<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU914167.1	144116	GAATTCTCTCAAGCTGTTAGCCGGAACAGATCCTTCTCCATTTTTTCTCA	144067
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	207450	GAATTCTCTCAAGCTGTTAGCCGGAACAGATCCTTCTCCATTTTTTCTCA	207499

C  CU914167.1	144066	GGTAGTTACTGTTATGAAATATAATGCGGCAAGGGGCTACCTGGTGGGCT	144017
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	207500	GGTAGTTACTGTTATGAAATATAATGCGGCAAGGGGCTACCTGGTGGGCT	207549

C  CU914167.1	144016	CTGGCCAAGGTGAGCCCCTGAGTAATTGTGCCATGCAGCAGGTCTGGTAT	143967
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	207550	CTGGCCAAGGTGAGCCCCTGAGTAATTGTGCCATGCAGCAGGTCTGGTAT	207599

C  CU914167.1	143966	AAGGGGGTCTACTTGGGGAATGGAGGGGAGCGAGGACCTGAAGAAGGGTA	143917
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	207600	AAGGGGGTCTACTTGGGGAATGGAGGGGAGCGAGGACCTGAAGAAGGGTA	207649

C  CU914167.1	143916	GAGGCAAATGAGTAGACATGTTGAAAGGCAGACAGGAGCAGAGCTATGAG	143867
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	207650	GAGGCAAATGAGTAGACATGTTGAAAGGCAGACAGGAGCAGAGCTATGAG	207699

C  CU914167.1	143866	GGCAGAGAAGAGGATGGGCACAGAGGACAGAAATGGGGGAGAGAGAGAGA	143817
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	207700	GGCAGAGAAGAGGATGGGCACAGAGGACAGAAATGGGGGAGAGAGAGAGA	207749

C  CU914167.1	143816	CTGGCTGGGAATGTGGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGCTGGAGTA	143767
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	207750	CTGGCTGGGAATGTGGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGCTGGAGTA	207799

C  CU914167.1	143766	GTGGGTTAGTTCTTTTATATGCAGCCCACAGCTGAAGCACCTGGAGGTAG	143717
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	207800	GTGGGTTAGTTCTTTTATATGCAGCCCACAGCTGAAGCACCTGGAGGTAG	207849

C  CU914167.1	143716	CACTTCCAGGTAAGGTAAGCCACCCTTGCTAGGTATCTGGGAGGTAGCAC	143667
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	207850	CACTTCCAGGTAAGGTAAGCCACCCTTGCTAGGTATCTGGGAGGTAGCAC	207899

C  CU914167.1	143666	TTGATGTAAGCCACCCTTGCTAGGTATCTGGGAGGAGCCTAGTGGAATTG	143617
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	207900	TTGATGTAAGCCACCCTTGCTAGGTATCTGGGAGGAGCCTAGTGGAATTG	207949

C  CU914167.1	143616	CCTGTATGCTAACTTTACAGCGATGAGAAACATAACTGATACAGTTCCCT	143567
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	207950	CCTGTATGCTAACTTTACAGCGATGAGAAACATAACTGATACAGTTCCCT	207999

C  CU914167.1	143566	TCTGTAGGAATTATCTGCGTGACCAACACAGGGCACATTTCTAAAGGCTC	143517
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208000	TCTGTAGGAATTATCTGCGTGACCAACACAGGGCACATTTCTAAAGGCTC	208049

C  CU914167.1	143516	ACCCAGGTATCAGCACTGACTGACTGGGGATCTGCTGAAGCCATAAGTGA	143467
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208050	ACCCAGGTATCAGCACTGACTGACTGGGGATCTGCTGAAGCCATAAGTGA	208099

C  CU914167.1	143466	TTGCATGCTACCTTAAGTTCTCCACCATCTCAACCCTATTCCCAACATCC	143417
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208100	TTGCATGCTACCTTAAGTTCTCCACCATCTCAACCCTATTCCCAACATCC	208149

C  CU914167.1	143416	TCTTCTTCATGGTTCCATTCTGAGAGCAGCCCACTCACGCACGTGGAAGT	143367
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208150	TCTTCTTCATGGTTCCATTCTGAGAGCAGCCCACTCACGCACGTGGAAGT	208199

C  CU914167.1	143366	CTTGCTCTGAGCATCCATTTCCCGGGGTCTCTAAGACACCTGTATTAGTT	143317
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208200	CTTGCTCTGAGCATCCATTTCCCGGGGTCTCTAAGACACCTGTATTAGTT	208249

C  CU914167.1	143316	GTCAAGGGGGCTAGTCATGAGTGTTCGTTTTTCTTTTCTTTTTCCTTCCC	143267
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208250	GTCAAGGGGGCTAGTCATGAGTGTTCGTTTTTCTTTTCTTTTTCCTTCCC	208299

C  CU914167.1	143266	CATGCCCAGAAACACAAAGAGGGGCAGAGAAGGGAAGGTTTTAAAGTTGC	143217
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208300	CATGCCCAGAAACACAAAGAGGGGCAGAGAAGGGAAGGTTTTAAAGTTGC	208349

C  CU914167.1	143216	AGTAGTGCTAAGTGGCTGGGGAGACAGCTTAGCGGTTAAGACTGCTTGCT	143167
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208350	AGTAGTGCTAAGTGGCTGGGGAGACAGCTTAGCGGTTAAGACTGCTTGCT	208399

C  CU914167.1	143166	GTGTTGTCAAGGGTTGGAGTTTGGAACCCAATACCCACATCAGGCAGCTC	143117
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208400	GTGTTGTCAAGGGTTGGAGTTTGGAACCCAATACCCACATCAGGCAGCTC	208449

