<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU302198.4	1	GAATTCTTATGTGGCAAGGACTGGGTTGTATACTCTTTTAATATAATTTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	65989	GAATTCTTATGTGGCAAGGACTGGGTTGTATACTCTTTTAATATAATTTA	66038

CU302198.4	51	GTCTCAGCATGACTCTTTAAGGTAGCCATACAGTTTCTTCTCTTTGATTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66039	GTCTCAGCATGACTCTTTAAGGTAGCCATACAGTTTCTTCTCTTTGATTT	66088

CU302198.4	101	CTGAAATGAGGTCCACCTATGTTTTCCAAGGCAGACCTCATTTGGAAGGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66089	CTGAAATGAGGTCCACCTATGTTTTCCAAGGCAGACCTCATTTGGAAGGT	66138

CU302198.4	151	TGCTTAATAGAAATGGGCACAAATTCCTTCCATTCTTAAAAGTATAACCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66139	TGCTTAATAGAAATGGGCACAAATTCCTTCCATTCTTAAAAGTATAACCT	66188

CU302198.4	201	CTTATGAAAAGATTTCTGTATCAACAAGGCTAGAGAGATGGCTGCAGTTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66189	CTTATGAAAAGATTTCTGTATCAACAAGGCTAGAGAGATGGCTGCAGTTA	66238

CU302198.4	251	AGAGTACTTTCTACTCTTCCAGAGGATCAGATTTTGGGTTGCAGCCCCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66239	AGAGTACTTTCTACTCTTCCAGAGGATCAGATTTTGGGTTGCAGCCCCCA	66288

CU302198.4	301	CCTAAGCGTATATTTATGCGTATCTGTAACTCCAGGGTTTGTGTATCTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66289	CCTAAGCGTATATTTATGCGTATCTGTAACTCCAGGGTTTGTGTATCTGA	66338

CU302198.4	351	CCCCACTGGCTTCCATTGGCACCTGCATTCATGTGCCTATGTACACAACT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66339	CCCCACTGGCTTCCATTGGCACCTGCATTCATGTGCCTATGTACACAACT	66388

CU302198.4	401	ACACCTAGTTAAATTTTAAAAGTCTAAAACTCTTCTTTAAAAGATGTTTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66389	ACACCTAGTTAAATTTTAAAAGTCTAAAACTCTTCTTTAAAAGATGTTTC	66438

CU302198.4	451	TCCATCCTCTTGACTCTGGGACAGACGAGTGATTTACTTTGTGCTTCACA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66439	TCCATCCTCTTGACTCTGGGACAGACGAGTGATTTACTTTGTGCTTCACA	66488

CU302198.4	501	AAGCAGTGTAAATGATATTTGTGGTTTGTATCTTTCTTCATGTTGTCTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66489	AAGCAGTGTAAATGATATTTGTGGTTTGTATCTTTCTTCATGTTGTCTTG	66538

CU302198.4	551	GGGGCATTGCTCTTAGGTGACATGAAAGATAGCCATTTTAACTCTTGGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66539	GGGGCATTGCTCTTAGGTGACATGAAAGATAGCCATTTTAACTCTTGGAA	66588

CU302198.4	601	TATGAGAAGTCCCAGGTGAATGGAACTGAAGCAGACAACTTTCTTTGCTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66589	TATGAGAAGTCCCAGGTGAATGGAACTGAAGCAGACAACTTTCTTTGCTA	66638

CU302198.4	651	TCTGACAGAAGAACGACTGAGGATAGCTTCTTAGAGTATGGCACAACAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66639	TCTGACAGAAGAACGACTGAGGATAGCTTCTTAGAGTATGGCACAACAGT	66688

CU302198.4	701	GCCCTAGTAAGAAATACACCAGGTTCAAGGTGTAGCTCTATGGCAGAGTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66689	GCCCTAGTAAGAAATACACCAGGTTCAAGGTGTAGCTCTATGGCAGAGTA	66738

CU302198.4	751	TTTGTTTAGAATGAGCAAAAAACCTTGGGTTCAATTCCCAGTGCTGCCCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66739	TTTGTTTAGAATGAGCAAAAAACCTTGGGTTCAATTCCCAGTGCTGCCCT	66788

CU302198.4	801	CCCCCCACAAAAAAATACAACTAGGATATCAGTCCACTGTGTTTTACAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66789	CCCCCCACAAAAAAATACAACTAGGATATCAGTCCACTGTGTTTTACAGA	66838

CU302198.4	851	ACACATGACCAAAATGTGCAACTGCCTCTAGAAAATCATTTTTAATTCTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66839	ACACATGACCAAAATGTGCAACTGCCTCTAGAAAATCATTTTTAATTCTT	66888

CU302198.4	901	AGTAAAATTTGATACCATCTAGATTGAACTGCAATTCCTAAGGCATATTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66889	AGTAAAATTTGATACCATCTAGATTGAACTGCAATTCCTAAGGCATATTT	66938

