<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU639482.4	1	AGAGAAGATGGTGGGCATCTGGGAATCATGTGGAGGGAAATTGGGGAATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	116289	AGAGAAGATGGTGGGCATCTGGGAATCATGTGGAGGGAAATTGGGGAATT	116338

CU639482.4	51	TAGGTGAAAGACCAAAAAGCTCCTATTGTAATGAGATAGCATGGGTTGTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	116339	TAGGTGAAAGACCAAAAAGCTCCTATTGTAATGAGATAGCATGGGTTGTG	116388

CU639482.4	101	TTTAGTGGATCAAAAAGTGTATTGCCAAACCATTACAACCATGTACTAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	116389	TTTAGTGGATCAAAAAGTGTATTGCCAAACCATTACAACCATGTACTAGT	116438

CU639482.4	151	TAAAAACTATATACACATATGATTCCCCTAATTCTTTTTTTCCTTGGGAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	116439	TAAAAACTATATACACATATGATTCCCCTAATTCTTTTTTTCCTTGGGAT	116488

CU639482.4	201	ATGCCCTAATACATTGTAGTTAAATAGATTTGTCGAATGATATGGTCAGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	116489	ATGCCCTAATACATTGTAGTTAAATAGATTTGTCGAATGATATGGTCAGC	116538

CU639482.4	251	CAATTATGCTGACATAGTTACTGAAATCTCTGACATGATTGTTTTGTATT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	116539	CAATTATGCTGACATAGTTACTGAAATCTCTGACATGATTGTTTTGTATT	116588

CU639482.4	301	ATGTTAACTGTCTCTGATTCTATACAATAGTGATCATAATTGTTCATCAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	116589	ATGTTAACTGTCTCTGATTCTATACAATAGTGATCATAATTGTTCATCAA	116638

CU639482.4	351	AATAATTAGTTGTATTGAGGTAATAGCTCAGACCAATAGTGATTGTGATT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	116639	AATAATTAGTTGTATTGAGGTAATAGCTCAGACCAATAGTGATTGTGATT	116688

CU639482.4	401	AATAAAATTGATTAAAGCAGAAAAAAGTTGCTAGAGTCGTACAATATAAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	116689	AATAAAATTGATTAAAGCAGAAAAAAGTTGCTAGAGTCGTACAATATAAT	116738

CU639482.4	451	TTAAATCAAGCCGGTTCGTGATCTCGGAGATTCCCTTTTGCTTGTGTGAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	116739	TTAAATCAAGCCGGTTCGTGATCTCGGAGATTCCCTTTTGCTTGTGTGAA	116788

CU639482.4	501	CCTGTAGGATATCTGACAGTTACCTCCCATCTAGTTTGAGTAATTGCACT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	116789	CCTGTAGGATATCTGACAGTTACCTCCCATCTAGTTTGAGTAATTGCACT	116838

CU639482.4	551	ACCATTATTCTTGCTCTGGATTTTCTTAGACTCCCATCCCCTCTCTTCAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	116839	ACCATTATTCTTGCTCTGGATTTTCTTAGACTCCCATCCCCTCTCTTCAT	116888

CU639482.4	601	TTAAAACTTGACCATGAAAGGCTAAAACTATCTCCAAAGTCATGCAGGTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	116889	TTAAAACTTGACCATGAAAGGCTAAAACTATCTCCAAAGTCATGCAGGTT	116938

CU639482.4	651	GAATTAGGAACATATTCATGGATGGTTCAATTTGGGACAGGTAGAATTGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	116939	GAATTAGGAACATATTCATGGATGGTTCAATTTGGGACAGGTAGAATTGC	116988

CU639482.4	701	CTCAAAAGTTTTGATCAATTTGGGCACCTAATATAACCCAATTGATTCAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	116989	CTCAAAAGTTTTGATCAATTTGGGCACCTAATATAACCCAATTGATTCAT	117038

CU639482.4	751	AAGACAACACTCTAAAAAATAGAAATAATATCTACTTGATTAGTCAGGAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117039	AAGACAACACTCTAAAAAATAGAAATAATATCTACTTGATTAGTCAGGAA	117088

CU639482.4	801	TATTTTTGTCTCTCAAGTGTTCATGTGCACTCTTTATAAACAAAATAAAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117089	TATTTTTGTCTCTCAAGTGTTCATGTGCACTCTTTATAAACAAAATAAAC	117138

CU639482.4	851	TTTTAATTTGGTTTTGTGGGTGTGTATCTCTCTCTCTATATATAATTATG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117139	TTTTAATTTGGTTTTGTGGGTGTGTATCTCTCTCTCTATATATAATTATG	117188

CU639482.4	901	TTGACTCGGGTGGGTTGGTTATCATGACCCATTGTTTGGACAAAAAGGAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117189	TTGACTCGGGTGGGTTGGTTATCATGACCCATTGTTTGGACAAAAAGGAC	117238

CU639482.4	951	ACTTATCTTGCCTCGAGTGAACTTCCAGCATGGATCCTGAACCATTCAGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117239	ACTTATCTTGCCTCGAGTGAACTTCCAGCATGGATCCTGAACCATTCAGT	117288

