<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1999 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CT009479.4	1	AAGCTTATTTCCAACCAACTAAAAATTAATGTTTTAAAAATCGGATCAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	4251	AAGCTTATTTCCAACCAACTAAAAATTAATGTTTTAAAAATCGGATCAGA	4300

CT009479.4	51	AGTTGAACCAGTGAGACGAGCAGGTCATGGTTTAACCAATTCAAATATGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	4301	AGTTGAACCAGTGAGACGAGCAGGTCATGGTTTAACCAATTCAAATATGG	4350

CT009479.4	101	TTAAACCGGATTCTCGAGTACAGGTATTATTTAAAGCAATTCAAAAATTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	4351	TTAAACCGGATTCTCGAGTACAGGTATTATTTAAAGCAATTCAAAAATTT	4400

CT009479.4	151	AGAAACAAGACAATCAAGCTGCATCGTTGCTCATCTTCTTTTGGAGTTTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	4401	AGAAACAAGACAATCAAGCTGCATCGTTGCTCATCTTCTTTTGGAGTTTC	4450

CT009479.4	201	TTCATGTAAAATTCCAGCTCCTTACCTTTCAAAATGTAGCTACATAATCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	4451	TTCATGTAAAATTCCAGCTCCTTACCTTTCAAAATGTAGCTACATAATCC	4500

CT009479.4	251	ACCAAAAAAAAAACAGTTATTTATAATTCAATAAAAGAAAATCAGAAACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	4501	ACCAAAAAAAAAACAGTTATTTATAATTCAATAAAAGAAAATCAGAAACA	4550

CT009479.4	301	AAATTACAATACAAGCATTACCCGTCAGCTGTGCCACATTGACCAGGTCG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	4551	AAATTACAATACAAGCATTACCCGTCAGCTGTGCCACATTGACCAGGTCG	4600

CT009479.4	351	AGAAGAAATGCAAGCAAGCAATCGTCCACCACCCAACTGCTCTTCAATTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	4601	AGAAGAAATGCAAGCAAGCAATCGTCCACCACCCAACTGCTCTTCAATTA	4650

CT009479.4	401	CGGGAATATCCAGCCGATTATCTTTCTGGCGTTGCTCCAATTTTCTCTGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	4651	CGGGAATATCCAGCCGATTATCTTTCTGGCGTTGCTCCAATTTTCTCTGC	4700

CT009479.4	451	ACATTGTTACTATTTTTTACTTCGTCTGTAACATCCTCACTCTTCTGCCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	4701	ACATTGTTACTATTTTTTACTTCGTCTGTAACATCCTCACTCTTCTGCCA	4750

CT009479.4	501	ATTATACATCAGTGTAAAAAGGAATATCATTAATTATGGAACCATTCATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	4751	ATTATACATCAGTGTAAAAAGGAATATCATTAATTATGGAACCATTCATG	4800

CT009479.4	551	TTTCGCATATTGGCATTCTATATGAGACATTAGTACTTTTTCTAGAGACC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	4801	TTTCGCATATTGGCATTCTATATGAGACATTAGTACTTTTTCTAGAGACC	4850

CT009479.4	601	TTCTCCAGGCATCAAAATTAATATAAAATCCACAAAATTTTAAGAGTGTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	4851	TTCTCCAGGCATCAAAATTAATATAAAATCCACAAAATTTTAAGAGTGTT	4900

CT009479.4	651	TGAAAATATTGTGCTAGAGAGTGTGTTTTAAATGGTTTTTTTTTTTAAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	4901	TGAAAATATTGTGCTAGAGAGTGTGTTTTAAATGGTTTTTTTTTTTAAAA	4950

CT009479.4	701	AAAAATTTGAAGTTTAAAGAGTACTTTGAAATCTTTATAAATCCATAAAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	4951	AAAAATTTGAAGTTTAAAGAGTACTTTGAAATCTTTATAAATCCATAAAG	5000

CT009479.4	751	TCATCTCAAATCCTATGAAATCTTATGATGTAAATCCTTTAAAATCTCAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5001	TCATCTCAAATCCTATGAAATCTTATGATGTAAATCCTTTAAAATCTCAA	5050

CT009479.4	801	TTACAAATCTTAATAGTCTTTTAAAATCTTAAAAGTCATTAAAATCTTTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5051	TTACAAATCTTAATAGTCTTTTAAAATCTTAAAAGTCATTAAAATCTTTC	5100

CT009479.4	851	AAAGTCTTTTAAAATCCACAAGACTTTTTTTATACAAAATTGTCTTTTAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5101	AAAGTCTTTTAAAATCCACAAGACTTTTTTTATACAAAATTGTCTTTTAA	5150

CT009479.4	901	AATCCTAATCCAATACACCCCCTAAGAATAAACACAATAAGAAGACATCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5151	AATCCTAATCCAATACACCCCCTAAGAATAAACACAATAAGAAGACATCT	5200

CT009479.4	951	TAAATATATGTAGAAGATTATCAACAAATTATTACTTTCCTCAACATATT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5201	TAAATATATGTAGAAGATTATCAACAAATTATTACTTTCCTCAACATATT	5250

CT009479.4	1001	TCCGAGAAACTATATCTAATGCATCAAACTGAAACTAGCACGCATTAGAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5251	TCCGAGAAACTATATCTAATGCATCAAACTGAAACTAGCACGCATTAGAG	5300

