<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CU207372.6	1	CGCTATCCTGGTGTGCCTGGGACCCTCTCCTGGGCACAGCTGTCTACTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	169455	CGCTATCCTGGTGTGCCTGGGACCCTCTCCTGGGCACAGCTGTCTACTCT	169504

CU207372.6	51	ACCACCTCCACTCCATCTCCCTCCTGCCTGCCCACTGATGCCCCTCGTTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	169505	ACCACCTCCACTCCATCTCCCTCCTGCCTGCCCACTGATGCCCCTCGTTG	169554

CU207372.6	101	ACCTTAGAGCCCCTGCTTTCTGCCTCTGCTAGGGCTTTTTTCTTGCTAGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	169555	ACCTTAGAGCCCCTGCTTTCTGCCTCTGCTAGGGCTTTTTTCTTGCTAGG	169604

CU207372.6	151	GATGCCTTTCACCCTGGGTGACCAGAACCTTCCCATCCTTCTAAGCCTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	169605	GATGCCTTTCACCCTGGGTGACCAGAACCTTCCCATCCTTCTAAGCCTTA	169654

CU207372.6	201	TAGACATGTATGCTACCCCTGTAGCTGCTAGGAAGAACAGCGCCACCTGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	169655	TAGACATGTATGCTACCCCTGTAGCTGCTAGGAAGAACAGCGCCACCTGG	169704

CU207372.6	251	GCCTGAGAGTAAGTTTTCTCCCTCTGGCTCAAGCCCAGGTCTACTGTGTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	169705	GCCTGAGAGTAAGTTTTCTCCCTCTGGCTCAAGCCCAGGTCTACTGTGTT	169754

CU207372.6	301	GGTCAACCTTCTGATGGCAGAAAATGGTGCCTCATCTGCTTCCCTGAGGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	169755	GGTCAACCTTCTGATGGCAGAAAATGGTGCCTCATCTGCTTCCCTGAGGC	169804

CU207372.6	351	CCCCATGGTAAGGAGGCAGTTCCTCTCTCTCTACAAAGTGGGAGAGACTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	169805	CCCCATGGTAAGGAGGCAGTTCCTCTCTCTCTACAAAGTGGGAGAGACTT	169854

CU207372.6	401	AGCCACAGTGTTCCCTGGGGTCCTGTCGGTATAGAATTTTCAGGCCTCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	169855	AGCCACAGTGTTCCCTGGGGTCCTGTCGGTATAGAATTTTCAGGCCTCTC	169904

CU207372.6	451	AGCATGGCCTGCCAGTCCCCCTCAGACACATTACTGTGTCTTTATCTTCG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	169905	AGCATGGCCTGCCAGTCCCCCTCAGACACATTACTGTGTCTTTATCTTCG	169954

CU207372.6	501	GAGTTCTTCCCAAACCTTGGTCCAGCTCTGAGTGAGACCAGGGGAGAATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	169955	GAGTTCTTCCCAAACCTTGGTCCAGCTCTGAGTGAGACCAGGGGAGAATG	170004

CU207372.6	551	AGGGACACTTTGAGTACTCTTGAATCTCAGAGTGACCGCTGGTATACAGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170005	AGGGACACTTTGAGTACTCTTGAATCTCAGAGTGACCGCTGGTATACAGT	170054

CU207372.6	601	GATAGTCAGGGCCATAGGCTGAAGTCACTCAGCCCTGAGCCATGTGACCG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170055	GATAGTCAGGGCCATAGGCTGAAGTCACTCAGCCCTGAGCCATGTGACCG	170104

CU207372.6	651	AGGACAAGCGACTTCACAGCTATCTTGTCATCCCTGAAGAGAGGCCAGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170105	AGGACAAGCGACTTCACAGCTATCTTGTCATCCCTGAAGAGAGGCCAGGA	170154

CU207372.6	701	GAGCTGGGTCCTGCAGTACTCTGAGGGCTCACTGTGGTACCCAGCCACGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170155	GAGCTGGGTCCTGCAGTACTCTGAGGGCTCACTGTGGTACCCAGCCACGT	170204

CU207372.6	751	TAAGCCGCTTTCCTGTTAGCAACGTCACAGTACCGCAGCCTGGGTTTGTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170205	TAAGCCGCTTTCCTGTTAGCAACGTCACAGTACCGCAGCCTGGGTTTGTT	170254

CU207372.6	801	CTCAAGAAAAGAGGCTGACTTTGCCTCATGATTCTGCTCCAAAGTCAAGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170255	CTCAAGAAAAGAGGCTGACTTTGCCTCATGATTCTGCTCCAAAGTCAAGG	170304

CU207372.6	851	GCCTGTGTCTGGTGATGACCTCCTTGCTGGCAATGTTCCTAGGTGGTGTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170305	GCCTGTGTCTGGTGATGACCTCCTTGCTGGCAATGTTCCTAGGTGGTGTA	170354

CU207372.6	901	TAGTATCTATCACACAGCAAGAGAGACCATGTGTACATGCGTCTTTCCTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170355	TAGTATCTATCACACAGCAAGAGAGACCATGTGTACATGCGTCTTTCCTT	170404

CU207372.6	951	TCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170405	TCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTT	170454

CU207372.6	1001	TCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170455	TCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTT	170504

CU207372.6	1051	TCCTT----------ATTTCCTTTCTCAGTATATAGCCCTGGCTGTCCTG	1090
			|||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170505	TCCTTTCCTTTCCTTATTTCCTTTCTCAGTATATAGCCCTGGCTGTCCTG	170554

