<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 645 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT867975.8	47519	AAGCTTTATCAACACGTTGCAATTCAGTTTTTCCAGCCAAATTATCAAAA	47470
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU234149.6	1	AAGCTTTATCAACACGTTGCAATTCAGTTTTTCCAGCCAAATTATCAAAA	50

C  CT867975.8	47469	CCACATTTAATAAGTATATACCTCCGCTTTATATCTTTCCTCCACCGTGC	47420
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU234149.6	51	CCACATTTAATAAGTATATACCTCCGCTTTATATCTTTCCTCCACCGTGC	100

C  CT867975.8	47419	CAAAATATAATTAGATGGCACGAAATCTGTTTTCCCTATGAGCTTAAGCA	47370
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU234149.6	101	CAAAATATAATTAGATGGCACGAAATCTGTTTTCCCTATGAGCTTAAGCA	150

C  CT867975.8	47369	CACAAAGGATGTGCCTACATAAAATGCCTTTAAATTCAAACAAGTGGCAG	47320
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU234149.6	151	CACAAAGGATGTGCCTACATAAAATGCCTTTAAATTCAAACAAGTGGCAG	200

C  CT867975.8	47319	GTGCATTTTAACATGAAGTCTTTTTCATTGAAGAGCACCATGAACACAAT	47270
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU234149.6	201	GTGCATTTTAACATGAAGTCTTTTTCATTGAAGAGCACCATGAACACAAT	250

C  CT867975.8	47269	ATCTTTCATCTTGTCATATACTTTCTTACTTTCTGTAACAGAAAATATTG	47220
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU234149.6	251	ATCTTTCATCTTGTCATATACTTTCTTACTTTCTGTAACAGAAAATATTG	300

C  CT867975.8	47219	AATCCAAATCCTCCAATCTGTTGAAACATGCATGACAGTACATCATAGAA	47170
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU234149.6	301	AATCCAAATCCTCCAATCTGTTGAAACATGCATGACAGTACATCATAGAA	350

C  CT867975.8	47169	GCTATTTCCAATTGGAATTCCTGAAACTTTGCATTGGTAAAGGCTTTTTG	47120
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU234149.6	351	GCTATTTCCAATTGGAATTCCTGAAACTTTGCATTGGTAAAGGCTTTTTG	400

C  CT867975.8	47119	GAATTGGAATTCAAAGCCAAAGTGACTAATACAAGCAATAACCGTATTAA	47070
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU234149.6	401	GAATTGGAATTCAAAGCCAAAGTGACTAATACAAGCAATAACCGTATTAA	450

C  CT867975.8	47069	AAGAACGAAAGTCGGCAATGTTTTCCTTTTCAATTTTATCTTTCAATGCA	47020
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU234149.6	451	AAGAACGAAAGTCGGCAATGTTTTCCTTTTCAATTTTATCTTTCAATGCA	500

C  CT867975.8	47019	TTATCATACTGCTCAACAAATTGCTTCAGTGTTGTCTTTGAGGTCACATA	46970
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU234149.6	501	TTATCATACTGCTCAACAAATTGCTTCAGTGTTGTCTTTGAGGTCACATA	550

C  CT867975.8	46969	TCCATCAAAAAATGAGTTCATACTTTCACTTCGTTGTGTAGTTGACATTC	46920
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU234149.6	551	TCCATCAAAAAATGAGTTCATACTTTCACTTCGTTGTGTAGTTGACATTC	600

C  CT867975.8	46919	CAGCCCAAAATGTGTCCCTTACATATGCAGGAACCCAACGATGCC	46875
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU234149.6	601	CAGCCCAAAATGTGTCCCTTACATATGCAGGAACCCAACGATGCC	645

Overview

Query
CT867975.8 - 89216 bps
Hit
CU234149.6 - 113461 bps
Total alignments
18
Best alignment
alignment #1 (HSP: 645 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11006216454687547519-116451
299.864574647724414938921611477491
380.98122326664213344798-164133061
497.351331513462734777-1155217021
577.3175621323717039301-1330753821
699.89272528373930142137-1538382191
799.41226923893478137169-18214106051
885.682684797150571983124634251291
984.972674966612566620130013304911
1089.951472297430874536-131883321111
1189.951452297337573603-132816330441
1257.8531287764277769-136149363021
1388.74931637725177413-179481796401
1472.2333420764479946874186844888921
1571.5334421343716839301-186844888941
1666.929720834479846880-191029930961
1776.121897583717037927-193305940451
1883.4757121681026822211034631035831
Short-link