<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU469513.4	1	TTTGGATCAAGAACTCAATTATTGTCATTTCATTACTGTTTTCACCTCCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	98573	TTTGGATCAAGAACTCAATTATTGTCATTTCATTACTGTTTTCACCTCCA	98622

CU469513.4	51	TTATTTCATTCACGTGGCTATGTTTCTTTTTTATTACTAATATATAAGTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	98623	TTATTTCATTCACGTGGCTATGTTTCTTTTTTATTACTAATATATAAGTT	98672

CU469513.4	101	TTATCACGAGCACAAACCCCACAGCCAGTGAGGTATTTATGATATTTGTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	98673	TTATCACGAGCACAAACCCCACAGCCAGTGAGGTATTTATGATATTTGTG	98722

CU469513.4	151	GTGTTGACAGCTACTGATATTTTGTCTCAATTACTACAAGGTTTGTCTAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	98723	GTGTTGACAGCTACTGATATTTTGTCTCAATTACTACAAGGTTTGTCTAC	98772

CU469513.4	201	TTGCAATATTTTTTTTCAAGTATCCTATCGTGATCACCACCTAATATTAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	98773	TTGCAATATTTTTTTTCAAGTATCCTATCGTGATCACCACCTAATATTAT	98822

CU469513.4	251	TTTCACTATGTTTTTTTATTTATGAGATGCCAACTCCAACTATTGTACTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	98823	TTTCACTATGTTTTTTTATTTATGAGATGCCAACTCCAACTATTGTACTA	98872

CU469513.4	301	GATGGGGACAACAGCAGAGTTTTAGATCTGAGTAATGGTACACTTCAATG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	98873	GATGGGGACAACAGCAGAGTTTTAGATCTGAGTAATGGTACACTTCAATG	98922

CU469513.4	351	CTTGAGCTCATCCACATAAAACTGATCTAAAAAAGATTCCTCATTACTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	98923	CTTGAGCTCATCCACATAAAACTGATCTAAAAAAGATTCCTCATTACTTT	98972

CU469513.4	401	CGACTCGAACTACTTTGAATGTGTTTTGACTTCATCAATTCGTTTTTGAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	98973	CGACTCGAACTACTTTGAATGTGTTTTGACTTCATCAATTCGTTTTTGAT	99022

CU469513.4	451	TAGTCGTGATCAGCCAAAAATGCTAATTTAACCCTGTTTAAGACGATCTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99023	TAGTCGTGATCAGCCAAAAATGCTAATTTAACCCTGTTTAAGACGATCTA	99072

CU469513.4	501	TCGAAATGTGACTGACAATCCAGAACAAACAAAATGACAAATAGGTAATA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99073	TCGAAATGTGACTGACAATCCAGAACAAACAAAATGACAAATAGGTAATA	99122

CU469513.4	551	AAATTTACTTCTTTACCTTTTTTATAATGTTCAAGAGTATACTTGATTCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99123	AAATTTACTTCTTTACCTTTTTTATAATGTTCAAGAGTATACTTGATTCA	99172

CU469513.4	601	GAGGATCTGTAAAGTTTTTCCATTTGTTTGAAAAGACTGACAAGGGCATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99173	GAGGATCTGTAAAGTTTTTCCATTTGTTTGAAAAGACTGACAAGGGCATG	99222

CU469513.4	651	AATACAACACATACTTGTATCCTATGTTGCTCCGACTCTGAGGAGAACTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99223	AATACAACACATACTTGTATCCTATGTTGCTCCGACTCTGAGGAGAACTC	99272

CU469513.4	701	CAGATGTAGTGCATTTTTGGAGGATCCGGCATGAGGTGTGGCTCTTGTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99273	CAGATGTAGTGCATTTTTGGAGGATCCGGCATGAGGTGTGGCTCTTGTTT	99322

CU469513.4	751	CGGAGAGTCCACGACAACATAGCTTTTATCATAAAAGCCTATTCATTACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99323	CGGAGAGTCCACGACAACATAGCTTTTATCATAAAAGCCTATTCATTACA	99372

CU469513.4	801	ACAGACGAGAATCACAGAAAATGTTACTAAAATAGAGTTCAGAAAAACAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99373	ACAGACGAGAATCACAGAAAATGTTACTAAAATAGAGTTCAGAAAAACAC	99422

CU469513.4	851	ACGAAATTAGGAAGTTTATATGTCCTTTGGGGTCTTTCTTATGCACATCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99423	ACGAAATTAGGAAGTTTATATGTCCTTTGGGGTCTTTCTTATGCACATCT	99472

CU469513.4	901	AGAAACATTACAATACAAAGATCAACAGCTAAAGACTTGAATACAGGACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99473	AGAAACATTACAATACAAAGATCAACAGCTAAAGACTTGAATACAGGACA	99522

CU469513.4	951	TCACCAAAATGTAGAACAAACGAATTCTTGTAACAGCTGCTTTCATCGAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99523	TCACCAAAATGTAGAACAAACGAATTCTTGTAACAGCTGCTTTCATCGAT	99572