CU302198.4	951	TCTCACAGAAGTAATGGTATGCATGTAATAAATTAAATTTCTTCAACTCG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66939	TCTCACAGAAGTAATGGTATGCATGTAATAAATTAAATTTCTTCAACTCG	66988

CU302198.4	1001	TGAATTCCTTGGAATATAGAAGTGATGTAGCTAGGAATTCCTTTACCACG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	66989	TGAATTCCTTGGAATATAGAAGTGATGTAGCTAGGAATTCCTTTACCACG	67038

CU302198.4	1051	ATTACTTATTATCTAAAGAAGATATTCTTTATGGGGTAAAGTAGATATGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67039	ATTACTTATTATCTAAAGAAGATATTCTTTATGGGGTAAAGTAGATATGA	67088

CU302198.4	1101	CTCCCAGGTGAGGAAGAGCTGGTTTCTCAGTAGTAGACTGCTATTACTTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67089	CTCCCAGGTGAGGAAGAGCTGGTTTCTCAGTAGTAGACTGCTATTACTTA	67138

CU302198.4	1151	AATACTAGTTGTCACCTCCTTTTCTTCATTTAATTGGACACCTCAGACAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67139	AATACTAGTTGTCACCTCCTTTTCTTCATTTAATTGGACACCTCAGACAC	67188

CU302198.4	1201	TCCAATTCCCCTGTTTCCTATATCACTGTAACTCATTATGTCTCCTACAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67189	TCCAATTCCCCTGTTTCCTATATCACTGTAACTCATTATGTCTCCTACAG	67238

CU302198.4	1251	ACTATTCTCTCTTCCCTCAAGGTACAGGAGAGTAGCTGAGATACTTCTGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67239	ACTATTCTCTCTTCCCTCAAGGTACAGGAGAGTAGCTGAGATACTTCTGT	67288

CU302198.4	1301	TGAAATGTAATTTGTCTATGTGCCTCATTTTTCCAACATGAATTTAAATC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67289	TGAAATGTAATTTGTCTATGTGCCTCATTTTTCCAACATGAATTTAAATC	67338

CU302198.4	1351	TATATAAAATCAAATTAACTTTGAAATTTTTCTAATTTTTGTCTGTTTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67339	TATATAAAATCAAATTAACTTTGAAATTTTTCTAATTTTTGTCTGTTTGT	67388

CU302198.4	1401	TTGTTTTTTGTTTTTAGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67389	TTGTTTTTTGTTTTTAGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCC	67438

CU302198.4	1451	TGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67439	TGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTG	67488

CU302198.4	1501	CCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACACCCGGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67489	CCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACACCCGGC	67538

CU302198.4	1551	CTGAAATTTTTCTAATTTTTTAACCAAAGGATGAACATACCTATAATTAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67539	CTGAAATTTTTCTAATTTTTTAACCAAAGGATGAACATACCTATAATTAT	67588

CU302198.4	1601	TTAGATGTTATCCAAAAATATTTTACTTAAGTATTTTTTAATGAAAAATG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67589	TTAGATGTTATCCAAAAATATTTTACTTAAGTATTTTTTAATGAAAAATG	67638

CU302198.4	1651	AAGTGCCCATTAATCATATAAACAAAGTCTGTAAATCCAATAATCTTATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67639	AAGTGCCCATTAATCATATAAACAAAGTCTGTAAATCCAATAATCTTATA	67688

CU302198.4	1701	TTTTAGAGAGAAAATGAAAACATTAAAATAGAATTTGAGTCTATTTTCTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67689	TTTTAGAGAGAAAATGAAAACATTAAAATAGAATTTGAGTCTATTTTCTT	67738

CU302198.4	1751	CTAAACTGCTGTTTGTGCTTCTGAATGATGCTGCTAACCGGCTACAGCCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67739	CTAAACTGCTGTTTGTGCTTCTGAATGATGCTGCTAACCGGCTACAGCCA	67788

CU302198.4	1801	GCTAAGCCCTGATGCTGCTAACCCACCCGGCTACAGCCAGCTAAGCCCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67789	GCTAAGCCCTGATGCTGCTAACCCACCCGGCTACAGCCAGCTAAGCCCTG	67838

CU302198.4	1851	ATGCTGCTAACCCACCCGGCTACAGCCAGCTAAGCCCTGATGCTGCTAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67839	ATGCTGCTAACCCACCCGGCTACAGCCAGCTAAGCCCTGATGCTGCTAAC	67888

CU302198.4	1901	CCACCCGGCTACAGCCAGCTAAGCCCTGATGCTGCTAACCCACCCGGCTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67889	CCACCCGGCTACAGCCAGCTAAGCCCTGATGCTGCTAACCCACCCGGCTA	67938

CU302198.4	1951	CAGCCAGCTAAGCCCTGATGCTGCTAACCCACCCGGCTACAGCCAGCTAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329676.6	67939	CAGCCAGCTAAGCCCTGATGCTGCTAACCCACCCGGCTACAGCCAGCTAA	67988

Overview

Query
CU302198.4 - 180540 bps
Hit
CU329676.6 - 67988 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link