<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU372905.3	1	GAATTCATCAAAGGGATTCACATAGTGGGTTGCCTGTTGAATTTGGGAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	169548	GAATTCATCAAAGGGATTCACATAGTGGGTTGCCTGTTGAATTTGGGAAT	169597

CU372905.3	51	TTGGAGAGAATATGTCAGGAAGGAAAGGAAGAATCAATGATACAAAGCAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	169598	TTGGAGAGAATATGTCAGGAAGGAAAGGAAGAATCAATGATACAAAGCAA	169647

CU372905.3	101	ATAAAAATAAGAAAATCACTTTCTATCTTGAGAGAAAGAGCAGAATTGGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	169648	ATAAAAATAAGAAAATCACTTTCTATCTTGAGAGAAAGAGCAGAATTGGT	169697

CU372905.3	151	CAGGGGAAGAATGCCATCATGTTGTTAGAGTCTCATTTCCATTGTCATGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	169698	CAGGGGAAGAATGCCATCATGTTGTTAGAGTCTCATTTCCATTGTCATGA	169747

CU372905.3	201	CAGAGTTCCAGAGACTAAGGTAGTTTACAAAGAAGGAGATTCACCCAGAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	169748	CAGAGTTCCAGAGACTAAGGTAGTTTACAAAGAAGGAGATTCACCCAGAC	169797

CU372905.3	251	CACAGTCCTTGAGACTAGGAAATCATACAGCATTACCCTGACATCTGTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	169798	CACAGTCCTTGAGACTAGGAAATCATACAGCATTACCCTGACATCTGTTT	169847

CU372905.3	301	GGTTTTGTGGTGAATACCCAGTGCTGTTTCATGGCAGACCAGTGGATTCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	169848	GGTTTTGTGGTGAATACCCAGTGCTGTTTCATGGCAGACCAGTGGATTCC	169897

CU372905.3	351	TGGAGAAGAGCTGGATTATAGGGGTGGCCTTGATTATAAGAATGCATATC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	169898	TGGAGAAGAGCTGGATTATAGGGGTGGCCTTGATTATAAGAATGCATATC	169947

CU372905.3	401	CCAGGTACCTCTGCCCACCCTGCAAGAAAAGCATCCAACTTCATGAAGGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	169948	CCAGGTACCTCTGCCCACCCTGCAAGAAAAGCATCCAACTTCATGAAGGT	169997

CU372905.3	451	GATGTCACAAGACTTAATTATCTCTCAATGGCAGCTCCAGCTCAAAATGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	169998	GATGTCACAAGACTTAATTATCTCTCAATGGCAGCTCCAGCTCAAAATGC	170047

CU372905.3	501	TATTATATTAACAATCATGTTTCAGTATGAGTTTTGGAAGGGACAAATCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170048	TATTATATTAACAATCATGTTTCAGTATGAGTTTTGGAAGGGACAAATCA	170097

CU372905.3	551	TATCTACTCTACAGGATACATATTAGTGCATTGAATATCAGTAGTTAATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170098	TATCTACTCTACAGGATACATATTAGTGCATTGAATATCAGTAGTTAATA	170147

CU372905.3	601	CTGATGTTGTAAAAGTATAGCCTTGGTTTCTTACCCAAAGATGACACTGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170148	CTGATGTTGTAAAAGTATAGCCTTGGTTTCTTACCCAAAGATGACACTGA	170197

CU372905.3	651	GAGATAGGGTGAAATTGGATTAAGATTTGAGAAGGTTCTTAGGATTAAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170198	GAGATAGGGTGAAATTGGATTAAGATTTGAGAAGGTTCTTAGGATTAAGA	170247

CU372905.3	701	TGGGGGGAGAAAATAGAACCGATTCTTAGCTTTGGGGCCCCCACGTTACT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170248	TGGGGGGAGAAAATAGAACCGATTCTTAGCTTTGGGGCCCCCACGTTACT	170297

CU372905.3	751	TAAACACCTCGATTAAATTGCTAAAAATAACGGTCTATATGAGATCATGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170298	TAAACACCTCGATTAAATTGCTAAAAATAACGGTCTATATGAGATCATGA	170347

CU372905.3	801	GTGTTTGGAGCTGGACCTGTTACTTTGTTTCTGAGCCCAAACATCTAAAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170348	GTGTTTGGAGCTGGACCTGTTACTTTGTTTCTGAGCCCAAACATCTAAAG	170397

CU372905.3	851	AGAAACAATTTAGGGACAGGGGATTTTATTGGCTGTGTCTTGGGAGGGAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170398	AGAAACAATTTAGGGACAGGGGATTTTATTGGCTGTGTCTTGGGAGGGAT	170447

CU372905.3	901	ATTTGGGAGCAGAACTGGCTTGGTCTGTGGTCCCAACTAAAAAGGGGCGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170448	ATTTGGGAGCAGAACTGGCTTGGTCTGTGGTCCCAACTAAAAAGGGGCGT	170497

CU372905.3	951	GGCAATGCTCTCCCAGCCTTTTGATATTTGTTTTTTTGTTTAACCATTTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170498	GGCAATGCTCTCCCAGCCTTTTGATATTTGTTTTTTTGTTTAACCATTTG	170547

