<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU372919.4	1	TGGGGGGGGAGCGGGGTTGTTTCTTCGTTTGTTTTTGCTTTTTTGTTTGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	122354	TGGGGGGGGAGCGGGGTTGTTTCTTCGTTTGTTTTTGCTTTTTTGTTTGT	122403

CU372919.4	51	TTTTTGTTTTTCAAGATAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	122404	TTTTTGTTTTTCAAGATAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGA	122453

CU372919.4	101	ACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGGCTCGAACTCAGACATCTGCCTGCCTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	122454	ACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGGCTCGAACTCAGACATCTGCCTGCCTC	122503

CU372919.4	151	TGCCTCCGGAATGCTGGGATTAAAGGCATGCCCCAACCACACCTGGCTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	122504	TGCCTCCGGAATGCTGGGATTAAAGGCATGCCCCAACCACACCTGGCTTT	122553

CU372919.4	201	TTTTTTTTTTAAGATTGATTGATTGATTGATTTATTAAGTACACTGTAGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	122554	TTTTTTTTTTAAGATTGATTGATTGATTGATTTATTAAGTACACTGTAGC	122603

CU372919.4	251	TGCCTTCAGACACACACCAGACCAGAAGGGAGTCAGATCTCCTTATTTCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	122604	TGCCTTCAGACACACACCAGACCAGAAGGGAGTCAGATCTCCTTATTTCA	122653

CU372919.4	301	ACTGAGTCTTCAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTATCCCCAGAGTGGGTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	122654	ACTGAGTCTTCAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTATCCCCAGAGTGGGTG	122703

CU372919.4	351	ACACATGTCTTTAATCCCAGCACTTAGAGGCAGAGGCAGGCTGATTTCTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	122704	ACACATGTCTTTAATCCCAGCACTTAGAGGCAGAGGCAGGCTGATTTCTA	122753

CU372919.4	401	AGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGACATGGCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	122754	AGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGACATGGCT	122803

CU372919.4	451	ATACAGAGAAACCGTGTCTGGGGGGTGGGGGGAGAAACCAACAACAACAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	122804	ATACAGAGAAACCGTGTCTGGGGGGTGGGGGGAGAAACCAACAACAACAA	122853

CU372919.4	501	AAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCTTCACCACTCCCCCACCATGCCAGCAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	122854	AAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCTTCACCACTCCCCCACCATGCCAGCAAA	122903

CU372919.4	551	ATTTCTTAACCTTGAATTACTTACACTCTTTGTTGTAGGGGCTGTCTTCG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	122904	ATTTCTTAACCTTGAATTACTTACACTCTTTGTTGTAGGGGCTGTCTTCG	122953

CU372919.4	601	GGCCTTTTAGATGTTAATTGACTGCTTGGCCTTCTTCTATACCAGTAGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	122954	GGCCTTTTAGATGTTAATTGACTGCTTGGCCTTCTTCTATACCAGTAGCA	123003

CU372919.4	651	ACACCCCACACACGCCCTTACTGTGACACCCAAAATTGTCCTTACAGGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123004	ACACCCCACACACGCCCTTACTGTGACACCCAAAATTGTCCTTACAGGTT	123053

CU372919.4	701	GACAAATGTCTGGGAGTGTCTAAATGGCAGAAAACCACCATCTCCCATGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123054	GACAAATGTCTGGGAGTGTCTAAATGGCAGAAAACCACCATCTCCCATGC	123103

CU372919.4	751	TCCTACAAAACCTGAATCCGTCAATCTTCAAGTAGCCATTATTGATCCAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123104	TCCTACAAAACCTGAATCCGTCAATCTTCAAGTAGCCATTATTGATCCAC	123153

CU372919.4	801	CAAAAGGCTCTGTGCTGAGTTTTTTGGTTTTTGGGGTTTTTTTGTTTGTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123154	CAAAAGGCTCTGTGCTGAGTTTTTTGGTTTTTGGGGTTTTTTTGTTTGTT	123203

CU372919.4	851	TGTTTGTTTCCTACAACAGTTGGACATAGTAGCACACGAGTTTAATACCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123204	TGTTTGTTTCCTACAACAGTTGGACATAGTAGCACACGAGTTTAATACCA	123253

CU372919.4	901	GCACTGGACTATAGATCTCTGTGAATGGAAGCCACCCTAGTCTACATAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123254	GCACTGGACTATAGATCTCTGTGAATGGAAGCCACCCTAGTCTACATAGT	123303

CU372919.4	951	GAGTTCCAAGACAGCCAGAGCTACACAATGAAGCCCTGTTCTGAAAAGCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123304	GAGTTCCAAGACAGCCAGAGCTACACAATGAAGCCCTGTTCTGAAAAGCT	123353

