<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU372922.5	1	ATCCATCCTTTAATGGTACAAGAGTAAGAAATTGGTATTGTTTACTAATA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	20917	ATCCATCCTTTAATGGTACAAGAGTAAGAAATTGGTATTGTTTACTAATA	20966

CU372922.5	51	ACAGGATTTGGCAATAAAACAGGAAACATTTAACTCTGAACATCAGTGTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	20967	ACAGGATTTGGCAATAAAACAGGAAACATTTAACTCTGAACATCAGTGTC	21016

CU372922.5	101	TCAACTTCATATTAATCTTAGAAGGCTGTAGGTTTAATTTTTTTCAAAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21017	TCAACTTCATATTAATCTTAGAAGGCTGTAGGTTTAATTTTTTTCAAAGT	21066

CU372922.5	151	CTACTTTTTTTAAAAATATTTTTTATTACATATTTTCCTCAATTACATTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21067	CTACTTTTTTTAAAAATATTTTTTATTACATATTTTCCTCAATTACATTT	21116

CU372922.5	201	CCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACCCTCCCCCCCACTTCCCTACCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21117	CCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACCCTCCCCCCCACTTCCCTACCC	21166

CU372922.5	251	ACCCATTCCCATTTATTTTTGGCCCTGGTGTTCCCCTGTACTGGAGCATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21167	ACCCATTCCCATTTATTTTTGGCCCTGGTGTTCCCCTGTACTGGAGCATA	21216

CU372922.5	301	TACAGTTTCCGTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21217	TACAGTTTCCGTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGG	21266

CU372922.5	351	CCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21267	CCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGT	21316

CU372922.5	401	TAGTTCATAATGTTGCTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21317	TAGTTCATAATGTTGCTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCT	21366

CU372922.5	451	TGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATCCAATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21367	TGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATCCAATA	21416

CU372922.5	501	GCTGACTGTGAGCCTCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCTGGCATAGTCTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21417	GCTGACTGTGAGCCTCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCTGGCATAGTCTC	21466

CU372922.5	551	ACAAGAGACAGCTACATCTGGGCCCTTTCAACAAAATCTTGCTAGTGTAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21467	ACAAGAGACAGCTACATCTGGGCCCTTTCAACAAAATCTTGCTAGTGTAT	21516

CU372922.5	601	GCAATGGTGTCAGCGTTTGGAAGCTGATTATGGGGTGGATCCCCGGATAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21517	GCAATGGTGTCAGCGTTTGGAAGCTGATTATGGGGTGGATCCCCGGATAT	21566

CU372922.5	651	GGCAGTCTCTAGATGGTCCAATCTTTCGTCTCAGCTTCAAACTTTGTCTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21567	GGCAGTCTCTAGATGGTCCAATCTTTCGTCTCAGCTTCAAACTTTGTCTC	21616

CU372922.5	701	TGTAACTCCTTCTGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGCATATATCCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21617	TGTAACTCCTTCTGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGCATATATCCA	21666

CU372922.5	751	GAAGATGTCCCAACCGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTCATAGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21667	GAAGATGTCCCAACCGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTCATAGC	21716

CU372922.5	801	AGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATGCCCCTCAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21717	AGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATGCCCCTCAA	21766

CU372922.5	851	CAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATTTACACATTGGAGTACTAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21767	CAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATTTACACATTGGAGTACTAC	21816

CU372922.5	901	TCAGCTATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGCCAAATGGATGGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21817	TCAGCTATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGCCAAATGGATGGA	21866

CU372922.5	951	CCTGGAGGGCATCATCCTGAGTGAGGTAACACATTCACAAAGGAACTCAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21867	CCTGGAGGGCATCATCCTGAGTGAGGTAACACATTCACAAAGGAACTCAC	21916

CU372922.5	1001	ACAATATGTACTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAAAACCTAGGATACC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21917	ACAATATGTACTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAAAACCTAGGATACC	21966

CU372922.5	1051	CAAGATATAAGATACAATTTGCTAAACACATGAAACTCAAGAAGAATGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	21967	CAAGATATAAGATACAATTTGCTAAACACATGAAACTCAAGAAGAATGAA	22016

CU372922.5	1101	GACTGAAGTGTGGACACTATGCCCCTCCTTAGAATTGGGAACAAAGTCTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22017	GACTGAAGTGTGGACACTATGCCCCTCCTTAGAATTGGGAACAAAGTCTA	22066

