<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU896639.4	1	TTCTTCAACTTCCAACCATAAAACATAATAATACTAAAATAAACTTTTGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59193	TTCTTCAACTTCCAACCATAAAACATAATAATACTAAAATAAACTTTTGA	59242

CU896639.4	51	CAAGTAAAACAAATCAACAATACACATAGCTAAACAAATCAACCATGTTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59243	CAAGTAAAACAAATCAACAATACACATAGCTAAACAAATCAACCATGTTG	59292

CU896639.4	101	TCTAACAACCATTAATAATACAAAAATCAGCAAAAACACTAGATGTTTGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59293	TCTAACAACCATTAATAATACAAAAATCAGCAAAAACACTAGATGTTTGG	59342

CU896639.4	151	ACTCACACTGGTAGTAAAAAAAATTCTACAATAATGAAGACAAAGACAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59343	ACTCACACTGGTAGTAAAAAAAATTCTACAATAATGAAGACAAAGACAAA	59392

CU896639.4	201	TAAAAGAGAAGAGACATGGACCACTACAACTAACACAATACAAAGAAATC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59393	TAAAAGAGAAGAGACATGGACCACTACAACTAACACAATACAAAGAAATC	59442

CU896639.4	251	ATAAAAAGATTCAAAATACATGATTTTTTTAATAGATACTCAAATACTGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59443	ATAAAAAGATTCAAAATACATGATTTTTTTAATAGATACTCAAATACTGT	59492

CU896639.4	301	ATTAGTTGCAGGGTAATGAAATCAACTGAGTGAAAACATGAAGTAACAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59493	ATTAGTTGCAGGGTAATGAAATCAACTGAGTGAAAACATGAAGTAACAAA	59542

CU896639.4	351	ACAACATAACTAGAAGGTGTTGTGATTTTAAACCTTATTCCTCCATCTTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59543	ACAACATAACTAGAAGGTGTTGTGATTTTAAACCTTATTCCTCCATCTTC	59592

CU896639.4	401	GGCGACTGCTACAAAAAGAAAGGCTGAGAATCGTGTGCTAAAATGGAGTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59593	GGCGACTGCTACAAAAAGAAAGGCTGAGAATCGTGTGCTAAAATGGAGTT	59642

CU896639.4	451	CAAGAATATATTAGGTTAAAACATAAACGGGTTAGTGGGTGGGTTTGAGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59643	CAAGAATATATTAGGTTAAAACATAAACGGGTTAGTGGGTGGGTTTGAGT	59692

CU896639.4	501	TTTTATAACATAGATGGGTCGGGTCGTTGGGCTAGATTATGAAAATTTAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59693	TTTTATAACATAGATGGGTCGGGTCGTTGGGCTAGATTATGAAAATTTAG	59742

CU896639.4	551	GTGGACCAATAAGATGAAGGCAATTGTCTAATTTAATGATTCATCATTTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59743	GTGGACCAATAAGATGAAGGCAATTGTCTAATTTAATGATTCATCATTTG	59792

CU896639.4	601	CCATGTTAGCAGACTGTTAAAAAGGGGCAATTTTAAACCTTAAAAAAACG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59793	CCATGTTAGCAGACTGTTAAAAAGGGGCAATTTTAAACCTTAAAAAAACG	59842

CU896639.4	651	TTAAGGGCATTTTTAAACCAAAAGGTGGAAGGAGGGCATTTTTGAACCAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59843	TTAAGGGCATTTTTAAACCAAAAGGTGGAAGGAGGGCATTTTTGAACCAT	59892

CU896639.4	701	TTGGAATACGTTGAGGGCATTTTTAACCCTTCTCCCAACTCTTTATGTAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59893	TTGGAATACGTTGAGGGCATTTTTAACCCTTCTCCCAACTCTTTATGTAT	59942

CU896639.4	751	GCAAAGATACAATATGAACTCTGTAATGTATATGAAAATACAGAAATTTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59943	GCAAAGATACAATATGAACTCTGTAATGTATATGAAAATACAGAAATTTC	59992

CU896639.4	801	TGATAATATAAAAATACAAAATATTGTTGTTAGATTTTTTTTAATTGACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	59993	TGATAATATAAAAATACAAAATATTGTTGTTAGATTTTTTTTAATTGACA	60042

CU896639.4	851	ACCATCACTTAAGAGCTATAGTGATGATACAACACTTTACCTCACGCATC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60043	ACCATCACTTAAGAGCTATAGTGATGATACAACACTTTACCTCACGCATC	60092

CU896639.4	901	CAAGGACTATCCCATACCTTGCTAGGGTATAGGACCTAAGTGGATGCACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60093	CAAGGACTATCCCATACCTTGCTAGGGTATAGGACCTAAGTGGATGCACT	60142

CU896639.4	951	ATTCTATGCTAAAAAAACACTAAAGAAATCATCTAAAATGTCTGATCCTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60143	ATTCTATGCTAAAAAAACACTAAAGAAATCATCTAAAATGTCTGATCCTT	60192

CU896639.4	1001	TTCTACCCATGATGGCTACATGGTTTTGGGGGGTCTAAGTTACATGAAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60193	TTCTACCCATGATGGCTACATGGTTTTGGGGGGTCTAAGTTACATGAAAT	60242

CU896639.4	1051	CTCCCATATATCGGTGCTCAATACTACTCCCAAAATATGATACTATCTCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60243	CTCCCATATATCGGTGCTCAATACTACTCCCAAAATATGATACTATCTCT	60292

