<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU861450.5	2000	GATCTGAGAACTGTCATGATCTTGTCGAGCCCAAGTGCATAAGACCTATT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1	GATCTGAGAACTGTCATGATCTTGTCGAGCCCAAGTGCATAAGACCTATT	50

C  CU861450.5	1950	CTTTTTCTAACCACCATTGAACCTGAGGAAGGGTAAGGTTGAGCCCATAG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	51	CTTTTTCTAACCACCATTGAACCTGAGGAAGGGTAAGGTTGAGCCCATAG	100

C  CU861450.5	1900	ATGATTATCTCCCACATTTTTAGAAATTTAAGGACAATCCCTTACCTTAT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	101	ATGATTATCTCCCACATTTTTAGAAATTTAAGGACAATCCCTTACCTTAT	150

C  CU861450.5	1850	GATCCGTTATTCCACAACCAAAAAATACATTTGAATTTTCTAGACACTTT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	151	GATCCGTTATTCCACAACCAAAAAATACATTTGAATTTTCTAGACACTTT	200

C  CU861450.5	1800	ATTCTAGGGCGTTCTCCACCACATTGAAACTTGTGTTCAATTAGCTCATT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	201	ATTCTAGGGCGTTCTCCACCACATTGAAACTTGTGTTCAATTAGCTCATT	250

C  CU861450.5	1750	AGAACTATTACCTTGGGAACGATTACCTCCACCGGACCTTGAATGCGAGA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	251	AGAACTATTACCTTGGGAACGATTACCTCCACCGGACCTTGAATGCGAGA	300

C  CU861450.5	1700	AATTACGATGATCCTTTCTTGCCCTATTTGACTCCCTAGTTTTCTACTTA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	301	AATTACGATGATCCTTTCTTGCCCTATTTGACTCCCTAGTTTTCTACTTA	350

C  CU861450.5	1650	AGCTTCACTTCTTCTATTCTTTGTGCCTGACTATCAAATGGGGATACATA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	351	AGCTTCACTTCTTCTATTCTTTGTGCCTGACTATCAAATGGGGATACATA	400

C  CU861450.5	1600	CATATCCTTAACAAGCTGGAAATTAGTCTTTCTCTGACAACCAAGTCAGA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	401	CATATCCTTAACAAGCTGGAAATTAGTCTTTCTCTGACAACCAAGTCAGA	450

C  CU861450.5	1550	AGCACCTGACACAAACTTACTCTCGATTGACCTTGAATCGGCAACCATAG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	451	AGCACCTGACACAAACTTACTCTCGATTGACCTTGAATCGGCAACCATAG	500

C  CU861450.5	1500	TTTGAGCATATTTGGACAATCGTATGAATTTCAAAGCATACTCCTTCACA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	501	TTTGAGCATATTTGGACAATCGTATGAATTTCAAAGCATACTCCTTCACA	550

C  CU861450.5	1450	CTCATATTATCTTGTTAAAGATTAATTAACTCAAGTACCTTTTCCCTCCC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	551	CTCATATTATCTTGTTAAAGATTAATTAACTCAAGTACCTTTTCCCTCCC	600

C  CU861450.5	1400	TCATCTCTAGGGGAAAGAACGTGTTACGCCTTGAGGCTACCCCCTAGACG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	601	TCATCTCTAGGGGAAAGAACGTGTTACGCCTTGAGGCTACCCCCTAGACG	650

C  CU861450.5	1350	TAATACGGTTCCTAATATCATGAGTCATCCCACGTTATCTCTGAGTCTTG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	651	TAATACGGTTCCTAATATCATGAGTCATCCCACGTTATCTCTGAGTCTTG	700

C  CU861450.5	1300	CATATATAAAGCAGACTGAAAATGATTTAGTATATGTACTATGTGGAAGC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	701	CATATATAAAGCAGACTGAAAATGATTTAGTATATGTACTATGTGGAAGC	750

C  CU861450.5	1250	TAAAAACACTGGATATTTGTACTGGGTGAATCTAATTAGTATGAATAGAT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	751	TAAAAACACTGGATATTTGTACTGGGTGAATCTAATTAGTATGAATAGAT	800

C  CU861450.5	1200	ATGATATAATAATAAGAGTTTAGTGATGACTTAAACAACACTTACAACTC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	801	ATGATATAATAATAAGAGTTTAGTGATGACTTAAACAACACTTACAACTC	850

C  CU861450.5	1150	GAGTTGAATCTACTACTTTGTCTAAAAAGTATTTGTTGAATTGAGTTGTT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	851	GAGTTGAATCTACTACTTTGTCTAAAAAGTATTTGTTGAATTGAGTTGTT	900

C  CU861450.5	1100	GAGACTTGCCCCACGCTAACCAAAAAAAATTGAGAACAAGAAATAAAGAC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	901	GAGACTTGCCCCACGCTAACCAAAAAAAATTGAGAACAAGAAATAAAGAC	950

C  CU861450.5	1050	TAAGCTAGAAAGAATGGCTGTTAAACTCGATGTATGAGGACTCACAACTG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	951	TAAGCTAGAAAGAATGGCTGTTAAACTCGATGTATGAGGACTCACAACTG	1000

C  CU861450.5	1000	AAGTTGTTGAAGCTTAATCGAGAATCAATATATCTAACTGTGATGTGTAT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1001	AAGTTGTTGAAGCTTAATCGAGAATCAATATATCTAACTGTGATGTGTAT	1050

C  CU861450.5	950	GTTGAGTGCCTAAACTTACACCGTGAAAATGCATCAATACTTGAATGTTC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1051	GTTGAGTGCCTAAACTTACACCGTGAAAATGCATCAATACTTGAATGTTC	1100