CU639482.4	1001	CACTCAACACGTTTTAGCCCACTCGTATTTAGTTCTTTATTCATATTTAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117289	CACTCAACACGTTTTAGCCCACTCGTATTTAGTTCTTTATTCATATTTAC	117338

CU639482.4	1051	ACACATACCATAAACAAACTAATACATATTGCATAGGTAGCTCATGTCTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117339	ACACATACCATAAACAAACTAATACATATTGCATAGGTAGCTCATGTCTG	117388

CU639482.4	1101	TGGATTAGTTAGTGTCTTGATTCTTACGCTAGGTAGGCAGATAAGGGCTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117389	TGGATTAGTTAGTGTCTTGATTCTTACGCTAGGTAGGCAGATAAGGGCTT	117438

CU639482.4	1151	GCAGTAAGATTCTTCCATTATAAATCATCTTCTTATTTCTTTTTTGGCAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117439	GCAGTAAGATTCTTCCATTATAAATCATCTTCTTATTTCTTTTTTGGCAG	117488

CU639482.4	1201	AGTTCGTGGTCTAAAAGGGCCATTGAAGTCGACAGCCCCCAACCCATGTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117489	AGTTCGTGGTCTAAAAGGGCCATTGAAGTCGACAGCCCCCAACCCATGTC	117538

CU639482.4	1251	ACCATGGAATGAATTGGCAGATCCCCCTGATAGCACTTGTGCCCAGGTTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117539	ACCATGGAATGAATTGGCAGATCCCCCTGATAGCACTTGTGCCCAGGTTA	117588

CU639482.4	1301	TCCATTCAAGACCAGAAGCACTTAGTGCTACCTGGGTGCCTGCAAATGCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117589	TCCATTCAAGACCAGAAGCACTTAGTGCTACCTGGGTGCCTGCAAATGCC	117638

CU639482.4	1351	ACAAGAAGATGTCTCAATGAGAAGGATGAACTGGGTAGGTGGCTCTTCCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117639	ACAAGAAGATGTCTCAATGAGAAGGATGAACTGGGTAGGTGGCTCTTCCA	117688

CU639482.4	1401	CGCCCCATGGATAACAAAACATCTTAGATCAATTTCTTTTTATTCTGTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117689	CGCCCCATGGATAACAAAACATCTTAGATCAATTTCTTTTTATTCTGTTT	117738

CU639482.4	1451	ACTTTTGTTATTGTGTTATTATATAATCTGTTATATTTTTATGATGTGGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117739	ACTTTTGTTATTGTGTTATTATATAATCTGTTATATTTTTATGATGTGGT	117788

CU639482.4	1501	TTACATCTCAGGAAATGTTAGAACGGTTAAAGATTTGAACATGGGCGTTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117789	TTACATCTCAGGAAATGTTAGAACGGTTAAAGATTTGAACATGGGCGTTG	117838

CU639482.4	1551	CTAATGTTCCAGAGCTCGAAGGCCTATCAGGTAAAGTTATGGATGGTTTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117839	CTAATGTTCCAGAGCTCGAAGGCCTATCAGGTAAAGTTATGGATGGTTTA	117888

CU639482.4	1601	GCAGCTTCTATGAAGGACAAACATTTGGAGTTAGATCCTAAAGATAATGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117889	GCAGCTTCTATGAAGGACAAACATTTGGAGTTAGATCCTAAAGATAATGA	117938

CU639482.4	1651	GAATATGGGTAGAAACCTAAAGCTGAACAAGGAAACACGGGAAGATGACC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117939	GAATATGGGTAGAAACCTAAAGCTGAACAAGGAAACACGGGAAGATGACC	117988

CU639482.4	1701	TGAAGGACAAGGATGTTGGTTATATGGGTGACATAACCAACACATGTACG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	117989	TGAAGGACAAGGATGTTGGTTATATGGGTGACATAACCAACACATGTACG	118038

CU639482.4	1751	CCTCAAGTAGAAAGTACTGCCAATGAAGTTCCAAATGATCCTTCCAAGAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	118039	CCTCAAGTAGAAAGTACTGCCAATGAAGTTCCAAATGATCCTTCCAAGAT	118088

CU639482.4	1801	CACAAACATCAAAGAAATTGCCACCTATGACAGTAAAGACATGCCTTCAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	118089	CACAAACATCAAAGAAATTGCCACCTATGACAGTAAAGACATGCCTTCAC	118138

CU639482.4	1851	TTGAACTTAGTTTGAAGCAACTTCGAGATGTTGGAGAGAATGGGACTGGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	118139	TTGAACTTAGTTTGAAGCAACTTCGAGATGTTGGAGAGAATGGGACTGGT	118188

CU639482.4	1901	GTGCAAGAGCGAAATATACTCAGGCATTCAGATCTGTCAGCGTTCTCTAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	118189	GTGCAAGAGCGAAATATACTCAGGCATTCAGATCTGTCAGCGTTCTCTAG	118238

CU639482.4	1951	GCATGTGATTCATCTGTCACTAAAACTCAACAACCTGACCAAAGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302232.4	118239	GCATGTGATTCATCTGTCACTAAAACTCAACAACCTGACCAAAGAAGCTT	118288

Overview

Query
CU639482.4 - 19701 bps
Hit
CU302232.4 - 118288 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195420001200011162891182881
287.532641643116494174945750081
383.141443311664616976175161754921
Short-link