<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU302233.8	1	CATGGAATAAAAATAAAAACCCTTGAAATCACTCTTACTTTGGAAAACTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	151635	CATGGAATAAAAATAAAAACCCTTGAAATCACTCTTACTTTGGAAAACTC	151684

CU302233.8	51	CTCCATGTTATTCTTACAATAACGTGTATTTATAAGGTTAATAAAAAGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	151685	CTCCATGTTATTCTTACAATAACGTGTATTTATAAGGTTAATAAAAAGAA	151734

CU302233.8	101	ACAGAAATAAGATGAAGCAGAGAAAAAAAATACAAGAAATAATCCGAGTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	151735	ACAGAAATAAGATGAAGCAGAGAAAAAAAATACAAGAAATAATCCGAGTC	151784

CU302233.8	151	CACAGAAACTACTGTGTGTCCTTAAGAAATTTAATCCCCTCAGTGTACCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	151785	CACAGAAACTACTGTGTGTCCTTAAGAAATTTAATCCCCTCAGTGTACCC	151834

CU302233.8	201	AAGGTTATGGATTAATTTCTCCCAAGATAAAACGGATTAAACCTATTAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	151835	AAGGTTATGGATTAATTTCTCCCAAGATAAAACGGATTAAACCTATTAAA	151884

CU302233.8	251	GAAATAGCGGTACTTTAAATTTCATTAACTTCAATGAACTTAAGAACATC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	151885	GAAATAGCGGTACTTTAAATTTCATTAACTTCAATGAACTTAAGAACATC	151934

CU302233.8	301	AACTAGTCACACAGACTCAGTCGATCGACACTTTGATTTTTATTTGAGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	151935	AACTAGTCACACAGACTCAGTCGATCGACACTTTGATTTTTATTTGAGAG	151984

CU302233.8	351	AAAATAAATGCACAGAAAGAAAAATTTTAAGTGTTTGAAAAATCAAAAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	151985	AAAATAAATGCACAGAAAGAAAAATTTTAAGTGTTTGAAAAATCAAAAAT	152034

CU302233.8	401	TGCCTTCCTTTTATAGCCATTTTCAGCAAGAAACATGTCTGTTCAGTGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152035	TGCCTTCCTTTTATAGCCATTTTCAGCAAGAAACATGTCTGTTCAGTGAA	152084

CU302233.8	451	ATCTGTTCATACCCATTTTATCCAGAAAGTTGTGTCTTTTGGAAAAAATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152085	ATCTGTTCATACCCATTTTATCCAGAAAGTTGTGTCTTTTGGAAAAAATA	152134

CU302233.8	501	ACAACTTTTCGAAAAATTGTGTCTGTTAGAAAAATAACTACTTTTTTGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152135	ACAACTTTTCGAAAAATTGTGTCTGTTAGAAAAATAACTACTTTTTTGAA	152184

CU302233.8	551	AGTAACGACTTTTCGAAAAGTAAAGACTTTTCAGAAAGAGTAACAACTTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152185	AGTAACGACTTTTCGAAAAGTAAAGACTTTTCAGAAAGAGTAACAACTTT	152234

CU302233.8	601	TAAGAATGTTAGCGTTACCTGCAAATTTATAAGAAATGACTTTTCATTTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152235	TAAGAATGTTAGCGTTACCTGCAAATTTATAAGAAATGACTTTTCATTTG	152284

CU302233.8	651	CACTTTGCAAATGACTTTTCATTTTTCCTCCAAAGTAGTTCCCTCAGTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152285	CACTTTGCAAATGACTTTTCATTTTTCCTCCAAAGTAGTTCCCTCAGTTT	152334

CU302233.8	701	TCATATTCTCTCTTTTCTTTTCCCATTCACACTTGCTAAAACCCAAAAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152335	TCATATTCTCTCTTTTCTTTTCCCATTCACACTTGCTAAAACCCAAAAAT	152384

CU302233.8	751	CCCCCACGTGAATGGGGAAGGATATTGTTAAAACATATGCATGAAAAAAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152385	CCCCCACGTGAATGGGGAAGGATATTGTTAAAACATATGCATGAAAAAAC	152434

CU302233.8	801	GTGTGTGTCTTGTAGGTAAAGGTTAATCGTATCTGGATAAGTAGGTTTCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152435	GTGTGTGTCTTGTAGGTAAAGGTTAATCGTATCTGGATAAGTAGGTTTCC	152484

CU302233.8	851	CTTTAAACTTTTCGTAGTGAAGATATATATCAGATATACTCGGTCAATCG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152485	CTTTAAACTTTTCGTAGTGAAGATATATATCAGATATACTCGGTCAATCG	152534

CU302233.8	901	GTAGATTTGATATCTTTAAACCGTCGAGCTTTGGTGTATACCTAGAAAAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152535	GTAGATTTGATATCTTTAAACCGTCGAGCTTTGGTGTATACCTAGAAAAC	152584

CU302233.8	951	ATATGTCACACAATCAACCCTTGAACTGTTCTTAGTTCTCATTGTTTTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152585	ATATGTCACACAATCAACCCTTGAACTGTTCTTAGTTCTCATTGTTTTGT	152634

CU302233.8	1001	TCGTTTTAGCCATGAACACATCTTGGATAGTAAGTTCTTAAAGAACTGGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152635	TCGTTTTAGCCATGAACACATCTTGGATAGTAAGTTCTTAAAGAACTGGC	152684

CU302233.8	1051	CTTACCGGATTCTCCTTGAAGCGGCTTACACTTCACACTTACATAGGTGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152685	CTTACCGGATTCTCCTTGAAGCGGCTTACACTTCACACTTACATAGGTGA	152734

