<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU407006.6	1	TCTTCACTTGAAGGCTGCTAGTGGAAGACTGACTTCCAAGCAGCTAAGAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	159638	TCTTCACTTGAAGGCTGCTAGTGGAAGACTGACTTCCAAGCAGCTAAGAT	159687

CU407006.6	51	GAGGGTCTTCAAGCCCTCACCCACAGTGACATACCTACTCCAACAGGGCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	159688	GAGGGTCTTCAAGCCCTCACCCACAGTGACATACCTACTCCAACAGGGCT	159737

CU407006.6	101	ACACCTCCTAATAGTATCACTCCCTGGGCCTAGCATATACACAGCATCAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	159738	ACACCTCCTAATAGTATCACTCCCTGGGCCTAGCATATACACAGCATCAT	159787

CU407006.6	151	ACTAGGCTTCAAACTCTGGTCCTATGTAAGGGTGATTCATTCTTCTAATC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	159788	ACTAGGCTTCAAACTCTGGTCCTATGTAAGGGTGATTCATTCTTCTAATC	159837

CU407006.6	201	ACTGTGCTAGCTCTTCAACCACTGCTCCCTAGTTTTTAATATGGTCCCAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	159838	ACTGTGCTAGCTCTTCAACCACTGCTCCCTAGTTTTTAATATGGTCCCAA	159887

CU407006.6	251	CCTTCAGAAGGGACATTGCTAGTGGTTGGTAAATCCCTAGTGCTTAAACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	159888	CCTTCAGAAGGGACATTGCTAGTGGTTGGTAAATCCCTAGTGCTTAAACA	159937

CU407006.6	301	GATTAAAACTTTAAAGCAAGTGATGAAGACACAGCAGGAATGTAATTACC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	159938	GATTAAAACTTTAAAGCAAGTGATGAAGACACAGCAGGAATGTAATTACC	159987

CU407006.6	351	ATTTAACCTAAAAATAGTGGAATAAAAAAAAAAACAGATACACGTGTTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	159988	ATTTAACCTAAAAATAGTGGAATAAAAAAAAAAACAGATACACGTGTTTA	160037

CU407006.6	401	AGGATAATATTCACATTTTTTTCAACTTGCCAAAAATAAAATGAACAGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160038	AGGATAATATTCACATTTTTTTCAACTTGCCAAAAATAAAATGAACAGAA	160087

CU407006.6	451	ATACTTGGTATCATATTATGAACAAACTCTAAAAATGGGCAAGGGTTTCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160088	ATACTTGGTATCATATTATGAACAAACTCTAAAAATGGGCAAGGGTTTCA	160137

CU407006.6	501	AATTATCCAGACTTGGAAAGACTCCATTTGAAGAAATAGCTTCCGACACA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160138	AATTATCCAGACTTGGAAAGACTCCATTTGAAGAAATAGCTTCCGACACA	160187

CU407006.6	551	CACGAAGGCAACCAGAGAAACATGCTGGGTAAACACAGCTAATATCTATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160188	CACGAAGGCAACCAGAGAAACATGCTGGGTAAACACAGCTAATATCTATT	160237

CU407006.6	601	ATTAAGAAATCTGTATTTATGTTTTAGAACAGCTTGCACTGTGCACTATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160238	ATTAAGAAATCTGTATTTATGTTTTAGAACAGCTTGCACTGTGCACTATA	160287

CU407006.6	651	TGATTTAATTACAAATAAAAACCATGTATGGGTGAACTTAAAATTATTCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160288	TGATTTAATTACAAATAAAAACCATGTATGGGTGAACTTAAAATTATTCT	160337

CU407006.6	701	GGCAAGTGTATATTGTTCCTTAGTTTATAAAATACTTTAAGTGCTTACTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160338	GGCAAGTGTATATTGTTCCTTAGTTTATAAAATACTTTAAGTGCTTACTA	160387

CU407006.6	751	TGTCTTTGGTTCATATGAGTCAGGAGATAGAAAGTTGCATCCAAAAAAGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160388	TGTCTTTGGTTCATATGAGTCAGGAGATAGAAAGTTGCATCCAAAAAAGC	160437

CU407006.6	801	AAAAAAACGCATGCTAGATGAAACAGATGATGTTGATAAGGTTCAAGGGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160438	AAAAAAACGCATGCTAGATGAAACAGATGATGTTGATAAGGTTCAAGGGT	160487

CU407006.6	851	TATGATAATCACCCAAAGGGAGAAATAAGGTATAGATGCAATTCAAAATG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160488	TATGATAATCACCCAAAGGGAGAAATAAGGTATAGATGCAATTCAAAATG	160537

CU407006.6	901	AACTTAAAATATTCAAAATATTTTTTGTATATAAGGCATCAAATAAGCCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160538	AACTTAAAATATTCAAAATATTTTTTGTATATAAGGCATCAAATAAGCCA	160587

CU407006.6	951	TAAATTATAAGAAAGGGAGGTAAAGGCAATAAACAGTCCTGGTATGGAAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160588	TAAATTATAAGAAAGGGAGGTAAAGGCAATAAACAGTCCTGGTATGGAAC	160637

