<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU302431.10	1	AGGAATTCAAGGCAAGAACTGTCTCTCTTCACACTCACCAGAAGAGGGCG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	119781	AGGAATTCAAGGCAAGAACTGTCTCTCTTCACACTCACCAGAAGAGGGCG	119830

CU302431.10	51	TCAGGTCCCATTAGAGATGGTTGTGAGTCACCATGTGGTTGATGGGAATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	119831	TCAGGTCCCATTAGAGATGGTTGTGAGTCACCATGTGGTTGATGGGAATT	119880

CU302431.10	101	GAACTCAGGTCCTCTGGAAGAGCGGTCAGTGCTCTTAATACCTGAGCCAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	119881	GAACTCAGGTCCTCTGGAAGAGCGGTCAGTGCTCTTAATACCTGAGCCAC	119930

CU302431.10	151	CTCTCGAGCCCTTTTATCTTATGTATGCAGTGTTTTGCCTGTCTGGATAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	119931	CTCTCGAGCCCTTTTATCTTATGTATGCAGTGTTTTGCCTGTCTGGATAT	119980

CU302431.10	201	CTGTGTGCCTGGCGCCCACAGACATCAGAAGAGGGATTGGACTTCCTTGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	119981	CTGTGTGCCTGGCGCCCACAGACATCAGAAGAGGGATTGGACTTCCTTGA	120030

CU302431.10	251	ACGGGAATTACTGATAGTTGTGAGCCACCATGTGGATCCTGGGAATTAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120031	ACGGGAATTACTGATAGTTGTGAGCCACCATGTGGATCCTGGGAATTAAA	120080

CU302431.10	301	CCAGACCCTCTTAACCGCTGATCCATCTCCCCAGCCTCCTGACATATTTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120081	CCAGACCCTCTTAACCGCTGATCCATCTCCCCAGCCTCCTGACATATTTC	120130

CU302431.10	351	TTAAAGAATTGCTCTCATTTAATTGTTTCACTGGCTGTGTTTTCTCCTTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120131	TTAAAGAATTGCTCTCATTTAATTGTTTCACTGGCTGTGTTTTCTCCTTG	120180

CU302431.10	401	TCCAGTTCCTCAAAGATCCTTCCCACTTCCCTACCAACAACTTTCCGTTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120181	TCCAGTTCCTCAAAGATCCTTCCCACTTCCCTACCAACAACTTTCCGTTC	120230

CU302431.10	451	TTTTTTTTGTCTCTCTCTTAAAATACGAAAATAAACAAAAAAGAAAAAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120231	TTTTTTTTGTCTCTCTCTTAAAATACGAAAATAAACAAAAAAGAAAAAAT	120280

CU302431.10	501	AAAGCAAAACAAGAAACATACCAACAAAACAAAAACCTCCCACAAAAAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120281	AAAGCAAAACAAGAAACATACCAACAAAACAAAAACCTCCCACAAAAAAA	120330

CU302431.10	551	AAAAAAAAAACAAAAAGGGGCTGGGCCTGGTGGTATTTGCTTTTAATCCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120331	AAAAAAAAAACAAAAAGGGGCTGGGCCTGGTGGTATTTGCTTTTAATCCC	120380

CU302431.10	601	AGCAGGAAGCCCAAGCAGAAGCCAAGGCAGGCAGACCTCTATGAGTTCAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120381	AGCAGGAAGCCCAAGCAGAAGCCAAGGCAGGCAGACCTCTATGAGTTCAA	120430

CU302431.10	651	GGCAGCCAGGTCTACATAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGGCTGTGTAGAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120431	GGCAGCCAGGTCTACATAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGGCTGTGTAGAC	120480

CU302431.10	701	AGATCCTGCCTAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAATAAAAAATTTTTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120481	AGATCCTGCCTAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAATAAAAAATTTTTA	120530

CU302431.10	751	AAAAAATCAAAACAAACAAACAAACAAGAGAGTAACAAGAACAAATGCCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120531	AAAAAATCAAAACAAACAAACAAACAAGAGAGTAACAAGAACAAATGCCC	120580

CU302431.10	801	AAACAAAACAAAATGAGACAAAATGTGTACAAAACTACCAGTGGGCAGCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120581	AAACAAAACAAAATGAGACAAAATGTGTACAAAACTACCAGTGGGCAGCT	120630

CU302431.10	851	GCTCCTAGGGCAGGGGTCTGCCCTAAGATGGTAATATAAAACTGATTTTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120631	GCTCCTAGGGCAGGGGTCTGCCCTAAGATGGTAATATAAAACTGATTTTT	120680

CU302431.10	901	CTTTTGCCAGCAGATCTGTTTCAGATAGTGTCTTGCTTAGGGTGGAAGCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120681	CTTTTGCCAGCAGATCTGTTTCAGATAGTGTCTTGCTTAGGGTGGAAGCC	120730

CU302431.10	951	TGTGTCCACTTGTTTCTTTCAGTGCTGTTATCTGATTAGCTTGAACCTGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120731	TGTGTCCACTTGTTTCTTTCAGTGCTGTTATCTGATTAGCTTGAACCTGC	120780

