<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU468282.23	1	CAAGAGTCACACATTTTCCAGCTCTGGGCAGAGATCAGAAGGAGCCTAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158159	CAAGAGTCACACATTTTCCAGCTCTGGGCAGAGATCAGAAGGAGCCTAAA	158208

CU468282.23	51	CACCAGGCTTCCACCTTCCAGAAAATTCCACTTCTGACCCCCAAAGGGTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158209	CACCAGGCTTCCACCTTCCAGAAAATTCCACTTCTGACCCCCAAAGGGTA	158258

CU468282.23	101	CTCACTCAGCCTAGAATCAAGGAGAGAATGCATGTGGAGCCATGGGACAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158259	CTCACTCAGCCTAGAATCAAGGAGAGAATGCATGTGGAGCCATGGGACAC	158308

CU468282.23	151	TGGGGAAGTCACTCACCTGCCCTGTAACCTGCTTGTCTTCGAGCTGAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158309	TGGGGAAGTCACTCACCTGCCCTGTAACCTGCTTGTCTTCGAGCTGAAAA	158358

CU468282.23	201	GCAACACACAGGAGTCAAGAGAGCTACTGGGCTCCTGAGGGGATCAGAGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158359	GCAACACACAGGAGTCAAGAGAGCTACTGGGCTCCTGAGGGGATCAGAGG	158408

CU468282.23	251	GCTCGGGAAGAAAACCAGGACTCACCAAGCTCCACCATGACTGCTCCTGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158409	GCTCGGGAAGAAAACCAGGACTCACCAAGCTCCACCATGACTGCTCCTGA	158458

CU468282.23	301	AAAACAGTGAGGAGAGGGAGGCTGTACACTTGGCAGGAAGAAAGGAAACA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158459	AAAACAGTGAGGAGAGGGAGGCTGTACACTTGGCAGGAAGAAAGGAAACA	158508

CU468282.23	351	CAGTTTGGGTTCCTGATACGCTGAACTACAGGCCACCTGACCTAAAGGAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158509	CAGTTTGGGTTCCTGATACGCTGAACTACAGGCCACCTGACCTAAAGGAC	158558

CU468282.23	401	TCCAGCTGTCCTCTCTGAATTTTGTATTCCACCTACTCTGATCGCAGAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158559	TCCAGCTGTCCTCTCTGAATTTTGTATTCCACCTACTCTGATCGCAGAAC	158608

CU468282.23	451	ACTGGCCCTCCTGGGGCCTCTGAACCTGTCCTTCACTGCTATGGTGACTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158609	ACTGGCCCTCCTGGGGCCTCTGAACCTGTCCTTCACTGCTATGGTGACTT	158658

CU468282.23	501	ACGAGCAGTTCTCAGAGCATCCTCCTTTGTCTTCTGTAACTCATCCATCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158659	ACGAGCAGTTCTCAGAGCATCCTCCTTTGTCTTCTGTAACTCATCCATCT	158708

CU468282.23	551	CACGCTGAAAATTCACCATTTCCTGCTGCACCTTCAGCCTTGCAGAACAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158709	CACGCTGAAAATTCACCATTTCCTGCTGCACCTTCAGCCTTGCAGAACAT	158758

CU468282.23	601	TCCCTTCTGAGAAGAAGGCTCACCCCTAAGACTAGTAGTCCCATCATGGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158759	TCCCTTCTGAGAAGAAGGCTCACCCCTAAGACTAGTAGTCCCATCATGGT	158808

CU468282.23	651	CAGGGTCACAAAAAAAGCTGACTTCCAGGGAGAGGTCTGAGGGAAGAAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158809	CAGGGTCACAAAAAAAGCTGACTTCCAGGGAGAGGTCTGAGGGAAGAAGG	158858

CU468282.23	701	GCTCTGTGGCCCAGGCAGAGAGCCAGTAATGAGTGAACCTGAGAAGAGAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158859	GCTCTGTGGCCCAGGCAGAGAGCCAGTAATGAGTGAACCTGAGAAGAGAC	158908

CU468282.23	751	AGCCTACCACACTCAAGAAAGGCCACACACTTCCCAGGCTCTGTAGGAGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158909	AGCCTACCACACTCAAGAAAGGCCACACACTTCCCAGGCTCTGTAGGAGT	158958

CU468282.23	801	GAGGGACAGCTCTCACCTGGGATGAATATGGCCATGGCTTTCTCCTGACC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	158959	GAGGGACAGCTCTCACCTGGGATGAATATGGCCATGGCTTTCTCCTGACC	159008

CU468282.23	851	CAAGATAGGATTGAAGATGGAGCAGGTCACACTCCTGACAGAGCTGTCTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159009	CAAGATAGGATTGAAGATGGAGCAGGTCACACTCCTGACAGAGCTGTCTC	159058

CU468282.23	901	TCACCACCAGTGAGGTTTCTGTGCTGAACAGTCCTTGAGCATCTTCATGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159059	TCACCACCAGTGAGGTTTCTGTGCTGAACAGTCCTTGAGCATCTTCATGA	159108

CU468282.23	951	TGGATCTCTGAGGATGCTGTGAGATTCTCTCCTCTGAAATCTCTCCAATG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159109	TGGATCTCTGAGGATGCTGTGAGATTCTCTCCTCTGAAATCTCTCCAATG	159158

CU468282.23	1001	CACCTGAGGCTTCGGGTACCACCCTGAGGTATTGCATACAACACTCACTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159159	CACCTGAGGCTTCGGGTACCACCCTGAGGTATTGCATACAACACTCACTC	159208