CU302233.8	1101	TTTCTAAATGTGTTATCCCATAGATACACCATTTGATATTCCCTGTATCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152735	TTTCTAAATGTGTTATCCCATAGATACACCATTTGATATTCCCTGTATCA	152784

CU302233.8	1151	AACTTAGAAACCATTAAAAAGTCCTCATGTCTTTATCCTGGTTACTAAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152785	AACTTAGAAACCATTAAAAAGTCCTCATGTCTTTATCCTGGTTACTAAAC	152834

CU302233.8	1201	ATTGTCTCATTATGAGAATTGACCATAAAATAATAATAATAAAGTTTTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152835	ATTGTCTCATTATGAGAATTGACCATAAAATAATAATAATAAAGTTTTTT	152884

CU302233.8	1251	TTTTGACAATGTTGAACAGTCATCAATGACATTGTTTTATCTCCTTGAAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152885	TTTTGACAATGTTGAACAGTCATCAATGACATTGTTTTATCTCCTTGAAC	152934

CU302233.8	1301	GTAGATCTTGGGATCTCCAGTCTTCGAGGTAGAGTTACCGCCACGATGAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152935	GTAGATCTTGGGATCTCCAGTCTTCGAGGTAGAGTTACCGCCACGATGAC	152984

CU302233.8	1351	TTGTTCTCGGCCATAGTCCCATTCCCGATGATGATTTCTCAACTCCCTCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	152985	TTGTTCTCGGCCATAGTCCCATTCCCGATGATGATTTCTCAACTCCCTCT	153034

CU302233.8	1401	CTATTTAGGCCTTTTGTAAGTGGATCCGACACATTATCTTTTGACTTCAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	153035	CTATTTAGGCCTTTTGTAAGTGGATCCGACACATTATCTTTTGACTTCAC	153084

CU302233.8	1451	ATATTCAATTGTGATAATTCAACTAGAGATTAGTTGTCTCATAGAGCCAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	153085	ATATTCAATTGTGATAATTCAACTAGAGATTAGTTGTCTCATAGAGCCAT	153134

CU302233.8	1501	GTCTTCGTCTTATGTGACGACACTTGCCGTTATACAGAATGCTTCCAGCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	153135	GTCTTCGTCTTATGTGACGACACTTGCCGTTATACAGAATGCTTCCAGCC	153184

CU302233.8	1551	CTTCCTATTGCAGCTTGACTATCACAATATATGCATATAGGGGCCAATGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	153185	CTTCCTATTGCAGCTTGACTATCACAATATATGCATATAGGGGCCAATGG	153234

CU302233.8	1601	TTTGGGCCAAAATTGAATATCTTCTATGAAATTCCTGAGCCATTCAGCTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	153235	TTTGGGCCAAAATTGAATATCTTCTATGAAATTCCTGAGCCATTCAGCTT	153284

CU302233.8	1651	CTTCACCTGCCTTGTCTAAAGCAATGAATTCAGACTCCATTGTAGAACGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	153285	CTTCACCTGCCTTGTCTAAAGCAATGAATTCAGACTCCATTGTAGAACGA	153334

CU302233.8	1701	GCTATACATGTTTGTTTGGATGATTTCCATGATATTGCTCCTCCTCCAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	153335	GCTATACATGTTTGTTTGGATGATTTCCATGATATTGCTCCTCCTCCAAT	153384

CU302233.8	1751	AGTAAAAACGTATCCACTTGTGGATTTTGTTTTAGTTGACCCAGTAATCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	153385	AGTAAAAACGTATCCACTTGTGGATTTTGTTTTAGTTGACCCAGTAATCC	153434

CU302233.8	1801	AATTTGCATCACTATATCCTTCAAGAACGACTGGATATCTGTTGTAATGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	153435	AATTTGCATCACTATATCCTTCAAGAACGACTGGATATCTGTTGTAATGT	153484

CU302233.8	1851	AAAGCATAGTTTTGAATGTCATCTAAGTATCCCAAATCTCTCTTCATTGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	153485	AAAGCATAGTTTTGAATGTCATCTAAGTATCCCAAATCTCTCTTCATTGC	153534

CU302233.8	1901	TAACCAATGATTATGATTAGGATTACTTGTGTATCCACTCAGTTTACCGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	153535	TAACCAATGATTATGATTAGGATTACTTGTGTATCCACTCAGTTTACCGA	153584

CU302233.8	1951	TAGCGCAACTTATGTCTGGTCGTGTACAATTCATGACATACATTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302229.6	153585	TAGCGCAACTTATGTCTGGTCGTGTACAATTCATGACATACATTAAGCTT	153634

Overview

Query
CU302233.8 - 61192 bps
Hit
CU302229.6 - 153634 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192520001200011516351536341
294.21620681724247050641170529786661
394.33144518095184953657182611844101
494.37237331505386357012184414875611
593.96111114245481971187983894051
694.117092199236845661987101009141
794.37125116214562618211017501033691
892.1312361793569955878711025931043851
994.65208226736178885011036241062981
1093.049141264599296119211043771056541
1193.69880114396301077211071831083241
1293.8664158322116281994911083191166711
1394.0914761962221172407811169411189061
1495.6636554563248392940111189071234711
1592.42815511383310394242111234661348111
1695.328281049425484359611348171358631
1794.1853046938437045064111358551428071
1892.238311152506975184811453411464981
1994.3721132688520045469111468471495281
2094.4216522173548405701211495161517031
Short-link