<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU372906.4	1	GAATTCATGATGGTTACCCAAAACTTAGGCAAGGAAATAAACTGAAACCG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165152	GAATTCATGATGGTTACCCAAAACTTAGGCAAGGAAATAAACTGAAACCG	165201

CU372906.4	51	AAAATTTAATGAGTGTCCATAAAGTATAACAACAACAACAACAACACAAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165202	AAAATTTAATGAGTGTCCATAAAGTATAACAACAACAACAACAACACAAC	165251

CU372906.4	101	ATCATCAAAAACAACAAGAAAAACCCTCTAATTCAAATCTGAATGATATA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165252	ATCATCAAAAACAACAAGAAAAACCCTCTAATTCAAATCTGAATGATATA	165301

CU372906.4	151	TCCCTACATGGGGTTGTATACTTCCCATAAATGAGATGTCAGTCAGGAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165302	TCCCTACATGGGGTTGTATACTTCCCATAAATGAGATGTCAGTCAGGAAT	165351

CU372906.4	201	ACTTTAGAAGAGGATTCTGATGTCAGTAATAACTATCAACTTGAAAGAGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165352	ACTTTAGAAGAGGATTCTGATGTCAGTAATAACTATCAACTTGAAAGAGG	165401

CU372906.4	251	CTAGAACTTCTTGGGAGATGGTCCTCTGGGCATGAAGATGAAGTGTGAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165402	CTAGAACTTCTTGGGAGATGGTCCTCTGGGCATGAAGATGAAGTGTGAAG	165451

CU372906.4	301	ACATGCTCACACCAGGCATGCTCATCATTCCTTAGGGTCAGGAGGATCTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165452	ACATGCTCACACCAGGCATGCTCATCATTCCTTAGGGTCAGGAGGATCTT	165501

CU372906.4	351	GCACTACACAAAGCACTAGTATTCACCTTTTTCTTTATAGCTGTGGGTGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165502	GCACTACACAAAGCACTAGTATTCACCTTTTTCTTTATAGCTGTGGGTGC	165551

CU372906.4	401	AATGTGACCAGCTACTTCAAGTACCTTGATTTTCCCACTGTGATCGACTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165552	AATGTGACCAGCTACTTCAAGTACCTTGATTTTCCCACTGTGATCGACTA	165601

CU372906.4	451	TCCTATGAACAATAAACTAAAATAAACCACTCTTTCCTTATTTTTTTTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165602	TCCTATGAACAATAAACTAAAATAAACCACTCTTTCCTTATTTTTTTTTT	165651

CU372906.4	501	GTTTCAGGGTATATTAATTGAAGTAAGAGAAAAGGCTAGGACAGGAAAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165652	GTTTCAGGGTATATTAATTGAAGTAAGAGAAAAGGCTAGGACAGGAAAAT	165701

CU372906.4	551	TATAACTTGTAATTTTAAGACCAGTCAGACAAGTTTAAAAATGGGATGTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165702	TATAACTTGTAATTTTAAGACCAGTCAGACAAGTTTAAAAATGGGATGTG	165751

CU372906.4	601	CATGAGAATGTGACATTAATAAAACTGTTATAAGATTTATTAATTATTTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165752	CATGAGAATGTGACATTAATAAAACTGTTATAAGATTTATTAATTATTTC	165801

CU372906.4	651	CTATAAGATTTATACCTGCATGATTCATAAGACACCAGTCAAAGATGCTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165802	CTATAAGATTTATACCTGCATGATTCATAAGACACCAGTCAAAGATGCTG	165851

CU372906.4	701	TTTAACTTCACATTTAAATTAATTAGAACGCTATAAAATGAAGAATCCTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165852	TTTAACTTCACATTTAAATTAATTAGAACGCTATAAAATGAAGAATCCTG	165901

CU372906.4	751	TTTCTTAATCATACACAGAATCATAAATGCCATGTGTTTTATAACCTCAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165902	TTTCTTAATCATACACAGAATCATAAATGCCATGTGTTTTATAACCTCAA	165951

CU372906.4	801	TATGAATAGTTATTCCACATTGGACAGGGCCAATAATGATCATTTCTGCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	165952	TATGAATAGTTATTCCACATTGGACAGGGCCAATAATGATCATTTCTGCA	166001

CU372906.4	851	AAGCCTGCCCTAGAGTACATATAAATTTTATAAATACATTTGTGGCCAAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166002	AAGCCTGCCCTAGAGTACATATAAATTTTATAAATACATTTGTGGCCAAG	166051

CU372906.4	901	TAATAAAAAGCCAACAGAGATTTGAACAGAGGTTAATTTTTCAGTCATAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166052	TAATAAAAAGCCAACAGAGATTTGAACAGAGGTTAATTTTTCAGTCATAG	166101

CU372906.4	951	GAAGCAGATCTCAGCTAGAACTGCCAATGCTGGTCAGACAAATATTGTCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166102	GAAGCAGATCTCAGCTAGAACTGCCAATGCTGGTCAGACAAATATTGTCA	166151

CU372906.4	1001	CACCAACAGGGCATTCCTCCTCAGAGATGTGTCTTTTGACCTTGTGTTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166152	CACCAACAGGGCATTCCTCCTCAGAGATGTGTCTTTTGACCTTGTGTTTT	166201

