<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU407306.7	1	CAGAATTTAACATGGAGAGTTGACGTATGGAAGCTTCCCGAGTGGCTGCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	185423	CAGAATTTAACATGGAGAGTTGACGTATGGAAGCTTCCCGAGTGGCTGCA	185472

CU407306.7	51	ATTCTAGATCCCTATTCAACAGCAAGTCATAGACCTGGATGGTGGTGGTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	185473	ATTCTAGATCCCTATTCAACAGCAAGTCATAGACCTGGATGGTGGTGGTA	185522

CU407306.7	101	ACGGGGTTGGGATAAAACGGACAGAGGATACGGCTGTTAACAAAGATGTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	185523	ACGGGGTTGGGATAAAACGGACAGAGGATACGGCTGTTAACAAAGATGTT	185572

CU407306.7	151	AACAAGTCTTAGTTTAAAATAATGGAACACCCTATATATTTACACTTGCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	185573	AACAAGTCTTAGTTTAAAATAATGGAACACCCTATATATTTACACTTGCT	185622

CU407306.7	201	TCCCACAATACAAAAAATGTTAAGCCTATCAGCAGTTTAATTACTATAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	185623	TCCCACAATACAAAAAATGTTAAGCCTATCAGCAGTTTAATTACTATAAA	185672

CU407306.7	251	CATCTTCTCTCCCTGTATTTACTTTCTACAACTTAGTTCTCATCTGTTAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	185673	CATCTTCTCTCCCTGTATTTACTTTCTACAACTTAGTTCTCATCTGTTAC	185722

CU407306.7	301	AAGTTGCTTGGAACCCTGTATACAGTAGATGCTTCAGAACAGGTGGGTCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	185723	AAGTTGCTTGGAACCCTGTATACAGTAGATGCTTCAGAACAGGTGGGTCC	185772

CU407306.7	351	ATCTCTCCACATGCTTTGTCTACTATGCTTGCCTTAGACAACAATGCAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	185773	ATCTCTCCACATGCTTTGTCTACTATGCTTGCCTTAGACAACAATGCAAA	185822

CU407306.7	401	ATTAAACAAAGAAAAGATACCATACTGCCAAAATTTTGGTTAATTCATAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	185823	ATTAAACAAAGAAAAGATACCATACTGCCAAAATTTTGGTTAATTCATAA	185872

CU407306.7	451	GAAGGATTTTTCTAAAAATGAAGCATTAAGAAAGATCAAAGAACGAACCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	185873	GAAGGATTTTTCTAAAAATGAAGCATTAAGAAAGATCAAAGAACGAACCC	185922

CU407306.7	501	CTTCCACGCCTGCATTTTTTTTTTTTTTTGTGAAGGCCACTGTTTATAAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	185923	CTTCCACGCCTGCATTTTTTTTTTTTTTTGTGAAGGCCACTGTTTATAAG	185972

CU407306.7	551	CTATCTTGTCAGTTTTAAAGAGTGACTTTCCAGACCGCAAAAGCATCCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	185973	CTATCTTGTCAGTTTTAAAGAGTGACTTTCCAGACCGCAAAAGCATCCTG	186022

CU407306.7	601	TCTGCCTACTGTGTGGTCGCTCAAATGTAAGAGCAGAGATGCGAGATGCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186023	TCTGCCTACTGTGTGGTCGCTCAAATGTAAGAGCAGAGATGCGAGATGCC	186072

CU407306.7	651	TACTGTGTGGTAACCCAAGTGTAAGAGCAGAGATGCCTACTGTGTGGTAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186073	TACTGTGTGGTAACCCAAGTGTAAGAGCAGAGATGCCTACTGTGTGGTAA	186122

CU407306.7	701	CCCAAGTGTAAGAGCAGAGATGCCTACTGTGTGGTAACCCAAGTGTAAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186123	CCCAAGTGTAAGAGCAGAGATGCCTACTGTGTGGTAACCCAAGTGTAAGA	186172

CU407306.7	751	GCAGGGGGGAACAGCAAGAAGTCATCTGGCTTCTGGGCTTTCGGGTGCTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186173	GCAGGGGGGAACAGCAAGAAGTCATCTGGCTTCTGGGCTTTCGGGTGCTT	186222

CU407306.7	801	TGCTGAAGGTGAGCCTGTTCATACAGATCTCTGCAGATCTGAGCACCAAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186223	TGCTGAAGGTGAGCCTGTTCATACAGATCTCTGCAGATCTGAGCACCAAG	186272

CU407306.7	851	ACCCCCTCCATGACACAAGGTGACAACACCCATCTGTGTCACGTAGTAAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186273	ACCCCCTCCATGACACAAGGTGACAACACCCATCTGTGTCACGTAGTAAG	186322

CU407306.7	901	CTAATAAGCACTTCCTAAATGTGGCTGATTTAACACGTGACCATCAATGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186323	CTAATAAGCACTTCCTAAATGTGGCTGATTTAACACGTGACCATCAATGT	186372

CU407306.7	951	AACTTAATACATATCATCTAGATTTCTCCCACTTTTATTTAAAATTACTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186373	AACTTAATACATATCATCTAGATTTCTCCCACTTTTATTTAAAATTACTT	186422

