<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU468163.3	1	GAGCCCTAAGATTGTGTTATTTACTGCAAATACCTGTTTCTAGTTGTGTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	137779	GAGCCCTAAGATTGTGTTATTTACTGCAAATACCTGTTTCTAGTTGTGTT	137828

CU468163.3	51	GTGGCTTAGTTCTTAGCTCTCACCTTTAATCCTTCTGGCTAGAATATAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	137829	GTGGCTTAGTTCTTAGCTCTCACCTTTAATCCTTCTGGCTAGAATATAGA	137878

CU468163.3	101	CATATCCTTAGTATACATCTTTAATCCCAAACAGTAAAGGTAAAGTTAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	137879	CATATCCTTAGTATACATCTTTAATCCCAAACAGTAAAGGTAAAGTTAGT	137928

CU468163.3	151	TTGTAGAAGGAAGCACCCAAATTTAATAATGATGTCTAATTGAGTGACAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	137929	TTGTAGAAGGAAGCACCCAAATTTAATAATGATGTCTAATTGAGTGACAA	137978

CU468163.3	201	AGTGACAAATCAGAGAATCATTTGACAGAATAGGATATGCCAACTCTCAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	137979	AGTGACAAATCAGAGAATCATTTGACAGAATAGGATATGCCAACTCTCAT	138028

CU468163.3	251	GACAAAAGAGAGGAAAGGGAAGTCACTTAATAGACTAGTGCAGAGAAAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138029	GACAAAAGAGAGGAAAGGGAAGTCACTTAATAGACTAGTGCAGAGAAAGA	138078

CU468163.3	301	GGGAGAGAAAGGACGCAATTTCACCAAGATAGTTGTACAGAGACTGTTGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138079	GGGAGAGAAAGGACGCAATTTCACCAAGATAGTTGTACAGAGACTGTTGC	138128

CU468163.3	351	ACAGAGAACAAGCTAGATACAGGTGAAGACAGAACAAGCCAGAGAATGAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138129	ACAGAGAACAAGCTAGATACAGGTGAAGACAGAACAAGCCAGAGAATGAA	138178

CU468163.3	401	ACGGAGCCAGAAGACTAGAGCAGACTTGCAAAGTTAGTTTAAAACTAAGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138179	ACGGAGCCAGAAGACTAGAGCAGACTTGCAAAGTTAGTTTAAAACTAAGC	138228

CU468163.3	451	AGAGCAAAAAGCTGGAAGCTGAGGAGCTAGACTGAATCAATCAGGATACA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138229	AGAGCAAAAAGCTGGAAGCTGAGGAGCTAGACTGAATCAATCAGGATACA	138278

CU468163.3	501	GAGAAATTTGAGCCAGAACAGCAGATTTGAAAGAACTCAAGAGCCAGAGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138279	GAGAAATTTGAGCCAGAACAGCAGATTTGAAAGAACTCAAGAGCCAGAGA	138328

CU468163.3	551	TTAGAAAAAAAACAAGAAAGTGTGAGTTTATTAAGTAGTAAATCTCAGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138329	TTAGAAAAAAAACAAGAAAGTGTGAGTTTATTAAGTAGTAAATCTCAGAA	138378

CU468163.3	601	ACTGAAAATATTCTAGGCTTAGATTAGATTGGATAGAGTCTAGAAGTTTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138379	ACTGAAAATATTCTAGGCTTAGATTAGATTGGATAGAGTCTAGAAGTTTC	138428

CU468163.3	651	CAGGATTAGGCCTTGGTTAGGCGACTGAGTCAGTAAGCCTCACAAACAAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138429	CAGGATTAGGCCTTGGTTAGGCGACTGAGTCAGTAAGCCTCACAAACAAC	138478

CU468163.3	701	AATTACATCAGGGGAATAAATGTTACACATTAACATGTCAACAGTTTTAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138479	AATTACATCAGGGGAATAAATGTTACACATTAACATGTCAACAGTTTTAT	138528

CU468163.3	751	TTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTCTATCATGTTCTCCTGCCACAAGGGAGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138529	TTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTCTATCATGTTCTCCTGCCACAAGGGAGG	138578

CU468163.3	801	ATGTCTTTGAAAACATGATATTGGGCTGGAGAGATGGCTCTGTGGTTAAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138579	ATGTCTTTGAAAACATGATATTGGGCTGGAGAGATGGCTCTGTGGTTAAG	138628

CU468163.3	851	AGCACTAACTGCTCTTCCGGAGGTCCTGAGATCAATTCCCAGCAACCACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138629	AGCACTAACTGCTCTTCCGGAGGTCCTGAGATCAATTCCCAGCAACCACA	138678

CU468163.3	901	TGGTGGCTCACATCCATTTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138679	TGGTGGCTCACATCCATTTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTG	138728

CU468163.3	951	TCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATCTACATACAATAAATAAAATCAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138729	TCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATCTACATACAATAAATAAAATCAAT	138778

CU468163.3	1001	CTTAAAAAAAAAAAAAGAAAACATATATTAAATGAGTATTTCCTCCCATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138779	CTTAAAAAAAAAAAAAGAAAACATATATTAAATGAGTATTTCCTCCCATA	138828