CU372922.5	1151	CTTTTAATGATGGTTCTTAAATGCTTTCACTCCCTTTTAGCCCACCACCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22067	CTTTTAATGATGGTTCTTAAATGCTTTCACTCCCTTTTAGCCCACCACCC	22116

CU372922.5	1201	ACAAGAGGTAGCAGGAAAGAAAGGATACAGGGGAAGTGGACCTGTTTAGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22117	ACAAGAGGTAGCAGGAAAGAAAGGATACAGGGGAAGTGGACCTGTTTAGA	22166

CU372922.5	1251	ATTAGTTCTTTGGAGCAATTCCTAACTGTGTTATTAGGAAATCAGTAGTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22167	ATTAGTTCTTTGGAGCAATTCCTAACTGTGTTATTAGGAAATCAGTAGTT	22216

CU372922.5	1301	CAGTTCACAGAAAGCAGTAGCAGCAGCTTGGTCTACTCACAAACATTTTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22217	CAGTTCACAGAAAGCAGTAGCAGCAGCTTGGTCTACTCACAAACATTTTA	22266

CU372922.5	1351	TGTATATACTAGCAGTCCACTTCGCTAGAGCCAGGAGAGCAAACACAAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22267	TGTATATACTAGCAGTCCACTTCGCTAGAGCCAGGAGAGCAAACACAAAT	22316

CU372922.5	1401	CAGCAACACTGGCACTACCTAGCAGAGACAGCCAGGCCCTAGCCTCAGCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22317	CAGCAACACTGGCACTACCTAGCAGAGACAGCCAGGCCCTAGCCTCAGCA	22366

CU372922.5	1451	CTAGTCATCAGGAGGGACCAGGAGCCAGAAAAAGTTCTTAGCTGTGCATC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22367	CTAGTCATCAGGAGGGACCAGGAGCCAGAAAAAGTTCTTAGCTGTGCATC	22416

CU372922.5	1501	TCTCAGTAAATCGAAGATCAGCAAAGAGGGGAGACCAACAAGCTTTGAAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22417	TCTCAGTAAATCGAAGATCAGCAAAGAGGGGAGACCAACAAGCTTTGAAC	22466

CU372922.5	1551	AGTTAGTACTATAAGCAAGTCAAGCTCAGCCTCTGCCTTAGTCAGGGTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22467	AGTTAGTACTATAAGCAAGTCAAGCTCAGCCTCTGCCTTAGTCAGGGTTT	22516

CU372922.5	1601	CTATTCCTGCACAAAACATAGTGACAACCAAGATGCAAGTTGGGGAGGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22517	CTATTCCTGCACAAAACATAGTGACAACCAAGATGCAAGTTGGGGAGGAA	22566

CU372922.5	1651	AGGGTTTATTCTGCTTACACTTCCAAATTGCTGTTCCTCACCAAAGGAGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22567	AGGGTTTATTCTGCTTACACTTCCAAATTGCTGTTCCTCACCAAAGGAGA	22616

CU372922.5	1701	TCAAGACTGAAATTCAAGCAAGTCAGGATACAGATACAGGAGCTGATAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22617	TCAAGACTGAAATTCAAGCAAGTCAGGATACAGATACAGGAGCTGATAAA	22666

CU372922.5	1751	GAGGCCATGGAACGATGCTTCTTACTGGCTTGCTTCCCCTGGCTTGTTCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22667	GAGGCCATGGAACGATGCTTCTTACTGGCTTGCTTCCCCTGGCTTGTTCA	22716

CU372922.5	1801	GCTTGCTCTCTTATGGAACCCAGGACTACCAGCCCAGGGATGGTGCCACC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22717	GCTTGCTCTCTTATGGAACCCAGGACTACCAGCCCAGGGATGGTGCCACC	22766

CU372922.5	1851	CACAATGGGCCCTCCTCTCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22767	CACAATGGGCCCTCCTCTCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAGC	22816

CU372922.5	1901	TGAATCTCATGGAGGTATTTCCTCACCTGAAGCTCCTTTCCCTGTGATAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22817	TGAATCTCATGGAGGTATTTCCTCACCTGAAGCTCCTTTCCCTGTGATAA	22866

CU372922.5	1951	TTCCAGCTTGTGTCAAGTTGATACACAAAACCAACCAGTACATTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU369554.5	22867	TTCCAGCTTGTGTCAAGTTGATACACAAAACCAACCAGTACATTGAATTC	22916

Overview

Query
CU372922.5 - 57952 bps
Hit
CU369554.5 - 22916 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link