CU896639.4	1101	TACGTTTAAAAACATACTTCTTTCTGTGATTTGAGATAATTTCTCAAAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60293	TACGTTTAAAAACATACTTCTTTCTGTGATTTGAGATAATTTCTCAAAAA	60342

CU896639.4	1151	CATAGCTCAAAGGCTATCTTGGAAATCAAATATTCCCCTCTTTCTTAATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60343	CATAGCTCAAAGGCTATCTTGGAAATCAAATATTCCCCTCTTTCTTAATT	60392

CU896639.4	1201	GTGAAAGCATTTGCTCTTTTCTGAAAACTAAACCAATGAGTCTTTGGAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60393	GTGAAAGCATTTGCTCTTTTCTGAAAACTAAACCAATGAGTCTTTGGAAA	60442

CU896639.4	1251	TCTGATTTTCCTTTCTAATTTAAATGTGAATTTTTTAAAAAACTTCTTGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60443	TCTGATTTTCCTTTCTAATTTAAATGTGAATTTTTTAAAAAACTTCTTGG	60492

CU896639.4	1301	AAATACTTAATCCCATATACTTCTTTGAAGAAAAGAACTTCAAATCTGAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60493	AAATACTTAATCCCATATACTTCTTTGAAGAAAAGAACTTCAAATCTGAA	60542

CU896639.4	1351	TTCTTTGCTTAACTTTGAAACTTACATTTTAAAACAAGTTAAAACGTTTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60543	TTCTTTGCTTAACTTTGAAACTTACATTTTAAAACAAGTTAAAACGTTTG	60592

CU896639.4	1401	TGAAAGACTTTTGAAAAAGTTTAGGAATTTATCTTGACTTAACTCTCGGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60593	TGAAAGACTTTTGAAAAAGTTTAGGAATTTATCTTGACTTAACTCTCGGC	60642

CU896639.4	1451	TTCTTGACTTGAGTTTTTAAATCTTAACTTCTTGACTTTACTCTTGACTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60643	TTCTTGACTTGAGTTTTTAAATCTTAACTTCTTGACTTTACTCTTGACTT	60692

CU896639.4	1501	TCCTTGAATTGAATTATGGATTTAAGGATTATGATTTGCGACAGGAAAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60693	TCCTTGAATTGAATTATGGATTTAAGGATTATGATTTGCGACAGGAAAGA	60742

CU896639.4	1551	TCTCATGATGTTAAATTACAGTTTTAGATTGGAAGAACAAGGTTCTTGAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60743	TCTCATGATGTTAAATTACAGTTTTAGATTGGAAGAACAAGGTTCTTGAA	60792

CU896639.4	1601	GAATATTGAAGAATAACTTTAATAGAAATGTTGAAACCCTGTCTTGAAGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60793	GAATATTGAAGAATAACTTTAATAGAAATGTTGAAACCCTGTCTTGAAGG	60842

CU896639.4	1651	TAAATGATCAAGAAAACCTTTCTTGAGATTCTTGAATTAGTTTCTTGAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60843	TAAATGATCAAGAAAACCTTTCTTGAGATTCTTGAATTAGTTTCTTGAAT	60892

CU896639.4	1701	TTTCTATGACCAAGAATTATTATTTTCATTAGTAAGGATGAAATTCTGAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60893	TTTCTATGACCAAGAATTATTATTTTCATTAGTAAGGATGAAATTCTGAT	60942

CU896639.4	1751	TGTTTTGAACCTTTGATTAGTCAAGGAATTTTCTAAGGGTCTTCTTGGAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60943	TGTTTTGAACCTTTGATTAGTCAAGGAATTTTCTAAGGGTCTTCTTGGAG	60992

CU896639.4	1801	GTAAAAAAACAACAACCTTTTTTTTAATGTTTTTCCGTCAGGTAATTCAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	60993	GTAAAAAAACAACAACCTTTTTTTTAATGTTTTTCCGTCAGGTAATTCAT	61042

CU896639.4	1851	AACAGCACCGTATAGGTTACTAAAATAGTCATAACGTTTTATTCAGAAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	61043	AACAGCACCGTATAGGTTACTAAAATAGTCATAACGTTTTATTCAGAAAT	61092

CU896639.4	1901	TGGACGATTCGAGATTGGTAGAGTTGGAAAGTAGATTCAATCACCTTTAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	61093	TGGACGATTCGAGATTGGTAGAGTTGGAAAGTAGATTCAATCACCTTTAG	61142

CU896639.4	1951	TTTGATAGGTTATAAATCATGTAGCTCTTAATATTCTAAGAGATATGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302233.8	61143	TTTGATAGGTTATAAATCATGTAGCTCTTAATATTCTAAGAGATATGATC	61192

Overview

Query
CU896639.4 - 34593 bps
Hit
CU302233.8 - 61192 bps
Total alignments
14
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001889200012000159193611921
293.391417191073726461693188501
392.79585790271535041885296421
493.68175922913530582019630119241
594.4149556243581612058112006182281
691.617411110841206723150118329293991
794.023734961594216437122117226181
893.544005262314723672131039315641
993.167560100522366833719131752418121
1088.03791401958719726-154244543851
1183.211513961897319368-154606549981
1288.631863171788018196-155766560821
1380.75601911712717317-156637568231
1495.71119140597736-158788589271
Short-link