<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU326358.5	1	TTCAAATCACATTGTCAATCATCCGCGAGGCAACCTAAATTTTGTTGAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	167446	TTCAAATCACATTGTCAATCATCCGCGAGGCAACCTAAATTTTGTTGAAT	167495

CU326358.5	51	TTTCAGATGAACCTTACAGGGAAGATTATACATCTTTTGACAGTCAAGGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	167496	TTTCAGATGAACCTTACAGGGAAGATTATACATCTTTTGACAGTCAAGGA	167545

CU326358.5	101	CTGAAGGATCCAAATAACATGGATCAAAAGGCTTTTCTTATGCCATCTTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	167546	CTGAAGGATCCAAATAACATGGATCAAAAGGCTTTTCTTATGCCATCTTG	167595

CU326358.5	151	TTCTACTCAATCCACAGAGAACTCTGGTAGTCGTTTATTAGTACCTACGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	167596	TTCTACTCAATCCACAGAGAACTCTGGTAGTCGTTTATTAGTACCTACGC	167645

CU326358.5	201	CATGTAGTCTGAGTAGCAATGGAATGGATTATGGAGCTTTACATAATCAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	167646	CATGTAGTCTGAGTAGCAATGGAATGGATTATGGAGCTTTACATAATCAA	167695

CU326358.5	251	GTGGATGAAGCTTCTCTGCCACATTCATGTGTAAATGCGATATTAAATGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	167696	GTGGATGAAGCTTCTCTGCCACATTCATGTGTAAATGCGATATTAAATGA	167745

CU326358.5	301	AGGACTTCATGACTTGAAGTTCCAAAGTTCTGTCAAATCTGATAGGGTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	167746	AGGACTTCATGACTTGAAGTTCCAAAGTTCTGTCAAATCTGATAGGGTTT	167795

CU326358.5	351	ACAGAAGTTCTACCTCATTTTCCAATGAAGAAATAGTGGAGCACCTACGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	167796	ACAGAAGTTCTACCTCATTTTCCAATGAAGAAATAGTGGAGCACCTACGG	167845

CU326358.5	401	AGGATTGATGGTGATAACTTGACGAACTATCAAGATTCTTCATTCAATGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	167846	AGGATTGATGGTGATAACTTGACGAACTATCAAGATTCTTCATTCAATGC	167895

CU326358.5	451	CATAGAAAGCAGTGTTATTTCAAATATTATGTCAAAGGACTTGAATTCAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	167896	CATAGAAAGCAGTGTTATTTCAAATATTATGTCAAAGGACTTGAATTCAT	167945

CU326358.5	501	GTGATGATTCAATGGCCTTGCGTCGTAGTTTTGTTGGCTCGTATGGTGAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	167946	GTGATGATTCAATGGCCTTGCGTCGTAGTTTTGTTGGCTCGTATGGTGAG	167995

CU326358.5	551	TCTGTTGGGAAGCATGGTGCTTCCTGGAACTCTTTGCACAGCGACCAATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	167996	TCTGTTGGGAAGCATGGTGCTTCCTGGAACTCTTTGCACAGCGACCAATT	168045

CU326358.5	601	AGGGTTCTCTTTTGTGAAGCAAGATGACTTTTCCTGGCAAGGAGGTGATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168046	AGGGTTCTCTTTTGTGAAGCAAGATGACTTTTCCTGGCAAGGAGGTGATT	168095

CU326358.5	651	TGGAGTCGTCTTTTAGAAATATTGGTCAGATATCAAAGAATTCGTCCATC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168096	TGGAGTCGTCTTTTAGAAATATTGGTCAGATATCAAAGAATTCGTCCATC	168145

CU326358.5	701	CTTCAGGATTTCGGAGAAAACAAGGATCAGTATGTGAACAAGGCTCCCTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168146	CTTCAGGATTTCGGAGAAAACAAGGATCAGTATGTGAACAAGGCTCCCTA	168195

CU326358.5	751	TCAAAGTAAGTGTTGGCAGGCTTTTCCTTATTTTATTTAGTAATACAGTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168196	TCAAAGTAAGTGTTGGCAGGCTTTTCCTTATTTTATTTAGTAATACAGTT	168245

CU326358.5	801	AGGTTTAGCTCCATTTCAACAAAAAAAACTTGAATTTAGCTCCCTGTATT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168246	AGGTTTAGCTCCATTTCAACAAAAAAAACTTGAATTTAGCTCCCTGTATT	168295

CU326358.5	851	ATCTTCCATTGATTCTTTTTTCATTTTTTTGGGAATCAATTCGACCCTTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168296	ATCTTCCATTGATTCTTTTTTCATTTTTTTGGGAATCAATTCGACCCTTG	168345

CU326358.5	901	CTTGTCTATAGGTTTTCTATTCTTTGATTGTTAGAGAAAACCATGACACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168346	CTTGTCTATAGGTTTTCTATTCTTTGATTGTTAGAGAAAACCATGACACT	168395

CU326358.5	951	AGCTTCAATTCTTAGCTTTGCTTATGTTACTGCATTAGTTGCTTTCAGTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168396	AGCTTCAATTCTTAGCTTTGCTTATGTTACTGCATTAGTTGCTTTCAGTG	168445