CU302431.10	1001	ACAGGCCCTGTGGTTGCTGCCACCATCTCTGAGTTCAAATGTACATCAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120781	ACAGGCCCTGTGGTTGCTGCCACCATCTCTGAGTTCAAATGTACATCAAA	120830

CU302431.10	1051	TGTACATCAGTCCCGTTCCATTCGGAAGACGCTGTCTCCTCAGACTCAAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120831	TGTACATCAGTCCCGTTCCATTCGGAAGACGCTGTCTCCTCAGACTCAAC	120880

CU302431.10	1101	CGTCACCTGGGTCCCTCAGTCTTTCTACCTCGCCTTCCACACAGATCCGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120881	CGTCACCTGGGTCCCTCAGTCTTTCTACCTCGCCTTCCACACAGATCCGC	120930

CU302431.10	1151	GAGACTCTCAGGGCGCATGGAGGTTTTAATGAAGACATCCCATTGGGACT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120931	GAGACTCTCAGGGCGCATGGAGGTTTTAATGAAGACATCCCATTGGGACT	120980

CU302431.10	1201	GAGTGCTCCCAAATCGCTCACTCCCCTCACATTGTCCAGTTGTGAGTCTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	120981	GAGTGCTCCCAAATCGCTCACTCCCCTCACATTGTCCAGTTGTGAGTCTC	121030

CU302431.10	1251	TGTGTTAGACTACCACAAGGAGCTCTTCTTAAGAGGACCGAGTTAGGCGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	121031	TGTGTTAGACTACCACAAGGAGCTCTTCTTAAGAGGACCGAGTTAGGCGC	121080

CU302431.10	1301	TGATTCATTGGTACAGAGCGATGTCATCAGGAGTCATTTAATGGAGTCAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	121081	TGATTCATTGGTACAGAGCGATGTCATCAGGAGTCATTTAATGGAGTCAT	121130

CU302431.10	1351	TTTACTGCTATGTTCCTTTAACAGAATAGTAGTATTAGGTTTTCCCCTAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	121131	TTTACTGCTATGTTCCTTTAACAGAATAGTAGTATTAGGTTTTCCCCTAG	121180

CU302431.10	1401	GTCCGAGACCTGCCTGTGTTGCGGGAAATTAAAAACAAACAAACAAACAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	121181	GTCCGAGACCTGCCTGTGTTGCGGGAAATTAAAAACAAACAAACAAACAA	121230

CU302431.10	1451	ACACAAAAAACACTCGGCACACTCCCACACTTGTGCCTCTGCCCCGGTGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	121231	ACACAAAAAACACTCGGCACACTCCCACACTTGTGCCTCTGCCCCGGTGG	121280

CU302431.10	1501	CCTGGCCAGATGTTTTTATCTCATGGAGGTTCTGACTCAGAACTCCACAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	121281	CCTGGCCAGATGTTTTTATCTCATGGAGGTTCTGACTCAGAACTCCACAA	121330

CU302431.10	1551	TCTCTCCACGCAGCTCTCTAGGTTTCCACTGGTGGGTGATTACCATACCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	121331	TCTCTCCACGCAGCTCTCTAGGTTTCCACTGGTGGGTGATTACCATACCA	121380

CU302431.10	1601	ACCCCTTGCTTCAAATGCCCCCACGGCCTTTGTGGCAAACCGATGCTTTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	121381	ACCCCTTGCTTCAAATGCCCCCACGGCCTTTGTGGCAAACCGATGCTTTG	121430

CU302431.10	1651	CCGCTGTACCCAGATGAGCTGCCACATGAAGGAAAACACAACATGAACGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	121431	CCGCTGTACCCAGATGAGCTGCCACATGAAGGAAAACACAACATGAACGC	121480

CU302431.10	1701	AGTTCAGAAACAATGGTAACTCGATCTCTAGGCACAACAACTAAAACCTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	121481	AGTTCAGAAACAATGGTAACTCGATCTCTAGGCACAACAACTAAAACCTA	121530

CU302431.10	1751	ATCTTGTAAGCCTTATTAAAATCTGATTCCGGGGCTGGTGAGATGGCTCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	121531	ATCTTGTAAGCCTTATTAAAATCTGATTCCGGGGCTGGTGAGATGGCTCA	121580

CU302431.10	1801	GTGGGTAAGAGCACGCGACTGCTCTTCCGAAGGTCCAGAGTTCAATTCCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	121581	GTGGGTAAGAGCACGCGACTGCTCTTCCGAAGGTCCAGAGTTCAATTCCC	121630

CU302431.10	1851	AGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCGTAACGAGATCTGACTTCCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	121631	AGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCGTAACGAGATCTGACTTCCTC	121680

CU302431.10	1901	TTCTGGAGTGTCTGAAGACAGTTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	121681	TTCTGGAGTGTCTGAAGACAGTTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAA	121730

CU302431.10	1951	TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTGATTCCCCCGGTGGTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234133.8	121731	TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTGATTCCCCCGGTGGTGAATTC	121780

Overview

Query
CU302431.10 - 124353 bps
Hit
CU234133.8 - 121780 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link