CT009479.4	1051	TAATTTGCTTCCGCTTATAAAAAAACGGAGTAATTTACTTTCGGTTTCAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5301	TAATTTGCTTCCGCTTATAAAAAAACGGAGTAATTTACTTTCGGTTTCAA	5350

CT009479.4	1101	TATGTTATTTTGTTTTTTGAACTGAAAGATAGCTTCATTAACAAGAAACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5351	TATGTTATTTTGTTTTTTGAACTGAAAGATAGCTTCATTAACAAGAAACA	5400

CT009479.4	1151	GAATGTGTATTACACATGATACATGCATGACGGAGTAATTAGACAGTAGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5401	GAATGTGTATTACACATGATACATGCATGACGGAGTAATTAGACAGTAGC	5450

CT009479.4	1201	ACTACCTAATTGTTCCAAAAGAAAAAATAAGTACATAAAATTTTCTAATA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5451	ACTACCTAATTGTTCCAAAAGAAAAAATAAGTACATAAAATTTTCTAATA	5500

CT009479.4	1251	ACACATCAATTCTGCAGAGTCTTTCTTGCCATGCTATCTTTTTGAATGAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5501	ACACATCAATTCTGCAGAGTCTTTCTTGCCATGCTATCTTTTTGAATGAC	5550

CT009479.4	1301	TCAACAAGGAAATTTGTTTAAATGTATATTTGGAAGTGAAAAAGCCATAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5551	TCAACAAGGAAATTTGTTTAAATGTATATTTGGAAGTGAAAAAGCCATAC	5600

CT009479.4	1351	CAAAACCATATATTTTATATATGAATAGTTGTTTTTTGACAAGTTGTTCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5601	CAAAACCATATATTTTATATATGAATAGTTGTTTTTTGACAAGTTGTTCT	5650

CT009479.4	1401	TATTGCGCTAATGAGTATAAATTATGAACAATAGTTTTTTATGAAATTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5651	TATTGCGCTAATGAGTATAAATTATGAACAATAGTTTTTTATGAAATTTT	5700

CT009479.4	1451	GGTTAAATGTGATTTGATTTTGATTGAAATTAAAGGTAGAGATAATAGAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5701	GGTTAAATGTGATTTGATTTTGATTGAAATTAAAGGTAGAGATAATAGAT	5750

CT009479.4	1501	AATTGGATATTTCATATTGTAACAAACCATATTTATCTTTTTCAATGATA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5751	AATTGGATATTTCATATTGTAACAAACCATATTTATCTTTTTCAATGATA	5800

CT009479.4	1551	CCAACAATATAACAAATATAATAATATCTTTCAAAAAAATATTAAAAATA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5801	CCAACAATATAACAAATATAATAATATCTTTCAAAAAAATATTAAAAATA	5850

CT009479.4	1601	TAATATAAATTCTTATCCTTTTTGATGACACCAACAAAATAGCATAAATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5851	TAATATAAATTCTTATCCTTTTTGATGACACCAACAAAATAGCATAAATT	5900

CT009479.4	1651	TGCTTATAGTATTAACACCGAAAATATAATATAAATATGAGAAAATTTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5901	TGCTTATAGTATTAACACCGAAAATATAATATAAATATGAGAAAATTTAT	5950

CT009479.4	1701	TTAAGGGTATAATTGAAATAATAAAAAAGTTAACCCAAAATCGCTATCCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	5951	TTAAGGGTATAATTGAAATAATAAAAAAGTTAACCCAAAATCGCTATCCC	6000

CT009479.4	1751	CTTCGCCTTTATATATAGTATAGATATACATAATATTTTTTATTCTAGTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	6001	CTTCGCCTTTATATATAGTATAGATATACATAATATTTTTTATTCTAGTT	6050

CT009479.4	1801	TATTTACTATATTTTATTAAAAGGTTAATAATTTTAGATTTTTAAATATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	6051	TATTTACTATATTTTATTAAAAGGTTAATAATTTTAGATTTTTAAATATA	6100

CT009479.4	1851	AGTTGCAGTTTTTTTTTAAGAGAAAGTTTCATAAATTTATAATATATCAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	6101	AGTTGCAGTTTTTTTTTAAGAGAAAGTTTCATAAATTTATAATATATCAC	6150

CT009479.4	1901	TTCAAAAATAAATTTAGAACATATTTTTTGCCTTGATAAAAAAAAAAAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	6151	TTCAAAAATAAATTTAGAACATATTTTTTGCCTTGATAAAAAAAAAAAAA	6200

CT009479.4	1951	AAAAAA-GAAGATATTTTTTGCCTTGATTTATAAAGAGTTGTTGAGTTTA	1999
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	6201	AAAAAAAGAAGATATTTTTTGCCTTGATTTATAAAGAGTTGTTGAGTTTA	6250

Compact alignment

skip 1950 bps 100% identity alignment

CT009479.4	1951	AAAAAA-GAAGATATTTTTTGCCTTGATTTATAAAGAGTTGTTGAGTTTA	1999
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302222.6	6201	AAAAAAAGAAGATATTTTTTGCCTTGATTTATAAAGAGTTGTTGAGTTTA	6250

Overview

Query
CT009479.4 - 133351 bps
Hit
CU302222.6 - 6250 bps
Total alignments
6
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1999 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.9518251999119991425162501
288.6415927394407946791127015421
39379100208521841206921681
484.7259544218827311221727651
587.56232417365240681436747761
689.874879478648641532854061
Short-link