<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU424443.7	1	TGCCGCTACACCCAAGCGACCCGCGCTAAGAGAAATGGCCGACCAGTAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	110618	TGCCGCTACACCCAAGCGACCCGCGCTAAGAGAAATGGCCGACCAGTAAG	110667

CU424443.7	51	CACCCTTCTGTGTAAAGTTTTGTTGACTGGCACAGAAATTTACCTTTTTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	110668	CACCCTTCTGTGTAAAGTTTTGTTGACTGGCACAGAAATTTACCTTTTTG	110717

CU424443.7	101	TTCATTTTAGGGAAAAATCAGTTCTTTCCCTGAATCTTGTTTTTTGGTTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	110718	TTCATTTTAGGGAAAAATCAGTTCTTTCCCTGAATCTTGTTTTTTGGTTA	110767

CU424443.7	151	GGCTGACAGCAGGGCTTGTTGTGTGTTCTCTGAGGGCGTTGTTCGCTTGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	110768	GGCTGACAGCAGGGCTTGTTGTGTGTTCTCTGAGGGCGTTGTTCGCTTGT	110817

CU424443.7	201	ATCAGATAACCAAATTCCTGGCTGTCTAATTTGGAGCACTGCAAGAATGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	110818	ATCAGATAACCAAATTCCTGGCTGTCTAATTTGGAGCACTGCAAGAATGC	110867

CU424443.7	251	TCTTGAGGGTTTTGAGCTATTGCAGAATTCACAGTCTAGGGGCTTGAGCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	110868	TCTTGAGGGTTTTGAGCTATTGCAGAATTCACAGTCTAGGGGCTTGAGCT	110917

CU424443.7	301	GAGGATCATGCATCCATGCTCTTAGCCACTGAGATCTTTATCTAGCTCCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	110918	GAGGATCATGCATCCATGCTCTTAGCCACTGAGATCTTTATCTAGCTCCC	110967

CU424443.7	351	ATACTATGCACCTCTTCCTAAAAGTATAATATTTAAAGCTGGCATTGCTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	110968	ATACTATGCACCTCTTCCTAAAAGTATAATATTTAAAGCTGGCATTGCTG	111017

CU424443.7	401	ACATGCACCTGCAATTCTAGCATTTGGGAGGTTACAGCAGTAGGGCACAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111018	ACATGCACCTGCAATTCTAGCATTTGGGAGGTTACAGCAGTAGGGCACAG	111067

CU424443.7	451	AATTGAGACAAGCCTAGGCTATGTGAGACTGTCTCAAAAATACAGTTCTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111068	AATTGAGACAAGCCTAGGCTATGTGAGACTGTCTCAAAAATACAGTTCTG	111117

CU424443.7	501	TTTTCAGACTGATCTGTCTAAAGCCATAAGTTTTGTTGGAGATCCAAGGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111118	TTTTCAGACTGATCTGTCTAAAGCCATAAGTTTTGTTGGAGATCCAAGGC	111167

CU424443.7	551	CTCGGGCATGCTGGTCAAGTGTTCTCCTACTTAGCCATACTCCTAGTTCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111168	CTCGGGCATGCTGGTCAAGTGTTCTCCTACTTAGCCATACTCCTAGTTCA	111217

CU424443.7	601	CTACTATGAAATTTTAATGAAATGAAACATGAGAAAAGCCTTTGGTGACT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111218	CTACTATGAAATTTTAATGAAATGAAACATGAGAAAAGCCTTTGGTGACT	111267

CU424443.7	651	TTTGATATACTATTTCTTTTTATTTCCTTAGAAAGGCAAAGAATTCCTTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111268	TTTGATATACTATTTCTTTTTATTTCCTTAGAAAGGCAAAGAATTCCTTA	111317

CU424443.7	701	GATAAGTCAATCCCCAACATAAGACTGTTTTAAATAGGTTGCAGTACAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111318	GATAAGTCAATCCCCAACATAAGACTGTTTTAAATAGGTTGCAGTACAAA	111367

CU424443.7	751	TGTTAGCAGATAAAAGATTGATAACTTTTTCTTGATTTAGAACTTCTTCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111368	TGTTAGCAGATAAAAGATTGATAACTTTTTCTTGATTTAGAACTTCTTCA	111417

CU424443.7	801	AATTGTTGAAGTACATTTTTGGCTTCACTCAGAATAAACTTTTTGGCTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111418	AATTGTTGAAGTACATTTTTGGCTTCACTCAGAATAAACTTTTTGGCTTT	111467

CU424443.7	851	GCTATTATCTTAACAGTAATGGAGAAAATATTTAGGTGGAAGCTCAAATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111468	GCTATTATCTTAACAGTAATGGAGAAAATATTTAGGTGGAAGCTCAAATA	111517

CU424443.7	901	TTGATAACATATAGAGAGGAAAGATCCAAAGTTACTTGCTCTAAACTTGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111518	TTGATAACATATAGAGAGGAAAGATCCAAAGTTACTTGCTCTAAACTTGG	111567