CU207372.6	1091	GAACTTGCTCTGTAGACCAGGCTGTCCTTGAACTCAGAGATTCATCTGTC	1140
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170555	GAACTTGCTCTGTAGACCAGGCTGTCCTTGAACTCAGAGATTCATCTGTC	170604

CU207372.6	1141	TGCTGGGATTAAAGTCATGTCACCATGCCCCCACCCCCATCCAGCTTCTT	1190
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170605	TGCTGGGATTAAAGTCATGTCACCATGCCCCCACCCCCATCCAGCTTCTT	170654

CU207372.6	1191	CCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTTCTTC	1240
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170655	CCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTTCTTC	170704

CU207372.6	1241	CTTCTTCCTTCTTCCTTCTTCCTTCTTCCTTCTTCCTTCTTCCTTCTTCC	1290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170705	CTTCTTCCTTCTTCCTTCTTCCTTCTTCCTTCTTCCTTCTTCCTTCTTCC	170754

CU207372.6	1291	TTCTTCCTTCTTCCTTCTTCCTTCTTCCTTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCC	1340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170755	TTCTTCCTTCTTCCTTCTTCCTTCTTCCTTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCC	170804

CU207372.6	1341	TCTTCCTCCTCCTCCCCCTCCCCCTCCTCCTTCTCCTTCTTCTCTCCTCC	1390
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170805	TCTTCCTCCTCCTCCCCCTCCCCCTCCTCCTTCTCCTTCTTCTCTCCTCC	170854

CU207372.6	1391	CCCCTCTTTCTAATATACCAGACTGGCTTCAAACTTGCTGAGTAGCTGAT	1440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170855	CCCCTCTTTCTAATATACCAGACTGGCTTCAAACTTGCTGAGTAGCTGAT	170904

CU207372.6	1441	CAAGACCTTGAACTTCCAGTCTTCCTGCTTCTGTTGCCTGAGCTTTGGGC	1490
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170905	CAAGACCTTGAACTTCCAGTCTTCCTGCTTCTGTTGCCTGAGCTTTGGGC	170954

CU207372.6	1491	TTACTATGTCCAGTTTTATGCACTGCTGAAGATTGAAGTCAGGGCTTCGT	1540
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170955	TTACTATGTCCAGTTTTATGCACTGCTGAAGATTGAAGTCAGGGCTTCGT	171004

CU207372.6	1541	GCATGCTGGGAAAGTACTCTGGAAAGTACTCTACCAACTTAGTTACATTC	1590
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	171005	GCATGCTGGGAAAGTACTCTGGAAAGTACTCTACCAACTTAGTTACATTC	171054

CU207372.6	1591	CTAAGCACCATTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTCTGTTTTTTTATTTT	1640
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	171055	CTAAGCACCATTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTCTGTTTTTTTATTTT	171104

CU207372.6	1641	AATCAGGGTCTCATGTAGCCCAGGCTGGCCTCAGACTCTCAATGTAGCTG	1690
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	171105	AATCAGGGTCTCATGTAGCCCAGGCTGGCCTCAGACTCTCAATGTAGCTG	171154

CU207372.6	1691	GGGCTGACTTTGAACTTCTGATCCTCCTACTTTCATCTCCCCAGGATTAC	1740
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	171155	GGGCTGACTTTGAACTTCTGATCCTCCTACTTTCATCTCCCCAGGATTAC	171204

CU207372.6	1741	AGGATTAGGTCAACATACCTGACCCCAAATTTCTACTCTCTTCATATCTC	1790
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	171205	AGGATTAGGTCAACATACCTGACCCCAAATTTCTACTCTCTTCATATCTC	171254

CU207372.6	1791	ACCATGGGGATTAAATTCCTATATAGGAATCCTTGGCACCCACACTGAAG	1840
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	171255	ACCATGGGGATTAAATTCCTATATAGGAATCCTTGGCACCCACACTGAAG	171304

CU207372.6	1841	CCATGTCTAAACCGCAGTGCTGGACAATAAACACTTGGTGTGTTATCATA	1890
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	171305	CCATGTCTAAACCGCAGTGCTGGACAATAAACACTTGGTGTGTTATCATA	171354

CU207372.6	1891	GTGTAGTGTTCTGCGTGTCACAGGGGGTGAGGAGGGAGAGTGGGGGGTTG	1940
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	171355	GTGTAGTGTTCTGCGTGTCACAGGGGGTGAGGAGGGAGAGTGGGGGGTTG	171404

CU207372.6	1941	AACTGTGAAGGAGCGGGAAGGAGGTGACTGAGGTGGGTTTTGAGGAACGA	1990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	171405	AACTGTGAAGGAGCGGGAAGGAGGTGACTGAGGTGGGTTTTGAGGAACGA	171454

CU207372.6	1991	ATAGGAATTC	2000
			||||||||||
CU207347.9	171455	ATAGGAATTC	171464

Compact alignment

skip 1050 bps 100% identity alignment

CU207372.6	1051	TCCTT----------ATTTCCTTTCTCAGTATATAGCCCTGGCTGTCCTG	1090
			|||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207347.9	170505	TCCTTTCCTTTCCTTATTTCCTTTCTCAGTATATAGCCCTGGCTGTCCTG	170554

skip 910 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU207372.6 - 140602 bps
Hit
CU207347.9 - 171464 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link