<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU012051.7	1	AAGCTTTGGCCTGATTTCGGGATGGATTACCGGATCTTGACCTTGCGGGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	1995	AAGCTTTGGCCTGATTTCGGGATGGATTACCGGATCTTGACCTTGCGGGT	2044

CU012051.7	51	GTTTAAGGATTGCCTGTGTATCTTGACATGTAGTCATATGTTTTTGGATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2045	GTTTAAGGATTGCCTGTGTATCTTGACATGTAGTCATATGTTTTTGGATG	2094

CU012051.7	101	TTTGGATTATGAAGGAATATGGAAATATAGAGTCTTGGACCAAATTGTAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2095	TTTGGATTATGAAGGAATATGGAAATATAGAGTCTTGGACCAAATTGTAT	2144

CU012051.7	151	AGTGTTCCTTTCTTACGAAATTGGGGTATTTATCCATATCCCATGGCATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2145	AGTGTTCCTTTCTTACGAAATTGGGGTATTTATCCATATCCCATGGCATT	2194

CU012051.7	201	CTATATTTCTGAGGATGATTAAGTGTTAATTGATTTTTATGAATTGACAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2195	CTATATTTCTGAGGATGATTAAGTGTTAATTGATTTTTATGAATTGACAA	2244

CU012051.7	251	GTTCCGAATTGACGTTGGCTGTTTACGATTCCAAAAATGGTACTCTGAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2245	GTTCCGAATTGACGTTGGCTGTTTACGATTCCAAAAATGGTACTCTGAAG	2294

CU012051.7	301	ATTCCTGAGATTCAAAACACCAATGGTTGGATAGACCCTGAAGTTTACGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2295	ATTCCTGAGATTCAAAACACCAATGGTTGGATAGACCCTGAAGTTTACGT	2344

CU012051.7	351	TGAGAGTTTGATATCACCTTGTTCTTAATGTTTATGTAACTTGAGCATGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2345	TGAGAGTTTGATATCACCTTGTTCTTAATGTTTATGTAACTTGAGCATGA	2394

CU012051.7	401	CCTTGGTTCCTAATGTTTATGTCACTTAAGCATGAGTTTCAACTGCAACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2395	CCTTGGTTCCTAATGTTTATGTCACTTAAGCATGAGTTTCAACTGCAACA	2444

CU012051.7	451	TATATATATGGGTTAATTTCTGATTATGTTATTTATTTTCTACTTGTTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2445	TATATATATGGGTTAATTTCTGATTATGTTATTTATTTTCTACTTGTTTT	2494

CU012051.7	501	TTTGTTTTGATTGATAGTCACTTTGCCGATCATTGTTAAATTAGTGGTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2495	TTTGTTTTGATTGATAGTCACTTTGCCGATCATTGTTAAATTAGTGGTTG	2544

CU012051.7	551	ATGGAATTCAGATTACCAAATTGCTGTTGTTTTCACTTGTTTTTTAGTTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2545	ATGGAATTCAGATTACCAAATTGCTGTTGTTTTCACTTGTTTTTTAGTTT	2594

CU012051.7	601	GAACTGTTGGTTCTCTCATTGTGTATAAGTAAATTTTAGTTTTAAATAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2595	GAACTGTTGGTTCTCTCATTGTGTATAAGTAAATTTTAGTTTTAAATAGT	2644

CU012051.7	651	TCACAATCATGCACTGCTTTAGATGGTTTGAGGTTTGATTTTCTAAATTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2645	TCACAATCATGCACTGCTTTAGATGGTTTGAGGTTTGATTTTCTAAATTT	2694

CU012051.7	701	GAAGTTACAATTTAGATACTATAATGTCAGCTGAGTTCTGTCCAAATTTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2695	GAAGTTACAATTTAGATACTATAATGTCAGCTGAGTTCTGTCCAAATTTA	2744

CU012051.7	751	TTAATATTTGCTGTATGAACTGAACTAAATATGTTATAGTATAATAATAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2745	TTAATATTTGCTGTATGAACTGAACTAAATATGTTATAGTATAATAATAC	2794

CU012051.7	801	TATCGTTATGTCGTTTTTTTTAGAATATTCAATTTTAGCAAATATGTAGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2795	TATCGTTATGTCGTTTTTTTTAGAATATTCAATTTTAGCAAATATGTAGC	2844

CU012051.7	851	CTTTTGAAAACTGGCTTTAAAGCTGAGTTTCTAGTAATTTTTCCCACTGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2845	CTTTTGAAAACTGGCTTTAAAGCTGAGTTTCTAGTAATTTTTCCCACTGA	2894

CU012051.7	901	TGATTGGAGCTATTTGTTAAGAGTTAGTATAACAAATACATATAACCATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2895	TGATTGGAGCTATTTGTTAAGAGTTAGTATAACAAATACATATAACCATT	2944

CU012051.7	951	CAATTGAAGAAATGTATGAAACTATAGCATTGTCTTTGATGATTCATCAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2945	CAATTGAAGAAATGTATGAAACTATAGCATTGTCTTTGATGATTCATCAT	2994