CU468282.23	1051	CACCATCTTCTGGACCTTTGATGCGTACTTCAGGGACAGAGCCCATTGCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159209	CACCATCTTCTGGACCTTTGATGCGTACTTCAGGGACAGAGCCCATTGCT	159258

CU468282.23	1101	GGAGGAGAACAGATGTGAACACCCTAGAAGCCACTTTAGGTTGAAGGACC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159259	GGAGGAGAACAGATGTGAACACCCTAGAAGCCACTTTAGGTTGAAGGACC	159308

CU468282.23	1151	CCAGGAGCAACTATGACTCATGGGAACCTTTCACAAGACAGATAGGAATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159309	CCAGGAGCAACTATGACTCATGGGAACCTTTCACAAGACAGATAGGAATT	159358

CU468282.23	1201	GAAGGGGAAAGGCATTCCTGGATTGGGACTAGGTTGGGCCCCAATTGCCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159359	GAAGGGGAAAGGCATTCCTGGATTGGGACTAGGTTGGGCCCCAATTGCCT	159408

CU468282.23	1251	GACAGGAAAGATAGGAGAGCACACGGTGGGGAACAGACCACTCCTGTGTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159409	GACAGGAAAGATAGGAGAGCACACGGTGGGGAACAGACCACTCCTGTGTC	159458

CU468282.23	1301	AACCACAAGATCCTGAGGGACCTGAAGGAAGTTGAACACAGGAGCCTGAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159459	AACCACAAGATCCTGAGGGACCTGAAGGAAGTTGAACACAGGAGCCTGAG	159508

CU468282.23	1351	GTGGGAACCAGCACTCCATCTGTCCATTATCCACACAGCTGTGACCCTCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159509	GTGGGAACCAGCACTCCATCTGTCCATTATCCACACAGCTGTGACCCTCC	159558

CU468282.23	1401	AGGCGGGCCCACATCCAGCTCTCCTCTCAGGGAAGACAGACCTTGAGCAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159559	AGGCGGGCCCACATCCAGCTCTCCTCTCAGGGAAGACAGACCTTGAGCAT	159608

CU468282.23	1451	CCTTCCTTCCTCCCCTCCATCACCTTAGCATTGACTGCCATTACTCACTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159609	CCTTCCTTCCTCCCCTCCATCACCTTAGCATTGACTGCCATTACTCACTG	159658

CU468282.23	1501	ACTGCTCACTAACACTCAGTGACTTTCCTGACGACGCCTCTAAATGATAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159659	ACTGCTCACTAACACTCAGTGACTTTCCTGACGACGCCTCTAAATGATAC	159708

CU468282.23	1551	ATTCCAACCACTGATATTTTCATAACACCAACAGGACCCTAACCCACAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159709	ATTCCAACCACTGATATTTTCATAACACCAACAGGACCCTAACCCACAAA	159758

CU468282.23	1601	ACTAGACACAGCACATTTTTAGGGGATCCACCTATAGAATTTGAGTTGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159759	ACTAGACACAGCACATTTTTAGGGGATCCACCTATAGAATTTGAGTTGAA	159808

CU468282.23	1651	TTATCTATATAGGAATTCACTATCCATAACTCATTCCAAAATGGGAAACT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159809	TTATCTATATAGGAATTCACTATCCATAACTCATTCCAAAATGGGAAACT	159858

CU468282.23	1701	ATAAATAAATAGGGATAAAAATGAGAGATAAGAGCAACCGGGTGAGCCTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159859	ATAAATAAATAGGGATAAAAATGAGAGATAAGAGCAACCGGGTGAGCCTA	159908

CU468282.23	1751	GAATGACAGGGAAAGCTCAAGGACAAGTCTGGCAAACATGAGAACTTCTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159909	GAATGACAGGGAAAGCTCAAGGACAAGTCTGGCAAACATGAGAACTTCTC	159958

CU468282.23	1801	TCAAAACATAAAAGAAAATAAGGGGTTGAGTGACATGAACCCTCAGTTTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	159959	TCAAAACATAAAAGAAAATAAGGGGTTGAGTGACATGAACCCTCAGTTTC	160008

CU468282.23	1851	CTACCACACACAGGTCACCCAAGGTTTTTAGAACAGGAATCAGTTAACCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	160009	CTACCACACACAGGTCACCCAAGGTTTTTAGAACAGGAATCAGTTAACCA	160058

CU468282.23	1901	ACCTGCCACCTTCAGTTCCAAGATGGCCTCTTCATAGAACACTCCCTGTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	160059	ACCTGCCACCTTCAGTTCCAAGATGGCCTCTTCATAGAACACTCCCTGTT	160108

CU468282.23	1951	TGAAGTGGCAGATGTATAGCCCACTATCTGATGCCTGGACATTTTGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302416.11	160109	TGAAGTGGCAGATGTATAGCCCACTATCTGATGCCTGGACATTTTGGATC	160158

Overview

Query
CU468282.23 - 39422 bps
Hit
CU302416.11 - 160158 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199120001200011581591601581
290.86470067264672911380491447891
385.6131335942212992724011380681440421
488.4226154306134951780011518941562311
590.0724463662357613942211490171526611
690.051910291799721288811480981510531
794.23122415206843836211447311462721
887.6611761956212992325411581811601581
989.811031656192142086911562301579161
1086.2511012037276752971111448781468771
118779213848594997711464181478011
1287.96571054154481650111348381358871
1384.0548111583378734944170933720851
1485.9418863146211548311339801348371
1592.52376522297063022711484321489531
1685.27370707192881999411364371371691
1787.67353605135081411211316111321941
1888.17349578386993927611316371321941
1986.98195356273632771811443991447591
2080.791925923282633417169820704021
2190.75181288141521443911321911324711
Short-link