<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  CT009540.10	1	AAGCTTTGGTTCAAGCAGTAGCTGCCTTAGAGATCCAGGTTTTATGGACT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	2000	AAGCTTTGGTTCAAGCAGTAGCTGCCTTAGAGATCCAGGTTTTATGGACT	1951

  CT009540.10	51	ATAGCTGCACCACTAACCCCACTGCCATTGAAGCCACCAGCCACTGGCTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1950	ATAGCTGCACCACTAACCCCACTGCCATTGAAGCCACCAGCCACTGGCTG	1901

  CT009540.10	101	ACATATTGTTGTGGCTAACAGGTTGGCATTAGCAAACTGCCACAGGTGTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1900	ACATATTGTTGTGGCTAACAGGTTGGCATTAGCAAACTGCCACAGGTGTG	1851

  CT009540.10	151	TAAGATAGGAACACATCTTAGGCTCTGTTTAAGAGTTTGGAGGGGAGGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1850	TAAGATAGGAACACATCTTAGGCTCTGTTTAAGAGTTTGGAGGGGAGGGA	1801

  CT009540.10	201	ACAGGAGGAATTTGGGGGGAGGGGAGGGGAGGAGAGGAAAAGGGAGAAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1800	ACAGGAGGAATTTGGGGGGAGGGGAGGGGAGGAGAGGAAAAGGGAGAAAT	1751

  CT009540.10	251	CTTTCGCCTTATTGAGAGAGTGTTTTGTAGAGAATGAGAAGAAAATGCTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1750	CTTTCGCCTTATTGAGAGAGTGTTTTGTAGAGAATGAGAAGAAAATGCTT	1701

  CT009540.10	301	ATAATTAATATATCTTTAATTTTGAGAGTATTATAAAATCATTGAAAGAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1700	ATAATTAATATATCTTTAATTTTGAGAGTATTATAAAATCATTGAAAGAA	1651

  CT009540.10	351	TTTGAAGAATTTATTTAAGCTCTCAAAAATCCTCCTCCAATACATTTTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1650	TTTGAAGAATTTATTTAAGCTCTCAAAAATCCTCCTCCAATACATTTTTT	1601

  CT009540.10	401	GAGTTCCTCCATTTTGTATCATTCCTCCATCTTTCCTTTCCTCCTCCCCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1600	GAGTTCCTCCATTTTGTATCATTCCTCCATCTTTCCTTTCCTCCTCCCCT	1551

  CT009540.10	451	TTTCCGAAAGTCCTCCCCTCCTAAACTCCCAAACATAGCCTTAGTGGCAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1550	TTTCCGAAAGTCCTCCCCTCCTAAACTCCCAAACATAGCCTTAGTGGCAA	1501

  CT009540.10	501	CGGTGGTTTGGTTCTGGAGAGGGAGATAAATGGAGGGGCAGAATTAGCAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1500	CGGTGGTTTGGTTCTGGAGAGGGAGATAAATGGAGGGGCAGAATTAGCAT	1451

  CT009540.10	551	TAGCATCCTGCAAAGTGGATCTGATTCCCAATGGGCTGGCCCCAAATTGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1450	TAGCATCCTGCAAAGTGGATCTGATTCCCAATGGGCTGGCCCCAAATTGG	1401

  CT009540.10	601	TGTCATTATTTAGGTTCATGTACACAGAGATGCGCATTGCAAATCTGTCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1400	TGTCATTATTTAGGTTCATGTACACAGAGATGCGCATTGCAAATCTGTCA	1351

  CT009540.10	651	ACTGTGGTTAATATTTAAACTTGCCAAGCTGAAGCCTATAGGCAAATGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1350	ACTGTGGTTAATATTTAAACTTGCCAAGCTGAAGCCTATAGGCAAATGGA	1301

  CT009540.10	701	CTACAATTAGGAAACAGGAGATGGTTTCTATTTCTTCCTAAAGCTGAATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1300	CTACAATTAGGAAACAGGAGATGGTTTCTATTTCTTCCTAAAGCTGAATA	1251

  CT009540.10	751	TTGCATTGGCTCCTGAGCATCAGCTCCCAATCATAGATCCCACAATCAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1250	TTGCATTGGCTCCTGAGCATCAGCTCCCAATCATAGATCCCACAATCAAA	1201

  CT009540.10	801	TATCTCTCAATCAAAGGTCCCTCAAAGCAGGGGAGGAGCTAGGACTGAGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1200	TATCTCTCAATCAAAGGTCCCTCAAAGCAGGGGAGGAGCTAGGACTGAGT	1151

  CT009540.10	851	GATGGGAGGGCCCAATATAATTCAAGAAAAAAAATAAAAAACAATGAAGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1150	GATGGGAGGGCCCAATATAATTCAAGAAAAAAAATAAAAAACAATGAAGG	1101

  CT009540.10	901	GTAGAGAAAGAAATGGAGGCACACCTAATCCTTGCAATTGAAGATAATAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1100	GTAGAGAAAGAAATGGAGGCACACCTAATCCTTGCAATTGAAGATAATAA	1051

  CT009540.10	951	GTATGAGTTTTCTAAAGACATTTGAAATTGAAACGGGGTAAATTGAGTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1050	GTATGAGTTTTCTAAAGACATTTGAAATTGAAACGGGGTAAATTGAGTGT	1001