CU372905.3	1001	TTTACCCATCTGAGTACCATTCTGCTGGGTGGTGCCCCCCACACTCAAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170548	TTTACCCATCTGAGTACCATTCTGCTGGGTGGTGCCCCCCACACTCAAAG	170597

CU372905.3	1051	CATTTCCTCTTTAGTTAGACATCTCTGGAAAGGCTCCCAAAGACACATCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170598	CATTTCCTCTTTAGTTAGACATCTCTGGAAAGGCTCCCAAAGACACATCC	170647

CU372905.3	1101	AGAGGTGTGCCTCCTGGGTGACACCAAGTCGAGTCAAGTTCATGGTGATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170648	AGAGGTGTGCCTCCTGGGTGACACCAAGTCGAGTCAAGTTCATGGTGATT	170697

CU372905.3	1151	ATATTAACTACCCTTAGGAGGCCAGTCATGATTTTTTTGTATTGAAGGAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170698	ATATTAACTACCCTTAGGAGGCCAGTCATGATTTTTTTGTATTGAAGGAA	170747

CU372905.3	1201	GTAGGGGATTTTTTTTTTTCCTTCAAAAGTGCTTTTTCGTAAATTATGAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170748	GTAGGGGATTTTTTTTTTTCCTTCAAAAGTGCTTTTTCGTAAATTATGAT	170797

CU372905.3	1251	CCTCTCCTGCCTGAGTCATGTCTTCGTTTTGCTCAGTTATAGCTTACAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170798	CCTCTCCTGCCTGAGTCATGTCTTCGTTTTGCTCAGTTATAGCTTACAAT	170847

CU372905.3	1301	GAGGGAAAGCATCAAAGTGTATGAACTCATACAGTCACATGCATATATGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170848	GAGGGAAAGCATCAAAGTGTATGAACTCATACAGTCACATGCATATATGC	170897

CU372905.3	1351	AGATACACACGCAGACCACACTCACACACACATCTACATACATATGCACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170898	AGATACACACGCAGACCACACTCACACACACATCTACATACATATGCACA	170947

CU372905.3	1401	GATATATGCATATGCACATGTACACATGTGCACACATATTCACTTTCCAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170948	GATATATGCATATGCACATGTACACATGTGCACACATATTCACTTTCCAA	170997

CU372905.3	1451	AGACTATGTGAAAGCCCATGTGAATTAAGGAATTTCATGTGTTCAAAGTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	170998	AGACTATGTGAAAGCCCATGTGAATTAAGGAATTTCATGTGTTCAAAGTT	171047

CU372905.3	1501	GCTTTTAAATGTCAAAAGTCCTAGTGAGAGTTAGGAATGGCAGAAAGTTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	171048	GCTTTTAAATGTCAAAAGTCCTAGTGAGAGTTAGGAATGGCAGAAAGTTG	171097

CU372905.3	1551	TATTAAAAAGAGGAAGAGAGACACAGAGGAAGGCCCTAGATTTTTGGAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	171098	TATTAAAAAGAGGAAGAGAGACACAGAGGAAGGCCCTAGATTTTTGGAAA	171147

CU372905.3	1601	TGCATTAAGTTGCAAGGGGGATGATTTTATCACACATCCTCCTCAGTGTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	171148	TGCATTAAGTTGCAAGGGGGATGATTTTATCACACATCCTCCTCAGTGTT	171197

CU372905.3	1651	CACCTGCATGTGCACTGTCAGATCTCTAGAGTCTCAGTACAGGTTATTCG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	171198	CACCTGCATGTGCACTGTCAGATCTCTAGAGTCTCAGTACAGGTTATTCG	171247

CU372905.3	1701	CTTTCCCAGAAATCCCAAACATTTTCTGCATTTATTTTGTGATAAAACAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	171248	CTTTCCCAGAAATCCCAAACATTTTCTGCATTTATTTTGTGATAAAACAA	171297

CU372905.3	1751	AACAAAACAAATGTAATCACTGGTTGTGGAATTTTTTGCTTCATGCCTAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	171298	AACAAAACAAATGTAATCACTGGTTGTGGAATTTTTTGCTTCATGCCTAA	171347

CU372905.3	1801	GCTAATTTTAAATTCTCAATGTTTTACATTATTTTAGTTACCAACTATCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	171348	GCTAATTTTAAATTCTCAATGTTTTACATTATTTTAGTTACCAACTATCT	171397

CU372905.3	1851	CTTGGTTGAACTTCCTATCACATTTAATTATTATTTCTGATGACAATTAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	171398	CTTGGTTGAACTTCCTATCACATTTAATTATTATTTCTGATGACAATTAA	171447

CU372905.3	1901	AAAAGCAATAGATGGAAAGAAATGGTATAAAATACTAACCTAATGTATCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	171448	AAAAGCAATAGATGGAAAGAAATGGTATAAAATACTAACCTAATGTATCA	171497

CU372905.3	1951	ATTTTGATACTAGCAGTTGCTAGTAATCAGAGTACAGGAATCAGGTAAAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372910.8	171498	ATTTTGATACTAGCAGTTGCTAGTAATCAGAGTACAGGAATCAGGTAAAG	171547

Overview

Query
CU372905.3 - 139778 bps
Hit
CU372910.8 - 171547 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link