<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU041371.1	1	AAGCTTGGCATGACAAGAATCCTTTGTGCTCACCCTCTGGATGATCTCAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	120639	AAGCTTGGCATGACAAGAATCCTTTGTGCTCACCCTCTGGATGATCTCAC	120688

CU041371.1	51	CCTCTGACAAAGTCACATAATTATTGTGTGCTTTGACCAGCACAGGTGTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	120689	CCTCTGACAAAGTCACATAATTATTGTGTGCTTTGACCAGCACAGGTGTT	120738

CU041371.1	101	TTTTGGAGCTCGGACAAGTACTGCACAAGCCAGGACAAGTAACCGTGTTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	120739	TTTTGGAGCTCGGACAAGTACTGCACAAGCCAGGACAAGTAACCGTGTTC	120788

CU041371.1	151	TGGTCATGAAGACCTGCTAGGGGCTGTTTCCCCTCATTGTCAGTGCTACA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	120789	TGGTCATGAAGACCTGCTAGGGGCTGTTTCCCCTCATTGTCAGTGCTACA	120838

CU041371.1	201	GCTCGCTTCGAAGACATTGATATGAGTACCAAGGTTTAGTCACACTAAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	120839	GCTCGCTTCGAAGACATTGATATGAGTACCAAGGTTTAGTCACACTAAAG	120888

CU041371.1	251	TGGGTCTCCTCCACTAGCAGGGAGCCCCGACACGTGCCCTTGCTTTCAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	120889	TGGGTCTCCTCCACTAGCAGGGAGCCCCGACACGTGCCCTTGCTTTCAAA	120938

CU041371.1	301	CCGTTTCCCTAATTTGAAATTAAACTATTTGATTCCTGGCTTTCCTGTCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	120939	CCGTTTCCCTAATTTGAAATTAAACTATTTGATTCCTGGCTTTCCTGTCT	120988

CU041371.1	351	CTAGCCTATTCTGTTCAGTTCCAGCCACCCAAGGGTGAGAGGCTAGTTCG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	120989	CTAGCCTATTCTGTTCAGTTCCAGCCACCCAAGGGTGAGAGGCTAGTTCG	121038

CU041371.1	401	GTTGTATTGACAGGTTACCTGTTACCAGGTTCATACCCAGAGTTTTTCCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121039	GTTGTATTGACAGGTTACCTGTTACCAGGTTCATACCCAGAGTTTTTCCA	121088

CU041371.1	451	GTCTGCTAGAACCTGCTAACTCTTGGGCAGGTTCTGCTGTCATGGCTTTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121089	GTCTGCTAGAACCTGCTAACTCTTGGGCAGGTTCTGCTGTCATGGCTTTC	121138

CU041371.1	501	ACAAACCTATAATCACAGTTACATCACACTACCTTGTGTCGTCTAACTGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121139	ACAAACCTATAATCACAGTTACATCACACTACCTTGTGTCGTCTAACTGG	121188

CU041371.1	551	GCTGCCATGGGAAGGTTTGAATTGTGTCTTTGCATGCTCATGTGGGGGGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121189	GCTGCCATGGGAAGGTTTGAATTGTGTCTTTGCATGCTCATGTGGGGGGG	121238

CU041371.1	601	GGCGTGCATGGGCGCGCACACACATGTTCAGGTTAGGTGAGATGGGGGCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121239	GGCGTGCATGGGCGCGCACACACATGTTCAGGTTAGGTGAGATGGGGGCT	121288

CU041371.1	651	ATCAGAGAGAGCTGAAGGAACACAAAACCCAGTGATGAGAATCCAGTTGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121289	ATCAGAGAGAGCTGAAGGAACACAAAACCCAGTGATGAGAATCCAGTTGG	121338

CU041371.1	701	AAAGAGCAGATAAGGAAAGGTCTGGATTTCCAGCCCCTTATGAATCACCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121339	AAAGAGCAGATAAGGAAAGGTCTGGATTTCCAGCCCCTTATGAATCACCT	121388

CU041371.1	751	CAGTCAACTAGCATTTATGAAACCTCCTACTATGTGCCAGGCCTTGGGCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121389	CAGTCAACTAGCATTTATGAAACCTCCTACTATGTGCCAGGCCTTGGGCT	121438

CU041371.1	801	AAGTGCTAAGGATCCAAGAAAATCCAAAGTCAATCAGTCGCTGCTCTAAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121439	AAGTGCTAAGGATCCAAGAAAATCCAAAGTCAATCAGTCGCTGCTCTAAG	121488

CU041371.1	851	GAAGCTCACAGTCCAATGGGACAACTGACTCAGCCTGTGGGAAAGGGGAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121489	GAAGCTCACAGTCCAATGGGACAACTGACTCAGCCTGTGGGAAAGGGGAC	121538

CU041371.1	901	AGTTTAATTCATATGTTAGGTCTAAACATCAGGAAATACTTCACCATAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121539	AGTTTAATTCATATGTTAGGTCTAAACATCAGGAAATACTTCACCATAAT	121588

CU041371.1	951	TACATTCAATGGAAAGCAGAAAGTGTTCTCCCTGAGGAACTGTCTGTTTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121589	TACATTCAATGGAAAGCAGAAAGTGTTCTCCCTGAGGAACTGTCTGTTTA	121638

CU041371.1	1001	CCTTTCTAAATGAGACTAGAGATGTCCCCAAAGTGTTGGATGTGTCTAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121639	CCTTTCTAAATGAGACTAGAGATGTCCCCAAAGTGTTGGATGTGTCTAGA	121688

