<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU207394.18	1	GAATTCCCAGTAACCACATGGTGCTCACAACCATCTGTAATGGTATTGGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114113	GAATTCCCAGTAACCACATGGTGCTCACAACCATCTGTAATGGTATTGGA	114162

CU207394.18	51	TGCCCTCTTCTGGTGTTCATGACGAGAGCTGTATGTACTCACATACATAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114163	TGCCCTCTTCTGGTGTTCATGACGAGAGCTGTATGTACTCACATACATAA	114212

CU207394.18	101	AATATTAAAAAAAAAAAGACCTTTCATTTAGTGGTATCAGAGAACAAATC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114213	AATATTAAAAAAAAAAAGACCTTTCATTTAGTGGTATCAGAGAACAAATC	114262

CU207394.18	151	CAGATTTCTGTCCCTAAGGGTCTGTCTCTCCTATTTTAATTGTACCAAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114263	CAGATTTCTGTCCCTAAGGGTCTGTCTCTCCTATTTTAATTGTACCAAGA	114312

CU207394.18	201	TTACTAGTAAGATAGGTTCAAAGGAATATAGCCATGAAAATGAGACCTAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114313	TTACTAGTAAGATAGGTTCAAAGGAATATAGCCATGAAAATGAGACCTAC	114362

CU207394.18	251	AGGTATTACAGTAATGAATGGTTTGGTCAGAGAATTGGCACACTCACAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114363	AGGTATTACAGTAATGAATGGTTTGGTCAGAGAATTGGCACACTCACAAA	114412

CU207394.18	301	ACTCAAAAAGAGCTGGGGAGGAGGGTAAAGGATCAAAAGGAAAAAGACAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114413	ACTCAAAAAGAGCTGGGGAGGAGGGTAAAGGATCAAAAGGAAAAAGACAA	114462

CU207394.18	351	GCAATGCCATCCTAAAGATGTGTACAGGCATTTAAAAGATTGTGAGAAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114463	GCAATGCCATCCTAAAGATGTGTACAGGCATTTAAAAGATTGTGAGAAAT	114512

CU207394.18	401	GTGGCATTAAACAGAACATAAAGGAAAACTTGGGGAAGAGTCTTGTGAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114513	GTGGCATTAAACAGAACATAAAGGAAAACTTGGGGAAGAGTCTTGTGAAA	114562

CU207394.18	451	ACTGCCGCTGCTTAGACTTTGCTGCCGAAGTAGAAACTGCTACCTTATCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114563	ACTGCCGCTGCTTAGACTTTGCTGCCGAAGTAGAAACTGCTACCTTATCA	114612

CU207394.18	501	TTGGCATGGAGCCAAGTCTCTGATGCTGTCTTAGGGTTTCTATTCCTGCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114613	TTGGCATGGAGCCAAGTCTCTGATGCTGTCTTAGGGTTTCTATTCCTGCA	114662

CU207394.18	551	CAAACATGAACAAGAAGCAAGTTGGAGAGAAAAGGGTTTATTCAGCTTAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114663	CAAACATGAACAAGAAGCAAGTTGGAGAGAAAAGGGTTTATTCAGCTTAC	114712

CU207394.18	601	ACATCTACATTGCTGTTCATCACCAAAAGAAGTCAGGACTGGAACTCAGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114713	ACATCTACATTGCTGTTCATCACCAAAAGAAGTCAGGACTGGAACTCAGC	114762

CU207394.18	651	AGGTCAGGAAACAGGAGCTGATGCTGAAGCCATGGAGAGATGTTACTGGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114763	AGGTCAGGAAACAGGAGCTGATGCTGAAGCCATGGAGAGATGTTACTGGC	114812

CU207394.18	701	TTGCTTCCCCTGGGTTGCTCAGCTTGCTTTCTTATAGAACCCAGGACCAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114813	TTGCTTCCCCTGGGTTGCTCAGCTTGCTTTCTTATAGAACCCAGGACCAC	114862

CU207394.18	751	CAGCCCAGGATGGCACCATCTACCATGGACCCTCCCACCCTTGATCACTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114863	CAGCCCAGGATGGCACCATCTACCATGGACCCTCCCACCCTTGATCACTA	114912

CU207394.18	801	ACTGAGAAAATGCCTTACAGCTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAAGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114913	ACTGAGAAAATGCCTTACAGCTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAAGGG	114962

CU207394.18	851	AGACTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTTGTGTCAAGTTGACACACAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	114963	AGACTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTTGTGTCAAGTTGACACACAAA	115012

CU207394.18	901	ACCAGCCAGTACACTGTCTGCTCACTGAATAACTTGTGCTTCAACAATTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115013	ACCAGCCAGTACACTGTCTGCTCACTGAATAACTTGTGCTTCAACAATTG	115062

CU207394.18	951	GAACCTATAACATCTTGCAGCACTTGGCCACTGCCTTGTCACAGAATTCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115063	GAACCTATAACATCTTGCAGCACTTGGCCACTGCCTTGTCACAGAATTCC	115112

CU207394.18	1001	TTTCATCAGCCAACTCTAACCACAGTAACATTTAATATATGTAATACTAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115113	TTTCATCAGCCAACTCTAACCACAGTAACATTTAATATATGTAATACTAT	115162

