<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU326362.6	1	AATGACAAAAGAAGATGGATGGACTAGTATTTCCCTCTTTTTAATTATAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	114554	AATGACAAAAGAAGATGGATGGACTAGTATTTCCCTCTTTTTAATTATAG	114603

CU326362.6	51	TAACTCCCATGTAATACAAGATAATATACGAAAATAAAATTATAGATAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	114604	TAACTCCCATGTAATACAAGATAATATACGAAAATAAAATTATAGATAGA	114653

CU326362.6	101	CAATTAATTAGCAATGAATGAAATAAATCACGGATTTGTATCAAAATAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	114654	CAATTAATTAGCAATGAATGAAATAAATCACGGATTTGTATCAAAATAGT	114703

CU326362.6	151	GAGAATATATGCTATTAAGCTTAAGAAAAGTATCATATAAACCAACAAAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	114704	GAGAATATATGCTATTAAGCTTAAGAAAAGTATCATATAAACCAACAAAG	114753

CU326362.6	201	GCAACAATGAGCCCGATGCACTGATTGAATAATTTTGAGTAATTTGTCAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	114754	GCAACAATGAGCCCGATGCACTGATTGAATAATTTTGAGTAATTTGTCAT	114803

CU326362.6	251	GTTCAGAATAGTAGGAATGAGAAAAATTGACGTCACCTAAAGCCTTGGTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	114804	GTTCAGAATAGTAGGAATGAGAAAAATTGACGTCACCTAAAGCCTTGGTC	114853

CU326362.6	301	ATAAAGGGTTAATATCTAACTCATGCAAAATCTTAAAAAAACATAACTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	114854	ATAAAGGGTTAATATCTAACTCATGCAAAATCTTAAAAAAACATAACTGA	114903

CU326362.6	351	CCTTAAAATTTAGTCACTAATCATTAAAGTTCAAAGCATCTGAATCATAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	114904	CCTTAAAATTTAGTCACTAATCATTAAAGTTCAAAGCATCTGAATCATAT	114953

CU326362.6	401	TGGGAGGAAAAATACATTAGACACATATTATAAAACTAACTCATTTTAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	114954	TGGGAGGAAAAATACATTAGACACATATTATAAAACTAACTCATTTTAAA	115003

CU326362.6	451	GAACTATAGACAACGTGAAAAGATATATTAAATGAGTCCAACACGTAGAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115004	GAACTATAGACAACGTGAAAAGATATATTAAATGAGTCCAACACGTAGAG	115053

CU326362.6	501	GAAACAAGGATTAATGCGTATTTATAATGAAAAAACTTAGAAATAAAATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115054	GAAACAAGGATTAATGCGTATTTATAATGAAAAAACTTAGAAATAAAATT	115103

CU326362.6	551	TGATCATTAAAGAAAACTGTGGTAGCAGCATAACCTAACAATAGCCTATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115104	TGATCATTAAAGAAAACTGTGGTAGCAGCATAACCTAACAATAGCCTATC	115153

CU326362.6	601	AACCATGCTAAATAAACTAGACAACTTCCATCATTAGAATGCTATTCTAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115154	AACCATGCTAAATAAACTAGACAACTTCCATCATTAGAATGCTATTCTAA	115203

CU326362.6	651	AGCAGGCAAAAAAGCAGAGAGGACACGTCCAAAAGTGAAGGGAACATGAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115204	AGCAGGCAAAAAAGCAGAGAGGACACGTCCAAAAGTGAAGGGAACATGAC	115253

CU326362.6	701	AAAAGAATATTACCTTTCGAGGTGCAACAAACTAGACAACGAGAAAGGGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115254	AAAAGAATATTACCTTTCGAGGTGCAACAAACTAGACAACGAGAAAGGGA	115303

CU326362.6	751	GACTTTACCACCACTGCTAAATGCGACTCCAAGGACCTCAAGCGAACGGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115304	GACTTTACCACCACTGCTAAATGCGACTCCAAGGACCTCAAGCGAACGGA	115353

CU326362.6	801	ATAGAGAAAAAAAAAGCAAAATTCAAAACAAAATTAACTCAAGAGATTCG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115354	ATAGAGAAAAAAAAAGCAAAATTCAAAACAAAATTAACTCAAGAGATTCG	115403

CU326362.6	851	TTCGGGACTTCTTTCAAGATTTGTGACTCACAATTCCCTCTCCCAAAATC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115404	TTCGGGACTTCTTTCAAGATTTGTGACTCACAATTCCCTCTCCCAAAATC	115453

CU326362.6	901	TTCCTGCTTCCCTTTTTGTTTTTTTTAAGAAAAGTTTCAAATAAAAAATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115454	TTCCTGCTTCCCTTTTTGTTTTTTTTAAGAAAAGTTTCAAATAAAAAATT	115503

CU326362.6	951	TACTCTCCTCAAATAGGAGCTTTGTTTTGTTGTGAAACAAATTTCAAAAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115504	TACTCTCCTCAAATAGGAGCTTTGTTTTGTTGTGAAACAAATTTCAAAAC	115553

CU326362.6	1001	AAAATTTTCGAACCCCAAAAGAAAAACTTCTCTCCAAAAAAAATTCTCGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115554	AAAATTTTCGAACCCCAAAAGAAAAACTTCTCTCCAAAAAAAATTCTCGT	115603

CU326362.6	1051	CTTATGAAAGAGAAAACGAACCTATACAGAGGGAAAATTAGGGTTTCAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115604	CTTATGAAAGAGAAAACGAACCTATACAGAGGGAAAATTAGGGTTTCAAA	115653

