<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 200 bps

Full alignment

CU019600.8	1	GATTTCTATTCCAGAGGGACCTGCAAACCTCTTGCAAAAGGTCTGTTGCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120220	GATTTCTATTCCAGAGGGACCTGCAAACCTCTTGCAAAAGGTCTGTTGCA	120269

CU019600.8	51	CTGCGGACGCGGAGCCCAGTCCAGCCCTGCACCTGCCCCAGCACTGAGAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120270	CTGCGGACGCGGAGCCCAGTCCAGCCCTGCACCTGCCCCAGCACTGAGAG	120319

CU019600.8	101	GAACAGATCTGAGCGGACTTCAGGGACGGGATCTCCAGTGGCCACGCGGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120320	GAACAGATCTGAGCGGACTTCAGGGACGGGATCTCCAGTGGCCACGCGGG	120369

CU019600.8	151	TCCC-TCCACCCACAGGTGACGGGGGTTGGTGAGAAGGTCTCTTTGGTGG	199
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120370	TCCCCTCCACCCACAGGTGACGGGGGTTGGTGAGAAGGTCTCTTTGGTGG	120419

CU019600.8	200	GTCGAGAGGGGAGTGGGGTGCCCCCATACTCAGGCCCCCTCGGAAGGCAA	249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120420	GTCGAGAGGGGAGTGGGGTGCCCCCATACTCAGGCCCCCTCGGAAGGCAA	120469

CU019600.8	250	CAGTGGAGGCGGCAGCAGACCGGGGCTCCCCAAGCAGGCAGGAGCCCGGA	299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120470	CAGTGGAGGCGGCAGCAGACCGGGGCTCCCCAAGCAGGCAGGAGCCCGGA	120519

CU019600.8	300	TTCTTTGTTGAAGATCTCTGCATAAACCCCCTGAGGGAACTGAGCCCGTG	349
			| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120520	TCCTTTGTTGAAGGTCTCTGCATAAACCCCCTGAGGGAACTGAGCCCGTG	120569

CU019600.8	350	AGGTGGCCCTGCCCCCACCTGAGCACCTGAACTTAATCTCACACTGAATA	399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120570	AGGTGGCCCTGCCCCCACCTGAGCACCTGAACTTAATCTCACACTGAATA	120619

CU019600.8	400	GCAGCCCTGCCCCCGACCAAAGAACTGAGGCTGGGAAGCAGCATTTGATT	449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120620	GCAGCCCTGCCCCCGACCAAAGAACTGAGGCTGGGAAGCAGCATTTGATT	120669

CU019600.8	450	CTCAGACCCCAAGCGCGGGCTGGGAGGATCCGGAGGCAAGGTGGGTGTAA	499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120670	CTCAGACCCCAAGCGCGGGCTGGGAGGATCCGGAGGCAAGGTGGGTGTAA	120719

CU019600.8	500	GAAGAATATTCAGAGCTCAAGTCACTGGCTGGGAAAATGCCCAGAAAAGG	549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120720	GAAGAATATTCAGAGCTCAAGTCACTGGCTGGGAAAATGCCCAGAAAAGG	120769

CU019600.8	550	GAAAAAAACCAAGACTATTGAGGGTTACTTTCTTGGTGAGCAGGTTTCTC	599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120770	GAAAAAAACCAAGACTATTGAGGGTTACTTTCTTGGTGAGCAGGTTTCTC	120819

CU019600.8	600	CTCCCCTCCCTTCTGATGAGGAAGAGCGGTGCTCACCATCAGGGGAAGAC	649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120820	CTCCCCTCCCTTCTGATGAGGAAGAGCGGTGCTCACCATCAGGGGAAGAC	120869

CU019600.8	650	ATGGAAGTCAGTGCTTCTACATCCCAGCCCACTCAATGGGATCAGTTCTG	699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120870	ATGGAAGTCAGTGCTTCTACATCCCAGCCCACTCAATGGGATCAGTTCTG	120919

CU019600.8	700	GGAAAAGGTCTTAAAGAGCCCAAACAATTTTCAAAATCATGATAGAGAGG	749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120920	GGAAAAGGTCTTAAAGAGCCCAAACAATTTTCAAAATCATGATAGAGAGG	120969

CU019600.8	750	TGGAGGAAAAACTGGGAAGAGAATTGAGTGACATGCAAGCAAAGTATGAA	799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120970	TGGAGGAAAAACTGGGAAGAGAATTGAGTGACATGCAAGCAAAGTATGAA	121019