CU468163.3	1051	AATGGTTCTTTTTCAGGTATATTTTTCAAAAATGGTATTGCTGGGTCTTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138829	AATGGTTCTTTTTCAGGTATATTTTTCAAAAATGGTATTGCTGGGTCTTC	138878

CU468163.3	1101	AGATAGATCTATTTCCAATTTTCTCAGGGACCTCCAAATTGATTTCCAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138879	AGATAGATCTATTTCCAATTTTCTCAGGGACCTCCAAATTGATTTCCAGA	138928

CU468163.3	1151	ATGGTTGTACCAGTTTGCAATCCCACCAGCAATGGAGGAATGCTCCTCTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138929	ATGGTTGTACCAGTTTGCAATCCCACCAGCAATGGAGGAATGCTCCTCTT	138978

CU468163.3	1201	TAGCCACATCTTCACTAACATGTGTTGTCACCTGAGGTTGTGATCTTAGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	138979	TAGCCACATCTTCACTAACATGTGTTGTCACCTGAGGTTGTGATCTTAGC	139028

CU468163.3	1251	CTCATTTTGGTGTAAGGTGCAATCTGTGTCATTTCGATTTGCATTTCTCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	139029	CTCATTTTGGTGTAAGGTGCAATCTGTGTCATTTCGATTTGCATTTCTCT	139078

CU468163.3	1301	GATCACTAAGGACTTTGAACATTTCTTTAGGTACTTCTCAGCCATTTGAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	139079	GATCACTAAGGACTTTGAACATTTCTTTAGGTACTTCTCAGCCATTTGAA	139128

CU468163.3	1351	ATTCCTCTGCTGTGAATTCTTGGTTTAGTTTTATACTCCATTTTTGATCG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	139129	ATTCCTCTGCTGTGAATTCTTGGTTTAGTTTTATACTCCATTTTTGATCG	139178

CU468163.3	1401	GTTTGTTTGGATTTTTGGTGGTTAGCTTCTTGAGTTCTTTTATTTTGGAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	139179	GTTTGTTTGGATTTTTGGTGGTTAGCTTCTTGAGTTCTTTTATTTTGGAA	139228

CU468163.3	1451	ACTTTGATGGAAACTAAATAATTCAGAGATATATGGCCTATTCTTACTAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	139229	ACTTTGATGGAAACTAAATAATTCAGAGATATATGGCCTATTCTTACTAT	139278

CU468163.3	1501	TTAATGTTGTTTTTAAGGCCCTAATGATAAATGGTGGAAGAAAATTTAAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	139279	TTAATGTTGTTTTTAAGGCCCTAATGATAAATGGTGGAAGAAAATTTAAC	139328

CU468163.3	1551	AGTAGAAAATAAAAATATCTGTAAGTATATAGAAACCCAACCAACACAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	139329	AGTAGAAAATAAAAATATCTGTAAGTATATAGAAACCCAACCAACACAAT	139378

CU468163.3	1601	TTCTCATTGCTTTTATCAAAAAAGCATTCATTTTATGCCTATAAAGTATG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	139379	TTCTCATTGCTTTTATCAAAAAAGCATTCATTTTATGCCTATAAAGTATG	139428

CU468163.3	1651	CAATTTAGTAGTGTGAATAATATATAAATTTTATGATTTAAAGAATCAGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	139429	CAATTTAGTAGTGTGAATAATATATAAATTTTATGATTTAAAGAATCAGT	139478

CU468163.3	1701	TCCCTGTAGGCCTCATTCACTGTTAAAACATCCTTATATATAGAAATTAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	139479	TCCCTGTAGGCCTCATTCACTGTTAAAACATCCTTATATATAGAAATTAA	139528

CU468163.3	1751	GTAGTTTAAAATAACAAACATTTAAGATTTAAACAAAAACTTAAGAAATC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	139529	GTAGTTTAAAATAACAAACATTTAAGATTTAAACAAAAACTTAAGAAATC	139578

CU468163.3	1801	ATTAATCAAAGTATAGTTTATATAAAAATTAGAAATATAGACATTTAAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	139579	ATTAATCAAAGTATAGTTTATATAAAAATTAGAAATATAGACATTTAAAT	139628

CU468163.3	1851	AATGGCAACACTATATTTTACCAGTGTCACCCAATTATTACATGAGAAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	139629	AATGGCAACACTATATTTTACCAGTGTCACCCAATTATTACATGAGAAAA	139678

CU468163.3	1901	CTTGGAACTTCAAATGCAATTTTGATACATAAAGAAGCATTAAGGGATAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	139679	CTTGGAACTTCAAATGCAATTTTGATACATAAAGAAGCATTAAGGGATAA	139728

CU468163.3	1951	TGAATTATTTATAAGTAAATTTTGAAAAAAACATAAAACCAAGAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372905.3	139729	TGAATTATTTATAAGTAAATTTTGAAAAAAACATAAAACCAAGAGAATTC	139778

Overview

Query
CU468163.3 - 3363 bps
Hit
CU372905.3 - 139778 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link