CU326362.6	1101	ATTCTTGTAAAATTCCTAAACAACCCTCCAATTCATTCAAATTTCCAAAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115654	ATTCTTGTAAAATTCCTAAACAACCCTCCAATTCATTCAAATTTCCAAAC	115703

CU326362.6	1151	CAAAACCTAGCCTCAAATTGGAATCAACCCCTTTTCTAAAAAATCTCAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115704	CAAAACCTAGCCTCAAATTGGAATCAACCCCTTTTCTAAAAAATCTCAAT	115753

CU326362.6	1201	AGATTCCCAAAAGGGAAGGGGGAATAGACAGTTAGATGAATCCCATTGTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115754	AGATTCCCAAAAGGGAAGGGGGAATAGACAGTTAGATGAATCCCATTGTC	115803

CU326362.6	1251	CTTGAGCTTTGACATGGCACCATCACGAGTAAAGAGGACGAAGCGCATGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115804	CTTGAGCTTTGACATGGCACCATCACGAGTAAAGAGGACGAAGCGCATGC	115853

CU326362.6	1301	TGTCCTTGCTGCTAAAACTCGTACCAGAGAAGAACCAGATGTTTGGAGAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115854	TGTCCTTGCTGCTAAAACTCGTACCAGAGAAGAACCAGATGTTTGGAGAG	115903

CU326362.6	1351	GGGGCAAGGCGACCAGAAACCGCAAATGGATCGGTTCATGCGTCCAAGGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115904	GGGGCAAGGCGACCAGAAACCGCAAATGGATCGGTTCATGCGTCCAAGGA	115953

CU326362.6	1401	GTGACCTTCTGACGCACTCGCTGCTATTGTGAAGCGCGTCGTCTCGATAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	115954	GTGACCTTCTGACGCACTCGCTGCTATTGTGAAGCGCGTCGTCTCGATAT	116003

CU326362.6	1451	GCTGCTGCGAGTAGGGGATTTCGACGTTTCTCTGCTTTTTTCCGTAAAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	116004	GCTGCTGCGAGTAGGGGATTTCGACGTTTCTCTGCTTTTTTCCGTAAAAA	116053

CU326362.6	1501	AAATGTGTTACAGGGGTCGCCTTGTTATGCTGCCTGCATTTCTTTCTTTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	116054	AAATGTGTTACAGGGGTCGCCTTGTTATGCTGCCTGCATTTCTTTCTTTG	116103

CU326362.6	1551	GGAAAAAGGTAAGAGAAGCGGGTCGGGTCAGAAAATGTATAGCTGAGGAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	116104	GGAAAAAGGTAAGAGAAGCGGGTCGGGTCAGAAAATGTATAGCTGAGGAA	116153

CU326362.6	1601	AATTAAAGGGATTAGGCTGTGGAATTGGGCTTTCTTCCGATGGGTTGAGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	116154	AATTAAAGGGATTAGGCTGTGGAATTGGGCTTTCTTCCGATGGGTTGAGG	116203

CU326362.6	1651	CTGTAAAAATAAATAGAGGAAAATGGGTTGGGTTAAATTTGGTTTCCAGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	116204	CTGTAAAAATAAATAGAGGAAAATGGGTTGGGTTAAATTTGGTTTCCAGA	116253

CU326362.6	1701	ATTAAATAATGGGCTGAGTGCTTTGAAGGAAATATGTATTGGGTCGGAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	116254	ATTAAATAATGGGCTGAGTGCTTTGAAGGAAATATGTATTGGGTCGGAAT	116303

CU326362.6	1751	GTCGGGTAAAATGGGTTGTCAACAAATCTGAAAAGTTAATGGGTTGACTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	116304	GTCGGGTAAAATGGGTTGTCAACAAATCTGAAAAGTTAATGGGTTGACTG	116353

CU326362.6	1801	AAAAAGGTTGATTGGAGGAGGATAAAAATTAAAAAGTTGGGCCTAGGAGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	116354	AAAAAGGTTGATTGGAGGAGGATAAAAATTAAAAAGTTGGGCCTAGGAGT	116403

CU326362.6	1851	TGAGGAAATTGATAAAGGTTGGCTGGAAATTGGTTATTAATTGTGCCCAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	116404	TGAGGAAATTGATAAAGGTTGGCTGGAAATTGGTTATTAATTGTGCCCAA	116453

CU326362.6	1901	ATTGGTCTTTAGATTACCAATTCAATCAAATTAAATTGTAATTATTCAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	116454	ATTGGTCTTTAGATTACCAATTCAATCAAATTAAATTGTAATTATTCAAT	116503

CU326362.6	1951	TTGATTAAAATTTAGAATAAGGCAAATTCATATAATTAATTAACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210888.2	116504	TTGATTAAAATTTAGAATAAGGCAAATTCATATAATTAATTAACAAGCTT	116553

Overview

Query
CU326362.6 - 40174 bps
Hit
CU210888.2 - 116553 bps
Total alignments
16
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191920001200011145541165531
294.571421831005810240122075222581
393.961401813541835598122077222581
494.161071373985139987122078222141
595.57197523163568337998122290246121
693.917499483809739044124612255471
795.448069433904239984125459264021
893.381331801006110240126269264491
995.351371713542835598126278264491
1092.621822441006110304128339285821
1194.851081373985139987128339284741
1294.162012573542835684128348286041
1383.851463241266712990153935542561
1493.33931367142196821969551
1591.89141120121742185197035990311
1691.386611522972411199118992331
Short-link