CU372906.4	1051	CCGATTCCTGGATATGGGATGGCTCCTATAGATATCTACGTTTCTAACAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166202	CCGATTCCTGGATATGGGATGGCTCCTATAGATATCTACGTTTCTAACAA	166251

CU372906.4	1101	GAAAGAAGACAGCAAAGCACAGGCTACCAGCAATATTCTAAACGATGTCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166252	GAAAGAAGACAGCAAAGCACAGGCTACCAGCAATATTCTAAACGATGTCC	166301

CU372906.4	1151	TAAAAGTTCCCACAAAGTTCCACTTGTGTCTCCTTGGTTAGGAGTGGCTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166302	TAAAAGTTCCCACAAAGTTCCACTTGTGTCTCCTTGGTTAGGAGTGGCTA	166351

CU372906.4	1201	CGTCCTTTGAGGTCATAAAGAAGAAAGAGTGCTGAAGAAACTCTTCCAGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166352	CGTCCTTTGAGGTCATAAAGAAGAAAGAGTGCTGAAGAAACTCTTCCAGT	166401

CU372906.4	1251	CAAATCAAGGCATTGCTAGCAAGAAGAAGGGGGAGGAAAATGATGTGAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166402	CAAATCAAGGCATTGCTAGCAAGAAGAAGGGGGAGGAAAATGATGTGAAA	166451

CU372906.4	1301	CCAGATAGAAGTGAATAGCTTTGAAAATCAACCAATGCTGCTTATCAAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166452	CCAGATAGAAGTGAATAGCTTTGAAAATCAACCAATGCTGCTTATCAAAT	166501

CU372906.4	1351	AGATCTCTTTCAAGAAAAAAACTAATTAAAAGATGAAAAATAAAAGACAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166502	AGATCTCTTTCAAGAAAAAAACTAATTAAAAGATGAAAAATAAAAGACAG	166551

CU372906.4	1401	GTAAATGAATTTCCTCTTCTTTGGTGGAAGTTTTAAAGGAGAATGTCTCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166552	GTAAATGAATTTCCTCTTCTTTGGTGGAAGTTTTAAAGGAGAATGTCTCA	166601

CU372906.4	1451	GTTGTGAATCTGCTCAAAATTAACCTCTTCCTTCCCTCTTGGAAGGAGGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166602	GTTGTGAATCTGCTCAAAATTAACCTCTTCCTTCCCTCTTGGAAGGAGGT	166651

CU372906.4	1501	AGAGCTTATAAACACAATTGACTCCAAAGTCATTAATGTTAGACCTTTCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166652	AGAGCTTATAAACACAATTGACTCCAAAGTCATTAATGTTAGACCTTTCA	166701

CU372906.4	1551	CTAAAGGTGCAGAAATTTAATCAAAGCAGATTAACACTTCTAATGTGCTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166702	CTAAAGGTGCAGAAATTTAATCAAAGCAGATTAACACTTCTAATGTGCTC	166751

CU372906.4	1601	TCAATTTTGAGTTAATCTTTTGTATTAGATTCCCTGTGTGGTAGCATTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166752	TCAATTTTGAGTTAATCTTTTGTATTAGATTCCCTGTGTGGTAGCATTTA	166801

CU372906.4	1651	ACACTGAAATGAATTTTCCTACCATCAAAACCTTAGTTGTTTTAAGAATT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166802	ACACTGAAATGAATTTTCCTACCATCAAAACCTTAGTTGTTTTAAGAATT	166851

CU372906.4	1701	TGAGATAAGACTTTTGATAGAAGTATTCTTGCCCAAATGAATAGAGTGGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166852	TGAGATAAGACTTTTGATAGAAGTATTCTTGCCCAAATGAATAGAGTGGA	166901

CU372906.4	1751	ATTTCTTAATATTTATTAAAGAAAAAAATACTGGAGGATATGTATTCTAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166902	ATTTCTTAATATTTATTAAAGAAAAAAATACTGGAGGATATGTATTCTAA	166951

CU372906.4	1801	GAAAAATGCCTAAAACTTTGCTTTTCATAGCCTACATTGGGAAAGAAACA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	166952	GAAAAATGCCTAAAACTTTGCTTTTCATAGCCTACATTGGGAAAGAAACA	167001

CU372906.4	1851	AGGTTTTGAAAACTATGCATCAATATATTTTAAAACACTTAAAGAAAATG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	167002	AGGTTTTGAAAACTATGCATCAATATATTTTAAAACACTTAAAGAAAATG	167051

CU372906.4	1901	GTATGTGTTTCAAAGATGGTGAGGCAACATACATTAAACATATTTCTTCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	167052	GTATGTGTTTCAAAGATGGTGAGGCAACATACATTAAACATATTTCTTCA	167101

CU372906.4	1951	TAACAGCAATATTTTGTAAAATGTGAAAATACTGAAAGGATATCGAACAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372909.5	167102	TAACAGCAATATTTTGTAAAATGTGAAAATACTGAAAGGATATCGAACAT	167151

Overview

Query
CU372906.4 - 161637 bps
Hit
CU372909.5 - 167151 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link