<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1263 bps / non-identical: 1271 bps

Full alignment

C  CU463841.14	79198	AGAGTCATAGAATTAAAAATACAACATACTGATCATAGCCTCATCTCAGG	79149
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||
  CU302430.14	59857	AGAGTCATAGAATTAAAAATACAAAATACTGATCACAGCCTCATCCCAGG	59906

C  CU463841.14	79148	AAAAAGACACAGTGTGTGCTCATCTTTGCACTTAAGCCGATGTTAGTTTT	79099
			|| ||| |||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||
  CU302430.14	59907	AAGAAGTCACAATGTGTGCTCAGCTTTGCACTTGAGCCGATGTTAGGTTT	59956

C  CU463841.14	79098	TAATTCCCTATGAACAAGATAAACTGTACTCAGACGTTTGAATGATGATT	79049
			| |||||| |||||||||||| | | |||||||| ||||||||  | |||
  CU302430.14	59957	TGATTCCCCATGAACAAGATACATTTTACTCAGATGTTTGAATACTCATT	60006

C  CU463841.14	79048	TGTAACAGACCATGA-ACCCCAATATCCAGAGCATTCCTGCAGAGAAAGG	79000
			| |||  |||||||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||
  CU302430.14	60007	TTTAATGGACCATGACATCCCAACATCTAGAGCATTCCTGCAGAGAAAGG	60056

C  CU463841.14	78999	TGTGCCCTTTCCCATCTTCCCTCCAACTGCAGACCCTCCAGGGTCTCACC	78950
			||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
  CU302430.14	60057	TGTCCTCTTTCCCATCTTCCCTCCCACTGCAGACCCTCCAGGGTCTCACC	60106

C  CU463841.14	78949	TGTTGAAGATGAAAGAGAAGCATCACATTCTTGGGCAACGGCGCCGCCTG	78900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
  CU302430.14	60107	TGTTGAAGATGAAAGAGAAGCATCACATTCTTGGGCAACAGCGCCGCCTG	60156

C  CU463841.14	78899	GTGGAAGAAACAAAAACGACAGCGTCTGAGCCCACAGAGCTGAGGGTAAA	78850
			|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||
  CU302430.14	60157	GTGGAAGAAACAAAGATGACAGCGTCTGAGCCCACAGAGTTGAGGGTAAA	60206

C  CU463841.14	78849	GGGGATCCAGGCTGCTGAGCTGCCCCAGGGCCTCCTTCCTGTCTGCACTT	78800
			|||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
  CU302430.14	60207	GGGGATGCAGGCAGCTGAGCTGCCCCAGGACCTCCTTCCTGTCTGCACTG	60256

C  CU463841.14	78799	CTCCAGGGCTCTCAGGTCTCAGACCGCCCTGCTCTCATCAAACTTACATC	78750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
  CU302430.14	60257	CTCCAGGGCTCTCAGGTCTCAGACCGCCCTGCTCTCATCAAAC-TACATC	60305

C  CU463841.14	78749	CAGAAGATCTTCACGTGCTTCTCCACCCGTGGGAAGAAAACTCCCTGTAA	78700
			||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  CU302430.14	60306	CAGAAGAACTTTATGTGCTTTTCCACCCGTGGGAAGAAAACTCCCTGTAA	60355

C  CU463841.14	78699	GAGGGGAGGCAGGAGGCAGAGCCATGGGTGCTAAAAGGAGCTGCAAAGCC	78650
			||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
  CU302430.14	60356	GAGGGGAGGTAGGAGGCAGAGCCATGAGTGCTAAAAGGAGCTGCAAAGCC	60405

C  CU463841.14	78649	CCAAACAAAGCAGTTCCAGAACTCGGACAGAAACCATGGTGTTGGTTCTT	78600
			||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
  CU302430.14	60406	CCAAAGAGAGCAGTTCCAGAACTCGGACAGGGACCATGGTGTTGGTTCTT	60455

C  CU463841.14	78599	TGATGTCAGCTACGTGTGGGGTTAACTAAAACCCCAAAATGGAAGACACC	78550
			|||||  |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||
  CU302430.14	60456	TGATGCGAGCTACATGTGGCGTTAACTAAAACCTCAAAATGGAGCACACC	60505

C  CU463841.14	78549	ACCTGTGAGACGTTTTTGCTTAATTT-------GAAGATCAATTTCTGAT	78507
			| ||||||| | ||||||||||||||       |||||||||||||||||
  CU302430.14	60506	ATCTGTGAGGC-TTTTTGCTTAATTTGAAGTGGGAAGATCAATTTCTGAT	60554