C  CU914167.1	143116	CCAGGCAGGCATCCACTTGAAACCCCAGATCCAGAGGAACCAGATGCCTT	143067
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208450	CCAGGCAGGCATCCACTTGAAACCCCAGATCCAGAGGAACCAGATGCCTT	208499

C  CU914167.1	143066	CTTCTGGTCCCTGAAGACACTACACTCACAGTCGCAATCAATATCAAACA	143017
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208500	CTTCTGGTCCCTGAAGACACTACACTCACAGTCGCAATCAATATCAAACA	208549

C  CU914167.1	143016	GAGAATTTGCTAAAATAAAATTAAGAGTTCACACATGTTCTCAATTCCGA	142967
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208550	GAGAATTTGCTAAAATAAAATTAAGAGTTCACACATGTTCTCAATTCCGA	208599

C  CU914167.1	142966	TTCATGAAATAACCCCCTGACATATTCTATCAGTTTGTGTTTATCAATAG	142917
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208600	TTCATGAAATAACCCCCTGACATATTCTATCAGTTTGTGTTTATCAATAG	208649

C  CU914167.1	142916	ATTTCCTGGAGTCACTTGAAACTCTGCATATGTCACCTTTCCTCCCATCA	142867
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208650	ATTTCCTGGAGTCACTTGAAACTCTGCATATGTCACCTTTCCTCCCATCA	208699

C  CU914167.1	142866	TGTCTGAATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC	142817
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208700	TGTCTGAATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC	208749

C  CU914167.1	142816	TATCCATCCAAAGAACAGGATAGTCTCCTATGGATAGAGGTGTAATTATA	142767
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208750	TATCCATCCAAAGAACAGGATAGTCTCCTATGGATAGAGGTGTAATTATA	208799

C  CU914167.1	142766	AAATGGGAAAAGCTTGATGTATACACGTTGCTATCCATATCATTTGACAG	142717
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208800	AAATGGGAAAAGCTTGATGTATACACGTTGCTATCCATATCATTTGACAG	208849

C  CU914167.1	142716	TTGTCTCAAAACTGTCGGGTATGGAATTTTTTTCATATAGGACTTAGTTC	142667
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208850	TTGTCTCAAAACTGTCGGGTATGGAATTTTTTTCATATAGGACTTAGTTC	208899

C  CU914167.1	142666	CATATCATATTTTCATGTGCTATAATCTTGTCCTATCTTTTTAACTTTTC	142617
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208900	CATATCATATTTTCATGTGCTATAATCTTGTCCTATCTTTTTAACTTTTC	208949

C  CU914167.1	142616	CCCCAGAGTATTATCTAATCCTTTTCTGGGTATTATCTATTATCTCTGGA	142567
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	208950	CCCCAGAGTATTATCTAATCCTTTTCTGGGTATTATCTATTATCTCTGGA	208999

C  CU914167.1	142566	GGTGAGCAAACCCCATCTGCTCGTAATCAGTGATGTTTATCCCAGGAAGA	142517
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	209000	GGTGAGCAAACCCCATCTGCTCGTAATCAGTGATGTTTATCCCAGGAAGA	209049

C  CU914167.1	142516	TGTCTGGTTTTCCCCACTAGAACAGAATTTTTTAAATCATAAAAGAATCT	142467
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	209050	TGTCTGGTTTTCCCCACTAGAACAGAATTTTTTAAATCATAAAAGAATCT	209099

C  CU914167.1	142466	TTAGAAAAATTATGTGTGTTTGCCTGCATGTGTGTATGTGCACTACATGC	142417
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	209100	TTAGAAAAATTATGTGTGTTTGCCTGCATGTGTGTATGTGCACTACATGC	209149

C  CU914167.1	142416	ATGCATTACCCATAGAGGCCAGAAGAGGGCACCAGATCCCCAGAACCAGA	142367
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	209150	ATGCATTACCCATAGAGGCCAGAAGAGGGCACCAGATCCCCAGAACCAGA	209199

C  CU914167.1	142366	GTTAGAGGTGGTTGTGAGCCTCCATGTGGGTGCTGGGAACTTAACCCAGG	142317
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	209200	GTTAGAGGTGGTTGTGAGCCTCCATGTGGGTGCTGGGAACTTAACCCAGG	209249

C  CU914167.1	142316	TCCTCTGCAAAAGCAGTTTGTGCTTTGAAACACCGAGCCATTGTTCCAGC	142267
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	209250	TCCTCTGCAAAAGCAGTTTGTGCTTTGAAACACCGAGCCATTGTTCCAGC	209299

C  CU914167.1	142266	CTCCTAGGCAAACATTTCACAATAGTGAACTATAAGAGATCACATCATAG	142217
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	209300	CTCCTAGGCAAACATTTCACAATAGTGAACTATAAGAGATCACATCATAG	209349

C  CU914167.1	142216	TCATTTGAAAACAAGAGCAAATGAACATTTTATGCCATCTTCCACATGCA	142167
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	209350	TCATTTGAAAACAAGAGCAAATGAACATTTTATGCCATCTTCCACATGCA	209399

C  CU914167.1	142166	AAGAACATTCGTTACCACTGCTGATCCTGAATTTGAGTGGCAGAGTGGGA	142117
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207394.18	209400	AAGAACATTCGTTACCACTGCTGATCCTGAATTTGAGTGGCAGAGTGGGA	209449

Overview

Query
CU914167.1 - 144116 bps
Hit
CU207394.18 - 209449 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000142117144116-12074502094491
Short-link