CU469513.4	1001	TCTGAAGCATGGATTCGTTGCAGTATTTCTTGAAATTCAAGCATTCTTCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99573	TCTGAAGCATGGATTCGTTGCAGTATTTCTTGAAATTCAAGCATTCTTCC	99622

CU469513.4	1051	ACAATGAAATCACTACAAAATTTGATTTCAGAAAGTCGTGTTAGTGACAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99623	ACAATGAAATCACTACAAAATTTGATTTCAGAAAGTCGTGTTAGTGACAC	99672

CU469513.4	1101	AAATAGCAACCTTTTTCATCATAAAAGCAGCAACAAGTGGAAACTTACAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99673	AAATAGCAACCTTTTTCATCATAAAAGCAGCAACAAGTGGAAACTTACAA	99722

CU469513.4	1151	GATCCGCTCAGCCATATCTGATGTTTCCCATCTGGGACTCCACGGGTACT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99723	GATCCGCTCAGCCATATCTGATGTTTCCCATCTGGGACTCCACGGGTACT	99772

CU469513.4	1201	CAGCAGTGACTGGAGACTTGATGGGTAGACCTTGAGAATTAAAGTGCTAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99773	CAGCAGTGACTGGAGACTTGATGGGTAGACCTTGAGAATTAAAGTGCTAT	99822

CU469513.4	1251	ACAAACATGCCAGTGCACAGATATGAGCACCAAGTCAATTGATACTACAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99823	ACAAACATGCCAGTGCACAGATATGAGCACCAAGTCAATTGATACTACAA	99872

CU469513.4	1301	CAACAACTACTACTACACCTCGATACCAATCAAGAAGCACAAACAGATGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99873	CAACAACTACTACTACACCTCGATACCAATCAAGAAGCACAAACAGATGA	99922

CU469513.4	1351	GTAGAAGGGAAAGATGAGAAGTATGCCACTCCTATCACAGAATGGCGGGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99923	GTAGAAGGGAAAGATGAGAAGTATGCCACTCCTATCACAGAATGGCGGGC	99972

CU469513.4	1401	AAGAATTGGGGCATAACCACTACATTTTTTTCACAAAAAGGTTCTATGCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	99973	AAGAATTGGGGCATAACCACTACATTTTTTTCACAAAAAGGTTCTATGCC	100022

CU469513.4	1451	TAAATATTTACATGTTCATGAAGGCAAACTAAAAAACGCTCGAGTATTAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	100023	TAAATATTTACATGTTCATGAAGGCAAACTAAAAAACGCTCGAGTATTAC	100072

CU469513.4	1501	AAACAACCATACCAAAATATCTAAAATCCTGTCACGTTATCTTTCTTAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	100073	AAACAACCATACCAAAATATCTAAAATCCTGTCACGTTATCTTTCTTAAA	100122

CU469513.4	1551	AAAATAAATCCTGTCACGTTATTGAACAACAAGATCAACAACATAACCAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	100123	AAAATAAATCCTGTCACGTTATTGAACAACAAGATCAACAACATAACCAG	100172

CU469513.4	1601	TGAAATTCCACAAGTGAGGTCTGCAGAGAGTAGAGTATATGCAGACCATC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	100173	TGAAATTCCACAAGTGAGGTCTGCAGAGAGTAGAGTATATGCAGACCATC	100222

CU469513.4	1651	GTACCCCAACCTCATGGAGGTAGAGAGGTTGTTTCCACCCTCAGCTCAAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	100223	GTACCCCAACCTCATGGAGGTAGAGAGGTTGTTTCCACCCTCAGCTCAAG	100272

CU469513.4	1701	TGTGGCAAATAAAAAGAAAAGGTACATGGAGGAAAAAAATAAAATATAGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	100273	TGTGGCAAATAAAAAGAAAAGGTACATGGAGGAAAAAAATAAAATATAGT	100322

CU469513.4	1751	AAAGGTAAGAAGGCACCAATATAGTTCAAGGGGACCTAAACAAACTATTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	100323	AAAGGTAAGAAGGCACCAATATAGTTCAAGGGGACCTAAACAAACTATTT	100372

CU469513.4	1801	ACCTGGGAACTCTGAAGCATCAAACTTGGCTGCTGCTTAGGGAACTGAAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	100373	ACCTGGGAACTCTGAAGCATCAAACTTGGCTGCTGCTTAGGGAACTGAAG	100422

CU469513.4	1851	TGGGATGGCAACATGAACCTAAAATATAAAGGATATTATAAGATTTATCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	100423	TGGGATGGCAACATGAACCTAAAATATAAAGGATATTATAAGATTTATCT	100472

CU469513.4	1901	ACTAATAATCGCTCATCAATAACATTTAGATATAAGCAGCAGAAGCAAAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	100473	ACTAATAATCGCTCATCAATAACATTTAGATATAAGCAGCAGAAGCAAAG	100522

CU469513.4	1951	ATAATCAATCAAGGGAACATGGTCTCCAGTCAGCATGTCAAACAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222538.4	100523	ATAATCAATCAAGGGAACATGGTCTCCAGTCAGCATGTCAAACAAAGCTT	100572

Overview

Query
CU469513.4 - 49573 bps
Hit
CU222538.4 - 100572 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019392000120001985731005721
Short-link