CU207394.18	1051	GCAGGGCTTGGTGACCCACCCCCCATCTTTAATCCCAGCACTTAGCAAGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115163	GCAGGGCTTGGTGACCCACCCCCCATCTTTAATCCCAGCACTTAGCAAGC	115212

CU207394.18	1101	AGAGACAAGCAATCTCTAAGTTTGAGGCAAGCCTGGTCTACAAAGTGAGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115213	AGAGACAAGCAATCTCTAAGTTTGAGGCAAGCCTGGTCTACAAAGTGAGT	115262

CU207394.18	1151	TCCAGGGCAGCCAGAGCTATACAGAAACCATGCCTTAAAAAAAGAAAAAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115263	TCCAGGGCAGCCAGAGCTATACAGAAACCATGCCTTAAAAAAAGAAAAAG	115312

CU207394.18	1201	AAAAAGAAAGAAGTATGTGTATGCAGTATGTAATACCAGAAAAAAAAATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115313	AAAAAGAAAGAAGTATGTGTATGCAGTATGTAATACCAGAAAAAAAAATG	115362

CU207394.18	1251	TCAGCATGGACACTTCATGAAATTAGAGGTTATTATTTGTATTTTTGGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115363	TCAGCATGGACACTTCATGAAATTAGAGGTTATTATTTGTATTTTTGGTG	115412

CU207394.18	1301	GTGGTGGTGTGTGACTAAAAATTGAATCCAGAGCCTTGTGCTTCCCAAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115413	GTGGTGGTGTGTGACTAAAAATTGAATCCAGAGCCTTGTGCTTCCCAAAG	115462

CU207394.18	1351	ACTCTACCTCTGACTTATAGCCACAGAACTTTTTTGACTGTTAATTTTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115463	ACTCTACCTCTGACTTATAGCCACAGAACTTTTTTGACTGTTAATTTTGA	115512

CU207394.18	1401	GATCATGTCTCACCAAGTTGCCCTAATCTCACTGAGCCCAAGCAGGCCTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115513	GATCATGTCTCACCAAGTTGCCCTAATCTCACTGAGCCCAAGCAGGCCTT	115562

CU207394.18	1451	GAATTTGCCATTTTATGTATCTCTTGAGTAGCTAGGAATACAGGTCTATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115563	GAATTTGCCATTTTATGTATCTCTTGAGTAGCTAGGAATACAGGTCTATA	115612

CU207394.18	1501	CTGGTAGGGCCAGCTGAAGTTACTGATTTCTTACTCAAGTTTTTTGTTTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115613	CTGGTAGGGCCAGCTGAAGTTACTGATTTCTTACTCAAGTTTTTTGTTTG	115662

CU207394.18	1551	TTTTTGTTTTGTTGTATGTTTTGAGATAGGGTTTCTCTACATAGTCTTGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115663	TTTTTGTTTTGTTGTATGTTTTGAGATAGGGTTTCTCTACATAGTCTTGG	115712

CU207394.18	1601	TTATCCTGAAACTATGTGAGTTCTCTTGCAATAGTAGTCAGCGCTCCCAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115713	TTATCCTGAAACTATGTGAGTTCTCTTGCAATAGTAGTCAGCGCTCCCAA	115762

CU207394.18	1651	ATATTGAGCCATCTCTCCAGTCTCAATGATTTTTGCTTTTAAAAGCCTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115763	ATATTGAGCCATCTCTCCAGTCTCAATGATTTTTGCTTTTAAAAGCCTTT	115812

CU207394.18	1701	GAAGTGAGCAGCCTCTAGATCCTTCCAGAGAATATAGGACTGCCTGTCCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115813	GAAGTGAGCAGCCTCTAGATCCTTCCAGAGAATATAGGACTGCCTGTCCA	115862

CU207394.18	1751	TCAATATATATATTTTACAGATCACAGAATGGAAGCCTTAGGACTTGAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115863	TCAATATATATATTTTACAGATCACAGAATGGAAGCCTTAGGACTTGAGA	115912

CU207394.18	1801	GTGTGATATGATTCTCTGTTGGAAAATAAGTGGCAGCTGTCCCTTACACT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115913	GTGTGATATGATTCTCTGTTGGAAAATAAGTGGCAGCTGTCCCTTACACT	115962

CU207394.18	1851	AAATCTAATCCCAGGACTGGGAGGCACAATCAGGAGGATTGCCATGAGTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	115963	AAATCTAATCCCAGGACTGGGAGGCACAATCAGGAGGATTGCCATGAGTT	116012

CU207394.18	1901	AAAGGCCGGCCTAGTCTACATAGTTTCAGGACAGCCAAGGCTAACTAGGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	116013	AAAGGCCGGCCTAGTCTACATAGTTTCAGGACAGCCAAGGCTAACTAGGG	116062

CU207394.18	1951	ATATTAGCCATCTCAAAAGAAACAAGCAAAAATACCCCACCCCTCAAAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210876.20	116063	ATATTAGCCATCTCAAAAGAAACAAGCAAAAATACCCCACCCCTCAAAAA	116112

Overview

Query
CU207394.18 - 209449 bps
Hit
CU210876.20 - 116112 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link