<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU302230.4	1	AAGCTTCACTTTTATGCTTCATCATGTATACCCAAGTCATCCTTGAGTAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38175	AAGCTTCACTTTTATGCTTCATCATGTATACCCAAGTCATCCTTGAGTAG	38224

CU302230.4	51	TCATCAATATGGACACAAAAAATCTGCAACCTCCCAAAGACTCAACACAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38225	TCATCAATATGGACACAAAAAATCTGCAACCTCCCAAAGACTCAACACAG	38274

CU302230.4	101	CATGAACCCCAGCAATCAGAATGGATGTAATCAAGTGTGCCTTTTGTTCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38275	CATGAACCCCAGCAATCAGAATGGATGTAATCAAGTGTGCCTTTTGTTCT	38324

CU302230.4	151	GTGAATGGCATTTGGAAACTTGTTGCGATGTAGTTTTCCAAAGACACAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38325	GTGAATGGCATTTGGAAACTTGTTGCGATGTAGTTTTCCAAAGACACAAT	38374

CU302230.4	201	GTTCACAAAACTCTAGGCTCTTAACCTTATGACCAGCAAGAAGATCCTCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38375	GTTCACAAAACTCTAGGCTCTTAACCTTATGACCAGCAAGAAGATCCTCC	38424

CU302230.4	251	TTAGACAGAATTTGCATCCCTCTTTCACCCATATGACCAAGTCTCATGTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38425	TTAGACAGAATTTGCATCCCTCTTTCACCCATATGACCAAGTCTCATGTG	38474

CU302230.4	301	CCATAACTTAGTCATATCCTCCTGGTGAACTTCTGACGATGCAACATGGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38475	CCATAACTTAGTCATATCCTCCTGGTGAACTTCTGACGATGCAACATGGG	38524

CU302230.4	351	CTGAACATGTAACCGTGGAACCTTGTAGAAAATACAAAGTACCATGCATG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38525	CTGAACATGTAACCGTGGAACCTTGTAGAAAATACAAAGTACCATGCATG	38574

CU302230.4	401	ACACCTTTCAGAATCAAATTTGAACCCTTCCAGACCCGCAAGACTCCATC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38575	ACACCTTTCAGAATCAAATTTGAACCCTTCCAGACCCGCAAGACTCCATC	38624

CU302230.4	451	TTTTCCCAACCAGCTGAATCCCTTGCTGTCCAAAAAACTGAGAGATATCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38625	TTTTCCCAACCAGCTGAATCCCTTGCTGTCCAAAAAACTGAGAGATATCA	38674

CU302230.4	501	GATTTTTCGTCATCAATGGAACGTGCCTCACCTCGTTCAATGTGCAAAAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38675	GATTTTTCGTCATCAATGGAACGTGCCTCACCTCGTTCAATGTGCAAAAG	38724

CU302230.4	551	CTACCGTCATGTGTCCTTATCTTGATCGAGCATGTCCCAACCACCTTGCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38725	CTACCGTCATGTGTCCTTATCTTGATCGAGCATGTCCCAACCACCTTGCA	38774

CU302230.4	601	GACAGAACTGTTGGCCATCGAGATACTGCCTCCGTCTATCTTCTCATAAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38775	GACAGAACTGTTGGCCATCGAGATACTGCCTCCGTCTATCTTCTCATAAG	38824

CU302230.4	651	TTGTGAACCACTCTCTCCTAGGACAGATGCGATAGGATGCCCCAGAATCG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38825	TTGTGAACCACTCTCTCCTAGGACAGATGCGATAGGATGCCCCAGAATCG	38874

CU302230.4	701	AGAACCCACACATTTGAATGATGAGTGTGCTCATTCGCAACTAGGGTAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38875	AGAACCCACACATTTGAATGATGAGTGTGCTCATTCGCAACTAGGGTAAT	38924

CU302230.4	751	GTATTCTTCAGAATTGGTGTCTTCTTCAGCAACAACAGCAGAAACTTATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38925	GTATTCTTCAGAATTGGTGTCTTCTTCAGCAACAACAGCAGAAACTTATT	38974

CU302230.4	801	GTTTTTCCGATTGCTTCTTATTCTTCGGACAATCAAATTTCCAATGTCCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	38975	GTTTTTCCGATTGCTTCTTATTCTTCGGACAATCAAATTTCCAATGTCCC	39024

CU302230.4	851	TTCTCCTTGCAGTAATTACAGCAGCAGAAACTGATTGTTTTTCCGATTGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39025	TTCTCCTTGCAGTAATTACAGCAGCAGAAACTGATTGTTTTTCCGATTGC	39074

CU302230.4	901	TGCTTCTTCTTCGGACAATCAAATTTCCAATGTACCTTCTCCTTGCAGTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39075	TGCTTCTTCTTCGGACAATCAAATTTCCAATGTACCTTCTCCTTGCAGTA	39124

CU302230.4	951	ATTACAAACATCATCCGGCTTTGCACCCTTCGACATCGGCTTATTTTTCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39125	ATTACAAACATCATCCGGCTTTGCACCCTTCGACATCGGCTTATTTTTCT	39174

CU302230.4	1001	TTCCGCCATTTTTCCTTCCCTTTCCGCTACTGGTGAAAAGACCGGAAGGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39175	TTCCGCCATTTTTCCTTCCCTTTCCGCTACTGGTGAAAAGACCGGAAGGC	39224

