<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU210936.9	1	GAATTCACCAGGGGTTTCTGTTAGATGTTGGGGAGGTGTCTTGGAGGGTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	116424	GAATTCACCAGGGGTTTCTGTTAGATGTTGGGGAGGTGTCTTGGAGGGTG	116473

CU210936.9	51	GTATGTTTTAAGGATGGCTAACTTGTCCCCTGCTGCTATGGAGTAAAGCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	116474	GTATGTTTTAAGGATGGCTAACTTGTCCCCTGCTGCTATGGAGTAAAGCC	116523

CU210936.9	101	CAACTCCTGCTAGGTTTCTTTGTCTGGAAACCATGTTTCTGGTGGTACCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	116524	CAACTCCTGCTAGGTTTCTTTGTCTGGAAACCATGTTTCTGGTGGTACCT	116573

CU210936.9	151	TAGAAAGCTCACTGGGGACACATTGTGGCTTTTCAGAGACAAAGTTTGTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	116574	TAGAAAGCTCACTGGGGACACATTGTGGCTTTTCAGAGACAAAGTTTGTG	116623

CU210936.9	201	GAAACGTCTAGAAGCACCTTACTACAGTTATGGGAAGTCTGAATTATATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	116624	GAAACGTCTAGAAGCACCTTACTACAGTTATGGGAAGTCTGAATTATATT	116673

CU210936.9	251	TGTTCTTACATGTCACTGTGGAACCTTCACGTGCCTCTGTGCAGCCTAGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	116674	TGTTCTTACATGTCACTGTGGAACCTTCACGTGCCTCTGTGCAGCCTAGC	116723

CU210936.9	301	TTCAGTTCCCACCTGAGTGGGGCCTCATGGGCACTCGGGTTCATCAGAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	116724	TTCAGTTCCCACCTGAGTGGGGCCTCATGGGCACTCGGGTTCATCAGAAA	116773

CU210936.9	351	AATGCAAGGGGCCAAGAACTGGCTCAGTGGTGAGCTGGGAACTCTAGGCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	116774	AATGCAAGGGGCCAAGAACTGGCTCAGTGGTGAGCTGGGAACTCTAGGCA	116823

CU210936.9	401	GATGCCGCTCAGGGGCCTGCCTACTGCTGCCAAGCCAGAAAAGGTAAAGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	116824	GATGCCGCTCAGGGGCCTGCCTACTGCTGCCAAGCCAGAAAAGGTAAAGG	116873

CU210936.9	451	AAAGCCCAGAAGGCTCAGGTGTAGGTCAGTGATAGAGTACTTGTCTGACA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	116874	AAAGCCCAGAAGGCTCAGGTGTAGGTCAGTGATAGAGTACTTGTCTGACA	116923

CU210936.9	501	TGCTCAGGGTCCTGCGTTTCAGTTTTAGCACCCTCTCCTAAAGAAAAACT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	116924	TGCTCAGGGTCCTGCGTTTCAGTTTTAGCACCCTCTCCTAAAGAAAAACT	116973

CU210936.9	551	CCAGAATTTAAAATCTGTAATTAAAGGGTAGCACCCAATAACTCTCTCTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	116974	CCAGAATTTAAAATCTGTAATTAAAGGGTAGCACCCAATAACTCTCTCTT	117023

CU210936.9	601	CCTTTTCTAATCTTTTTCTTATCTTTTTTTTAAAAAAAGATTTATTTATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117024	CCTTTTCTAATCTTTTTCTTATCTTTTTTTTAAAAAAAGATTTATTTATT	117073

CU210936.9	651	TATTATATGTAAATACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117074	TATTATATGTAAATACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGA	117123

CU210936.9	701	GTCAGATCTTGTTACGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117124	GTCAGATCTTGTTACGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATT	117173

CU210936.9	751	TGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117174	TGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCC	117223

CU210936.9	801	ATCTCACCAGCCCCTCTTATCTTTTTCTTTTCTTTTTTTTTCCTTCCTCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117224	ATCTCACCAGCCCCTCTTATCTTTTTCTTTTCTTTTTTTTTCCTTCCTCT	117273

CU210936.9	851	CTTTCCTTCTTTCTTCTCTCTCTCTCTCTCCCCCTCTCCCTCTCTCCCTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117274	CTTTCCTTCTTTCTTCTCTCTCTCTCTCTCCCCCTCTCCCTCTCTCCCTC	117323

CU210936.9	901	CCTTTCTTTTTTGGGGGGTGGTGGGTGGGAGGGGTGCTGTTGAACCCAGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117324	CCTTTCTTTTTTGGGGGGTGGTGGGTGGGAGGGGTGCTGTTGAACCCAGG	117373

CU210936.9	951	GTCTCAAGCCTGCACTCTGAGCAAACATTCTGCCAGTGAGCCACATCCCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117374	GTCTCAAGCCTGCACTCTGAGCAAACATTCTGCCAGTGAGCCACATCCCT	117423

CU210936.9	1001	AGCTTGCCCTTTTTGAGACAGAGTCTTGTTCAAGCTGGCCTTGAACTTGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117424	AGCTTGCCCTTTTTGAGACAGAGTCTTGTTCAAGCTGGCCTTGAACTTGT	117473

