<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU210888.2	1	AAGCTTTCACAATGCCAAATATACAAATTTGACAAAATTCCACAAAAATA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	119325	AAGCTTTCACAATGCCAAATATACAAATTTGACAAAATTCCACAAAAATA	119374

CU210888.2	51	GCCAGCCAAACTATTATATTACTCTATCAAGATATATTACGTATGAATCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	119375	GCCAGCCAAACTATTATATTACTCTATCAAGATATATTACGTATGAATCA	119424

CU210888.2	101	ACATGTCTAATTTAAAAGCATGACCAGGGTTTATTTAAGTTTAGTTTATC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	119425	ACATGTCTAATTTAAAAGCATGACCAGGGTTTATTTAAGTTTAGTTTATC	119474

CU210888.2	151	ATATGCTTCATATAAACATCATACTTATATAGGATATCACTCAATTAATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	119475	ATATGCTTCATATAAACATCATACTTATATAGGATATCACTCAATTAATT	119524

CU210888.2	201	TAAAATGAGTTTCATATCATTTAAGTTGCTGCTCACATAAATCTATTATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	119525	TAAAATGAGTTTCATATCATTTAAGTTGCTGCTCACATAAATCTATTATT	119574

CU210888.2	251	AGTATATGTTATTGAAGAAGAAGGAAGCTGCCGATTGGAACATTCAAAGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	119575	AGTATATGTTATTGAAGAAGAAGGAAGCTGCCGATTGGAACATTCAAAGG	119624

CU210888.2	301	AACAAGTCCAACATAGCTGACTGACTTGTTTACTGCAAGTGTTGATGAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	119625	AACAAGTCCAACATAGCTGACTGACTTGTTTACTGCAAGTGTTGATGAAG	119674

CU210888.2	351	AAGGAAGCCGAGGATTGGAACATGTCGAAGGAACAGGTCAAACGAAGCTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	119675	AAGGAAGCCGAGGATTGGAACATGTCGAAGGAACAGGTCAAACGAAGCTG	119724

CU210888.2	401	ACTAGCGAGTTTACAACACTGCTGAAGAATTAGTGTCGCACTTGGATTAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	119725	ACTAGCGAGTTTACAACACTGCTGAAGAATTAGTGTCGCACTTGGATTAA	119774

CU210888.2	451	ACTACCTATGTTAATTAGGATTATATTTTGACTAAAATTATATTATGATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	119775	ACTACCTATGTTAATTAGGATTATATTTTGACTAAAATTATATTATGATT	119824

CU210888.2	501	AGGATTATATTATGATTAGGATTACTATTAGAATTATAGTACAATAGACA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	119825	AGGATTATATTATGATTAGGATTACTATTAGAATTATAGTACAATAGACA	119874

CU210888.2	551	TCATACTCATATAGGATATCACTCAATTAATTTAAAATGAGTTTCATATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	119875	TCATACTCATATAGGATATCACTCAATTAATTTAAAATGAGTTTCATATC	119924

CU210888.2	601	ATTTAAGTTGCTGCTCACATAAATCTATTATTAGTATATGTTGTTGAAGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	119925	ATTTAAGTTGCTGCTCACATAAATCTATTATTAGTATATGTTGTTGAAGA	119974

CU210888.2	651	AGATAGAAGATGACGATTGGAACATGTCAAAAGAACAAGTCCAACACAGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	119975	AGATAGAAGATGACGATTGGAACATGTCAAAAGAACAAGTCCAACACAGC	120024

CU210888.2	701	TGATTGACTTGTCTACAACAAGTGTTGATGAAGAAGGAAACTGAGGATTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120025	TGATTGACTTGTCTACAACAAGTGTTGATGAAGAAGGAAACTGAGGATTG	120074

CU210888.2	751	GAACATGTCCAACGAAGTTGACTGACGAGTTTACAGCACTGCTGAAGAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120075	GAACATGTCCAACGAAGTTGACTGACGAGTTTACAGCACTGCTGAAGAAT	120124

CU210888.2	801	TAGAGTCGCACTTGGATTAGACTACCTATATTAATTAGGATTATATTTTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120125	TAGAGTCGCACTTGGATTAGACTACCTATATTAATTAGGATTATATTTTG	120174

CU210888.2	851	ACTAAAATTATGTTATGATTAGGATTATATTATGATTAGGATTACTATTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120175	ACTAAAATTATGTTATGATTAGGATTATATTATGATTAGGATTACTATTA	120224

CU210888.2	901	GAATTATAGTACAACTAGAATATAGATTATTTATAATTGCATTATTATTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120225	GAATTATAGTACAACTAGAATATAGATTATTTATAATTGCATTATTATTA	120274

CU210888.2	951	TTATATTAGTAATAGCTAGGTATTGTAGAAGGACTCTAAATATAGTTAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120275	TTATATTAGTAATAGCTAGGTATTGTAGAAGGACTCTAAATATAGTTAAT	120324

CU210888.2	1001	AATTTCGTATGAGAGCGAAATAAAGACCAAGGAAACAATGATTTTCCTGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120325	AATTTCGTATGAGAGCGAAATAAAGACCAAGGAAACAATGATTTTCCTGT	120374

CU210888.2	1051	CATCACACGTAATTTAATTTCCCTCCTTTTTTTTCTCGCTCGAAAGCCCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120375	CATCACACGTAATTTAATTTCCCTCCTTTTTTTTCTCGCTCGAAAGCCCT	120424