CU019600.8	800	CAACAAATCAGCACCCTGCTAAAGGAGACCCAAAAAAATGCTGAAGAAAA	849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121020	CAACAAATCAGCACCCTGCTAAAGGAGACCCAAAAAAATGCTGAAGAAAA	121069

CU019600.8	850	TAACACCCTGAAAAATAGGCTAACTCAATTGGCAAAAGAGGTTCAAGAAG	899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121070	TAACACCCTGAAAAATAGGCTAACTCAATTGGCAAAAGAGGTTCAAGAAG	121119

CU019600.8	900	CCAATGAGGAGAAGAATGCTTTCAAAAGCAGAATTAGCCAAATGGAAAAG	949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121120	CCAATGAGGAGAAGAATGCTTTCAAAAGCAGAATTAGCCAAATGGAAAAG	121169

CU019600.8	950	GAGATTCAAAAGCTCACTGAAGAAAATAGTTATTTCAAAATTAGAATGGA	999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121170	GAGATTCAAAAGCTCACTGAAGAAAATAGTTATTTCAAAATTAGAATGGA	121219

CU019600.8	1000	ACAGATGGAGGCTAATGACTTTATGAGAAACCAAGAAATCACAAAACAAA	1049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121220	ACAGATGGAGGCTAATGACTTTATGAGAAACCAAGAAATCACAAAACAAA	121269

CU019600.8	1050	ACCAAAAGAATGAAAAAATGGAAGATCATGTGAAATATCTCATTGGAAAA	1099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121270	ACCAAAAGAATGAAAAAATGGAAGATCATGTGAAATATCTCATTGGAAAA	121319

CU019600.8	1100	ACAACTGACCTGGAAAATAGATCCAGGAGAGGCAATTTAAAAATTATGGG	1149
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
CU326409.1	121320	ACAACTGACCTGGAAAATAGATCCAGGAGAGGGAATTTAAAAATTATGGG	121369

CU019600.8	1150	CCTACCTGAAAGCCATGATCAAAAAAAGAGCCTAGACATCATCTTTCATG	1199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121370	CCTACCTGAAAGCCATGATCAAAAAAAGAGCCTAGACATCATCTTTCATG	121419

CU019600.8	1200	AAATTATCAAGGAAAACTGCCCTGATATTCTAGAACCAGAAGGCAAAATA	1249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121420	AAATTATCAAGGAAAACTGCCCTGATATTCTAGAACCAGAAGGCAAAATA	121469

CU019600.8	1250	AATACTGAAAGAATCCACCGATCACCACCTGAAAAATATCTAAAAAGAGA	1299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121470	AATACTGAAAGAATCCACCGATCACCACCTGAAAAATATCTAAAAAGAGA	121519

CU019600.8	1300	AACTCCTAGGAATATTGTGGGCAAATTCCAGAATTCCCAGGTCAAGGAGA	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121520	AACTCCTAGGAATATTGTGGGCAAATTCCAGAATTCCCAGGTCAAGGAGA	121569

CU019600.8	1350	AAATATTGCAAGCAACTAGAAAGAAACAAGTCAAGTATTGTGGAAATACA	1399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121570	AAATATTGCAAGCAACTAGAAAGAAACAAGTCAAGTATTGTGGAAATACA	121619

CU019600.8	1400	ATCAGGATAACACAAGATCTAGCAGCTTCTACATTAAGGGATTGCAGGGC	1449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121620	ATCAGGATAACACAAGATCTAGCAGCTTCTACATTAAGGGATTGCAGGGC	121669

CU019600.8	1450	ATGGAATAGGATATTCCAGAAGTCAAAAGAACTAGGACTAAAACCAAGAA	1499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121670	ATGGAATAGGATATTCCAGAAGTCAAAAGAACTAGGACTAAAACCAAGAA	121719

CU019600.8	1500	TCACCTACCCAGCAAAACTGAGTATAATACTTCAGGGGAAAAATTGGTCT	1549
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
CU326409.1	121720	TCACCTACCCAGCAAAACTGAGTATAATACCTCAGGGGAAAAATTGGTCT	121769

CU019600.8	1550	TTCAATGAAATAGAGGACTTTCAAGCATTCTTGATGAAAAGACCAGAGCT	1599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121770	TTCAATGAAATAGAGGACTTTCAAGCATTCTTGATGAAAAGACCAGAGCT	121819