C  CU861450.5	900	TGAGCATGCATGATATAGCAATGCTAAGTTGAACAAAGTATATAAGCTTG	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1101	TGAGCATGCATGATATAGCAATGCTAAGTTGAACAAAGTATATAAGCTTG	1150

C  CU861450.5	850	ACGATATCATTTTTAATCGCACGAAGCCCAGATTGATTACCTAGTATATC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1151	ACGATATCATTTTTAATCGCACGAAGCCCAGATTGATTACCTAGTATATC	1200

C  CU861450.5	800	TAAAGACAAAATACATATCATATCTTCATATTAAATATATAATTATGAAA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1201	TAAAGACAAAATACATATCATATCTTCATATTAAATATATAATTATGAAA	1250

C  CU861450.5	750	CCATATCATTTATTATGGCATGAAGCCCGAATAGATTACCTAGTATATCT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1251	CCATATCATTTATTATGGCATGAAGCCCGAATAGATTACCTAGTATATCT	1300

C  CU861450.5	700	AAAGACAAAAAACCATATGATCTCTTCATATTACATATGTAATTATCTAT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1301	AAAGACAAAAAACCATATGATCTCTTCATATTACATATGTAATTATCTAT	1350

C  CU861450.5	650	AACCCTTTTTTTTGTTTTAGAGACAAAATCAAGGTAGACACTATTCAAAC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1351	AACCCTTTTTTTTGTTTTAGAGACAAAATCAAGGTAGACACTATTCAAAC	1400

C  CU861450.5	600	TTTATTCTTATTTTTTGAAAAACACCAGAAGAAAAAAAATAAAAGAAATG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1401	TTTATTCTTATTTTTTGAAAAACACCAGAAGAAAAAAAATAAAAGAAATG	1450

C  CU861450.5	550	ATTTGGTTGATTAACACAACATCTTATTCCATAAGAAAAAATTGATTCTA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1451	ATTTGGTTGATTAACACAACATCTTATTCCATAAGAAAAAATTGATTCTA	1500

C  CU861450.5	500	AATTAAAGTAAATATATGTTTTTATTTTGTTTATTTAAAGCACTCAAATA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1501	AATTAAAGTAAATATATGTTTTTATTTTGTTTATTTAAAGCACTCAAATA	1550

C  CU861450.5	450	TATGACACTATAAATTTTATTATTTACTATGGAAGCAAGGCTTGTACTAT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1551	TATGACACTATAAATTTTATTATTTACTATGGAAGCAAGGCTTGTACTAT	1600

C  CU861450.5	400	TCCTTCATAATAAATCCTATAAGTGTTGAAGTGTATTTTTCTTAATACAG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1601	TCCTTCATAATAAATCCTATAAGTGTTGAAGTGTATTTTTCTTAATACAG	1650

C  CU861450.5	350	TTATAAAATGTATTTTTATTATACTCTTTATTATGTTTAAATATTGTCTA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1651	TTATAAAATGTATTTTTATTATACTCTTTATTATGTTTAAATATTGTCTA	1700

C  CU861450.5	300	TATCTTATCATAATGAGGGTTTATCAGAAATAGTTTCTCTATCCATAAAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1701	TATCTTATCATAATGAGGGTTTATCAGAAATAGTTTCTCTATCCATAAAA	1750

C  CU861450.5	250	TACGAATAAGATCTGTGTAAATTCTTCCTTGTCATACTTTACTTGTTGCC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1751	TACGAATAAGATCTGTGTAAATTCTTCCTTGTCATACTTTACTTGTTGCC	1800

C  CU861450.5	200	CTAAGTTTCTAGTAGTAGTAGACTAGATATGCATGGCCCGTTCTGGCACT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1801	CTAAGTTTCTAGTAGTAGTAGACTAGATATGCATGGCCCGTTCTGGCACT	1850

C  CU861450.5	150	GAATATTTCATGTAATGATATGGTTTTCATAGTCATTTGTTGACAAACCA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1851	GAATATTTCATGTAATGATATGGTTTTCATAGTCATTTGTTGACAAACCA	1900

C  CU861450.5	100	AATGATATCAACCAAGTACCTAAAAGGGCGATGGGAGGGGAGGGGGGAAT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1901	AATGATATCAACCAAGTACCTAAAAGGGCGATGGGAGGGGAGGGGGGAAT	1950

C  CU861450.5	50	AGCACATGAGAAACATACAGTTTAACTTGCATAAGCGTATATGATTGGGA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU222540.11	1951	AGCACATGAGAAACATACAGTTTAACTTGCATAAGCGTATATGATTGGGA	2000

Overview

Query
CU861450.5 - 64465 bps
Hit
CU222540.11 - 159400 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001912200012000-1120001
291.496298905390954798131681325731
391.616318906074761636131681325731
492.52353175526055576132404327231
593.132413196181862136132404327231
683.842244606244862907132726331831
788.225028812115122031-162783636651
884.791874122162022031-162978633911
985.79102019981874220739-170079720901
1087.46185132811460317883-173455767171
1188.16178532721131714588-176816801121
1283.482475525405454605-181962825121
1380.6636710736036861440-181965830761
1485.44182033705631259681-184523878891
1585.8164811726329464465-186143873121
1690.023786081002010627-189765903751
1785.4602119175658755-190457916411
1888.731009166558997563-191766934331
1990.4522835554775831-193429937841
2088.211653282742830-194092969141
2185.982284802143521914-11499181503951
Short-link