CU326358.5	1001	TATATATATTAAGGTATTTGGTCATAGTTTTGACAATTTTTCTTGCTTAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168446	TATATATATTAAGGTATTTGGTCATAGTTTTGACAATTTTTCTTGCTTAT	168495

CU326358.5	1051	GTTGGATTGCTAGCTACCCTATCCTTGCTTAGTTTTGACAAGCTTTCTGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168496	GTTGGATTGCTAGCTACCCTATCCTTGCTTAGTTTTGACAAGCTTTCTGG	168545

CU326358.5	1101	CTTCAATTATCCCTGCTTTGTTTGGTATTGCTCTAAAGGGTGAAGAAGAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168546	CTTCAATTATCCCTGCTTTGTTTGGTATTGCTCTAAAGGGTGAAGAAGAG	168595

CU326358.5	1151	ATGAGTTTTCCAGGCTTCAAAATGTATTCCAATGAGGAAATACAAAGGGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168596	ATGAGTTTTCCAGGCTTCAAAATGTATTCCAATGAGGAAATACAAAGGGA	168645

CU326358.5	1201	TTTAATTTGTATACGTGCATTTTCTCTGACCTCTATAACTTAACCTACCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168646	TTTAATTTGTATACGTGCATTTTCTCTGACCTCTATAACTTAACCTACCT	168695

CU326358.5	1251	AGTTGCTGCGCCATAGTGTTCTCTTTCATACTTGTGATTCAATTGATTAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168696	AGTTGCTGCGCCATAGTGTTCTCTTTCATACTTGTGATTCAATTGATTAT	168745

CU326358.5	1301	TGTATACTGAAATCTCTGAGCTGTCTAACAGTCACCAGACCAAAAGTTTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168746	TGTATACTGAAATCTCTGAGCTGTCTAACAGTCACCAGACCAAAAGTTTC	168795

CU326358.5	1351	GGCTCCACCTGGGTTCTCAATGCCCCCAAGGGACCTGCCTCACGGTTTTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168796	GGCTCCACCTGGGTTCTCAATGCCCCCAAGGGACCTGCCTCACGGTTTTG	168845

CU326358.5	1401	CCTCATCTGATGATATAGGAGGAATGCCTCGTTCTCTTTCTGGTAACTCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168846	CCTCATCTGATGATATAGGAGGAATGCCTCGTTCTCTTTCTGGTAACTCT	168895

CU326358.5	1451	CACATTTAAATTTCACAGTTACATTATAAGCTGTGTCTTGTTGTGAATGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168896	CACATTTAAATTTCACAGTTACATTATAAGCTGTGTCTTGTTGTGAATGA	168945

CU326358.5	1501	AGTTAGTATATAGTTCTTATACTGCTATTTCTACAAGTAGCCGTTCAGTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168946	AGTTAGTATATAGTTCTTATACTGCTATTTCTACAAGTAGCCGTTCAGTA	168995

CU326358.5	1551	AATAGTTCTTGTACTGCTATTTCTACAGGTAGTCGTTTAGTAAATAGTTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	168996	AATAGTTCTTGTACTGCTATTTCTACAGGTAGTCGTTTAGTAAATAGTTC	169045

CU326358.5	1601	ATCAAGTTTGCTTCACACACCATCAACCGGAAGCATTAGCAGTGCTGGTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	169046	ATCAAGTTTGCTTCACACACCATCAACCGGAAGCATTAGCAGTGCTGGTG	169095

CU326358.5	1651	ATATCGATTTTGTTGACCCTGCCACATCAGTCTTTGGAAATGGCAAACCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	169096	ATATCGATTTTGTTGACCCTGCCACATCAGTCTTTGGAAATGGCAAACCA	169145

CU326358.5	1701	ACAAATGGTTTTGATATATCAGCCTTGGAGATCGGGTCAGCTTGTGTGCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	169146	ACAAATGGTTTTGATATATCAGCCTTGGAGATCGGGTCAGCTTGTGTGCC	169195

CU326358.5	1751	ACAGAGGAGAGGGTTTGAAGACGAAGCAAGAATCTGGCATCTTATGCAAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	169196	ACAGAGGAGAGGGTTTGAAGACGAAGCAAGAATCTGGCATCTTATGCAAC	169245

CU326358.5	1801	AAAAACCTTTAGATCAAGGGAAATTCTCTCAACGAATTGCTTCTCAAACA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	169246	AAAAACCTTTAGATCAAGGGAAATTCTCTCAACGAATTGCTTCTCAAACA	169295

CU326358.5	1851	CCATCCATGCATCAGTCACGAAGGCATCCTAGCCATGGCGGAGATGAGTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	169296	CCATCCATGCATCAGTCACGAAGGCATCCTAGCCATGGCGGAGATGAGTA	169345

CU326358.5	1901	TCTTGGCCTGGATGATATATATGGCTTCTCATCAAGGATGGTGGATCAAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	169346	TCTTGGCCTGGATGATATATATGGCTTCTCATCAAGGATGGTGGATCAAC	169395

CU326358.5	1951	ACCAAAGTTTCAATTCATCTTCCTATTCACAATTTCCACAGCAGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329701.1	169396	ACCAAAGTTTCAATTCATCTTCCTATTCACAATTTCCACAGCAGAAGCTT	169445

Overview

Query
CU326358.5 - 124014 bps
Hit
CU329701.1 - 169445 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195820001200011674461694451
Short-link