<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU407305.6	1	GATACAGAGTGGATAGCACTACACGATACAGAAGTGTAAAATGGGGACTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	178541	GATACAGAGTGGATAGCACTACACGATACAGAAGTGTAAAATGGGGACTA	178590

CU407305.6	51	AATAGGACCTAGTAGTTCTCGATTGCTTTGGCCAAGGTGTTGTAGGTTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	178591	AATAGGACCTAGTAGTTCTCGATTGCTTTGGCCAAGGTGTTGTAGGTTTT	178640

CU407305.6	101	ATCTTCGTAATTTTTTTCCAGTGTGAATAAGTAAATCTCTTGATGTTTGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	178641	ATCTTCGTAATTTTTTTCCAGTGTGAATAAGTAAATCTCTTGATGTTTGA	178690

CU407305.6	151	CCTTAGTGTTTACACAGGTTATATAAAATATACTTAACCCAGTATCATGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	178691	CCTTAGTGTTTACACAGGTTATATAAAATATACTTAACCCAGTATCATGA	178740

CU407305.6	201	CACCTTCTTATCATCAGCTCAGAGGCTAGCACTACAGAATGCAAGAAGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	178741	CACCTTCTTATCATCAGCTCAGAGGCTAGCACTACAGAATGCAAGAAGAG	178790

CU407305.6	251	TGCATATGAGTTTGCCACATGCCTAGTAACTGACATTCTAATTAATTTTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	178791	TGCATATGAGTTTGCCACATGCCTAGTAACTGACATTCTAATTAATTTTG	178840

CU407305.6	301	TATCATATGGTAATCCTTTTAAAGTCCATTTAACAGAAGATGAACCTGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	178841	TATCATATGGTAATCCTTTTAAAGTCCATTTAACAGAAGATGAACCTGCA	178890

CU407305.6	351	AAGGTCATGTAAAGCCCGCATGGTTGCACAGCTAAGAAGAGCAACAGGAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	178891	AAGGTCATGTAAAGCCCGCATGGTTGCACAGCTAAGAAGAGCAACAGGAG	178940

CU407305.6	401	TATCAGACCTGAGCCTGACTCCCAAGCACCTGCTCACTAGGAAATGCTTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	178941	TATCAGACCTGAGCCTGACTCCCAAGCACCTGCTCACTAGGAAATGCTTT	178990

CU407305.6	451	GATCGTGCAGACAAAAGTCTAATAGGTGAGAGGCAGAAAAACCAACAGAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	178991	GATCGTGCAGACAAAAGTCTAATAGGTGAGAGGCAGAAAAACCAACAGAA	179040

CU407305.6	501	GTTAGTGTAGATTTGCCATTTTTAATTTTTCCCCCTGAATTGTAGTTTAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179041	GTTAGTGTAGATTTGCCATTTTTAATTTTTCCCCCTGAATTGTAGTTTAA	179090

CU407305.6	551	CGTTGAAAAATGTTTTAATTTATTTAATGTGTATGTGTGTTTTGCCTGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179091	CGTTGAAAAATGTTTTAATTTATTTAATGTGTATGTGTGTTTTGCCTGAA	179140

CU407305.6	601	TGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179141	TGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATA	179190

CU407305.6	651	TATGTGTACCACATTTGTGCTCAGTGCATATGGACACCAGAAGAGGGAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179191	TATGTGTACCACATTTGTGCTCAGTGCATATGGACACCAGAAGAGGGAGT	179240

CU407305.6	701	TGATTCCCTGGAACTATAGTTACGGGTTATAGTGAGCAATCATCTGGATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179241	TGATTCCCTGGAACTATAGTTACGGGTTATAGTGAGCAATCATCTGGATT	179290

CU407305.6	751	CTGGGAATTGAACGCTGGTTCTCTGAAAGTACAATGGGTACCCTTAACCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179291	CTGGGAATTGAACGCTGGTTCTCTGAAAGTACAATGGGTACCCTTAACCA	179340

CU407305.6	801	GAATGAACTCTCGAGCCCTTGAATTAGAGTTCAAACTCAGCCTCACCAGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179341	GAATGAACTCTCGAGCCCTTGAATTAGAGTTCAAACTCAGCCTCACCAGT	179390

CU407305.6	851	TACCAGCAATAGACGGTAGCAAAATACATATCATGCATTTCAGTTGTAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179391	TACCAGCAATAGACGGTAGCAAAATACATATCATGCATTTCAGTTGTAAT	179440

CU407305.6	901	GTTGATAGATTTATTTTCAAAGGTTAAAAAAAAGCAAATGAAAACCCTTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179441	GTTGATAGATTTATTTTCAAAGGTTAAAAAAAAGCAAATGAAAACCCTTC	179490

CU407305.6	951	AAATATATTTTTATTTATGATGTCTTATACACATGTATATATATACACAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179491	AAATATATTTTTATTTATGATGTCTTATACACATGTATATATATACACAA	179540

CU407305.6	1001	GTGTAACGTAGTGTGTGGGGCCTGTTTCTGTGCTTGCATGCATGTGTGTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179541	GTGTAACGTAGTGTGTGGGGCCTGTTTCTGTGCTTGCATGCATGTGTGTG	179590