CU407006.6	1001	ACTGGGTAAGGTAGCCTGGCTTTTTACATCTTAAGAAACTCTAAACCGTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160638	ACTGGGTAAGGTAGCCTGGCTTTTTACATCTTAAGAAACTCTAAACCGTA	160687

CU407006.6	1051	GTTGAAAATAAAATGGGAGACAACTTAAGCAGCCTTTGAGCCTCACACTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160688	GTTGAAAATAAAATGGGAGACAACTTAAGCAGCCTTTGAGCCTCACACTG	160737

CU407006.6	1101	AGATATGCAAAATATTTCATAATTAAAACTAAGATAATTGGTGTACTTTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160738	AGATATGCAAAATATTTCATAATTAAAACTAAGATAATTGGTGTACTTTA	160787

CU407006.6	1151	TCAGGATGTTCATCCAGCCACAGTAGGAAGGTCTTAGAGGTAGGGAGACC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160788	TCAGGATGTTCATCCAGCCACAGTAGGAAGGTCTTAGAGGTAGGGAGACC	160837

CU407006.6	1201	AGTCAAGAGGACATTGTGGTACCATTTCTAAGGTTTTTATCTCTGAAAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160838	AGTCAAGAGGACATTGTGGTACCATTTCTAAGGTTTTTATCTCTGAAAAA	160887

CU407006.6	1251	AAATTAAGGACAGATTTTAATAAAATTACTGTCAATTTTTCTTAGAGCAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160888	AAATTAAGGACAGATTTTAATAAAATTACTGTCAATTTTTCTTAGAGCAA	160937

CU407006.6	1301	ACTGGTTTAATTGATATCACTATAGATAAAATGACTTGCCAAGGAACTCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160938	ACTGGTTTAATTGATATCACTATAGATAAAATGACTTGCCAAGGAACTCC	160987

CU407006.6	1351	TAAGAATGAAAGTGATTACATGTATCTGGAAGAAATAACCTGTTCGGTTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	160988	TAAGAATGAAAGTGATTACATGTATCTGGAAGAAATAACCTGTTCGGTTG	161037

CU407006.6	1401	TTGTTGTTTTGATTGGTTCCCACAGAAAGAAACTAATACTAGCATATTCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	161038	TTGTTGTTTTGATTGGTTCCCACAGAAAGAAACTAATACTAGCATATTCC	161087

CU407006.6	1451	CCGGGCCTACCGGGCATAAGAGCAAATAAAGATCTTAGGAGAAGGAATTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	161088	CCGGGCCTACCGGGCATAAGAGCAAATAAAGATCTTAGGAGAAGGAATTT	161137

CU407006.6	1501	ACCTAGTCCATGACAGTTCCTGCCATCTATGACCAATATTAGGTACCCCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	161138	ACCTAGTCCATGACAGTTCCTGCCATCTATGACCAATATTAGGTACCCCC	161187

CU407006.6	1551	CCCCTGCCAGTAATGGGGGCTGATCTTGAAACTGAGAACTATACACATTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	161188	CCCCTGCCAGTAATGGGGGCTGATCTTGAAACTGAGAACTATACACATTG	161237

CU407006.6	1601	GTAGCCACACAAGACAGCATCACAGACCCTGAAGAAGCCATTGACAGTGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	161238	GTAGCCACACAAGACAGCATCACAGACCCTGAAGAAGCCATTGACAGTGT	161287

CU407006.6	1651	TGTCAGTCCTAATCATTCAGGAGACATCCAAGTGGAATGGAGAGTAGAAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	161288	TGTCAGTCCTAATCATTCAGGAGACATCCAAGTGGAATGGAGAGTAGAAG	161337

CU407006.6	1701	ACATCTTTCCTGAAAGCTGACTTATGATCACCACTTTCAATAAGGACTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	161338	ACATCTTTCCTGAAAGCTGACTTATGATCACCACTTTCAATAAGGACTTA	161387

CU407006.6	1751	CCACAGATAGTAATTAATACAGAAATATATGGAAACAAAAAGGAGTAGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	161388	CCACAGATAGTAATTAATACAGAAATATATGGAAACAAAAAGGAGTAGAA	161437

CU407006.6	1801	GTCAAAAGAGGAATAAAGACTCAGTAAGGAAAACTTTGTTGACATAGATG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	161438	GTCAAAAGAGGAATAAAGACTCAGTAAGGAAAACTTTGTTGACATAGATG	161487

CU407006.6	1851	ATGCTTGGGGGGGCGGGTTAATTAGTGGTTATTTTTTTTCTTTAAACATC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	161488	ATGCTTGGGGGGGCGGGTTAATTAGTGGTTATTTTTTTTCTTTAAACATC	161537

CU407006.6	1901	TTTAAATTGTATTTCAAAACTGGCAATACATTGTACCATATATGTACAGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	161538	TTTAAATTGTATTTCAAAACTGGCAATACATTGTACCATATATGTACAGA	161587

CU407006.6	1951	TGTATATAAGTATATATGTTTGTTCTCTATTCATTTAACTCCCAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372906.4	161588	TGTATATAAGTATATATGTTTGTTCTCTATTCATTTAACTCCCAGAATTC	161637

Overview

Query
CU407006.6 - 147389 bps
Hit
CU372906.4 - 161637 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link