CU424443.7	951	GCTAATTGTACTTGAAAACTTACACTAGGAACTCTTCTTTGAGGAAAGAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111568	GCTAATTGTACTTGAAAACTTACACTAGGAACTCTTCTTTGAGGAAAGAA	111617

CU424443.7	1001	AGTACCAGATAATCAGAAAGTTACTGAAATGTTCCCTTAGTGGCACAGCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111618	AGTACCAGATAATCAGAAAGTTACTGAAATGTTCCCTTAGTGGCACAGCT	111667

CU424443.7	1051	GAAGGGGTTTACATAGGAAGCAGTTGTAAAAACAGACTGGATGAGGTGTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111668	GAAGGGGTTTACATAGGAAGCAGTTGTAAAAACAGACTGGATGAGGTGTA	111717

CU424443.7	1101	GGTGACAGGGAGTGAGTACTCAGAGTGTGAGGACTCACACTGGTCGGAGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111718	GGTGACAGGGAGTGAGTACTCAGAGTGTGAGGACTCACACTGGTCGGAGG	111767

CU424443.7	1151	CTTACTACATCATGTGAAATGAAGCTGTTACTATTTCCCACTGAAGACTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111768	CTTACTACATCATGTGAAATGAAGCTGTTACTATTTCCCACTGAAGACTT	111817

CU424443.7	1201	CTCAGTAAGGGGAAGCTTAGCTGTGGGTTAGACAGTGTGGCTTTAAAGCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111818	CTCAGTAAGGGGAAGCTTAGCTGTGGGTTAGACAGTGTGGCTTTAAAGCA	111867

CU424443.7	1251	TAGCTCTGCAATGTCATGTAGAAGCTTCTAGGTAAATGAGGAAGTCTCTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111868	TAGCTCTGCAATGTCATGTAGAAGCTTCTAGGTAAATGAGGAAGTCTCTG	111917

CU424443.7	1301	ACCTTCCCTAGGCCTCAGTTTTCTCAAGTACAAGATGGGGATGATAATAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111918	ACCTTCCCTAGGCCTCAGTTTTCTCAAGTACAAGATGGGGATGATAATAT	111967

CU424443.7	1351	CTCATAGATTTTGGAAATCAGATGAATCCATGTATGCAAAGTGTGATTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	111968	CTCATAGATTTTGGAAATCAGATGAATCCATGTATGCAAAGTGTGATTGT	112017

CU424443.7	1401	GAGGCCAGGTACCCCAGTGCTTGTAAAATACCTAGGTGTGGGTTGGAGAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	112018	GAGGCCAGGTACCCCAGTGCTTGTAAAATACCTAGGTGTGGGTTGGAGAG	112067

CU424443.7	1451	ATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTTCCAAAGTCCTGAGTTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	112068	ATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTTCCAAAGTCCTGAGTTC	112117

CU424443.7	1501	AAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCACCCGTAATGAGATCTGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	112118	AAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCACCCGTAATGAGATCTGA	112167

CU424443.7	1551	CACTCTGTTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAATAAATAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	112168	CACTCTGTTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAATAAATAT	112217

CU424443.7	1601	ATCTTAAAAAACAAAACAAAACAAAACCTAAGGCTGGGCGTGGTGGTGCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	112218	ATCTTAAAAAACAAAACAAAACAAAACCTAAGGCTGGGCGTGGTGGTGCA	112267

CU424443.7	1651	CGCCTTAATCCCAGTACTCGGGAGGCAGAGACAGGCGGATTTCTGAGTTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	112268	CGCCTTAATCCCAGTACTCGGGAGGCAGAGACAGGCGGATTTCTGAGTTC	112317

CU424443.7	1701	GAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	112318	GAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACA	112367

CU424443.7	1751	GAGAAACCCTGTCTCGAAAAAACAAAAACCAAAAACCAAACAAACAACAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	112368	GAGAAACCCTGTCTCGAAAAAACAAAAACCAAAAACCAAACAAACAACAA	112417

CU424443.7	1801	AAAAAACCTAGTTGCTGGACTGCTCAGACATGGCAAGTTGAGACTAGAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	112418	AAAAAACCTAGTTGCTGGACTGCTCAGACATGGCAAGTTGAGACTAGAAA	112467

CU424443.7	1851	CCACTGTGGGGCACACTGTTAAAACTGCACTGGAAAGACAGGATGAAGAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	112468	CCACTGTGGGGCACACTGTTAAAACTGCACTGGAAAGACAGGATGAAGAT	112517

CU424443.7	1901	TATGAGTGTGAGGCTTGAGGCTAATTCTGTCTCAAAGGGGGAAAATTATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	112518	TATGAGTGTGAGGCTTGAGGCTAATTCTGTCTCAAAGGGGGAAAATTATA	112567

CU424443.7	1951	TCATGACTAAATATACGGGGATTAGATAGACAGTGAACATGATTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207373.6	112568	TCATGACTAAATATACGGGGATTAGATAGACAGTGAACATGATTGAATTC	112617

Overview

Query
CU424443.7 - 79758 bps
Hit
CU207373.6 - 112617 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link