CU372919.4	1001	GGGATTGAGGCTTGCACCACAACCCCCAGCCCTTGTATGCTCAGCGTCAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123354	GGGATTGAGGCTTGCACCACAACCCCCAGCCCTTGTATGCTCAGCGTCAC	123403

CU372919.4	1051	TCCCTTGGGAATTGCACAGGGCCTTTAGAGACAGGGAGGCTGTGTGATGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123404	TCCCTTGGGAATTGCACAGGGCCTTTAGAGACAGGGAGGCTGTGTGATGA	123453

CU372919.4	1101	CAGAGGGCCAGGACACAGACTTCCATTTCTACACCCCTGCTACTCTTCTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123454	CAGAGGGCCAGGACACAGACTTCCATTTCTACACCCCTGCTACTCTTCTG	123503

CU372919.4	1151	GCTTTAGGTGGGTCTCCTCATCATTTCTAGGCCTCCTTTCCCATCTTTGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123504	GCTTTAGGTGGGTCTCCTCATCATTTCTAGGCCTCCTTTCCCATCTTTGC	123553

CU372919.4	1201	AGTGTAGACAGAAGAGGACTCCAAAGTTTCCCCGCTCCATGGCTGTCCAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123554	AGTGTAGACAGAAGAGGACTCCAAAGTTTCCCCGCTCCATGGCTGTCCAC	123603

CU372919.4	1251	AGTACCCACTACGGGACAGAATCATGGGTATTGAAGGATTATAAGATGTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123604	AGTACCCACTACGGGACAGAATCATGGGTATTGAAGGATTATAAGATGTA	123653

CU372919.4	1301	GAGCAAGGGTTACAACCTCACATGCCCGCATAGGCCAAGCACATGGTATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123654	GAGCAAGGGTTACAACCTCACATGCCCGCATAGGCCAAGCACATGGTATA	123703

CU372919.4	1351	AATGAATGAGTTTATATTCTTATGACTCAGATATTGTTTGTTTGCTCATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123704	AATGAATGAGTTTATATTCTTATGACTCAGATATTGTTTGTTTGCTCATT	123753

CU372919.4	1401	TTAAAGCTTGGAGCTTTTAACTTCCTTAAAGGAATATATGACCTCTTGCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123754	TTAAAGCTTGGAGCTTTTAACTTCCTTAAAGGAATATATGACCTCTTGCT	123803

CU372919.4	1451	TTTTTGATCAAACATACTGCCATCTCTGAGTTTAACTTTTTAAACTCAGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123804	TTTTTGATCAAACATACTGCCATCTCTGAGTTTAACTTTTTAAACTCAGA	123853

CU372919.4	1501	CTTTTTTTTAATTTTTGATTTTTTTTTTTAAGATTTATTTATTTTATTAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123854	CTTTTTTTTAATTTTTGATTTTTTTTTTTAAGATTTATTTATTTTATTAT	123903

CU372919.4	1551	ATGTGAATACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGCGTCAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123904	ATGTGAATACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGCGTCAGA	123953

CU372919.4	1601	TCTTGTTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	123954	TCTTGTTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACT	124003

CU372919.4	1651	CAGGACCTTCGGAAGAACAGTCGGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	124004	CAGGACCTTCGGAAGAACAGTCGGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCAC	124053

CU372919.4	1701	CAGCCCCTAATTTTTGATTTTTTTAAAAATTTCTTTCTTTACTTTCCTCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	124054	CAGCCCCTAATTTTTGATTTTTTTAAAAATTTCTTTCTTTACTTTCCTCT	124103

CU372919.4	1751	TTATCCCGAGAACAGCAGCACCAATTTTGGTGATAAATAGCTATTAACAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	124104	TTATCCCGAGAACAGCAGCACCAATTTTGGTGATAAATAGCTATTAACAC	124153

CU372919.4	1801	TTGGCTTAGGATAGTAGTGGGTGGAAGGGACCCTGGCAGGGATGGAAAAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	124154	TTGGCTTAGGATAGTAGTGGGTGGAAGGGACCCTGGCAGGGATGGAAAAC	124203

CU372919.4	1851	TCATGTCCCAACTAAACTGGATGGCCAGTACTTGCTCCACTAGGACAGAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	124204	TCATGTCCCAACTAAACTGGATGGCCAGTACTTGCTCCACTAGGACAGAC	124253

CU372919.4	1901	AAACCCAGGAAACCAAACCTCTCATTGTTGAAGAGACAGCCCAGATCTAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	124254	AAACCCAGGAAACCAAACCTCTCATTGTTGAAGAGACAGCCCAGATCTAG	124303

CU372919.4	1951	AGTTTTACATATAAAATCTTCCCAGTTTTAGAAATTAGCTAAGTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302431.10	124304	AGTTTTACATATAAAATCTTCCCAGTTTTAGAAATTAGCTAAGTGAATTC	124353

Overview

Query
CU372919.4 - 3994 bps
Hit
CU302431.10 - 124353 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link