CU302230.4	1051	TGTATGTCCGTACATGTGCCGTTAGCCTTATGCCGTAATTCCCTGCAATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39225	TGTATGTCCGTACATGTGCCGTTAGCCTTATGCCGTAATTCCCTGCAATG	39274

CU302230.4	1101	AAGGGCTGATCTAACTTCTTCCAGCGGCACATTATCTTTCCCAACAATGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39275	AAGGGCTGATCTAACTTCTTCCAGCGGCACATTATCTTTCCCAACAATGA	39324

CU302230.4	1151	ACGATTGAACAAAATTCTCAAACGACATTGGAGAGATACTAACAGAATCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39325	ACGATTGAACAAAATTCTCAAACGACATTGGAGAGATACTAACAGAATCA	39374

CU302230.4	1201	GGGAAACATCTTCATCCTCGATCTTCACATCGATATTACGCAATTCTAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39375	GGGAAACATCTTCATCCTCGATCTTCACATCGATATTACGCAATTCTAAT	39424

CU302230.4	1251	AACAAAGTATTCAATTGCTCTAAATGTTTCCTGAGTTGTGTACCTTCAGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39425	AACAAAGTATTCAATTGCTCTAAATGTTTCCTGAGTTGTGTACCTTCAGC	39474

CU302230.4	1301	CATTCGTAAACCGAATAGATGTTGTTTCAGAAGCAGCTTGTTGGTTAGAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39475	CATTCGTAAACCGAATAGATGTTGTTTCAGAAGCAGCTTGTTGGTTAGAG	39524

CU302230.4	1351	ATTTTGTCATGTACAAACTCTCCAGCTTCAACCGCAGACCAGCAACAGTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39525	ATTTTGTCATGTACAAACTCTCCAGCTTCAACCGCAGACCAGCAACAGTC	39574

CU302230.4	1401	TCTTCATCCGAGACCTCCGTGATGAAGTCATCCGCGAGACACAGCATGAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39575	TCTTCATCCGAGACCTCCGTGATGAAGTCATCCGCGAGACACAGCATGAT	39624

CU302230.4	1451	CGTCGAGTGCGCCTTTTCTTCAAGAATCGCCATCTTAGGAGTAACGACGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39625	CGTCGAGTGCGCCTTTTCTTCAAGAATCGCCATCTTAGGAGTAACGACGA	39674

CU302230.4	1501	CGTTTTTGTCTTTGGAAAACGGCGCCCAGAAGCCTTGCTGTTTCAACAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39675	CGTTTTTGTCTTTGGAAAACGGCGCCCAGAAGCCTTGCTGTTTCAACAAA	39724

CU302230.4	1551	GCCCGCATCTTGATCTGCCATAAACTGAAACTGTTCCTTCCTGTGAATTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39725	GCCCGCATCTTGATCTGCCATAAACTGAAACTGTTCCTTCCTGTGAATTT	39774

CU302230.4	1601	GTCGATTTTCACGTTCAAAGCAGACATCTCAAATTCTCCAAGAACACCGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39775	GTCGATTTTCACGTTCAAAGCAGACATCTCAAATTCTCCAAGAACACCGA	39824

CU302230.4	1651	TTAACCGAGAGGCTATGATACCAATTTGTTATGTGGAATTTTAGATAATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39825	TTAACCGAGAGGCTATGATACCAATTTGTTATGTGGAATTTTAGATAATA	39874

CU302230.4	1701	CGATAAAATATAAACGCGAAAAATAAGACAACAGATTTACGTGGTTCACC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39875	CGATAAAATATAAACGCGAAAAATAAGACAACAGATTTACGTGGTTCACC	39924

CU302230.4	1751	AATAAATTGGCTACGTCCACGGGGAAGAGGGAGAGCAGTTTTATTATGGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39925	AATAAATTGGCTACGTCCACGGGGAAGAGGGAGAGCAGTTTTATTATGGA	39974

CU302230.4	1801	GAGGCAAAAACAGGCTTGGGCCCAAAATACAGAATTGACAGATAATTAAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	39975	GAGGCAAAAACAGGCTTGGGCCCAAAATACAGAATTGACAGATAATTAAG	40024

CU302230.4	1851	GGCCCAATACAACAACATTCTATACTATCGGGCCGATTCAAGGCATTCAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	40025	GGCCCAATACAACAACATTCTATACTATCGGGCCGATTCAAGGCATTCAA	40074

CU302230.4	1901	CATTCCCATCCATGCTTGTCCCTTTATGTACTTTACCACTCTTAATGCAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	40075	CATTCCCATCCATGCTTGTCCCTTTATGTACTTTACCACTCTTAATGCAA	40124

CU302230.4	1951	CATTAAGGTGAGACTTTTTAGGTTTTTGTAAAAATAGACTCAGAATTTGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326362.6	40125	CATTAAGGTGAGACTTTTTAGGTTTTTGTAAAAATAGACTCAGAATTTGA	40174

Overview

Query
CU302230.4 - 76058 bps
Hit
CU326362.6 - 40174 bps
Total alignments
6
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001974200012000138175401741
290.449013716771813110061101961
388.512544196680267220-128557289741
488.351032056482165025-130495307001
585.772274753151731991-131888323581
694.68769418091902135609357021
Short-link