CU019600.8	1600	GAAAAGAAAATTTGACCTTCAAACACAAGAATGAAGAAGAGCATGAAAAG	1649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121820	GAAAAGAAAATTTGACCTTCAAACACAAGAATGAAGAAGAGCATGAAAAG	121869

CU019600.8	1650	GTAAACAGTAAAGAGAAGTCATAAGGGACTTACTAAAGTTGAACTGTTTA	1699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121870	GTAAACAGTAAAGAGAAGTCATAAGGGACTTACTAAAGTTGAACTGTTTA	121919

CU019600.8	1700	CATCCCTACATGGAAAGACAATATTAGTAACTCTTGAAACTATTCAGTAT	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121920	CATCCCTACATGGAAAGACAATATTAGTAACTCTTGAAACTATTCAGTAT	121969

CU019600.8	1750	CTGGGTACTTGGTGGGATTACACACACACACATGCACACGCACACACTCA	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	121970	CTGGGTACTTGGTGGGATTACACACACACACATGCACACGCACACACTCA	122019

CU019600.8	1800	TAGAGACAGAGTGCACAGAGTGAATTGAATAGGATAGGATCATATCTTAA	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	122020	TAGAGACAGAGTGCACAGAGTGAATTGAATAGGATAGGATCATATCTTAA	122069

CU019600.8	1850	AAAAAATGAAATCAAACAGTGAGAGAGAAATATATTGGGAGGAGAAAGGG	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	122070	AAAAAATGAAATCAAACAGTGAGAGAGAAATATATTGGGAGGAGAAAGGG	122119

CU019600.8	1900	AGAAATGGAATGGGGCAAATTATCTCTCATAAAAGAGGCAAGCAAAAGAT	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	122120	AGAAATGGAATGGGGCAAATTATCTCTCATAAAAGAGGCAAGCAAAAGAT	122169

CU019600.8	1950	TTTTTTTAGTTTGGGGAAAAAGAGGGGAGGTGAGAGAAAAACATGAAGCT	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	122170	TTTTTTTAGTTTGGGGAAAAAGAGGGGAGGTGAGAGAAAAACATGAAGCT	122219

CU019600.8	2000	T	2000
			|
CU326409.1	122220	T	122220

Compact alignment

skip 150 bps 100% identity alignment

CU019600.8	151	TCCC-TCCACCCACAGGTGACGGGGGTTGGTGAGAAGGTCTCTTTGGTGG	199
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120370	TCCCCTCCACCCACAGGTGACGGGGGTTGGTGAGAAGGTCTCTTTGGTGG	120419

skip 100 bps 100% identity alignment

CU019600.8	300	TTCTTTGTTGAAGATCTCTGCATAAACCCCCTGAGGGAACTGAGCCCGTG	349
			| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326409.1	120520	TCCTTTGTTGAAGGTCTCTGCATAAACCCCCTGAGGGAACTGAGCCCGTG	120569

skip 750 bps 100% identity alignment

CU019600.8	1100	ACAACTGACCTGGAAAATAGATCCAGGAGAGGCAATTTAAAAATTATGGG	1149
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
CU326409.1	121320	ACAACTGACCTGGAAAATAGATCCAGGAGAGGGAATTTAAAAATTATGGG	121369

skip 350 bps 100% identity alignment

CU019600.8	1500	TCACCTACCCAGCAAAACTGAGTATAATACTTCAGGGGAAAAATTGGTCT	1549
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
CU326409.1	121720	TCACCTACCCAGCAAAACTGAGTATAATACCTCAGGGGAAAAATTGGTCT	121769

skip 451 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU019600.8 - 107316 bps
Hit
CU326409.1 - 122220 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.75193020001200011202201222201
281.0873821209730999428-127842299601
378.6749618845697958862128050299431
481.8553914449758599028151652530941
588.5783014595741958877-154239556991
692.32921130011382437-154399556991
799.21949100987789786155719567271
884.8764812915614757437-156740580211
988.16701115511155-156741578881
1096.74867100587829786180266812761
1186.8867912945678458077181534828281
128664012665161781181543828141
1389.3512722096567905888511048581069791
1487.0111352115516263011048611069701
1584.655151162899259108611051571063291
1686.0961211045241253515-11083641094631
1786.07124323892552643-11149581173321
1890.055128185806058877-11149711157941
1984.8368714055665358057-11158251172151
2084.819571909561495805711200861219941
Short-link