CU407306.7	1001	GATGGCTGTCTGACCTTATGTGAAATACATATCTTAAAAGAGTAAGAAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186423	GATGGCTGTCTGACCTTATGTGAAATACATATCTTAAAAGAGTAAGAAAG	186472

CU407306.7	1051	ATAAAATTACCCACAGGTTGATTTAGTCTACAATTGTTAGACAGCCTTAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186473	ATAAAATTACCCACAGGTTGATTTAGTCTACAATTGTTAGACAGCCTTAA	186522

CU407306.7	1101	GTAGAGTTTATGGTCAACCCCTAGGAAGTGCGTAAGATTTTATAGCGTTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186523	GTAGAGTTTATGGTCAACCCCTAGGAAGTGCGTAAGATTTTATAGCGTTG	186572

CU407306.7	1151	TTTACTCATTTCAATAGTTTCCCCAGTGCTCTCTCTTGAGCCTTCAATTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186573	TTTACTCATTTCAATAGTTTCCCCAGTGCTCTCTCTTGAGCCTTCAATTT	186622

CU407306.7	1201	CCTGTCTAATCCTCTTTTATTTCATCTATTTTTATCTGGATTCATGTGTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186623	CCTGTCTAATCCTCTTTTATTTCATCTATTTTTATCTGGATTCATGTGTA	186672

CU407306.7	1251	ATCTATATCTCCGTAGCCTTCCTTAAGTCCCTCCCTCTCCCCCTCGCTGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186673	ATCTATATCTCCGTAGCCTTCCTTAAGTCCCTCCCTCTCCCCCTCGCTGG	186722

CU407306.7	1301	AAGGTGAGCCACACACACATAAACCACATTACACACAGCTGCCAGAAGCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186723	AAGGTGAGCCACACACACATAAACCACATTACACACAGCTGCCAGAAGCT	186772

CU407306.7	1351	TTTTGGCAAAGAACTACATAACTGAAATCAGCTCCCAAATATTAGGCTTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186773	TTTTGGCAAAGAACTACATAACTGAAATCAGCTCCCAAATATTAGGCTTG	186822

CU407306.7	1401	GGCACCGGGACGGGGTGCTCTGCTAATGTTTAATAATGAAGCCCTGGCAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186823	GGCACCGGGACGGGGTGCTCTGCTAATGTTTAATAATGAAGCCCTGGCAC	186872

CU407306.7	1451	CAGACTGAGACTCCCTCTCTTGAAAATATCAAGGGGACACAAACATGAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186873	CAGACTGAGACTCCCTCTCTTGAAAATATCAAGGGGACACAAACATGAAA	186922

CU407306.7	1501	TCACTTTAAACTGGAGAAAGCAACGCCTTTTAAATAGGAAAAGACACAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186923	TCACTTTAAACTGGAGAAAGCAACGCCTTTTAAATAGGAAAAGACACAAG	186972

CU407306.7	1551	AGTGCACAGTGATCAGTGAGGAGCCGAGGAAGGCAGGTACATCTGCCTGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	186973	AGTGCACAGTGATCAGTGAGGAGCCGAGGAAGGCAGGTACATCTGCCTGG	187022

CU407306.7	1601	GAAAAGATGAAGGCTTCCAAAACACCCTGCGGGGCTGTGCCAAGCCTAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	187023	GAAAAGATGAAGGCTTCCAAAACACCCTGCGGGGCTGTGCCAAGCCTAAC	187072

CU407306.7	1651	AAAATGGTCTCCCCTGATTTTTACTGGGAAGCATGGAAAGTTGTGTTTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	187073	AAAATGGTCTCCCCTGATTTTTACTGGGAAGCATGGAAAGTTGTGTTTTG	187122

CU407306.7	1701	CATGAACGTACTCAATTTTCTTTAAACATTCTTTTTAAAAAGGGGGGGGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	187123	CATGAACGTACTCAATTTTCTTTAAACATTCTTTTTAAAAAGGGGGGGGG	187172

CU407306.7	1751	GCAGGCTATACACAGTACTGTAACTTCCAAATTCGTGAGAAAGAGTGGCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	187173	GCAGGCTATACACAGTACTGTAACTTCCAAATTCGTGAGAAAGAGTGGCA	187222

CU407306.7	1801	CCCCCGAAGTTATTATGACAGATTTCCAAAGGAAACTCTAGATCCCCCAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	187223	CCCCCGAAGTTATTATGACAGATTTCCAAAGGAAACTCTAGATCCCCCAA	187272

CU407306.7	1851	TTTACATGTCCCACAACTGCCAGGGGCCAGCCGCTCCCGAGCTGAGCCTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	187273	TTTACATGTCCCACAACTGCCAGGGGCCAGCCGCTCCCGAGCTGAGCCTG	187322

CU407306.7	1901	GAATCCTAGCTGTCAGTAAGAGCTTCACGCCTTCTTGGTTGGATACTTCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	187323	GAATCCTAGCTGTCAGTAAGAGCTTCACGCCTTCTTGGTTGGATACTTCC	187372

CU407306.7	1951	ACTGGCAACTGATTCGTCTGCTTGATTTGCTCGTGGGAAACAAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207342.6	187373	ACTGGCAACTGATTCGTCTGCTTGATTTGCTCGTGGGAAACAAAGAATTC	187422

Overview

Query
CU407306.7 - 52007 bps
Hit
CU207342.6 - 187422 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link