<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU442724.6	1	TATAAAGTGCTAACTATATACCAACTAGTTATTAAATATTTTAATGGTAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	142262	TATAAAGTGCTAACTATATACCAACTAGTTATTAAATATTTTAATGGTAT	142311

CU442724.6	51	ATTGCCTCATTATAATGTTATGCTAATTTTTATTTATTCAACTCATACAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	142312	ATTGCCTCATTATAATGTTATGCTAATTTTTATTTATTCAACTCATACAT	142361

CU442724.6	101	ATGGTCTCTATGTTCTAATTTGTTTCTTTATTACTGGGGCTATAATGTCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	142362	ATGGTCTCTATGTTCTAATTTGTTTCTTTATTACTGGGGCTATAATGTCC	142411

CU442724.6	151	ATTCTTTCCACAAAATCTTTCTCACTTCTGTCTTTTCTTGTAGATTCTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	142412	ATTCTTTCCACAAAATCTTTCTCACTTCTGTCTTTTCTTGTAGATTCTTA	142461

CU442724.6	201	GGAGGACACAGAAGAGCTAGTCGTTCATGTTAGTCTGAATAATCATTTAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	142462	GGAGGACACAGAAGAGCTAGTCGTTCATGTTAGTCTGAATAATCATTTAT	142511

CU442724.6	251	ATTTAGTTCAGGAAAGAAAAATGTGGGATAAAAATAATAGTTCCCCAGTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	142512	ATTTAGTTCAGGAAAGAAAAATGTGGGATAAAAATAATAGTTCCCCAGTG	142561

CU442724.6	301	ACATAAAGATATACATGTGAGAAACTGTAAGTTTACACTTACTTGAGATG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	142562	ACATAAAGATATACATGTGAGAAACTGTAAGTTTACACTTACTTGAGATG	142611

CU442724.6	351	TTAGGGGCAAAAATCAGAGTTACAAAATCATGTTCTTTATTGACACAACT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	142612	TTAGGGGCAAAAATCAGAGTTACAAAATCATGTTCTTTATTGACACAACT	142661

CU442724.6	401	TTAATTAAAATGAGTAGTGTTGACTGTGTGTGTGACCAGAGTGTGAAAGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	142662	TTAATTAAAATGAGTAGTGTTGACTGTGTGTGTGACCAGAGTGTGAAAGG	142711

CU442724.6	451	CTGTTGTCTATCATATGTCCAAGGTTAGGCATTTCAGAACATTCCATGCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	142712	CTGTTGTCTATCATATGTCCAAGGTTAGGCATTTCAGAACATTCCATGCT	142761

CU442724.6	501	TGGGAGAGAAGTCTGAAATAATTATCCCTGGCACCAGCTCTTTTAAGAGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	142762	TGGGAGAGAAGTCTGAAATAATTATCCCTGGCACCAGCTCTTTTAAGAGA	142811

CU442724.6	551	ACACTGATAGGCATTATCCAACGAAGATCAAAGGAATACAAACATGGAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	142812	ACACTGATAGGCATTATCCAACGAAGATCAAAGGAATACAAACATGGAAG	142861

CU442724.6	601	GTTTCAGTTCTAACAGAGCTGCTATGATTAATCCTCCTGAATTCGGTGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	142862	GTTTCAGTTCTAACAGAGCTGCTATGATTAATCCTCCTGAATTCGGTGCA	142911

CU442724.6	651	TACATGTTACACATGCTACGCATTGATGTATAATTAGAAAAAAGAAGACA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	142912	TACATGTTACACATGCTACGCATTGATGTATAATTAGAAAAAAGAAGACA	142961

CU442724.6	701	CCACAAACTATGCTATATCTTTATGAGGACTAAGACTTCAAACACAATGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	142962	CCACAAACTATGCTATATCTTTATGAGGACTAAGACTTCAAACACAATGA	143011

CU442724.6	751	ATACATTTGTTTCTGAGGAAAACTGTCCAAAAATGGAATCAGTGTGATGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143012	ATACATTTGTTTCTGAGGAAAACTGTCCAAAAATGGAATCAGTGTGATGT	143061

CU442724.6	801	GTGTTTGATGGAAGCTGTGTAAAGAACAGTAGCCTGAAAAGCAAAGAGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143062	GTGTTTGATGGAAGCTGTGTAAAGAACAGTAGCCTGAAAAGCAAAGAGAT	143111

CU442724.6	851	TTAACATATTTGGTCCCTTGGAATGACACACATTTCTCCTTGCTAGGATG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143112	TTAACATATTTGGTCCCTTGGAATGACACACATTTCTCCTTGCTAGGATG	143161

CU442724.6	901	TCTCCATTGCATAACAGTAAAGTCATGTTGCCATCGAAAATGTCATCCAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143162	TCTCCATTGCATAACAGTAAAGTCATGTTGCCATCGAAAATGTCATCCAA	143211

CU442724.6	951	GACAGGAAACTACAACTACCCTCTCTGTCTTCCTTTCTTCTCTTCCTCCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143212	GACAGGAAACTACAACTACCCTCTCTGTCTTCCTTTCTTCTCTTCCTCCC	143261