CU041371.1	1051	TCGAGCAGCAGCCCCAAGCTCTGGCCTGAGTCCTTCCCCTTCTCTAAATA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121689	TCGAGCAGCAGCCCCAAGCTCTGGCCTGAGTCCTTCCCCTTCTCTAAATA	121738

CU041371.1	1101	TGGTCCTGATCTCTTCACCTTCTTCTCCAAGTACACAGCACTGCAGTGAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121739	TGGTCCTGATCTCTTCACCTTCTTCTCCAAGTACACAGCACTGCAGTGAG	121788

CU041371.1	1151	CTGGGGACGCCAGCCCCTCTGTGAGCCCCTCTACACCTGACAGAGATGTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121789	CTGGGGACGCCAGCCCCTCTGTGAGCCCCTCTACACCTGACAGAGATGTA	121838

CU041371.1	1201	GAAAACTAACCCAAACCTCCCCTACCACTCAATACTCCTCAAGGGAGCTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121839	GAAAACTAACCCAAACCTCCCCTACCACTCAATACTCCTCAAGGGAGCTT	121888

CU041371.1	1251	TCAGAGAGCAAAGTGAGAAAGAGACCCAACTACAGTTAACCCTAACCTCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121889	TCAGAGAGCAAAGTGAGAAAGAGACCCAACTACAGTTAACCCTAACCTCT	121938

CU041371.1	1301	GGCTACTCCAATGGAGAAAGGAAAGAATTAAATCTGAAGGAAAAGCACCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121939	GGCTACTCCAATGGAGAAAGGAAAGAATTAAATCTGAAGGAAAAGCACCC	121988

CU041371.1	1351	CTGGACAAGCAAGAAACCCTGAAGTCGGGAGGGCAAAGAAGGGACCCAGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	121989	CTGGACAAGCAAGAAACCCTGAAGTCGGGAGGGCAAAGAAGGGACCCAGA	122038

CU041371.1	1401	ATCTCTTCTCAGCTGCCTACCTGTGGCGACATCTGGGACATCCTTTCCTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	122039	ATCTCTTCTCAGCTGCCTACCTGTGGCGACATCTGGGACATCCTTTCCTG	122088

CU041371.1	1451	CTATGGAGGGAACAAGTGAAGGCTGCTCTGCTCAGGGTGCCCTCCTCTTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	122089	CTATGGAGGGAACAAGTGAAGGCTGCTCTGCTCAGGGTGCCCTCCTCTTC	122138

CU041371.1	1501	TTCCTCTTCTTCATTCTGTTCCTTCCTCCTCCGGCCCTGTCCCATGTTTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	122139	TTCCTCTTCTTCATTCTGTTCCTTCCTCCTCCGGCCCTGTCCCATGTTTC	122188

CU041371.1	1551	TGGGGCCATAACTAGGTACCTTAGTGGAAAGGGGCCTCTATCTGAGTCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	122189	TGGGGCCATAACTAGGTACCTTAGTGGAAAGGGGCCTCTATCTGAGTCCT	122238

CU041371.1	1601	AAAGCTGTTCCTCCTCCTCTCTTACTCCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTGTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	122239	AAAGCTGTTCCTCCTCCTCTCTTACTCCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTGTC	122288

CU041371.1	1651	TCTCCTCTGTCTCTCTGTGTCTACTCTTTTTCTGTTTCTCTATGTCTCTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	122289	TCTCCTCTGTCTCTCTGTGTCTACTCTTTTTCTGTTTCTCTATGTCTCTG	122338

CU041371.1	1701	TCTTTCCTCTCTCACTCTCCCTCTCCCTGAGCCTGTTTTCTCAGCTAATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	122339	TCTTTCCTCTCTCACTCTCCCTCTCCCTGAGCCTGTTTTCTCAGCTAATA	122388

CU041371.1	1751	AAGGGGATGATTATACTTGCCTCACTCTCCTCCTGGGGCTTCCTCTAATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	122389	AAGGGGATGATTATACTTGCCTCACTCTCCTCCTGGGGCTTCCTCTAATA	122438

CU041371.1	1801	GGGATGAAGCTCTTAGTACTCTTGGGTCCAGGATAGTGAGAGCTGCTTGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	122439	GGGATGAAGCTCTTAGTACTCTTGGGTCCAGGATAGTGAGAGCTGCTTGT	122488

CU041371.1	1851	CTTGTGCACACACTCACGCCGGGGAAGGATGAGGGTCTCTGCCCACAGAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	122489	CTTGTGCACACACTCACGCCGGGGAAGGATGAGGGTCTCTGCCCACAGAC	122538

CU041371.1	1901	CTCAGGCTGCAGTATGTGCCTGTTGTTAGAGAAGGGGGGTATCTGGTGTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	122539	CTCAGGCTGCAGTATGTGCCTGTTGTTAGAGAAGGGGGGTATCTGGTGTG	122588

CU041371.1	1951	TTAGCTATCAAAGACCAAGTCTCCATTTTTGCAATTGAACCCCAGCTTTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU311200.1	122589	TTAGCTATCAAAGACCAAGTCTCCATTTTTGCAATTGAACCCCAGCTTTT	122638

Overview

Query
CU041371.1 - 116733 bps
Hit
CU311200.1 - 122638 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199620001200011206391226381
210046688230082367173250733171
398.3644618228582345-11034431035031
Short-link