAAACATGTCTTTACATGTCACAGACCCAATGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120030	GAGAAAGTATCTTTCACAAAACATGTCTTTACATGTCACAGACCCAATGA	120079

CU369554.5	1051	TCATGCTCACAGTGGTTAGGAATTCTTTGTAGTGATACCTCTTTGGGACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120080	TCATGCTCACAGTGGTTAGGAATTCTTTGTAGTGATACCTCTTTGGGACA	120129

CU369554.5	1101	ATATTCACGATCTGGGAAAGCCACTTTTCTGTTGCTAACATATAACTAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120130	ATATTCACGATCTGGGAAAGCCACTTTTCTGTTGCTAACATATAACTAAA	120179

CU369554.5	1151	ATTCATCGTGTGTTGACAGTCCATGTCTTTGAAGCTAAAGCTCTGAAGCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120180	ATTCATCGTGTGTTGACAGTCCATGTCTTTGAAGCTAAAGCTCTGAAGCT	120229

CU369554.5	1201	ATACACAGTCAATGGCCATGCTCCATCTGATGAATCAGACTGTATTTGGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120230	ATACACAGTCAATGGCCATGCTCCATCTGATGAATCAGACTGTATTTGGT	120279

CU369554.5	1251	CATCTTCTTTAAGAGCTTTGGAGACACCAGATTACATTTGTCAAACTGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120280	CATCTTCTTTAAGAGCTTTGGAGACACCAGATTACATTTGTCAAACTGAA	120329

CU369554.5	1301	TTGAAATAAGCAGTGATATCACTCATGGTTTTAACAGATATGTAAACTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120330	TTGAAATAAGCAGTGATATCACTCATGGTTTTAACAGATATGTAAACTTT	120379

CU369554.5	1351	ACTGTTGATAGGGACAGAAGTGTGAGTAGGGCTGAGATTCTACATGATGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120380	ACTGTTGATAGGGACAGAAGTGTGAGTAGGGCTGAGATTCTACATGATGA	120429

CU369554.5	1401	TAAGACTAACCCATGGTCCATACCATGAGCAGCAAAACAGTACTAAACTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120430	TAAGACTAACCCATGGTCCATACCATGAGCAGCAAAACAGTACTAAACTA	120479

CU369554.5	1451	TTGGTTCCTAGGGTTTCCAATTTACTTGTTACAGAGTGAGCTGGGCATTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120480	TTGGTTCCTAGGGTTTCCAATTTACTTGTTACAGAGTGAGCTGGGCATTT	120529

CU369554.5	1501	ATAGCTCAGTATGTTTCAACCAGAACACTTCTAACATGGTAAGAGGTCAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120530	ATAGCTCAGTATGTTTCAACCAGAACACTTCTAACATGGTAAGAGGTCAT	120579

CU369554.5	1551	GTGTGTGCACATGAACGTGTGTGTGTATGTGTGCATGTATTGTGCATTGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120580	GTGTGTGCACATGAACGTGTGTGTGTATGTGTGCATGTATTGTGCATTGT	120629

CU369554.5	1601	GCATGTGTGTGTATGAGTGTGGTGTTTTGGAATACCGAGCCTCTTTTGCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120630	GCATGTGTGTGTATGAGTGTGGTGTTTTGGAATACCGAGCCTCTTTTGCC	120679

CU369554.5	1651	AAAGAGTATCATGCATTTAAGCTTTAGTCACTTGAAGTATAAACCACAAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120680	AAAGAGTATCATGCATTTAAGCTTTAGTCACTTGAAGTATAAACCACAAC	120729

CU369554.5	1701	TCACATACAGATGAGAGTTAAAGTTTATTTCAAATAGTAAAATGTTTATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120730	TCACATACAGATGAGAGTTAAAGTTTATTTCAAATAGTAAAATGTTTATT	120779

CU369554.5	1751	TGGGCACATTTCTCTTTTTGTCCCCTATAATAAAAGGCATCATATATTTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120780	TGGGCACATTTCTCTTTTTGTCCCCTATAATAAAAGGCATCATATATTTG	120829

CU369554.5	1801	TAAGACACATGCTCCTGGCTAAGGTTCAGCTGGAGTACCATCCTGGCAGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120830	TAAGACACATGCTCCTGGCTAAGGTTCAGCTGGAGTACCATCCTGGCAGG	120879

CU369554.5	1851	CCTTTTTCATTTGTGACTGCTATCCATGTGTTCTAGACAGGGCCTGTGCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120880	CCTTTTTCATTTGTGACTGCTATCCATGTGTTCTAGACAGGGCCTGTGCC	120929

CU369554.5	1901	AGATAGGGAGGTTCTTGTGCCTCAGGTGCTGGTATGGGTTTGGCTGCCCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120930	AGATAGGGAGGTTCTTGTGCCTCAGGTGCTGGTATGGGTTTGGCTGCCCT	120979

CU369554.5	1951	TCCCGGGACTTCCAGCTGCAACAGTGTTTTCCTTTGTGCTCCGAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372918.5	120980	TCCCGGGACTTCCAGCTGCAACAGTGTTTTCCTTTGTGCTCCGAGAATTC	121029

Overview

Query
CU369554.5 - 22916 bps
Hit
CU372918.5 - 121029 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link