  CT009540.10	1001	TAGACAAAACTAAGGAATACAACTAACTGAAGGAAGAAGTTCGAAGTTGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	1000	TAGACAAAACTAAGGAATACAACTAACTGAAGGAAGAAGTTCGAAGTTGG	951

  CT009540.10	1051	AAAGGGAAATTAGGGCATTAAATTGGTAGTCTAGTCTTATTGTCTATGCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	950	AAAGGGAAATTAGGGCATTAAATTGGTAGTCTAGTCTTATTGTCTATGCA	901

  CT009540.10	1101	TCTAATTATTTCTTTAATAGACTATGCTTTTAAGAGCAGTAAGACATTAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	900	TCTAATTATTTCTTTAATAGACTATGCTTTTAAGAGCAGTAAGACATTAG	851

  CT009540.10	1151	AGAAAGTTTTCAGCACTGACACGTCTTGGATACATGTTTCCCAAGACAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	850	AGAAAGTTTTCAGCACTGACACGTCTTGGATACATGTTTCCCAAGACAAT	801

  CT009540.10	1201	AACATGATCTTGTGTGGTGGCAAAACTTTATCTGTACGGCCTAGCACAAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	800	AACATGATCTTGTGTGGTGGCAAAACTTTATCTGTACGGCCTAGCACAAC	751

  CT009540.10	1251	CGGTAATACCGACTTTGTTAGGACGGATATCTTCGGTGGTATCCCGGGTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	750	CGGTAATACCGACTTTGTTAGGACGGATATCTTCGGTGGTATCCCGGGTT	701

  CT009540.10	1301	CAAGCCTGGGATCTTCCACTTTGTATGTGAGTTTATAGTGGTGTTTGACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	700	CAAGCCTGGGATCTTCCACTTTGTATGTGAGTTTATAGTGGTGTTTGACA	651

  CT009540.10	1351	CTTCGTCTATAGACCAGCAAAAATGTTTTGGTCTCTATTTATTCTCTGAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	650	CTTCGTCTATAGACCAGCAAAAATGTTTTGGTCTCTATTTATTCTCTGAT	601

  CT009540.10	1401	ATATGTATGTACTATTTTTATTTTCAAGCTTTTATTCCACAGTGAGTCGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	600	ATATGTATGTACTATTTTTATTTTCAAGCTTTTATTCCACAGTGAGTCGC	551

  CT009540.10	1451	TGCTCCATTTCCACTTTGGCTGTTCAAAAAACAGCAGGGGCCAGGCCCCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	550	TGCTCCATTTCCACTTTGGCTGTTCAAAAAACAGCAGGGGCCAGGCCCCC	501

  CT009540.10	1501	AAGGATCATCCAACATCTCCTCTCCCCCTGCCCCAAAAGACTTGAGCAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	500	AAGGATCATCCAACATCTCCTCTCCCCCTGCCCCAAAAGACTTGAGCAAA	451

  CT009540.10	1551	AAATTTCCTTAGGGATTGCATGATTGCATCAGGTCCCATATTCAATTTTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	450	AAATTTCCTTAGGGATTGCATGATTGCATCAGGTCCCATATTCAATTTTA	401

  CT009540.10	1601	TTGTATTATATTTCAGCAAACACTCGGGTAGGGAGATTATTGCCAAATTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	400	TTGTATTATATTTCAGCAAACACTCGGGTAGGGAGATTATTGCCAAATTG	351

  CT009540.10	1651	ATAGCTATTGGAACAACTTGTGTGTATTCACCCAGTCCAATTCAAGGTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	350	ATAGCTATTGGAACAACTTGTGTGTATTCACCCAGTCCAATTCAAGGTTG	301

  CT009540.10	1701	GACCTCATTGGGGCCAACCAAAAGCACAACTGGCCCTACCCAGAATTTAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	300	GACCTCATTGGGGCCAACCAAAAGCACAACTGGCCCTACCCAGAATTTAG	251

  CT009540.10	1751	ACAGTAAAGCGATGGTAGTGAGTTAAACTGGTTGTTGAAGGGATGAAGAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	250	ACAGTAAAGCGATGGTAGTGAGTTAAACTGGTTGTTGAAGGGATGAAGAG	201

  CT009540.10	1801	GAGGGGCACTGTACTGGGTAATTTTGGAGAATTAGTTAGGGTAATTAGTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	200	GAGGGGCACTGTACTGGGTAATTTTGGAGAATTAGTTAGGGTAATTAGTT	151

  CT009540.10	1851	GAGGATATTTGATTGAATAAATAGGGGGAAATAGTAAAAAGGAAACATGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	150	GAGGATATTTGATTGAATAAATAGGGGGAAATAGTAAAAAGGAAACATGA	101

  CT009540.10	1901	AGATTTGTTAATTCGGAAAAATACAGCAGTGGTTCAGTTCCAAAAGGGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	100	AGATTTGTTAATTCGGAAAAATACAGCAGTGGTTCAGTTCCAAAAGGGAA	51

  CT009540.10	1951	AAACCTTTGAAGGAGAATTGTATTTCTTATTTTCAATAATCAATAAGTAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU302248.6	50	AAACCTTTGAAGGAGAATTGTATTTCTTATTTTCAATAATCAATAAGTAA	1

Overview

Query
CT009540.10 - 127327 bps
Hit
CU302248.6 - 107098 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001966200012000112000-1
210031509609996148112979130281
387.573120109256109375153305534241
489.5819440311529811570018650386891-1
Short-link