C  CU463841.14	78506	CCTTTTCTTTGAGGTAGGAAGACACACCTGTAGTACAGAATATTTGAGCA	78457
			||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| | |
  CU302430.14	60555	CCTTTTCTTTGAGATAGGAAGACACACCTGTAATCCAGAATATTTGTGTA	60604

C  CU463841.14	78456	GGAGCCCCTCCCACTTTCTGATCTGGGCCACGCCTTCTGCTGGAAGCCTA	78407
			|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  CU302430.14	60605	GGAGCCCCTCCCCCTTTCTGATGTGGGCCACGCCTTCTGCTGGAAGCCTA	60654

C  CU463841.14	78406	CATGAAGACCTGGAAGAAGGAAAGGCTTGCTCTGTGTCTGCTTGCTCCTG	78357
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302430.14	60655	CATGAAGACATGGAAGAAGGAAAGGCTTGCTCTGTGTCTGCTTGCTCCTG	60704

C  CU463841.14	78356	TTCCTGTTATCTGTCGAAGATTCCTGCTTGTCCTCCCTTGCTCTGAATAA	78307
			 ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302430.14	60705	CTCCTGTTATCTGTCTGAGATTCCTGCTTGTCCTCCCTTGCTCTGAATAA	60754

C  CU463841.14	78306	TGATGGCAGACTTACATTTATTTATGAATGCTTAGGCTTTATGCTAGGCC	78257
			||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
  CU302430.14	60755	TGACGGCAGACTTACATTTATTTATGAATGCCTACGCTTTATGCTAGGCC	60804

C  CU463841.14	78256	TGTTCCCAGCTATCTCATAATTCAGTTATCCCAGTCATACTATTCTAAGT	78207
			| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  CU302430.14	60805	TTTTCCCAGCATTCTCATAATTCAGTTATCCCATTCATACTATTCTAAGT	60854

C  CU463841.14	78206	TCTGCCACGTGGCTGGTCACCTCTCCTCAGTTTCACACATCCTGCTTCCT	78157
			||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||
  CU302430.14	60855	TCTGCAATGTGGCTGGTCACCTCTCCTCAGTTTCGCACATCCCACTTCCT	60904

C  CU463841.14	78156	CCACGTCTGGGTGGCAAATCCCCCATGCTTCTCTCTTCCCAGAGTTCCTC	78107
			|   ||||||||||| |||||||||||||||||| || || |||||||||
  CU302430.14	60905	CTGAGTCTGGGTGGCGAATCCCCCATGCTTCTCTTTTTCCTGAGTTCCTC	60954

C  CU463841.14	78106	TCTCTGCCCAGAATCCTGCCTTCTACTCTCCTTTGCTACAGGACATAGGG	78057
			|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
  CU302430.14	60955	TCTCTGCCCATAATCCTGCCTTCTACTCTCCTTTTCTA-AGGACATAGGG	61003

C  CU463841.14	78056	TTTTTATTTTACCACTCAGAAGGTGCTTTAGGTAGGCAAGGTAGGACAGA	78007
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
  CU302430.14	61004	TTTTTATTTTACCACTCAGAAGGTACTTTAGGTAGGCAAGGTAGGACAGA	61053

C  CU463841.14	78006	GACTCATCTTCACAGTGTACAAAAACATTACTTCATTATTGCCCCGCCCC	77957
			|||| |||||||||||||||   ||||||||||||  |||| ||| ||| 
  CU302430.14	61054	GACTAATCTTCACAGTGTAC---AACATTACTTCAACATTGACCC-CCCA	61099

C  CU463841.14	77956	TTTAGTCCTATAAACGGCTCT	77936
			 ||| |||||| || ||||||
  CU302430.14	61100	CTTAATCCTATGAAAGGCTCT	61120

Overview

Query
CU463841.14 - 79198 bps
Hit
CU302430.14 - 178441 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1263 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
191.2392812637793679198-159857611201
286.0374412391004711285-110205114571
385.9573712375525356489-110205114571
487.6273111554085042004-110279114571
575.35854226370839345-111603138981
675.7486123193784040158-111603138981
781.6576815705218453753-112221138981
877.981017251771479663-133142356081
975.4994126573782040476-133142356911
1081.7573515065224853753-134097356081
1180.881583299213904381-158828618811
1290.88166622753273435008-158828611201
1385.07182931174632049436-158828618811
1488.373011132460125713-163586646881
1588.373011136980570917-163586646881
1688.3194814231004511467-189010904291
1788.3894614195525156669-189010904291
1886.5181313124084842159-189087904291
1979.741393316165039663-190422936901
2080.98144132173726040476-190422936901
2178.83140232755160554879-190422936901
Short-link