CU210888.2	1101	CGATAAAGGAAGTACAGATAGAATAGTGAGTTGAGTCTTTATTATTAGCG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120425	CGATAAAGGAAGTACAGATAGAATAGTGAGTTGAGTCTTTATTATTAGCG	120474

CU210888.2	1151	AGAGTTTTCACTCCAAAAAAGATTCATACTCTACATATTCTGCATATGTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120475	AGAGTTTTCACTCCAAAAAAGATTCATACTCTACATATTCTGCATATGTA	120524

CU210888.2	1201	TGTCATTATTTAAAAATTCCGCTTATAGCATAGTTAAATTTTCAGCATAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120525	TGTCATTATTTAAAAATTCCGCTTATAGCATAGTTAAATTTTCAGCATAT	120574

CU210888.2	1251	GTCATCATATACACTTCATGCCTACATGTTTTTTTAGAAAAAACAACTAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120575	GTCATCATATACACTTCATGCCTACATGTTTTTTTAGAAAAAACAACTAG	120624

CU210888.2	1301	CATGCTAATAACTAAAATTGTTGTAAATATCTTTCTTTTATTGCAATCAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120625	CATGCTAATAACTAAAATTGTTGTAAATATCTTTCTTTTATTGCAATCAT	120674

CU210888.2	1351	CCTAGTAATTAAAATTGTTCTCATATGCCTAATCTTTGAACTTCAGCTCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120675	CCTAGTAATTAAAATTGTTCTCATATGCCTAATCTTTGAACTTCAGCTCT	120724

CU210888.2	1401	ATATTATTCAAGTTTTATGTTACGATTTATATGTCTGATTATCTATGCTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120725	ATATTATTCAAGTTTTATGTTACGATTTATATGTCTGATTATCTATGCTC	120774

CU210888.2	1451	AGATAAATTGTTATGACATTCACAATTTGCTTGTGTTTTCAAGCATTCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120775	AGATAAATTGTTATGACATTCACAATTTGCTTGTGTTTTCAAGCATTCTA	120824

CU210888.2	1501	ATATTAATTTAGAGGTTATTTGAGACCTGTCTTATTTGTTTTCTTTGATG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120825	ATATTAATTTAGAGGTTATTTGAGACCTGTCTTATTTGTTTTCTTTGATG	120874

CU210888.2	1551	ATATGTCTAATTAAGAGCCTTGGATTTCTTTAGTCTAGGACCTATTCAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120875	ATATGTCTAATTAAGAGCCTTGGATTTCTTTAGTCTAGGACCTATTCAGA	120924

CU210888.2	1601	TAATAATTAGTCCACTATCACTTAGTTGGAATGGATAGACACCTTTTTAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120925	TAATAATTAGTCCACTATCACTTAGTTGGAATGGATAGACACCTTTTTAA	120974

CU210888.2	1651	GATAGTAATTTTTATTTCTTATCGACTGTTTTAGGTCAATAATAAATGAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	120975	GATAGTAATTTTTATTTCTTATCGACTGTTTTAGGTCAATAATAAATGAA	121024

CU210888.2	1701	ATGTAGGAGGGGTAGGCGTAGATAATGAGAAATAATGTAACTTGACCGAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	121025	ATGTAGGAGGGGTAGGCGTAGATAATGAGAAATAATGTAACTTGACCGAA	121074

CU210888.2	1751	CATAAAATTGACAAACTATGTATTTGTCTTTCGTTATGAGCCGGGCTCTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	121075	CATAAAATTGACAAACTATGTATTTGTCTTTCGTTATGAGCCGGGCTCTC	121124

CU210888.2	1801	ATCAAAACCGGATAAATTTAATCTTAGTTCAATTTAGGGGTGCCAAATGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	121125	ATCAAAACCGGATAAATTTAATCTTAGTTCAATTTAGGGGTGCCAAATGC	121174

CU210888.2	1851	GCGGGTTGAGTTAAAATTATAAATATTAAAATGGGTTTAATAGAAATCGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	121175	GCGGGTTGAGTTAAAATTATAAATATTAAAATGGGTTTAATAGAAATCGA	121224

CU210888.2	1901	GTTGGGTCTTGACCCACCCAAGTTTACTTTGGGCTTAAATGGGTTGGGCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	121225	GTTGGGTCTTGACCCACCCAAGTTTACTTTGGGCTTAAATGGGTTGGGCT	121274

CU210888.2	1951	CAAATGGGCTAAAAATCGGGTTGGGTCTTGACCCACCCTATTTGACCCGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234210.4	121275	CAAATGGGCTAAAAATCGGGTTGGGTCTTGACCCACCCTATTTGACCCGA	121324

Overview

Query
CU210888.2 - 116553 bps
Hit
CU234210.4 - 121324 bps
Total alignments
14
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100189020001200011193251213241
210032594876548823-136527365851
394.611942412833728577163836640761
495.241551902207822267163838640261
594.181491902626926458163838640261
696.8208623512226224612164081664281
797.9241482461224659166527665741
897.882912465224742166580666701
996.48153417372472226458166673684081
1095.221521902207822267168221684081
1194.541902392833928577168221684581
1282.42215163144331958185553860691
1390.3423537154491411194861198681
1490.0323438316254411198681202381
Short-link