CU012051.7	1001	TGTAGTTATGTATTAGAAGTAGTTATTCTCATTTCAATTACTTACTCTCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	2995	TGTAGTTATGTATTAGAAGTAGTTATTCTCATTTCAATTACTTACTCTCC	3044

CU012051.7	1051	GAGGGAAAAATGGTACTATTTTGACATGTTCAAACTTTGCACATATGCCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3045	GAGGGAAAAATGGTACTATTTTGACATGTTCAAACTTTGCACATATGCCT	3094

CU012051.7	1101	ACCTTCAGCTACAAGTCACACCATCTAAAGAACAATGACCTTTTCCCCCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3095	ACCTTCAGCTACAAGTCACACCATCTAAAGAACAATGACCTTTTCCCCCT	3144

CU012051.7	1151	TTCATTTTACTTCCTTATGATTTGTTTTGTACAGAATGTGAAATTAGGGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3145	TTCATTTTACTTCCTTATGATTTGTTTTGTACAGAATGTGAAATTAGGGG	3194

CU012051.7	1201	TCGTTGGTCTGGGCGTGACACCTTCCCGCGGAATAATTTTTAACCTTGAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3195	TCGTTGGTCTGGGCGTGACACCTTCCCGCGGAATAATTTTTAACCTTGAA	3244

CU012051.7	1251	ATAGTATCAGACTAGAGAGAATGCTAATTAAGGTTTTACTTTCTTTATTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3245	ATAGTATCAGACTAGAGAGAATGCTAATTAAGGTTTTACTTTCTTTATTT	3294

CU012051.7	1301	TGTGCATATGATTATTTATGTAACAATGTTTGGTACATGTATAACCTATC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3295	TGTGCATATGATTATTTATGTAACAATGTTTGGTACATGTATAACCTATC	3344

CU012051.7	1351	ATGTTATCTTAACATTATGAGGGTTTAGTTATGTCCTAGATCTGTAAACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3345	ATGTTATCTTAACATTATGAGGGTTTAGTTATGTCCTAGATCTGTAAACA	3394

CU012051.7	1401	ATGCTTTGATGGAGAGACTTGAAAGAGACTGTGTGGTGCTTCTTTATTAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3395	ATGCTTTGATGGAGAGACTTGAAAGAGACTGTGTGGTGCTTCTTTATTAA	3444

CU012051.7	1451	CATGACCGTATATCTGCATTTTAATTTTGATATTTGTATATGTGAATGAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3445	CATGACCGTATATCTGCATTTTAATTTTGATATTTGTATATGTGAATGAA	3494

CU012051.7	1501	TTTCAATGAAAACAGAACCTTTAATTGTTCTCTAAATGTTTATTGAGGCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3495	TTTCAATGAAAACAGAACCTTTAATTGTTCTCTAAATGTTTATTGAGGCC	3544

CU012051.7	1551	AGCGATATGTGATGATGATGCTACATAGTTTGAATCTGAACTCTTTATGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3545	AGCGATATGTGATGATGATGCTACATAGTTTGAATCTGAACTCTTTATGC	3594

CU012051.7	1601	ATTCTTTAAAAGCCTATTCCACATATGGGGATAGAGCCCAAAGTTTGAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3595	ATTCTTTAAAAGCCTATTCCACATATGGGGATAGAGCCCAAAGTTTGAAA	3644

CU012051.7	1651	GGCATAGCTTTCTGAGATTTAAACATATATATTAGATCATGGCATGGTTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3645	GGCATAGCTTTCTGAGATTTAAACATATATATTAGATCATGGCATGGTTA	3694

CU012051.7	1701	ACATCTACTTTGGAAACTGCTGTAGAATGAGTAGAAGCTCACTTTTCAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3695	ACATCTACTTTGGAAACTGCTGTAGAATGAGTAGAAGCTCACTTTTCAAT	3744

CU012051.7	1751	TTGTTCCAATTCTGATTCATTTGATCAATCAGTTAAAGAAAATTCATTAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3745	TTGTTCCAATTCTGATTCATTTGATCAATCAGTTAAAGAAAATTCATTAT	3794

CU012051.7	1801	TCTGCAACATCATTAACTAGGTATAAGTAACAGTAGTTCTATTTGACAGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3795	TCTGCAACATCATTAACTAGGTATAAGTAACAGTAGTTCTATTTGACAGT	3844

CU012051.7	1851	TCAGCTCGTGGAACTACAAAACAGATTGTTAATTGTATATGGATGCACCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3845	TCAGCTCGTGGAACTACAAAACAGATTGTTAATTGTATATGGATGCACCC	3894

CU012051.7	1901	TGATGCATCGACAGTGTATCTATGATGGTGCTAATTTGCGGCAGAATTTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3895	TGATGCATCGACAGTGTATCTATGATGGTGCTAATTTGCGGCAGAATTTG	3944

CU012051.7	1951	TGGCTGCACAGTATTTCCCAATTTGTTCCATCATAGTTGTTATTTTTTCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU306338.3	3945	TGGCTGCACAGTATTTCCCAATTTGTTCCATCATAGTTGTTATTTTTTCC	3994

Overview

Query
CU012051.7 - 97860 bps
Hit
CU306338.3 - 3994 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110018932000120001199539941
287.75236389495053381136417551
388.5123203924094421165818571
477.321125029512100131185723721
Short-link