CU210936.9	1051	GGCCTTAGCCTCCTACATATCTGACATTACAGGTATATATTACTGTGCCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117474	GGCCTTAGCCTCCTACATATCTGACATTACAGGTATATATTACTGTGCCC	117523

CU210936.9	1101	AGCCCAATAACACATTTTATTTAAAAAAAAAATCACTGAGTGAGCGAGCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117524	AGCCCAATAACACATTTTATTTAAAAAAAAAATCACTGAGTGAGCGAGCT	117573

CU210936.9	1151	ATGGGCTTGACCAGGCTGTAATCTTGACTCTAGGAAACAAGACATTAAGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117574	ATGGGCTTGACCAGGCTGTAATCTTGACTCTAGGAAACAAGACATTAAGT	117623

CU210936.9	1201	TAGAGATTTGTCAGTCTACAGAGTAAGATCTTCGTCATCCCTGCATCATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117624	TAGAGATTTGTCAGTCTACAGAGTAAGATCTTCGTCATCCCTGCATCATG	117673

CU210936.9	1251	CCCCACCCCACCTGAACCTTCCAACCCCTGCTCACACCCACAGCTTGAGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117674	CCCCACCCCACCTGAACCTTCCAACCCCTGCTCACACCCACAGCTTGAGC	117723

CU210936.9	1301	ATGCTGATGGAACCTTGGTACTGGCAGATAAGGCACTATGAAACAAACCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117724	ATGCTGATGGAACCTTGGTACTGGCAGATAAGGCACTATGAAACAAACCT	117773

CU210936.9	1351	ACCTGGCTCTGGCTGGGTAGGCATCTTGAACCCATGAGGCCTTTCCTGAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117774	ACCTGGCTCTGGCTGGGTAGGCATCTTGAACCCATGAGGCCTTTCCTGAT	117823

CU210936.9	1401	CCAGTGTGGGTCAACATGCAGCCACCTCAAATCAGCATACTTCACAGCCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117824	CCAGTGTGGGTCAACATGCAGCCACCTCAAATCAGCATACTTCACAGCCC	117873

CU210936.9	1451	TATGTATTTCTTGACATAGGTAAGCAAGGTCCTCTAAGCCCCCAGGACTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117874	TATGTATTTCTTGACATAGGTAAGCAAGGTCCTCTAAGCCCCCAGGACTT	117923

CU210936.9	1501	GGTTCTGAAGGCCAACATAACCGCCTTCAGTGTCATCTAGTAAACGTTCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117924	GGTTCTGAAGGCCAACATAACCGCCTTCAGTGTCATCTAGTAAACGTTCC	117973

CU210936.9	1551	GAGTGTACAAATAAGAAACAAACCACCTTTTAATTAAGGACACACACACA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	117974	GAGTGTACAAATAAGAAACAAACCACCTTTTAATTAAGGACACACACACA	118023

CU210936.9	1601	CGCCACAAAAATGAAACCGAACAAGAAAAAAATACAAAAGAAAGAAATAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	118024	CGCCACAAAAATGAAACCGAACAAGAAAAAAATACAAAAGAAAGAAATAC	118073

CU210936.9	1651	AAGGATCCCTCAATATTCGTCTTATAAGAAACAAAAGAAACAGATTGATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	118074	AAGGATCCCTCAATATTCGTCTTATAAGAAACAAAAGAAACAGATTGATA	118123

CU210936.9	1701	AACTCAAGGCACACCCTGGTTCCTTCCCTACCTGGCGTAGGAAGAATAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	118124	AACTCAAGGCACACCCTGGTTCCTTCCCTACCTGGCGTAGGAAGAATAAT	118173

CU210936.9	1751	GGGATGAGAAGGAAGGAGGTGTGGGATCAGGGTGGGACCACAAGCAACAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	118174	GGGATGAGAAGGAAGGAGGTGTGGGATCAGGGTGGGACCACAAGCAACAT	118223

CU210936.9	1801	AGGAGGTAAGCCCCTGTGCGCTGAGGCTCCTCAACAGCTGAGGAGTTGGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	118224	AGGAGGTAAGCCCCTGTGCGCTGAGGCTCCTCAACAGCTGAGGAGTTGGA	118273

CU210936.9	1851	GTCTCAGTCTGGGGCTGGGGAAGGAGGCCTCCCTTCCCATCCAGGGCAGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	118274	GTCTCAGTCTGGGGCTGGGGAAGGAGGCCTCCCTTCCCATCCAGGGCAGC	118323

CU210936.9	1901	TTACTGATTGACTGATGGGCTTCTAAGGCACAGGCTGGTCCTGAGTACCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	118324	TTACTGATTGACTGATGGGCTTCTAAGGCACAGGCTGGTCCTGAGTACCT	118373

CU210936.9	1951	GCTCCATAGGTGTAAGGTTACGGGGAGTCTGGGGACTCAAGATGGTGCTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234134.7	118374	GCTCCATAGGTGTAAGGTTACGGGGAGTCTGGGGACTCAAGATGGTGCTC	118423

Overview

Query
CU210936.9 - 86868 bps
Hit
CU234134.7 - 118423 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link