CU442724.6	1001	ATTCAGAAAGATAGCAGGGAATAAAATGGTCTTTGAGTAGCTTCAGATGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143262	ATTCAGAAAGATAGCAGGGAATAAAATGGTCTTTGAGTAGCTTCAGATGT	143311

CU442724.6	1051	AATACATGATTCCTTTGCTTGTATAATTGGGTAAAATATACAAAATTTTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143312	AATACATGATTCCTTTGCTTGTATAATTGGGTAAAATATACAAAATTTTA	143361

CU442724.6	1101	AGTGCAAGAAAAAAAAACAAACAAAAAGACCAAGGGTTAACTAATAAAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143362	AGTGCAAGAAAAAAAAACAAACAAAAAGACCAAGGGTTAACTAATAAAAA	143411

CU442724.6	1151	AAATCTGTGTATGAAGTATTTATGTCAACATCCCATTTCAGAAGTTGTAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143412	AAATCTGTGTATGAAGTATTTATGTCAACATCCCATTTCAGAAGTTGTAT	143461

CU442724.6	1201	GTAGCCCCTACTTCATAGCCCCCTACTTTGCCTTTACCTAAATGAAACAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143462	GTAGCCCCTACTTCATAGCCCCCTACTTTGCCTTTACCTAAATGAAACAT	143511

CU442724.6	1251	TTAAAGTCCAAAAAGGGAAAGGGAAAAATAAACAATTTAGGGCTTATTGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143512	TTAAAGTCCAAAAAGGGAAAGGGAAAAATAAACAATTTAGGGCTTATTGA	143561

CU442724.6	1301	GCCAAAAGAGAGAAGGATGGAATATTGATTTTTTTCCTATAAAATGCTAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143562	GCCAAAAGAGAGAAGGATGGAATATTGATTTTTTTCCTATAAAATGCTAT	143611

CU442724.6	1351	AAAATGAAGTTGAGAAATCAAATGTAAAAAGGTGAGATAAATGTACTCAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143612	AAAATGAAGTTGAGAAATCAAATGTAAAAAGGTGAGATAAATGTACTCAA	143661

CU442724.6	1401	AATAGAGGAAACAACTTTTCTAACATGTCTAGGAGAATTAGTTCAGTTAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143662	AATAGAGGAAACAACTTTTCTAACATGTCTAGGAGAATTAGTTCAGTTAA	143711

CU442724.6	1451	AGCCTCTTAGCTATTTACATGATTTCAAACAGTTCTAAGCACTTCAAGAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143712	AGCCTCTTAGCTATTTACATGATTTCAAACAGTTCTAAGCACTTCAAGAA	143761

CU442724.6	1501	GGACTTTACATTCAAACATAAGTAAATTTATGAAAAACATCAATGACTAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143762	GGACTTTACATTCAAACATAAGTAAATTTATGAAAAACATCAATGACTAG	143811

CU442724.6	1551	TAAAAAGATAACACAGGTTCAATTTCAGGACTTTTTCCCAATTCTAAAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143812	TAAAAAGATAACACAGGTTCAATTTCAGGACTTTTTCCCAATTCTAAAAT	143861

CU442724.6	1601	TCATTATTTGAATGCTCTACTGTGTAACTTTGATAGAAACAGCATCTCAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143862	TCATTATTTGAATGCTCTACTGTGTAACTTTGATAGAAACAGCATCTCAA	143911

CU442724.6	1651	TGACAAGATGTACACATAAGGGGCTGGAGAAATAGCCAAACAGTTGAGTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143912	TGACAAGATGTACACATAAGGGGCTGGAGAAATAGCCAAACAGTTGAGTA	143961

CU442724.6	1701	CTTTCTATTCTTGTAGGGAACAAACTTCGGTGGCGCTATTACGAGGGGAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	143962	CTTTCTATTCTTGTAGGGAACAAACTTCGGTGGCGCTATTACGAGGGGAC	144011

CU442724.6	1751	AACCACCTAATTCCAGTTCCAGGGAAATCTTTGGCCTCAGAGCATCTGTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	144012	AACCACCTAATTCCAGTTCCAGGGAAATCTTTGGCCTCAGAGCATCTGTA	144061

CU442724.6	1801	CTCATGTGCACATAATTTTAAAACTTAATAATATACATTGTTTTAGTGAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	144062	CTCATGTGCACATAATTTTAAAACTTAATAATATACATTGTTTTAGTGAG	144111

CU442724.6	1851	GATTCCCCTGAGGAACAGAACCAAGAGAATTTAAACCACACCATAGATTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	144112	GATTCCCCTGAGGAACAGAACCAAGAGAATTTAAACCACACCATAGATTT	144161

CU442724.6	1901	CAAGAACCACGTAGTGCCTTAGTCTTCGAGGCTGGGTGTGGTCTCTCAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	144162	CAAGAACCACGTAGTGCCTTAGTCTTCGAGGCTGGGTGTGGTCTCTCAAT	144211

CU442724.6	1951	GGGTAACGTTAGTTCACAGAATAGGTACTGGATCCAACCTGCCTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU368751.6	144212	GGGTAACGTTAGTTCACAGAATAGGTACTGGATCCAACCTGCCTGAATTC	144261

Overview

Query
CU442724.6 - 175633 bps
Hit
CU368751.6 - 144261 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link