CU407305.6	1051	CATATGTGGAGGCCAGAAGTCAACCTCAGATGTTGTTCTACAGGCATTGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179591	CATATGTGGAGGCCAGAAGTCAACCTCAGATGTTGTTCTACAGGCATTGT	179640

CU407305.6	1101	CTATCTAGCTTTTTGAGTCAGGGTCTGTCACTAGCCTGGAGCTCACCAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179641	CTATCTAGCTTTTTGAGTCAGGGTCTGTCACTAGCCTGGAGCTCACCAGA	179690

CU407305.6	1151	TAGGCTCATCTTGTCTGCACACCTCCCCAAGTCTCTAACTAAATGTGTCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179691	TAGGCTCATCTTGTCTGCACACCTCCCCAAGTCTCTAACTAAATGTGTCC	179740

CU407305.6	1201	ATGGCCAGTTTCTTTTGTGTGTGTTCTGGGGATCATTTCACTGACAGAAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179741	ATGGCCAGTTTCTTTTGTGTGTGTTCTGGGGATCATTTCACTGACAGAAC	179790

CU407305.6	1251	TATCTCCCCCAGGCCCACATCTGTATTCTCTATTGCACTACCACACATAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179791	TATCTCCCCCAGGCCCACATCTGTATTCTCTATTGCACTACCACACATAA	179840

CU407305.6	1301	GCAATTACCCACTTCTCTACTAATTGTAATGTATGTACTTCCATCCTATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179841	GCAATTACCCACTTCTCTACTAATTGTAATGTATGTACTTCCATCCTATA	179890

CU407305.6	1351	TAAAAATATCAAGAGATGAGTTGATTTTCTCTGTAATAGATTGGAGAAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179891	TAAAAATATCAAGAGATGAGTTGATTTTCTCTGTAATAGATTGGAGAAAG	179940

CU407305.6	1401	ACAAAAGGAAAGGAGTTACTGTTGTTATTATAAGGAAAATTACCTTGTAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179941	ACAAAAGGAAAGGAGTTACTGTTGTTATTATAAGGAAAATTACCTTGTAA	179990

CU407305.6	1451	TTACTGAACATAGAAATTGCAATTATTATTTTTTGTTTGTTTAAATGAAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	179991	TTACTGAACATAGAAATTGCAATTATTATTTTTTGTTTGTTTAAATGAAG	180040

CU407305.6	1501	TAGGACTCCATTCCCGAGCAATGTTAAGACTGGTTCCTAAAAATGTTATA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	180041	TAGGACTCCATTCCCGAGCAATGTTAAGACTGGTTCCTAAAAATGTTATA	180090

CU407305.6	1551	TTCAGAAAATCCACCTTACAGATGAGACCACCGGGGAATCACATAGTATG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	180091	TTCAGAAAATCCACCTTACAGATGAGACCACCGGGGAATCACATAGTATG	180140

CU407305.6	1601	GATTTATATACTTGGTTATGGATCAAACTAAGAAGCTATCAAGTGACATG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	180141	GATTTATATACTTGGTTATGGATCAAACTAAGAAGCTATCAAGTGACATG	180190

CU407305.6	1651	TACCTTCTGTCTTCTGAAAAATATGGCACCGTAAGAAGGCCAAAGTGGAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	180191	TACCTTCTGTCTTCTGAAAAATATGGCACCGTAAGAAGGCCAAAGTGGAA	180240

CU407305.6	1701	TTTTTTGACTTGGCAATCTGTCCCTATATCCTAGAGACTTCCTTCTCTTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	180241	TTTTTTGACTTGGCAATCTGTCCCTATATCCTAGAGACTTCCTTCTCTTC	180290

CU407305.6	1751	AGTTCTTGTCTTCAGACCACCGTGGACTGCAGGAGTCCCCTGAGTGAATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	180291	AGTTCTTGTCTTCAGACCACCGTGGACTGCAGGAGTCCCCTGAGTGAATA	180340

CU407305.6	1801	ACACCCACTACTTAGACAAAGTAACACTGGAAGGTATCAGCCACCTCTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	180341	ACACCCACTACTTAGACAAAGTAACACTGGAAGGTATCAGCCACCTCTTG	180390

CU407305.6	1851	GTCTCATGGTTACGCTCACCACTGCAGCTCTTCCTATAGGAGGATAGACC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	180391	GTCTCATGGTTACGCTCACCACTGCAGCTCTTCCTATAGGAGGATAGACC	180440

CU407305.6	1901	TACAAAGACTCCTGTCCTTGGAAAGCTTGGGGACACTTAGGCAGGGCAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	180441	TACAAAGACTCCTGTCCTTGGAAAGCTTGGGGACACTTAGGCAGGGCAAT	180490

CU407305.6	1951	CTGGCTCCTAGGTACCTTGAGTGGCCTAGTATAGAGTACATGCTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302198.4	180491	CTGGCTCCTAGGTACCTTGAGTGGCCTAGTATAGAGTACATGCTGAATTC	180540

Overview

Query
CU407305.6 - 153175 bps
Hit
CU302198.4 - 180540 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link